Os03g0372500

From RiceWiki
Revision as of 12:40, 24 June 2012 by 127.0.0.1 (talk) (Created page with "{{JaponicaGene| GeneName = Os03g0372500| Description = Similar to TA11 protein (Fragment)| Version = NM_001056740.1 GI:115453208 GeneID:4332941| Length = 8526 bp| Definit...")
(diff) ← Older revision | Latest revision (diff) | Newer revision → (diff)
Jump to: navigation, search
Gene Name

Os03g0372500

Description

Similar to TA11 protein (Fragment)

Version

NM_001056740.1 GI:115453208 GeneID:4332941

Length

8526 bp

Definition

Oryza sativa Japonica Group Os03g0372500, complete gene.

Source

Oryza sativa Japonica Group

 ORGANISM  Oryza sativa Japonica Group
           Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
           Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
           clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
Chromosome

Chromosome 3

Location

Chromosome 3:15207275..15215800

Sequence Coding Region

15209035..15211473,15213484..15213597,15214060..15214324,15215001..15215116

Expression

GEO Profiles:Os03g0372500

Genome Context

<gbrowseImage1> name=NC_008396:15207275..15215800 source=RiceChromosome03 preset=GeneLocation </gbrowseImage1>

Gene Structure

<gbrowseImage2> name=NC_008396:15207275..15215800 source=RiceChromosome03 preset=GeneLocation </gbrowseImage2>

Coding Sequence

<cdnaseq>atggtgctgggactgggtgtagccaaccagccagccatgggtaacagcacctccagggtcgttggctgcttcgcaccagcagacaaggccgccggtggcggcgtcggtttggagttcctgcagccgctggacgaaggactcggccattccttctgctatgtccgcccaggggccatcactgactcgccggccatcacgccatccaactccgagaggtacacgctcgactcctccgtgctggattcggagacccgcagcgggtcattccggcaggaggttgtcgttgtcgacgacctggcggcggcagccatggccgggttgcagaggccgagcaagagtttctcggagaccaccttccggacgatctcgggggcctccgtcagcgccaacccgtcctcggctcggacaggcaatctgtgtgtgtcccttgctgctgatgtgcaggagcctgccgccgcattcgagagcaccgcctctttcgccgccgttccgttgcagccggtgccacggggatcagggccgctcaataccttcttgtcagggccgcttgagagaggatttgcgtcggggccgctggacaaaggcgctgggttcatgtctgggccactggataaaggagtcttcatgtctggtcctattgacagtggcaacaaaagcaacttctcggcacctctttcgtatggtcggaggaaggctggtctcggacagcttgtacgtagcattagcagaccgatgagaagtgcgctgtcaagaacatttagtaggagctcacaaggtactggttgggtccaaagatttctgttgcatcctatggctcaactgagcttgtcgagggatgcaaagggcacttcggaagattcacataatgggttggaagctgggctccctgagcttgagtatagtgtaacaaggaacctgcagtgggctcatggcaaggcaggagaggatagggttcatgttgtcctctctgaagagcaagggtggttgtttattggaatttatgatggttttagcggtccggatgcaccggacttcttaatgagcaatctatacaaggccattgataaagagctggaaggactgctctgggtttatgaagacagtcctgaagggagtgctcaagtatctactcttggagagggtgaatccgttgcagttcctcaggacctgcctgatggaggtgacattctgttccaagctgatagtgttgaatcagaacaacttgttaattctgaggaacaagatgtatccaatgtgaagataagtgatgggggtgcttcgcaagttcagatggatttgaacaccagtggtcagagagatttagtgttgcaggcttcaagtaatcagaagttgaatgctggtgaaatagtcgaggaaaaggtgggggctgatatggggaataatctccagagtacagagtcttataactctggtagagatatttcaaatacagatgtaaacactagctttggttgtacatcagatgtaaacactagtacttgttgtaatgaagatgtcaaatcaccgaaagaaatcaggagcagacgactttttgagctacttgagatggaattgctcgaagaatataatagaaatgtttccaaattatcaccagagggaatgaaagggaggagcatatttaatatgcaggcaggaactacagaagaaagctctagggatatagccgagctctctaggtcttcaatggcagcaactggagaatgtcttgatgattttgagaatgataaacattcaagatcaggtgacggtgtgcttggggtagatccaaaagagtgtaatgaatgctcaatttcatcatcgtcatcagggcacaaacaaattctgagaagatatttgtttgggtcaaagctgaggaagatgtacaagaagcaaaaattgttgcagaagaagtttttcccttggaactatgattggcatagagaccaacctcatgttgatgaaagtgttatcaaaccttctgaagttactaggagatgcaaatcaggaccagtagaccacgatgctgtattgagggcaatgtcacgggcgcttgaaaacactgaggaagcatacatggacgtagtggaaagggagcttgataaaaatcctgagctcgcgttgatgggttcatgtgtgcttgtgatgttgatgaaagatcaggatgtatatgttatgaatcttggagatagccgagttgtcttggcacaagataatgagcaatacaataactcaagcttcttaaagggtgatttaagacatcgtaacaggtcaagggagtcacttgttcgtgttgaacttgataggatatctgaggagtcaccaatgcataatcctaatagccacctaagcagcaacacaaaaactaaggaattgactatttgtaaattaaagatgagagcagttcaactatcgactgatcatagtacaagtgttgaggaggaagtctcgaggattagggcagaacatcctgacgaccctcaatctgtatttaatgacagggtgaaaggacagttgaaggttacaagagcgtttggtgcaggttttctaaagaagccaaaatttaatgacatactacttgagatgtttcgcatcgactatgttggaacatcatcatatatcagctgcaaccctgctgtccttcaccaccgtctttgctcaaatgaccggtttcttgtcctgtcctcagatggactgtatcaatatttcagcaatgatgaggttgtttcacatgttgcatggtttatggaaaatgtaccagagggtgatcctgctcaataccttgtagccgagctgttatgccgtgcagcaaaaaagaatggcatggactttcatgagttgctggatatccctcagggtgatcgccgaaaataccatgatgatgtttctgttatggtaatttcccttgaaggcagaatttggcgatcttctggttga</cdnaseq>

