Os09g0436400

From RiceWiki
Revision as of 07:26, 21 June 2012 by 127.0.0.1 (talk) (Created page with "{{JaponicaGene| GeneName = Os09g0436400| Description = PDZ/DHR/GLGF domain containing protein| Version = NM_001069793.1 GI:115479328 GeneID:4347148| Length = 10066 bp| De...")
(diff) ← Older revision | Latest revision (diff) | Newer revision → (diff)
Jump to: navigation, search
Gene Name

Os09g0436400

Description

PDZ/DHR/GLGF domain containing protein

Version

NM_001069793.1 GI:115479328 GeneID:4347148

Length

10066 bp

Definition

Oryza sativa Japonica Group Os09g0436400, complete gene.

Source

Oryza sativa Japonica Group

 ORGANISM  Oryza sativa Japonica Group
           Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
           Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
           clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
Chromosome

Chromosome 9

Location

Chromosome 9:16702924..16712989

Sequence Coding Region

16704350..16704437,16704527..16704547,16704636..16704700,16704803..16704935,16705069..16705196
,16705281..16705565,16705753..16705883,16708062..16708179,16711129..16711221
,16711987..16712052,16712147..16712229,16712304..16712416,16712668..16712714

Expression

GEO Profiles:Os09g0436400

Genome Context

<gbrowseImage1> name=NC_008402:16702924..16712989 source=RiceChromosome09 preset=GeneLocation </gbrowseImage1>

Gene Structure

<gbrowseImage2> name=NC_008402:16702924..16712989 source=RiceChromosome09 preset=GeneLocation </gbrowseImage2>

Coding Sequence

<cdnaseq>atgatgagaaacaaccaaaacacacaagtagaaggagcaagcgcaactaagaagcggaagacctcatactctaactccaacagagaagattcgtcaccagttgtggatggcctcacacgcatattgcgcagaaatcttctcccccgtggttatcctatgccatctgagttcactgatggtatgcacatggtgaataactttgaagaatcttttggagacttggatgactgcaatgaagaatacagcaaagttaatttagttgctctaagaatatctcagtccgttgtctcacttgcttcgtttaaggggcgaacgagactgtttgcatgcacgggtacaattatggagtatggaccatctaaaatgagcattctgacttccgctagtttggttagatgcactaaagatgaaaacaagacagatgaaaaattaaagattaaggtgcgcctacccaatggcaagcttaccgaaggaaaactgtggaactatgatttatattataatattgctgttgtcaaaatcaagtatttcccagaacttagtacagcacagatacataatcaagggcaatctaatgttaaattatctcaaagtaaactggtcgctgttggacgtggctatgaatctggagaactaatggctacaggtgggacactgctgtacaaacctagcaaacttgactgcaaggaactcatgacctccacttgtaagatcacaaaggctgggattggtggtccccttgttgggtttgatggaaactttgttggcatgaacttttgtgataagaaggaaactcctttcttaccaatcaatataattcggaaatgtttaaagcactttgatatgtttgggagagttgttcagccatggcttggcctgaggattggatcactgaaacatgaaaaactggatatccgtgaacaaatacatggaagcttctccaacacaggtggcatttatgtaaaagaggtttttgatggatccccagcagcagattctggaatcaacgttggtgatgttattaccaagcttgatggagtcgatctattccatgcacaagagttctatgagcttattttggggaaatcagaagatattttgcgacgtgatgaagagatgcttttcaaggtgtctattctaaggccaagtaacggtttaaccttccgtgcaattgtcaatgctgaagtggttgacatgagtaggaagaacagatggcctgtacctaaggcggagtggctatatccatgtacggacgatagatgtgatgaaattgtcgcgcctgatccgatagttattcgaacctgtgaagatagctattatttacccgcccttgatgagtctgaactaagactatattacggtgaagaatga</cdnaseq>

