Os06g0143900

From RiceWiki
Revision as of 09:03, 24 June 2012 by 127.0.0.1 (talk) (Created page with "{{JaponicaGene| GeneName = Os06g0143900| Description = Similar to Coatomer protein complex, beta prime| Version = NM_001063314.1 GI:115466359 GeneID:4340097| Length = 8815...")
(diff) ← Older revision | Latest revision (diff) | Newer revision → (diff)
Jump to: navigation, search
Gene Name

Os06g0143900

Description

Similar to Coatomer protein complex, beta prime

Version

NM_001063314.1 GI:115466359 GeneID:4340097

Length

8815 bp

Definition

Oryza sativa Japonica Group Os06g0143900, complete gene.

Source

Oryza sativa Japonica Group

 ORGANISM  Oryza sativa Japonica Group
           Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
           Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
           clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
Chromosome

Chromosome 6

Location

Chromosome 6:2319838..2328652

Sequence Coding Region

2320326..2320345,2320800..2320911,2321101..2321245,2321362..2321468,2321581..2321674
,2321761..2321957,2322320..2322391,2322513..2322627,2323069..2323185
,2323262..2323353,2323454..2323630,2323755..2323829,2323920..2324060
,2324680..2324868,2325307..2325372,2325454..2325604,2325727..2325795
,2326302..2326450,2326535..2326666,2326765..2327090,2327176..2327212
,2327935..2327988,2328112..2328174,2328298..2328318,2328473..2328475

Expression

GEO Profiles:Os06g0143900

Genome Context

<gbrowseImage1> name=NC_008399:2319838..2328652 source=RiceChromosome06 preset=GeneLocation </gbrowseImage1>

Gene Structure

<gbrowseImage2> name=NC_008399:2319838..2328652 source=RiceChromosome06 preset=GeneLocation </gbrowseImage2>

Coding Sequence

<cdnaseq>atgccgctcaggttggagatcaagaggaagtttgcgcaacggtcggagagggtcaagtcggtggatctgcaccccacggagccatggatcctgtcgagtctttactccgggagcgtgtgcatctgggactatcagtcgcagacaatggtgaagtcatttgaagtttcagaattgccagtgcggtcagcaaaatttatttcacggaaacaatgggttgtagctggtgcagacgatatgttcattcgtgtctacaactacaacacgatggacaaagttaaggtttttgaggctcatactgattatattagatgtgttgcagtccatccaacacttccatatgtgctttcatcatctgatgacatgttgataaaattgtgggactgggataaagggtggatgtgcactcaaatctttgagggacattcacactacgtgatgcaagttactttcaatccaaaggatactaacacttttgcaagtgcatctcttgaccgaactacaaagatatggagtttgggttctccggatccaaatttcacactcgatggacatcaaaagggtgtgaactgtgttgactacttcactggtggtgacaggccctatttgatcactggttctgatgactccactgcaaaggtctgggattaccaaacgaagagctgtgttcagacacttgaaggacatacacacaacatttctgctgtttgtttccatcctgagcttcctataatcattactggatctgaagatggcacagttcgcatatggcattcgacaacttacagacttgagaacacgctaaactatggtcttgaacgagtctgggctgttggatacatgaagggttcaagaaggatggtaattggttatgatgagggaactataatgataaaaatgggacgtgaagtacctgtggcaagcatggataccagtggaaaaatcatttgggcaaaacataacgagatacagactgtgaacatcaaaactgttggtgcaggctttgaggttacagatggggaaagattgccattggctgttaaagaattaggaagttgtgatctttacccacagagcttaaagcataaccccaatggaagatttgtcgtagtttgtggagatggtgaattcataatttatactgcattggcttggaggaataggtcatttggatctgcattggagtttgtttggtcatcagaaggagagtatgctatcagggaaagtacatcaagaataaagattttcagtaaatcatttcaggagaagaaaactattcgccctacattttcagctgaacgtatttttggtggaatattattggcgatgtgttccagtgatttcatttgcttttatgactgggctgactgtagactaatacgccgcattgatgtgaatgtcaaaaacctttattgggctgatagcggtgacctagttgcaatagcaagtgatacatcattctacatactgaagtacaacagagatgtcgttgcgtcttatctagaatctggaaaacctgtggatgaggaaggcgttgaagatgcttttgagctgcttcatgaggttaatgagcgagtgcggacagggatctgggttggagactgctttatttataacaattcatcatggcgcctgaactattgtgttggtggcgaggtcaccacgatgtatcacttggatcgccctatgtacttgttgggatatctagcgaatcaaagccgagtttatcttattgacaaggaattcaatgtcatggggtacacattacttcttagtttgattgagtacaagacacttgtgatgcgtggggatattgaacgtgcaaatgatattttaccatccataccaaaggcgcaatataataatgttgctcatttcttggagtcaagaggtatgctggaggaagcacttgagatagctactgatgctgattacaggtttgacctagctgtgcaacttggaaaattagaagttgcaaaggctatcgcgatggaagcgcaaagtgaatctaagtggaagcagttgggtgaactggctatgtccacaggcaagctagatatggcggaagagtgccttgtgcaagcgaaggacttaagtggcctgttgctactatattcatctcttggagatgctgagggaatcgagaagcttgcttctcaagcaaaggagcatggcaaaaacaatgttgctttcctctgtctctttatgcttggtaaattggaagattgcatacaattgctgatagacagcaatcgtatacctgaagctgcgttaatggcacgttcttatcttcccagcaaagtttctgagatagtagcaatatggagaaatgacctcagtaaagttaatccaaaagctgcagagtctctggcagatccttctgagtatccaaatttatttgaagactggcaggttgcacttactgtagaaaagaatgttgcttctcggagggtccattatcctcctgctgatgagtacttgaaccatgctgaaaagtcagacatgactcttgtggaagctttcaaaaggatgcaggtcattgaagatgaggaaacagaagatgcactagatgaaaatggagagcccgatgaagaggttttggaagagaacaaagtggaggagagcacagatgaagctgtcgaagttgatgctgatgagcctgaagagaccgttcttgtaaatgggaaagagggtgaggaacagtgggtgctaactgaacatgagtaa</cdnaseq>

