Os09g0407600

From RiceWiki
Revision as of 07:25, 21 June 2012 by 127.0.0.1 (talk) (Created page with "{{JaponicaGene| GeneName = Os09g0407600| Description = Similar to DNA mismatch repair protein MSH6-1 (AtMsh6-1)| Version = NM_001069671.2 GI:297609449 GeneID:4347016| Leng...")
(diff) ← Older revision | Latest revision (diff) | Newer revision → (diff)
Jump to: navigation, search
Gene Name

Os09g0407600

Description

Similar to DNA mismatch repair protein MSH6-1 (AtMsh6-1)

Version

NM_001069671.2 GI:297609449 GeneID:4347016

Length

9189 bp

Definition

Oryza sativa Japonica Group Os09g0407600, complete gene.

Source

Oryza sativa Japonica Group

 ORGANISM  Oryza sativa Japonica Group
           Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
           Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
           clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
Chromosome

Chromosome 9

Location

Chromosome 9:15031812..15041000

Sequence Coding Region

15038388..15038606

Expression

GEO Profiles:Os09g0407600

Genome Context

<gbrowseImage1> name=NC_008402:15031812..15041000 source=RiceChromosome09 preset=GeneLocation </gbrowseImage1>

Gene Structure

<gbrowseImage2> name=NC_008402:15031812..15041000 source=RiceChromosome09 preset=GeneLocation </gbrowseImage2>

Coding Sequence

<cdnaseq>tataatttcaattgcctccagggtttctatcggtactggacgccagaagtaaaagaattaatatcagaactttctaaggctgaggcagagaaagaggcaaaattgaaatgcattcttcagaatctgattcaactctttgttgagcatcacagcaagtggagacaattggtttctgtagttgctggtaactcttcatctaatgttattttatttctgtaa</cdnaseq>