Protein Sequence

<aaseq>MMRNNQNTQVEGASATKKRKTSYSNSNREDSSPVVDGLTRILRR NLLPRGYPMPSEFTDGMHMVNNFEESFGDLDDCNEEYSKVNLVALRISQSVVSLASFK GRTRLFACTGTIMEYGPSKMSILTSASLVRCTKDENKTDEKLKIKVRLPNGKLTEGKL WNYDLYYNIAVVKIKYFPELSTAQIHNQGQSNVKLSQSKLVAVGRGYESGELMATGGT LLYKPSKLDCKELMTSTCKITKAGIGGPLVGFDGNFVGMNFCDKKETPFLPINIIRKC LKHFDMFGRVVQPWLGLRIGSLKHEKLDIREQIHGSFSNTGGIYVKEVFDGSPAADSG INVGDVITKLDGVDLFHAQEFYELILGKSEDILRRDEEMLFKVSILRPSNGLTFRAIV NAEVVDMSRKNRWPVPKAEWLYPCTDDRCDEIVAPDPIVIRTCEDSYYLPALDESELR LYYGEE</aaseq>

Gene Sequence

<dnaseqindica>1427..1514#1604..1624#1713..1777#1880..2012#2146..2273#2358..2642#2830..2960#5139..5256#8206..8298#9064..9129#9224..9306#9381..9493#9745..9791#gccgcgagcagcgccgccgtcgcgtcgcgccgatctccacatcaccggcggcgacttgcgagcaccgtgccgggcgcctactgcttccggcgcgtactcgactccttgcgccaaagtcaatctcccctcgcaccgtcttctcggcctcagactcccttctccgactcgctagttcgccccgccccgccgcgcctcgccctcgcctcgccgcctgcgccggtttccatccatcccgcgacggacgggagcatccgtcgggtgccgtcgtcctgctgcctccgcctccggtgagcacccgtgccgaaacgcacacgcacctcctccctttcgaatttgcctgttaacttctgttctagatctggaaactaggttaggacaggttttcctctttgtcttgaaccttaattattagtatagcagttttcccccgccaaaataatctggggggtttcaactgtaacccccatgaccaacgttaggtccgcacctgttgcagaaccttgttttcttgctgacttcaatttgtgggttaggtttaatgcatgatgctgcagcatctatgcacacgatttcctatgccccactttgtagtgcaatcagttgagaaaaaaaaccatggcgtagaaaatgcgtgttgataatcacagttattttaatatatatttttacttcaaattgcagttggaatgcctgcctgcgtgcatatgatagtcatcggctcttatatatttttatgtcatctcaagtaagcggtacaattacagcattctcatgggaattctgtagacagttggtacttataatgtagtaatatgagcataatatatgcaatcagtagcaagtattttgttattttcaagttcattcagtcggcacataagaactgtgctttattaaaagaaaggaaagctatgccatcatgtactatgggtataggagaatatgagagatgggattgagaggagttgctgcattactcctcaatttacagaaaagagattggctgtggattttaaactccaaacatacaacgatataccatagcttctattgcatctgatcattggatagtataagatgttatgatatcttcataagctatagtatatgatctaataaactcaaaaatgcaccaaattattaaacaggtcattactcattaccatgttaagtactatcaggtactactccctccgttccacattaaaagaggttttggcctctccatcccttgtctagattcaccaatatccacatgaatttggacacatatatgaagcacatacattgaatcatgcatgaatctattcaaaacccaaaatgttttttaaggtgaaacagaggaagtacactgtttagatggccttttataaattataacaacatctcgaattgttttggctcttatccatgaaaggttcggaagatgatgagaaacaaccaaaacacacaagtagaaggagcaagcgcaactaagaagcggaagacctcatactctaactccaacagagaaggtgaacaaagtgcaatcacttcgggctcttattcttttctacactaattccaattagtgttaatactctttgttgttcattatttgcagattcgtcaccagttgtggatggttagttttattttggcacatttcatctatcttcttgtatatggctttttattattaattgtgtcaccttttcaccctgttgcaccaggcctcacacgcatattgcgcagaaatcttctcccccgtggttatcctatgccatctgagttcactggcaagtacttgtgttttgatccttcacttcctttctttattttgatatatgtttcttggaattagttacataacacatgttatcccgtgtttctttgactagatggtatgcacatggtgaataactttgaagaatcttttggagacttggatgactgcaatgaagaatacagcaaagttaatttagttgctctaagaatatctcagtccgttgtctcacttgcttcgtttaagggtaataattcactgtctcagcatagacaccaatcaagacaaacagggtaacctacacagagggtaggggataaggagttcccatctgtgtagttccatcacaaattggtaatttaaatgttagtcctgtacagggcgaacgagactgtttgcatgcacgggtacaattatggagtatggaccatctaaaatgagcattctgacttccgctagtttggttagatgcactaaagatgaaaacaagacagatgaaaaattaaaggtcagcattcagccatattttctcttctgttacttctttatggtcttagcttcatgagatgatattgttgtcacttggttgtagattaaggtgcgcctacccaatggcaagcttaccgaaggaaaactgtggaactatgatttatattataatattgctgttgtcaaaatcaagtatttcccagaacttagtacagcacagatacataatcaagggcaatctaatgttaaattatctcaaagtaaactggtcgctgttggacgtggctatgaatctggagaactaatggctacaggtgggacactgctgtacaaacctagcaaacttgactgcaaggaactcatgacctccacttgtaagatcacaaaggtattacctctcatttatttagtactatggatagattatgattgcggttggtttatattgttaatatgcatattattcacgttgaaccgccttttaaaaaaagatcatatggaaagacattaatagtgcagtttaaaatggaatctgttatgcagcagttgttcaccatcattttattttgttacaggctgggattggtggtccccttgttgggtttgatggaaactttgttggcatgaacttttgtgataagaaggaaactcctttcttaccaatcaatataattcggaaatgtttaaagcactttgatatgtttgggtatgttttctagttcttattaatgtacttccaataatcttcacttgcaatcatgtgtgctaatggacaaatttgttctccttgaccgtccactctttgaacactagcttgattgtggagagattatgtcaggactcgtgatggaaatacttgttggcttgtttagttgatacttagactggtagtttattgcttaaataatttggataggtcaaaactcaaaaccaacattctaagatgagtcatcatatcctgatcaatcaaatttgcattgccattttcttttaagcgagttgtagtgaatgcaaaaaaattgtattggataaatgctgtgagctcctcagtttcctttcaactgtcagaaccatttttactaagcaagaattatgaattactatgcagtatgactcaaaagctgaccaaccttagtttcatggcttcatctttcccctgagatccatccacccttgagtcattgccatctggcactactcagtgcaatgtttatgcctattatgaattagaccattttggttggtacttggtctgaaagatgaaatatttacaaataccatcgcatgtgtcattgacatgtgggccctggtccaaagtgtcattctcacatgcaatggtatttacatctttgtgatggtacaaacctatttttctcaatgaatgattttcataacatttggtatctgagcagttgattcatggcatttggtatctgagcagttgatcctgcacgccttgtactgctaattatccctttgataaagcattggctgtatgcagaatacccaaatggccgtgccattgctgccaatatgttgggatttgaggattcctgagtttgacttattgcatgtctcgatttcctttaacgtgccaataagttatatacaacattaagatgaatttacacaatagcatgaataaacaaagacaagcttctataagttttggccacatatggtcgaattcggcaaccaaagtttacatgttttcctatatgtcatggaatatggttcagtatatttttcctgtgaaattcctactaaatgaaaccaatcagggcttcaggactaatagaaaccccaagtgtgttacagaagagcatgaataaataaatacaaatttctgtaaaatttggccagatatggtcgaatttggcaacaaagttcatatgttatcctagatgtcatggtacacagttcactatttttctttttgtaaagtttctactagttgaaaccaatcagggtttcaggactcagagagtactccagtgtgttaaatccttcagtaagctttaagcaagtgagatgtctcatattatttcctttttaactttggctagaaattcgatttatcatgacaggagctgatttttttatcttgtttcattgattatcaaatgtataaaatgtgatattgcttgtgcattacatgctttctctggtggatgtaccaagattttttttatggtacaacttttgcattgttgcggtgcaattgtacagccctgtgagatgccaccccatggtttgacttggacaatgctgttcagtggttcatttgttgggtgtaaaatagaatggctcagttagtgataggtgatccatcgcatcacaattcacaacaagcaggacatatagatataattttcctgctacctcagttttccctttgtgatggctgctacctcagttttccctttgtgatgggatctacatccataaacatcagcagcacactgctctgccaccttctcggatgttcagcagtgccacaatcgctgcatagcaggctcgttggactgccaactactgagaagaggaccgacaatactcataatctccataattacattctattaatctgagccgccagactcagctgtttctccaagccattagcagtcatcaagtgtagttgcagtccccatactgagcaaatcactgttcctccagcagtccgctagtcccaaaactgcttagcctggttctttacttatgcgggtcatttgcacaaaatctatttgatgtgttgaacctatatgcaattttgtatagttatgttttctgtattgctagtttattttaaaattattcaatgtagtccgagtgcctcagtctaaatatttcaatcatctgctaaattttgagatatatgcaggagagttgttcagccatggcttggcctgaggattggatcactgaaacatgaaaaactggatatccgtgaacaaatacatggaagcttctccaacacaggtggcatttatgtaaaagaggtgaatatccattcaatatattcgacatacaccagtttgctgcatttttgttataatatttctttttttgtcctattttcttcattacactgcttattgggaccaaaattcaatttctcagaaaggaacctttagtgtaggtgatccagcccaggactcggttgataagaattggctgtattccaattactcgcttttacttaaattatatctcaagtctaatccatagcaatagcaaaatacatttttataaggcatgattaacgcaagcaagaaccatcagtaagcatcgataaaaaatcattaattaaataactagggcaccatggtgcctctgtacacagaaagtaggtatttttttttcctaggtatcatgctatagaaatttgtttcttttttggttctgggtataaagtttaacctgtttagaagttagttcaagcaagtttgatatgaactttagaactatatataacgctttcttttagtgagtgttggtttgtaagtatatgctgatttctttataaaaacaatgaattcttgaaaactctttcaattgaactgttgtacccaaggttgtcatgtcctaaagtctagttgagtcagccctctacagacttgcctaactatcaaagactagttgttgaatgacttgtcttgggctaaatactacatatgtaccagttgcctctattaatatgatgtcctctcctcacctttccaccaggcctctcccaagtgaggcccagtttgctccttagtggctcattgtttctgcctttgctccatagcgtcttctgctgtcaacagtggcggagccatcgggggtgccggagggggccagcacccccctatccgaccccccctcctctacgtataagaccaggtataaagtgtcagttagcccattagcaaatctagaaaaaacgtcagccaagcaagaaacatgatctataaaattaattaatgagagagattagagaagcagcgaatgcctcatgttcatcacttcagttttgcacccgtatgcgacagcgatgcacgcacgtctccgtcctcccatcctgtcttgccgttgagcacgcaccgatggctgtggcctgaggtctgatctctcttacaatatagcaatacctaaatacatgacctttagtttatttcctatccctaatccatagattgtagtcagactgagtactcagtttgtgatttctcatcttttcaaaataaaatagaagatgcttatttgtgagattcttggtagtttacgttgaaacgatttagcaataactaaggactagtttcaaactgccagtgatattattaaagagctaaaatttaagttttttttaaaaggactagtttacgcgttgattgttatcgacagtgaatatttggcctcatttgctatcgacacttgttaggtcctatggcttattcctcaacacatcccccccccccttcacatcctggcttcgccactggctgccaacaagtcaagttgcggccctcaagttgtgcctccctggctgtgtgtataccctaacaaagagaaatctaaaagttatagtcaaatcttagttgaatgtgcacatttgatgtcatgttgccaccttcagctttcttgtattccataatccagacaacgacaattcatgggccattaaaagacttcttcctttcttgcttacaaggtaccatggcggcccatgtctcttagtcctatgcgtctctgaaatcactatctactattcattggttcctatttttggcttagagaatggacaagtatcccagtagtttcgttccagcaacatttcagtctaaggtacctacaagtgggaacatgcttactagtggatttagggagttgtgatattggcatggttagctgtaaactttaatccttaaaagagggttaacttgagatgagatgaaccttcaaggggagatctgttaatggtgaataatttcatgcttgcattccaggcctgaggaagggatgtaacacatatgattgacatagtttctgatatatttaggagtatgggagttgttaccctgtttgtctcgattggtgtctatgctgagacagtgagacataaaagatgaattttgctatggtgtgcaactatctgaactaggagtgatactcctggggtcgctgtagttattttcttgtactaatatcactcacatccaatacatgaatgtggcattccatagaacacttgcataagatgaggcgatgagaagcagcatggtttatgaatgagtttgatattgattgataaaaaaatcaatgatagaaagttgggtcattgtactgatctggtgaggggatcgtgtggaaactggcagattacttgttttgaattcaatggattattttagtagtgaccagtcaatagccagcgaaccactacctggccttttgtgtgggcggtctggtttcatatataacactctggttggtactgttcaatgggttcccttatgtgtatctctttttttaggttcgcttttatctgagatcatagctgcaatgtggcagaaaacttttctgttttctgatgatggacggccattttttaactgctcctattggttctcatacaaatttcgatcatttatccaaatcatttttgttgttttcctcaagatggtatatttaatttaacttgcagaatctatttcgttggctatttaaacattcataactttcttggttaaatattagcttttcataactttgtttgaacaatgataaaatgaggtatccatgttagctttgatgccttgtcaagtgctatgctaaatcctacttgagttagaacaaaaaaaaggcttagcatctatcttgtccaaataagcgggttgactgtgaacataattagggcttctatattaattttttgtgtagtacttacttcaaaatttactcgataggtttttgatggatccccagcagcagattctggaatcaacgttggtgatgttattaccaagcttgatggagtcgatctattccatgcacaagaggttctgtttcaaaagttctttgcctggaaattctagtagttaatcttaaaattgttttggaaaatcaaactgatttttcattgtggttcttctgactaaaccatttgcattttgtcccaagcaaaatctactagccaaactgttatagtgctattacctgttccttccattttattattcacatccaataattttcactatgtgaaaactatactgttaagagttcactgtgataatatattgttttggtgaacatgtgaaagatataagttcttttcatgatgtgaagtttcactgttagtagatcgctgcaggattccaggatgtaacaaaatgaaaaaaatccagtgcatgtgtataatctgttgtagcataatgtttacttactgcagactagagttttcttttcagtgcatgcggtctttttgttggatattttcttcataattcaatttaatatgtttactttcacaagtgagttacaacttacaagttcagagtaaaacctagcatgatgacttagtgttttccatctttttgaaatagctcaattagtatctggtaccattgcaataatcttaatttgcatgtctgcattttttttgggtaccatttattttgtaatgtaggcaatagaagtcaaaatgtgttggtaagataaggtagtaacgatgtctttacttgctgtatgtatgcaaaacagaataatacatgtttgcatagtttccctttttgatggatttcagctctaatttttcttatcagttctatgagcttattttggggaaatcagaagatattttgcgacgtgatgaagagatgcttttcaaggttagctgcagtgcatgttctaaggatttgttaattgttataacatgcgtacattaattattttttatgacattctattgcatatatggaataggtgtctattctaaggccaagtaacggtttaaccttccgtgcaattgtcaatgctgaagtggttgacatgagtaggaagaacaggtttatcctaacgctctacagctagtcttgcaaatttatgttctaatgtttgtattatgtctcttaattgacagatggcctgtacctaaggcggagtggctatatccatgtacggacgatagatgtgatgaaattgtcgcgcctgatccgatagttattcgaacctgtgaagatagctattatttacgtaaggatcttatttcttacttttcactatattataatagattaatgaactaaaatgcgtcaaatatataacattgatatggcctctgtcaatttgaatgaatttagtctgtactgcagcttataaagctgtcccatactatcagtctaaactgcatgaaaaccacactctgtttctaacattttttcttgttacatgacgttaatgttttacaatgtgtttaaacactatttttttgccatatctttcagccgcccttgatgagtctgaactaagactatattacggtgaagaatgaggtggagaaatcttgcattaatcgagaagaaatcttgcattaatcgagaagatatgctgagatacttaatggaacatgcaccgcaagtttttgttgacattcatatttggcaactgaatagggctacaggagtgaaaaaaaattgcatgtctactaatattagcaaattgcatcctttgccagctgagtaatatgaattgtgttaatgcggagttgttccagcaagatgttttgtttggcttttctgtttttaacaagtttatgaaagcttgggt</dnaseqindica>

External Link(s)

NCBI Gene:Os09g0436400, RefSeq:Os09g0436400