Protein Sequence

<aaseq>MPLRLEIKRKFAQRSERVKSVDLHPTEPWILSSLYSGSVCIWDY QSQTMVKSFEVSELPVRSAKFISRKQWVVAGADDMFIRVYNYNTMDKVKVFEAHTDYI RCVAVHPTLPYVLSSSDDMLIKLWDWDKGWMCTQIFEGHSHYVMQVTFNPKDTNTFAS ASLDRTTKIWSLGSPDPNFTLDGHQKGVNCVDYFTGGDRPYLITGSDDSTAKVWDYQT KSCVQTLEGHTHNISAVCFHPELPIIITGSEDGTVRIWHSTTYRLENTLNYGLERVWA VGYMKGSRRMVIGYDEGTIMIKMGREVPVASMDTSGKIIWAKHNEIQTVNIKTVGAGF EVTDGERLPLAVKELGSCDLYPQSLKHNPNGRFVVVCGDGEFIIYTALAWRNRSFGSA LEFVWSSEGEYAIRESTSRIKIFSKSFQEKKTIRPTFSAERIFGGILLAMCSSDFICF YDWADCRLIRRIDVNVKNLYWADSGDLVAIASDTSFYILKYNRDVVASYLESGKPVDE EGVEDAFELLHEVNERVRTGIWVGDCFIYNNSSWRLNYCVGGEVTTMYHLDRPMYLLG YLANQSRVYLIDKEFNVMGYTLLLSLIEYKTLVMRGDIERANDILPSIPKAQYNNVAH FLESRGMLEEALEIATDADYRFDLAVQLGKLEVAKAIAMEAQSESKWKQLGELAMSTG KLDMAEECLVQAKDLSGLLLLYSSLGDAEGIEKLASQAKEHGKNNVAFLCLFMLGKLE DCIQLLIDSNRIPEAALMARSYLPSKVSEIVAIWRNDLSKVNPKAAESLADPSEYPNL FEDWQVALTVEKNVASRRVHYPPADEYLNHAEKSDMTLVEAFKRMQVIEDEETEDALD ENGEPDEEVLEENKVEESTDEAVEVDADEPEETVLVNGKEGEEQWVLTEHE</aaseq>