Protein Sequence

<aaseq>MVLGLGVANQPAMGNSTSRVVGCFAPADKAAGGGVGLEFLQPLD EGLGHSFCYVRPGAITDSPAITPSNSERYTLDSSVLDSETRSGSFRQEVVVVDDLAAA AMAGLQRPSKSFSETTFRTISGASVSANPSSARTGNLCVSLAADVQEPAAAFESTASF AAVPLQPVPRGSGPLNTFLSGPLERGFASGPLDKGAGFMSGPLDKGVFMSGPIDSGNK SNFSAPLSYGRRKAGLGQLVRSISRPMRSALSRTFSRSSQGTGWVQRFLLHPMAQLSL SRDAKGTSEDSHNGLEAGLPELEYSVTRNLQWAHGKAGEDRVHVVLSEEQGWLFIGIY DGFSGPDAPDFLMSNLYKAIDKELEGLLWVYEDSPEGSAQVSTLGEGESVAVPQDLPD GGDILFQADSVESEQLVNSEEQDVSNVKISDGGASQVQMDLNTSGQRDLVLQASSNQK LNAGEIVEEKVGADMGNNLQSTESYNSGRDISNTDVNTSFGCTSDVNTSTCCNEDVKS PKEIRSRRLFELLEMELLEEYNRNVSKLSPEGMKGRSIFNMQAGTTEESSRDIAELSR SSMAATGECLDDFENDKHSRSGDGVLGVDPKECNECSISSSSSGHKQILRRYLFGSKL RKMYKKQKLLQKKFFPWNYDWHRDQPHVDESVIKPSEVTRRCKSGPVDHDAVLRAMSR ALENTEEAYMDVVERELDKNPELALMGSCVLVMLMKDQDVYVMNLGDSRVVLAQDNEQ YNNSSFLKGDLRHRNRSRESLVRVELDRISEESPMHNPNSHLSSNTKTKELTICKLKM RAVQLSTDHSTSVEEEVSRIRAEHPDDPQSVFNDRVKGQLKVTRAFGAGFLKKPKFND ILLEMFRIDYVGTSSYISCNPAVLHHRLCSNDRFLVLSSDGLYQYFSNDEVVSHVAWF MENVPEGDPAQYLVAELLCRAAKKNGMDFHELLDIPQGDRRKYHDDVSVMVISLEGRI WRSSG</aaseq>