Protein Sequence

<aaseq>YNFNCLQGFYRYWTPEVKELISELSKAEAEKEAKLKCILQNLIQ LFVEHHSKWRQLVSVVAGNSSSNVILFL</aaseq>

Gene Sequence

<dnaseqindica>6577..6795#tggcgtcgccgtcgtcgcgccgcctcagcaacggccgctccccgctcctccgcaagcagagccagatcaccgccttcttctcctcccccaccgccaagccctcgccctcgccgctgaaccctagggcgacgaagccccctctcgccgtcccctcccctccccctcccaacccgccatccccgccgcaggaggaggagacggcggtggggaggcggctgcgggtgtactggccgctggacgacgcgtggtacgaggggagggtggagggctacgacgtggggtccaggcggcaccgcgtcaggtacgacgacggcgaggaggaggtggtggacctcgcgagcgagaggtacgagtgggccgccgccgccgatgaggaggaggtgaccccgcagccgtcgaggaagctgcggcggctccggcggatgtcggatgccgcaacggccaagtcacctggtgcggtggatggtggtgggggtggggatgagactgcggattccgctgaggaggaggacgaggactggaagaatgatgctgcggcagagaatgattcggaggaggtggagctggatgatgaagaagacgatgaggaggaggttgttgctgtgaaaacaagaaagggaaagaaaaataaccctttgtcgacgtcggcttcgacgccaaaattagcatccggtttgggctcggcttctatttcagggtccacattgtcgaagaagaggagaaaagtcgatgcgggtgcgttggactgcgctaaaaagttcagctttgaaccagctaataccactggaaaagtcgaattgaaagtgccaatcagctgtagccagagtgagtggtagaatctgaattggtgacaagttcagctttggtttttcggtatgtgatttgtttgccattgttacaggggagcagccgttagagaatgctctcaccgctcttactggagaggtcgccgagcgctttgcgcagcggcaagcagaaaagtttaaattccttggggagtgagtaccttttgattgctagtttgtgtcatttgtttgcgatgtaaatagaacactttttagatcttggttgtatatgttttttttttcccaaaacagtcataagttatggttagattggcgaaatctgtacaatagcattaaattagtttgacgaaggcttgaatttattgcaccatacttttcttgaatctttactaagtatctattcctgtcttccacaaattaagctcagtcttatacagtcctttgtcttacaaatacctcactatgtcacacatgtttttctgaagctatatgtaccagtatttccatgctcttccagaaactaattgcaactctgaaagttaataccgtggtagtggctggttgcagcaaactagaaccttaacttgctttaaaagattttcttttttccttttaggagagtattggagtacttccttgtcatgatcaactgatgcaaagtatgttgtttatctaacaatgtatgcactgtagtcttgtcatgctctgattgcctggaggacctcctcatatttgaatatgccattgaagtgtgcatattttccaagtttagtatgttatgccccatatttctcttttttgtcatgctgcatagatagaatatcgcacacccatcttatgtggaaataatggacttattggtggcataaacttcatttgatcaatttttcttactttatgtaattgttttcaactttagagggcgtaaggatgcgaaagggagacgacccggaaaccccaactatgatcctagaactctttccttgccttcccagttcttgaatagcttgacaggcggacaggtattagttccttgttaattatacatctcacttctactctggacttgcatctcttgctaactcttagaatggatttaatagaggcaatggtgggaatttaaatcacagcacatggataaagttctgttcttcaaggtacaactatattttgtaacagttgtggaatactaaagttaaggctaccttgtttagtaaatattctatgaatttgaaatagatgggcaaattctatgaattatttgaaatggatgcacatgttggggcaaaggagcttgatcttcagtatatgaaggtagtaaattctcttctgcttattcagtatactgctgtcactgcacaatccagcttttgttttaattcttatggcataacggttagtatttactcattttggatcatatcatgttagggtgacaagcctcactgtggattcccggagaagaattttgaattgaatttggagaaattagctaagaaggtcagatcatgtttgatatgattttattcttccatggaaaataattacatttttaataagctaacagagttggttgcatcacagggttatcgagttctggttatcgagcagactgaaacaccggagcagcttgacctccgccgtaaagaaactggtgtaaaagacaaggtttattttaagtctcatggtctcaccagtgctacctctttttgttccaatatgcaaatacattgtcattacagaactatgacatcgatttaaatctggaactttttagttatattcagtttacatatgattattcttttcgggaaacatgagtaatgttgttcttgtggttggtgtgctttactttgaaggttgtgaggcgtgaaatatgtgcaatggtcacaaaaggaacattgacagaaggggagtctctgctggcaaatccagatccatcatatctattttctgtggctgaaagttatcagtgtggttcagagaaggatcaagatggtcatacaattggtgtttgcatagttgatgtttcaacaagcaaatttattgtaggacaggttagtgactctaggagactagggttcattttcatttgcattaagtggataaatttcttaaaatcaatgctattgattgggtacccttgtgtcaatgtacacttgttgctttcagttccaagatgatgctgaacgccatgggctatgttctattttatctgagattaggcctgcagaaatcataaaaccagctaaaatgttgagtccagaaactgagaaagcactgaagagcaatacgagagaccctttaataaacaatttgcttccatccatggagttctgggatgcagagaaaactattcatgaaataaagcaatactattgctcattggacacacctggtgccggtgcacaaatcagttctgcctatctgcctgagctattgagtgagctaattgaagcgggagacaaaacatatgcactttctgctcttggtggttctttgttttatttaaggcaatcccttctggatgagaaattgcttccatgtgctgagtttgagcgccttacatgctcagggctcaccaaccctatccgcaagcatatgatacttgatgcggcagcattggaaaatctggaaattttagaaaatgcaagaaatggtggtctctcagggtatttcctgctttgctctgttagttttctctagaaactatattcttatctcattatctcaagatactcttgctttcttgcaggacattgtatgcgcagttaaatcattgtgttactggatttggaaaaaggttgcttaaaaggtggattgcaaggccattgtatgaacgccaggcaatactacagcgtcaaagtgccatcgctactttcaaggtttctgtttgtggaaagaaatttcctacaaataaaattttcttttgttatttggaaaggagtctttaaaatgccttttgcaaaattgcacaaataaatcaaaaatcagacctgtacatgaccacgcatcgttcgtgttttcatttttaggcattgttctccacttgagcagaaaatagggagcctttccttctttttatttttcagcatcagtgtgtgccaggggagagtagtattaatgagtttgaaaggcatgggatggaaaattattgatgacacctcaggttcattaatccttactaggaaacatgaaaaccgataattattcttgctttgctggcaattcactatttgctatataagtacagataggagtttcttaaacctatagcattttctcctttttaatagtgaagtgccttcaactgttatatatttatatctgtgaatatctacatggacgggaacttcacgaaatatcttcatctggttattttattttaatgaaatgcttctataatatggaagtaataaagcactgcttctgtcaaaataaaataaagcattatattttgcttgtgttccttcaatgtgatcacaatgacttctttttctttcttttgtgcgattaaattgtttccacaattttggatttttgtcaagcatgatattatctgatatctttcagtatgttatattagtttgaattttactcttggcatttacttgttatggtcaaggcatcaagtgctattttacacatacctccatgtacttggcagtggttctttatcttattgcttaggaaacgtcacatgatgatgctaagtaacttgaatgaaacactcccatcacaacgtgaatcttattttttagccttggggacaatcactgtttaatgacctttgtgaagtacaatgtgtctattcacagttggataatatcaattaaactgtaaaatcattcatgttgaaaacagaatttatgaaattactcgctgtatatacaaagtatcagtcttctgtacataacgtttattttgtgtaccccatgtttatcatgcaactgctcgtttttatttatagggatctgggcatgaatgtgctatccaattccgtaaggatctgtctcggcttccagacatggagcgcctacttgcacgccttttttctagctggtaatttagtattatatgatatgcttaataattagttgaaatatctcaatgtaataagctggatttatgtgccttttggtttgatcattcattgcaatcttactttttctactctctctctcggtgtcttactttttctactctccgtgtcattctagcaattttcaaacaaaatatgtagctatggttaattaccaagctacccctattaattacagcagtactaatactcctttgagttgaaggtgtggattacaatgagtggtgtagatgcattgatgaggggtagagagggaagatttagccaaaaaatgctttggaatgtgagattgacagtattttgacataaagaaaaaaactagaaagacaagtaatttgaaacagagggagcacttaaactctgcaatctgctagctcattgtttaatctgaatgcttaaggctacaacttatttgcagtgataagaatggaagaagttcaaagtcagttgttctttatgaagatgcatcaaagagactgcttcatcagtttactgctgctcttcgtggttgccagcagatgttccaagcatgctcttctattagtatgttgacaagcacagatggatcttctctattaaatgatttgttatcactaggtatgagctgagtaactgaattctctcactagtttctcagtgcacccatatgtgactcttttgatcttcaatatcatttccgttggtctggttgcttattacattgtttcaattacatttattgtgtaatgtgaggttgcatgtgttaactgtttacaggcaaagggctaccacatgtttcttctattctggaccacttcagagatgcatttgattggtcagaagcagacaggaatggtcggatcatacctcatgaaggttgtgatcctcaatatgatgctgcttgcattgcaattgaggagattgaatccagtcttcaaaaatacctgaaggaacaaagaaagctattgagtgattcatcggtagtgcatgtcatgcttttcaaagtttccatagtttaatactcattggcaatttttaataactagtgagcaacggtgcaggtaaaatatgtagatgttggaaaggatacgtacctccttgaagtgtctgagaacctgcgaggttctgttccccataactatgagttgcagtctacaaaaaaggtaatgaaaaggtgttttcctgtacttgtgcctagcctttcagcctgtccattttttttgtttatttattttctttagttggatgacttgcttgatatttttgtttcttccaaaaactgatttgcaaactcttttatcaatgctgattaaattctgaaacaaggagtttacatcaatcatgaatgatttgtctgaatgaaagtgatctaatgaactcagaattttaatgaagtccatttatctcctattgccgtctgatcttcttgccagcatggtttgttttaagatacaatgaccgtctggatatgaagcctgagtgtttacatttatgctacttttcttttatctttctttcagtttttgttatatccagtatcgatgtatagtgggttgtcttgtagtcaccttacactaaagtactagttcatttatcttactttgcctgaagacatagtgacaatgtattgtatagacctatagatgtttaactcaaactggcattatccattaagaattgaagttctaatataatttcaattgcctccagggtttctatcggtactggacgccagaagtaaaagaattaatatcagaactttctaaggctgaggcagagaaagaggcaaaattgaaatgcattcttcagaatctgattcaactctttgttgagcatcacagcaagtggagacaattggtttctgtagttgctggtaactcttcatctaatgttattttatttctgtaaccaattgtagttttaacttagatgagcagtactctgtgccactcttctaattctctgttgtctgactgctacctatccttttcactttactctgatctgccatcttatttgaaaagagatattgaagatgctggtactgtatttgaaaacaaaaactagctgctaggtagcaatgatgatatcaatttctaaggacatgcttagtacaaaaaagattactttgtaattcaactgataacatgatgagtatgaaaatagcaatagtgatgtttacaatagtttacacatgattgtattgattatttgattggttcttgaggagtaagattagtagataactgtgacttgtaatgtgatgcatagttaaaagttcttatcaatggcccacattcacatgcattatattagtgggtctctaaatgctacctttggttttaacatgcagagcttgatgttttgattagtcttgctattgccagtgatttttttgagggaccaacttgctgtccaattatcaaagaatcatatggtccagatgatactcctactctccatgcaagaaatttagggcaccccaccctccgaagtgattctttaggcagtggatcttttgtacccaatgacattaagatgggtgggcctggaaatgccagctttattgttcttactggcccaaatatgggtggaaaatcaactcttttgcgtcaagtttgtcttaccataattttggcacaggtaaccaattttattatccatcaacattgcttcctcacacgcagctcaatttttattttttatttttgcttcctcacacttcagaattacttcaaatttgtttggcagattggagcaaatgttcctgctgaaagctttgaactttctcttgttgaccgtatgtttgttcgaatgggagcaagggatcatattatggctgggcaaagtacgttcttagtggagctcatggaaactgcttctgtgcttgtaagtttctcctccctgatatgaatggcaaacattaattttcatgttcactgatctaatattttgtgtgccactttttcttcagtcatcagcaaccaagaattctcttgtggctttagatgagcttgggcgcggtacatcaacctctgatggacaagctattgcgtatgttgatttaaaagatcatagcattgagttattatgtactaagatatctcattagtcttgttgctgtgttttatgctccctatgagaatattaattgagtttattaatttgctcagggcatctgttctagaatatctagttcatcatgtgcagtgcctaggcttattttcaacacactaccataggttagcagcagaaaataaggatagcaaggtaattgattcatatcttgtaccctgaatagacattatttatgcactgaattgtggaactgaatatcgcacatctcaggtatcactctgccatatggcatgtgagataagcaagggagaaggaggtttggaagaagttactttcctctacaagttaacgcctggttcatgccccaaaagctatggtgtaaatgttgctcgattggcaggttatttccaagctaatattttggctacggcttttactcaaaattctctagcaaatctaattggggaacaggtgccaaatactcaaacttgtatcttgatatccaggaatacctgcatcagtgcttcaaagggctaatgagaagtcaagtgacttcgaggccagttacgggaagcgacccggtataacaaagaataagcccagctgtgcacaggaggataaatttgccgccatcaaggatctgttccgcgtcgtgaaggcaatgcatcatcgggaggatcatgcatcaagtttaggcatgctccatgaagtgcagaagcgtgctaaggtgcaggtcattggagaataagcaattgctttgcccatcaatttaatcgagggctgccccatttttgccaccttggtgacctttttttctggattggcttcattttgagagtgctgtgttgtgggcttaatgcactcattgaggaatcttcaaggttcttgaatctgctgctactgtttttttttccaagttcaaatgaagaagtgaagaactgggtctggatacatggattgcccatgtaaatgttccttgcaacatttctccgcactctctactgcagccccaaggatgatcaccaggtgggtgtttagctatgtagtgactactgaccgagtgcatgactataagagggaagaaatgcttggtagatggttgcaatgtttggtaattgtaaactgagctctgccagtattttcccactttgtaactacatggtagatggctgcaatgtttggtacatcaaccgtgcaaattttactggaaattactggttcttg</dnaseqindica>

External Link(s)

NCBI Gene:Os09g0407600, RefSeq:Os09g0407600