Gene Sequence

<dnaseqindica>8308..8327#7742..7853#7408..7552#7185..7291#6979..7072#6696..6892#6262..6333#6026..6140#5468..5584#5300..5391#5023..5199#4824..4898#4593..4733#3785..3973#3281..3346#3049..3199#2858..2926#2203..2351#1987..2118#1563..1888#1441..1477#665..718#479..541#335..355#178..180#gtcctttccttcctcccaccctcctcgtcgctcccccgccgagctcgcgatcggattcgcttcgcctccgcctccgcctccgcgtcgccgcgccgccgttgccgcggcggatctctagggtttagccccccccgcgcggcccggctcccccgctctgcccacgccgttgccgccaccatggtacgtacgcggatctgaactttggccagcgcgctctcgctgttccgatcaatccgctcgcccgttttttttttttgtgtgtgttgggaagtaattgggtgtggtttggggagagatctgatcaaatgttgttttctgcttgtgcttcctgcagccgctcaggttggagatcaaggtgcgccactggctcgggctcggcgagcccgattccgctagatctcggtttgttgctgtctcagttggtggttagttttgtgctgattttgtggttgttttgtctttgggatggtgtgattagaggaagtttgcgcaacggtcggagagggtcaagtcggtggatctgcaccccacggagccatggcaagtgacctgcatttctgagggttttagcacattttagcctgatttgagccgttcgtactaccattttgatgtgcttttgcttcattatttgattattaagctgtttttgcattggtgtaggatcctgtcgagtctttactccgggagcgtgtgcatctgggactatcagtcgcaggtaagagttctagttgcattttaggttcattgtttccccattaagcaagactaagactcaactacttttgaagtaaatatgaatattcaaaactgtactcatgctaattgaccgaagcatgattgtgcataaaattagggcttctgtttctataatctatatggtttcttattagttttgcatgtcttgagctcaaattttgctttacaacttaatcacatgacggatgaaggggtatatgctaagtagttttgtcattcatccttaaatcatgctttccagttagtacaaatcactatgggaggaacatagaagcatttctcaccacattattacatcttcacacttatgttatactcccactgaagtttaatgccatctgtggctaactgatccattatatgtaatatatattatttttggtggctgcaaagcctcagtgccttattccaatgtaatatgttatttttggtggccgtcaaagctttggtgccttactccaatgtaacatgtaagccttttacaattttgcattgacctataggatgatcggttgatgcctagtcttatatcatgaccatcattgtttggatttgaaccacatagaattgactctgcatttcaaatcagcgtattccatcacatgctcctgcaatcctgcataatctatacttagcgttccatttgattattaacatgttttccttggtgtatgtttgcagacaatggtgaagtcatttgaagtttcagaattgccaggtactcatctgcttatgttcacatgaaatgaaaatctgtcatagaggttgaattgatgctaacttgtatctgatcttaatttcagtgcggtcagcaaaatttatttcacggaaacaatgggttgtagctggtgcagacgatatgttcattcgtgtctacaactacaacacgatggacaaagttaaggtttttgaggctcatactgattatattagatgtgttgcagtccatccaacacttccatatgtgctttcatcatctgatgacatgttgataaaattgtgggactgggataaagggtggatgtgcactcaaatctttgagggacattcacactacgtgatgcaagttactttcaatccaaaggatactaacacttttgcaagtgcatctcttgaccgaactacaaaggtctgtttcacaatctcttatgcagtggatgttattcacaatatatggctttttatgaggtgatttgtgcactaatggttctaaaactgaaacaacagatatggagtttgggttctccggatccaaatttcacactcgatggacatcaaaagggtgtgaactgtgttgactacttcactggtggtgacaggccctatttgatcactggttctgatgactccactgcaaaggttttttttttctatccacttttgagtgttccaagtatccacgattctgtgcagtcctaagatggtgtggtcatggtgaaccaggtctgggattaccaaacgaagagctgtgttcagacacttgaaggacatacacacaacatttctgctgtttgtttccatcctgagcttcctataatcattactggatctgaagatggcacagttcgcatatggcattcgacaacttacaggttgctttcacagtttcacttgtgtttttgcttgttgatgtggactgtttcctagttctcattgtttgctattcaagtgctctctacgaaagaaacaacttgtaatttcctggttctcatttctggattctggatattttgctttttctcttggcaacctctcaagtcctgggttcaaaatttgatccaaaagtttttacatattttcttagaggaaattttccccaatatagctttttggtataattatctcataactcttaaacatattatgcatgggctattcttacatagaaaagctccaaatctatgttagacattggaaaagagggtagctgacagtgtaatctatgtaccattcggtctgtttttgtcattaatttatctgttcctttttcttatggtctggaatatttgttagttgttggcagctcactacttaatacttatgtcagttatgattgccacaatgttgaggtgttcttattttttaatttattttgtagacttgagaacacgctaaactatggtcttgaacgagtctgggctgttggatacatgaagggttcaagaaggtaaacagaagatcctttgcattctgcttttgtgttgcattgtaatcaattgcttttactactgttctgcgtcactcctcctttcaattttttaacaccattcgacattttatgatatgtaggatggtaattggttatgatgagggaactataatgataaaaatgggacgtgaagtacctgtggcaagcatggataccagtggaaaaatcatttgggcaaaacataacgagatacagactgtgaacatcaaaactgttggtgcaggctttgaggtcagttggcctgtttgcaaacagaatcgatcaatcaaacagagaagctgatctcatgccctactatgttttcttattcaggttacagatggggaaagattgccattggctgttaaagaattaggaagttgtgatctttacccacaggtatttttgaatgtcacaactcacaacgctctttatattttactcctgatactgttagcagtgctgcagtaacctatgtgtttgaacttctgcataaatagcatccattaatctcacatcagcatatatagtggttatcatccatgcctgcagcttgtgaattgtgatgacttgtaaatggttatgctaataagcttagtgaaagaacatatggaacttgtagttcaataggtgacattgtccaattagtgttaattgctttgattgatagttttcacacaaccactacctctattttgtgttccttgtgattccttgatgtgatattagactgagatggctacaacatttcttttctttctactaggtaatgttagttgtttgtcatatcttgaatagtattcaatcttactatgtgtcatctttttgtttggtcagagcttaaagcataaccccaatggaagatttgtcgtagtttgtggagatggtgaattcataatttatactgcattggcttggaggaataggtcatttggatctgcattggagtttgtttggtcatcagaaggagagtatgctatcagggaaagtacatcaagaataaagattttcagtaaatcatttcaggtttggcccacattgattgtagcctttccttttatgaatttgatcagtaaaactgtagtgtttcatttcttcaatcaccactctggagaatgcaccatcttcacctgtttatcactttgcctttaaccgtgaatttacaccttgcaatattcaattgagatgtctaatgtactattgtttggctaactattgagttaacttttatttaatcaataaaggtttctggttaacacgagcgttcattcaatcaaaagttttatgttgtgcattttaatgtctgttcatgattcatcaatcatcatgtttggtgaaaggaaattacatactgatttaggtttgcatctcattggacctagtcacctagatgacagtttctttttcttacactatatatcttacttcctgacaatctgttgtcattcagccaatcagcctacatgaatactccatttatgtttagctataacattgatctagaaacaatttaagcgtaggttgatttaattagttactatgttctaaggaccttttattaatgaatttggcaaagaattgcacatcatattctgttggcatttatcaatattgtatcttctggtttgaatgatccaatatgcaggagaagaaaactattcgccctacattttcagctgaacgtatttttggtggaatattattggcgatgtgttccagtgatttcatttgcttttatgactgggctgactgtagactaatacgccgcattgatgtgaatgtcaaagtgagtcaaatattatctattgatatttatagattgatacttttaacgaatttcatactgaaataactagttttgtcactgtatttttagaacctttattgggctgatagcggtgacctagttgcaatagcaagtgatacatcattctacatactgaagtacaacgtaagttattgtattatctaaatgttcattatgttatttcttttctcctcttgaatgtgttattgcgtgaaagttctttttttaccatggcatgaagttatgtttgtaatttgtgttcctacagagagatgtcgttgcgtcttatctagaatctggaaaacctgtggatgaggaaggcgttgaagatgcttttgagctgcttcatgaggttaatgagcgagtgcggacagggatctgggttggagactgctttatttataacaattcatcatggcgcctgaactattgtgttggtggcgaggtatatattgtgtgctccatgcaagaatttttattttgttaatgtattttctattgtagtattttgtgcactacaaatttatcccgttgtacatttacaggtcaccacgatgtatcacttggatcgccctatgtacttgttgggatatctagcgaatcaaagccgagtttatcttattgacaaggaattcaagtgtgttttcttgataatactgcctgcttattgtctggtgttgaattcttgaactaacatatttttcttgttgcagtgtcatggggtacacattacttcttagtttgattgagtacaagacacttgtgatgcgtggggatattgaacgtgcaaatgatattttaccatccataccaaaggcgcaatataataagttagttgctgacttttgatccaaaacaatgagtttcttttattttggtacctgtttctctttgaacctgttgatttggtttcttaataattttgttccttttttaaaagtaacaaaacaatgatagatggaagcgtgaaaatacatttatatgctaaattacaattacatttcaatagctatcatgatgtgccttattgaatgactgttatgtagcacatcacacctaaaatagattcaactgttaggagtattggcatctagttttttgaaacaaaaatacatatattgtttctactctatcttcattgtagtcgtgtaaaggagtactgattaatggaagtgccaaataacaaaatcataaaaaatttcctagcagtgcattttgtcctgttgtgttttgatggtttcttactcctcccattacttttcatatggcagtgttgctcatttcttggagtcaagaggtatgctggaggaagcacttgagatagctactgatgctgattacaggtttgacctagctgtgcaacttggaaaattagaagttgcaaaggtacagaacatgttgtattgtgtttttgttccacattattgaaataatgttctgaaaggtcttccatgctgtgaagttcattgctaataaacagaatggattctggacattttctgtgcaggctatcgcgatggaagcgcaaagtgaatctaagtggaagcagttgggtgaactggctatgtccacaggcaaggttagttcataaatcttgtgaaagacttttggtatatgctttcaaaagtaatgacagtgccatagtatctaggtgcttgttgtcaaggtgctagattacctggagtgcattattgagttcgaggttttgtcctctttagacttagaggaaaaaccaaactagacatgcttttggaaatcagctgagacttgtcctttatcctttcacgatctagtttctgtgcatagaaatatggaaatggcaatagttgacactactacactagttcatattgacatcatttgatgacaattaatgcaaatcatttatattctgtttgttaccttgttttctgactttaaatcatttcacaacttcaacagctagatatggcggaagagtgccttgtgcaagcgaaggacttaagtggcctgttgctactatattcatctcttggagatgctgagggaatcgagaagcttgcttctcaagcaaaggagcatggcaaaaacaatgttgctttcctctgtctctttatgcttggtaaattggaagattgcatacaattgctgatagacaggtacatgtacatcctgtttgctgttatgaactccccattgtagtaaatcatttttcaaagctaaacctcatctatgtattatacagcaatcgtatacctgaagctgcgttaatggcacgttcttatcttcccagcaaagtttctgagatagtagcaatatggagaaatgacctcagtaaagtaatttcttaatcttctgctcttatctttgcattgaaaagtgtgcttccatccagaaaacattttctgttattgttctggttttatctattcatatgttccttctgtacaggttaatccaaaagctgcagagtctctggcagatccttctgagtatccaaatttatttgaagactggcaggttgcacttactgtagaaaagaatgttgcttctcggaggtaaaaattaccagagaagctgctttttttattattaccatgtaacgctaccaattcttttggaagaaactattgtataaacaaacctggtacaatgataaggtctctttcttcagggtccattatcctcctgctgatgagtacttgaaccatgctgaaaagtcagacatgactcttgtggaagctttcaaaaggatgcaggtcattgaagatgaggaaacagaagatgcactagatgaaaatggagagcccgatgaagaggtattgcgtgtggagtgtgcattttgctatccatgttcaacttattatgaaatttttcaactttcctttctagtgttgatgaccgtgtcactcaaccattgttccgtttatcctttctccttgattaaatgtctgtagtgctatattcatcatcatgttctgaaaataataacataggattcctcataggttttggaagagaacaaagtggaggagagcacagatgaagctgtcgaagttgatgctgatgagcctgaagagaccgttcttgtaaatgggaaagagggtgaggaacagtggggtacgaacaatgaaggaacttcgtcagcctaaaagaattgtttggcaagtgtaaaaacccaaattttgtctgcggtgattcactagctttgcccccaaattataggactgttgaacctttctagtacttcagtttttgaaaaagtaaatctgacccctttggaattatagaccattaccaacagttagcaaattgaaatatagatatgcattatgagatgagttctattattatattttttttaaaaaaaaatattctgtatgttctgctgttttatttgctcctatatagcgtatattggctgctaagacgctaagacaaggatattcatccatccaccatttgggcctgatatgtagggtcaagcttatagctagcttatttttttgttcttaaaccagtttttttattctaattattgaactgaatttattcttttcttttctccttgcagtgctaactgaacatgagtaaggaccaaggatgctgtgccgttttgcattggtgatgctgtgccgtttgagctttgatcttatcatatccttcaactgaactccaaactcaagacatggaagcatgcttgtccaatggtatcaatccagaccggcttcttttttgctgcaatataggtgattctttcgtcctgcaacattttcatacccactcttcacgtcctgaaatcagtgggtttgggtgcagagctggttgtaacgaagggttttcttaataatttctatagagatgtgtagtatatgccacattaccatagccatcgcatgtcttctaggagatcaaagttttcgttggccatccactgtaatttcatgttattggacaaagtttacatgtagcatatgattgtggtgttaaaagctttccgtgtataattctctgttggtgctttgccgttgaacactgctgttgaaaatgctgattccttggaagagttaatctatcatttc</dnaseqindica>

External Link(s)

NCBI Gene:Os06g0143900, RefSeq:Os06g0143900