Gene Sequence

<dnaseqindica>1761..4199#6210..6323#6786..7050#7727..7842#attcaccaacacaaccagcagccacctcctcctcttcttccccaactttctgcttgatctccacctccactgccgccccgccgcccaatccaccaccaccggcggcggcggaggtcaacgccggccaccctcgtcgacgcccccccacatcagctcaggtattcctcctttttcagctgcttctcctttgtcagggctgagcctcagccctagctccacatcgccaccgccatttctcctcgctgcttgccgcaagggcagagctgccggcggcgagctccccttgccccctctcccttctagggctactgctgcggctgctgctactacccctgctgtgtgctgttcctcttttattcagatatagtcgatggagtgagcatactgactattaatttgatatatgcatgctaatctggttcccaagtttgtgaacttcttgttgtagatactccttatgcctaaaatatgatttgtgcccccaaattagtaagaggtatttaacagggatattatattattcggcaatgattaggcgaaagtaattgtttccatgtgttaatctgtttacttggtgaataatcccaggttactacccgaaatttctagataaaatgtgctaagtttacattctgaatcttttaaggattatatactgctatctgtttggtttggctaactcattgcttagcttaatccaactactttagtgattgtaacacttgcttggggatggttctgtgtaggggtgcagtgcagaggaaggagggcaagtagacaagaatcaccttattggtacctgacgaatttactccaagctttcctgtggttgccacatgctggtcagcccctccatctcctctggctgcctagttagtggtggacaagataaacatgttgagcctgagttgctgttgggttttggtgtgtggaagaatctacaggcatgaatagaggtgccattgttctgtggattgaatgttgtggtgcagctggttgccttgttcctcctctgctgcttggtttgtctaactgatcggcccctagctagctggccttacaatggtgaactgggtcaccatctgttcatggcgatggttaggatgatggcagtggaaggatgaagaatggcactgcgctgcttgcctgcttggctactattgtgctaaataaggaatgtcaagtggcctagcacttgtttgctcctcactggttgagggtggcagcccactcctctcactgtgtggggcttgactaattgagctcaggtgtggctaaggtttgactccttgctcagatgtggctctcttcatcgtggacacaggtgtggcttttgtgcggcatagtttgattggtcagtttgtattctaggcaacatgttcataatgagtaatattaattcgctttagctgtttattgattgatagaagaaattaatggttgattaatcattccttaatacattgatgtatctgtattcgtatatagctttttatagtatgtgtaaattgaacacttactaattacgatggcacttgtaataccgaatcttcaaccatttgtgtgtatgtggatgcatttgaataatctgaggtttttgttttaccataatttatattgattatttagttagtcaggcgatttagcctcttaactgttaacttgatttgtgattcaaatttgggttgtttcagcgacgggcattgggggtcgctggtgtgttgctgctgctgtcgaggtagggtggtggaggtggagggatggtgctgggactgggtgtagccaaccagccagccatgggtaacagcacctccagggtcgttggctgcttcgcaccagcagacaaggccgccggtggcggcgtcggtttggagttcctgcagccgctggacgaaggactcggccattccttctgctatgtccgcccaggggccatcactgactcgccggccatcacgccatccaactccgagaggtacacgctcgactcctccgtgctggattcggagacccgcagcgggtcattccggcaggaggttgtcgttgtcgacgacctggcggcggcagccatggccgggttgcagaggccgagcaagagtttctcggagaccaccttccggacgatctcgggggcctccgtcagcgccaacccgtcctcggctcggacaggcaatctgtgtgtgtcccttgctgctgatgtgcaggagcctgccgccgcattcgagagcaccgcctctttcgccgccgttccgttgcagccggtgccacggggatcagggccgctcaataccttcttgtcagggccgcttgagagaggatttgcgtcggggccgctggacaaaggcgctgggttcatgtctgggccactggataaaggagtcttcatgtctggtcctattgacagtggcaacaaaagcaacttctcggcacctctttcgtatggtcggaggaaggctggtctcggacagcttgtacgtagcattagcagaccgatgagaagtgcgctgtcaagaacatttagtaggagctcacaaggtactggttgggtccaaagatttctgttgcatcctatggctcaactgagcttgtcgagggatgcaaagggcacttcggaagattcacataatgggttggaagctgggctccctgagcttgagtatagtgtaacaaggaacctgcagtgggctcatggcaaggcaggagaggatagggttcatgttgtcctctctgaagagcaagggtggttgtttattggaatttatgatggttttagcggtccggatgcaccggacttcttaatgagcaatctatacaaggccattgataaagagctggaaggactgctctgggtttatgaagacagtcctgaagggagtgctcaagtatctactcttggagagggtgaatccgttgcagttcctcaggacctgcctgatggaggtgacattctgttccaagctgatagtgttgaatcagaacaacttgttaattctgaggaacaagatgtatccaatgtgaagataagtgatgggggtgcttcgcaagttcagatggatttgaacaccagtggtcagagagatttagtgttgcaggcttcaagtaatcagaagttgaatgctggtgaaatagtcgaggaaaaggtgggggctgatatggggaataatctccagagtacagagtcttataactctggtagagatatttcaaatacagatgtaaacactagctttggttgtacatcagatgtaaacactagtacttgttgtaatgaagatgtcaaatcaccgaaagaaatcaggagcagacgactttttgagctacttgagatggaattgctcgaagaatataatagaaatgtttccaaattatcaccagagggaatgaaagggaggagcatatttaatatgcaggcaggaactacagaagaaagctctagggatatagccgagctctctaggtcttcaatggcagcaactggagaatgtcttgatgattttgagaatgataaacattcaagatcaggtgacggtgtgcttggggtagatccaaaagagtgtaatgaatgctcaatttcatcatcgtcatcagggcacaaacaaattctgagaagatatttgtttgggtcaaagctgaggaagatgtacaagaagcaaaaattgttgcagaagaagtttttcccttggaactatgattggcatagagaccaacctcatgttgatgaaagtgttatcaaaccttctgaagttactaggagatgcaaatcaggaccagtagaccacgatgctgtattgagggcaatgtcacgggcgcttgaaaacactgaggaagcatacatggacgtagtggaaagggagcttgataaaaatcctgagctcgcgttgatgggttcatgtgtgcttgtgatgttgatgaaagatcaggatgtatatgttatgaatcttggagatagccgagttgtcttggcacaagataatgagcaatacaataactcaagcttcttaaagggtgatttaagacatcgtaacaggtcaagggagtcacttgttcgtgttgaacttgataggatatctgaggagtcaccaatgcataatcctaatagccacctaagcagcaacacaaaaactaaggaattgactatttgtaaattaaagatgagagcagttcaactatcgactgatcatagtacaagtgttgaggaggtatgtttctgatatttgattgttacattctttcatttgattttagcatcttctgtcctgcatgacaatttggtgattttgattcatctgtcaaatcatgcatattttagcaagtcatttattaccatcgttgtgattccctgaaaatctcggtaggatattaaatgtaccgtgtgcctgagccagagtgatgctatatatgtcctcttaatgtgatggcttacactgaatttgatggtattgattgttgagtctgctctcctaaaaaatgctgtagattttacttgggttaaaccattaaagttaatgtcaagtacattaaccaacaggaagacaacaattgaggaaatcatttggaagagaaaatatgataattattttgtatgctatctttgttctggtcaacaaaatgaagcttatgagctatctggacgttcttcattattacttgactttctctcaagacatgtcaaaaaatgagttgatttttattagcttgctgagtcgttgttaatgtttgttcatctgctttgaggcatacggaggatcaaagctgccgcatgcaaaattgaggtcctaggaatagcaaatagttatgctatattttgttagcatgaatcatggctgccagttaattagtacttccaagtttttttttttgagggggaaaggcaggagctctgccaatttcattaaggaggatagaaatgatacaggttcacctctcaaaggttccacagaagaaatcacagggttgtaggggagagaatacaggagattttaagaaaatgtaaagcaacaagcatcaaatccgacgcataatcatctgcgtaacctgagcttcatcgaaggctttgcacattgcaatgatggagtcaaccacttgcggaaccgtgctatacacgccattgaaaatcctgttgttcctctgtaaccagatcccccaagccatatacattaggccatccaaatttcgtctttgctccttgaccattgatttcctgcaagtttcccaccatgccaatatgtctccattgaagagatttgtagcgtgcatttggagtcctagtttggaccaaattgtgctccaaacctgtttcgcgaatgagcactccatgatgagatgtcgggctgtctctggctcgatgccgcatagggaacagatggggctgttgtcccatcccctgagctgaagcttgtcagaggtcaagattttcctgtgtaccataagccaagccaaaaacctgcatttgttttcagtcttcgccttccaagttcccaatatcaaatcctgtttcagattgaccaaaaccaaacgcaggtacataaaacaagattcacataccatataccttataattattcaacacaaactctattatctactctgtgggtctacacattaacatcctttcagatttaataacttatttcttagtaatctgttgtccttgaccctcctaacgtcaaacatttatattttcaagtgccacctcaatagtactctgacgctctctattttccactgagaatatagtttgcataatcatgaaaatggtactagctcaccttgcaaatacaccttctgaaagaatgaatacttttttcgaaatttctttggaggtagtgataaagctactctgaatattcagtcatgttgtttggaagtgtcctgatgtgctgttggttacattctcatatggatgaaatcagcatctctatcgactataaatttcttggaagcaatcgtattctcttttgtagctagctgttagaacaggatgtgaaacgggcaatgtaaaaagtttcgcagtgtgaatccttcatttgtgccttatgtttttctgggagaatggagcttttatgctagagggattatttggttaaaacacctatgttgtttgttcaggttttacatttataaagttaggcttaccgttttatcttgtactctattttaaagatgataattatttgttaacctcattgttctttctatgttctctgcaggaagtctcgaggattagggcagaacatcctgacgaccctcaatctgtatttaatgacagggtgaaaggacagttgaaggttacaagagcgtttggtgcaggttttctaaagaaggtagcttagagttttttttttttttgtgtccatggctgttgttcactgcttttatgtccaaggttctgttgaaaaccaaatattacagtgattctgttgaacaaaccaaatattacagttagaggtaccctacgatgcaaaccaaatatttcagtgattctgttgaaaaaatgaactggcagtatcaatataacaatgaaaagcaatatgataccatctaatcagaaaattgaagattaattgttaatgtgaaatttttttgtaggattgtagttgatgttattaaatcttttttgaaataaataggtatgaagtaagtttctctttggatatgacatacacacatttgtagtcttagacattcccaaaggtgtttttatatatgttgtaacttcgaaggttatattacaatgtaatattctattatgcaaacggttaaaatatcttctttgcctgttgcagccaaaatttaatgacatactacttgagatgtttcgcatcgactatgttggaacatcatcatatatcagctgcaaccctgctgtccttcaccaccgtctttgctcaaatgaccggtttcttgtcctgtcctcagatggactgtatcaatatttcagcaatgatgaggttgtttcacatgttgcatggtttatggaaaatgtaccagagggtgatcctgctcaataccttgtagccgagctgttatgccgtgcagcaaaaaagaatggtgagttatgtctttattcatacagcatgtactatttggttcatacaaggaaatgacactttactgtggtgaacatttttatctatgccatcagtgagagtatcaggctaaagtacactcaactagatctgttacgatccgtaataactaaaatctcataacaaattagactgctaatagcattgttatcaatgcctctttacatttgtatgttaacatggttgaactttggcgtgtcaattgatgacatatgctcactcagtttgatatatgacactttcatgcattgccttgctacctttgaatccttcatggtcttgctactacctttaccaatcaagactccggtcataccttggttgtcttgaaattgttgaagcaattcacggtcctattaggactctggaaatatcctattattttttaaagggattgacccaacatttctttaccacatgagctatttccatatatatttgctactttactagctcccaggaactccttttctattttggcatacgatatgtatatttgtatgaaccgagttgtatatagtaatgctattttttcaagctttgaattattgcctgaaataaaactatagaagaactattgtgctcgtcattctccaaaagctaacccttttatcttgggtattgtatgatacacgcaggcatggactttcatgagttgctggatatccctcagggtgatcgccgaaaataccatgatgatgtttctgttatggtaatttcccttgaaggcagaatttggcgatcttctggttgagcatcaagatgtgacttggtctgttccttgcagcctcacttagcgtagtgaattatcaatcagaaaaggcatcattgtcttgttcattgtcttcagtttttgaagttctgatcaaatttcattaggcaatacatagtgccttttctgccttaacattttggatttgtggtgcatgcttggccagtccaactttgacttatacatgtttcttgtttcttattagtaaaaaggttcatttttgtggggatttttattccctgtgccttctattagcttactttaagtgtattgtgtatatttgtgtttccattttgttttccttcatttgaaaacagggcgtgggggattggaatttgtgcattacaactgctgctggagctgtctgatctacaggttttttttcagcattactccatctgtttgggggcatatggctggtggttgtgcactgtacatcagcagcagcagctgccttgtgcattttggtagccattctcaagctttcattcatgtgccaatttgactgtttaatctgtaatggtttgtttttgcaaaatgtcgcattattcagatgttgcagaagggaatgtacaaaagagacacttccctatttctaagggagcttaaaagcttgatcatgaatgaatgatccatgttctatactattcacttgtctttctgagc</dnaseqindica>

External Link(s)

NCBI Gene:Os03g0372500, RefSeq:Os03g0372500