Os05g0509300

From RiceWiki
Revision as of 10:28, 24 June 2012 by 127.0.0.1 (talk) (Created page with "{{JaponicaGene| GeneName = Os05g0509300| Description = contains InterPro domain(s): IPR001656, IPR011760| Version = NM_001187554.1 GI:297724238 GeneID:9272465| Length = 58...")
(diff) ← Older revision | Latest revision (diff) | Newer revision → (diff)
Jump to: navigation, search
Gene Name

Os05g0509300

Description

contains InterPro domain(s): IPR001656, IPR011760

Version

NM_001187554.1 GI:297724238 GeneID:9272465

Length

5813 bp

Definition

Oryza sativa Japonica Group Os05g0509300, complete gene.

Source

Oryza sativa Japonica Group

 ORGANISM  Oryza sativa Japonica Group
           Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
           Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
           clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
Chromosome

Chromosome 5

Location

Chromosome 5:25279897..25285709

Sequence Coding Region

25282620..25282703,25282843..25282916,25283237..25283301,25283480..25283643,25283726..25283793
,25283884..25283944,25284276..25284317

Expression

GEO Profiles:Os05g0509300

Genome Context

<gbrowseImage1> name=NC_008398:25279897..25285709 source=RiceChromosome05 preset=GeneLocation </gbrowseImage1>

Gene Structure

<gbrowseImage2> name=NC_008398:25279897..25285709 source=RiceChromosome05 preset=GeneLocation </gbrowseImage2>

Coding Sequence

<cdnaseq>atgcgtgaacattacaaggagcatggtgatattgatatggcactaaggaacttccctcgacatcttgtagccgagaaggctattcttcaatgtttgaagaaatgccctggtaactatctgcaagcattaaagagtataccaagaacattacgaatgatgtacgttcatagttaccaaagttacctctggaaccatgctgccagtgccagagttgaaaaatatggcatttcgcaggctgtagaaggtgacttagtttatagcaaagagccccctcctggagaagcaacttcagttgatacttcagaaccttgcgatgaccaaataaattcatctgatattgatctatgttctgagacacttccagaagaaacaatccagtctgtgaagatagttgattctgaagatttattgaagggtgtctacacatttgaagatgttgtccttcctttgcctggttcgcaagcattatttcctggaaacggaattgctgacatttatcatgaattggctaaaaaggatggcattagcttgacagagaatgcacatggtgtcaagtaa</cdnaseq>

Protein Sequence

<aaseq>MREHYKEHGDIDMALRNFPRHLVAEKAILQCLKKCPGNYLQALK SIPRTLRMMYVHSYQSYLWNHAASARVEKYGISQAVEGDLVYSKEPPPGEATSVDTSE PCDDQINSSDIDLCSETLPEETIQSVKIVDSEDLLKGVYTFEDVVLPLPGSQALFPGN GIADIYHELAKKDGISLTENAHGVK</aaseq>

Gene Sequence

<dnaseqindica>2724..2807#2947..3020#3341..3405#3584..3747#3830..3897#3988..4048#4380..4421#attccctcgcaaaaccctcgtctcctccacactctgctcttctcgcaaaccctaatcccacgcgcggccacctcccatggcgcgctcgacctccctcaccgaggcggaggcggggatcacctgcttcgcctcctccctcccgggcttccgcggcgtcctcaagcaccgctactccgacttcatcgtccacgaggtcgcccgcgacggctccgtcgcccgcctcacctccttcgatctccccgacgaggtaagcttagccctctcgaccccgattccgcggctccctcccgggatccccgattttttttcatcgcgctagctcagctccgccgtgtatcgcagtgcgtggatgtgagtgaggaggacaaggcggcgccgtccgccgacgcggaccactcgcaggccctcgagtcgttccgtgcgctctgtggcgatgcggattgcgacgcgttgaaggggctcctcgagaaggcgtccgcgggggctgaggctgatgtatcgccggttattctctcgccggacgccgataaggctcatcgatcggttggtttgatcccccagttccagtttctggttgtttatgtggttgagattggtggaaatggtgtgatttgggcgtgtttttggctgtaggaggtgcataatttcttcaagaggagcttcaagtttttggtcaccgacacggtcgaacacaatgatggagttcagagatgcattagggtgcggctgggatcaggagctaggggagggcggggtggcggtgggagaagtggtggtgggaggggaaggaagaggaagaacatgggtggttctgattggagagatgacaggccatttgatagcagaggatcaactagctggccaaatcatgttgggaagttcctaaggtggtggaattcagcttgaattgatagtttctattggcctggtatctttagctggcctttgtactcgaatgtgttcatctgacttgctgtgtattttacttggctaaacttaataaaaaacatctaatctatgtgtataaatttgtataagaaatattatgtttttgcttcgtctaattttgctgttaattagcgttataaccggagttgtcattctggtgtgctgaccaggtttcacctttgcaaagagaacaaggacacacaagaagcgttaggagtaattgggaaaatgttaggacttcaggtatacctcggttgctaactcataacattgtgttcttgtttctactgaatgctttgattcttcttttttaccttccttcgcattcctagttgatttctataccttttgcaatttgcagtcacgttcattcgggtttgcagggacaaaagataaacgtgctgttacaacacaacaggtacttattcctcatgtgcataccatctcactcaattttctttacataaatcgtgtttttgtacaatttgtttaaaagttcgcatacaagtatgcaagaaatactggtataattttaattaaggcataatttatggtattatgatgttacaaccagatgagataagtgaagctgctctggtttggaatactacatgtagtattgtcttggcaaaggagttttgtgaaatgaaactacaagatcatttttctttaactagtaccgttcatagtttttagtcttttcacctttagtttgtattgcttggctttgttctcatctctagcctacccagcttggttgagattaaaggctggtgttgttgctgtattttgcatagtgatttttagtctatttgacagatttgtttatgttatctcactcctttttcatggttgtgatcctctgcatgtaattacgttttcttgcaatggttacttttctgattgttttcccctggttaggtgactgttttcaagatatcagccaacagattggctgcacttaataatcgactatttggaattaaagttggaaactttaggtaggtgataaaatgcattatcctctttgttgatatcattgcaatgtaattattctaaatactaattatttttgcattcctttctagttatgtgaaggagggacttgttcttggtcaactaatgggaaatcgatttacaattactctgaggtacttgttttttatttctccttttagtttaatgtaaaaaactaaaaatgttctctagtgctctaaaaaatgatttgcactaatcttagagctcatggagggcctgatttgcagctacatattacttcactacaaacagtactatatttcacatgcaccaaacctcttcttttcttggttcaagaaaaccaaacaaatggagagctgatattttcctgcatttcttcaggggtgttgttgcagaatcagaagacataataaaggcttctgtggagggcttaggaaagaatggatttatcaactactatgggttgcaggtatgaagccagaaccttttcgttatgcttcaaaacctaactggtacgtgtttacttttgaagctcatcaagttcatcttttttgttggttagcgttttggaagtggttcagtacctactcaccttgttggagctgctttgcttagaggagagtggagaagttctgtaaatttgattcttgatccaagggaaggagatatccttgatttattttatccaatcagcagttgcatacttggatatatagctgtgccaacttttgttcaacataacttaatactccgaacagagagatgacataagggagatgcgtgaacattacaaggagcatggtgatattgatatggcactaaggaacttccctcgacatcttgtagccgagaaggctattgtaagtgtagttcttttccttcattacttaacctggaattatttaaaacattggctttttagtttttattcaagttatgtaatgtagatcacattatttggggaagttaaactgatattctttcatgcattgtttccagcttcaatgtttgaagaaatgccctggtaactatctgcaagcattaaagagtataccaagaacattacgaatgatgtatgttgtttaactttcttcgtcttttcatgtttctttacattgatgggttagtcaatttctgttacctcaaaagctaagtagattttataatatacaaaattgtattggaattattatagacattagtcatgaacagtagtagatctgttatatgtacctgtttttaaaattgttctctgctgctcaatatacataccgtttgatatattcaagcttttctgttaccctttttctctgttctgttttgttgaccaatttattaattctcatattttgcttatgcgtctttcttatttgctgttgcctcttttatgaaggtacgttcatagttaccaaagttacctctggaaccatgctgccagtgccagagttgaaaaatatggtcagtgcacttcatccttctacagctactcagttttagttgaatcatgatgcagtttgataattttctgataacggctaaccttgacctttttcttcaggcgtgttaccttttgtagttttatatggtgaacttctcttttcccattcctccttatgctaactggtgtacttgacaggcatttcgcaggctgtagaaggtgacttagtttatagcaaagagccccctcctggagaagcaacttcagttgatacttcagaaccttgcgatgaccaaataaattcatctgatattgatctatgttctgagacacttccagaagaaacaatccagtctgtgaaggtctgtaatttgcagcaaacaatgcggtgtacatgctcatgcacaaaaagttcctaatcatgcactgtcatttctcgtgtagatagttgattctgaagatttattgaagggtgtctacacatttgaagatgttgtccttcctttgcctgggtatttaccattccacatccataacttcaattttcatattgaatcacattgagaaatatatatggtgtgcttatttctgtaaacatgcagttcgcaagcattatttcctggaaacggaattgctgacatttatcatgaattggctaaaaaggtgctactatcctacaaaatttattttatagtttattcagaagtacttcctttgctttgccaggaacttgtgcattcttgaatttcctctataacccttctgttgctaaacgcaaaaaagaaaaacacatattgtaggttattggttgctagatatgtttactgtgaaatgtgtttagtttcccttttctttttgtggataaacgatacttctgtaatgtcacaggtttaattggctaatatattatgaatgaattacacaatattttttaaagtgaaagattaaatccaagaaataggaatcatattgttgatttgctttcatgtctcaggatggcattagcttgacagagaatgcacatggtgtcaagtaagtttctttattttactgtaaagatcaaaggcacctctaaaagtcaatacttagtatatgtgctatgacaagctttatatctttttgttctgatatcctactatattctcattctgttgtatatattaccttggcttgcatatttcaatttgctactttataccctaacttctatgctatatgatacaaactccatttttaagggagttttcaattacaagcatgaaaggaggttatcggcgggtgttccagcggcctattgattttgagtggtatgccttatcccattgacttttcacttcattagatgaccaaaatcatcaccttttctttcgtataaattctagccctgttccactaaaaaatgctttggtgtgactgtagggaactcatgacttatacagatgacacagcatctttagcagaaactgatttggatgttctgtccagaaacaaacctacaaaagccaaggaagtaaatgagactatatctagcgcgatttcaaatgctcaatcacatgattccaaggtggcaggaccattggatagctctatgccaggtagtgaaactggcttagtagaggaaaagtctgtcggtagctcagatatgttagcaaggaaattggccataaaattagcatttactctaccagcatcctcctatgctacaatggctattagggagttgctgaagacttcaacctcggtatgtttctcaactaatattatattactattcttttactagaatttaaatgatgttaaatggactctgtttatggtgttatgcatagttaagaatgcatgcctacttgagaattcaaatacatttaattatggcagttgcccaacagtattgttaatattttaggacgtcaggagaaaatattgctgaatatttcaatatatatgctattgctctaacatgttaacaaataacaacattcatttcataattaccttctgctcgtctgcaggtcacgtatcagaaaacactcgattgttaattttgttattgacatcaattctttatggggaatcttccaagccgcatcttagaggagttgacatagttaagcaacatgagttggtatggtgtttgaattgtgtttgtgtaatttttatcgcgtggcactaagttattaacttataaatcctgatctgattattgcagtattgcatttaacagcccaaatgaatcggcattgagatataccatgctgctcggcctgctcccgttcggtgcatactgaattgctgatgcacgtttgtgctattgtgggggttaaaaacttgttttgccactagaatatgtggcatgccataatattgtatgaacttttgtaaccaaacagggatattaaagttgagaacccttgcgaggtttccttct</dnaseqindica>

External Link(s)

NCBI Gene:Os05g0509300, RefSeq:Os05g0509300