Os06g0298200

From RiceWiki
Revision as of 09:15, 24 June 2012 by 127.0.0.1 (talk) (Created page with "{{JaponicaGene| GeneName = Os06g0298200| Description = Similar to Oryza sativa (indica cultivar-group) Hd1| Version = NM_001063976.1 GI:115467683 GeneID:4340812| Length = ...")
(diff) ← Older revision | Latest revision (diff) | Newer revision → (diff)
Jump to: navigation, search
Gene Name

Os06g0298200

Description

Similar to Oryza sativa (indica cultivar-group) Hd1

Version

NM_001063976.1 GI:115467683 GeneID:4340812

Length

6560 bp

Definition

Oryza sativa Japonica Group Os06g0298200, complete gene.

Source

Oryza sativa Japonica Group

 ORGANISM  Oryza sativa Japonica Group
           Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
           Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
           clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
Chromosome

Chromosome 6

Location

Chromosome 6:11138109..11144668

Sequence Coding Region

11138835..11138964,11139512..11139813,11140435..11140635,11141864..11142454

Expression

GEO Profiles:Os06g0298200

Genome Context

<gbrowseImage1> name=NC_008399:11138109..11144668 source=RiceChromosome06 preset=GeneLocation </gbrowseImage1>

Gene Structure

<gbrowseImage2> name=NC_008399:11138109..11144668 source=RiceChromosome06 preset=GeneLocation </gbrowseImage2>

Coding Sequence

<cdnaseq>atgggcgctctttgtgatttctgcggggagcagaggtctatggtttattgccgatcagatgcagcatccttgtgcttatcgtgtgaccgtaatgtgcattcagctaatgctctttctcggcgccatacaaggacacttctgtgtgatagatgtgcttcacagcctgccatggtccgctgccttgtagaaaatgcctcgctttgccaaaattgtgattggaatgggcatagtgctgggtcttcagctgctggtcataagaggcagaccataaactgctactcagggtgcccatcatcttcagaactttcaaaaatctggacatttgtttcggatattcctaatgtagctcctgagccgaattgcgagcaagggataagcatgatgagcatcagcgacagtggtgtcagtaatcaagacaatgctgcaggggacagcagtttgttagatattgctagtgcaacccttatgagtgatcttggcactgctggcaagccaaagtctttgataggctcctcatctgaagctggcgtgaaccttcttccacttgctactgatcagatggctggatccgtggattcgacatcagctaaggtgccctatacggcagaccaagatatgttcagcaaagacagtatatatgaagatttctgtgtggacgatgttgatcttagtttcgaaaattatgaggaactatttggcacctcccatattcaaacagagcaactgtttgatgatgctgggatcgacagttactttgaatcgaaggaaataccttctggaaactctgatgagcccaagctgatgcagccagtgaccagcaatgcagtatctgctgattcagggatgtcgatcccaggagccaaaggtgattccagtctttgtatacctgtgaggcaagctaggtccagtatctctctttcattttctggtttgactggtgagagcagtgctggagattaccaagattgtggggtatcaccagtgctccttatgggtgagcctccttggcatcctcctggccctgaggggtcatttgctggagctaccagagacgatgctatcacacgatacaaggagaagaagaagagaagaaaatttgacaagaaaatcaggtatgcatctcgcaaggctagggcagatgtgagaaaaagagtcaagggccggtttgttaaggctggtgaagcatacgactacgatccactctgtgaaacgaggagctactga</cdnaseq>

Protein Sequence

<aaseq>MGALCDFCGEQRSMVYCRSDAASLCLSCDRNVHSANALSRRHTR TLLCDRCASQPAMVRCLVENASLCQNCDWNGHSAGSSAAGHKRQTINCYSGCPSSSEL SKIWTFVSDIPNVAPEPNCEQGISMMSISDSGVSNQDNAAGDSSLLDIASATLMSDLG TAGKPKSLIGSSSEAGVNLLPLATDQMAGSVDSTSAKVPYTADQDMFSKDSIYEDFCV DDVDLSFENYEELFGTSHIQTEQLFDDAGIDSYFESKEIPSGNSDEPKLMQPVTSNAV SADSGMSIPGAKGDSSLCIPVRQARSSISLSFSGLTGESSAGDYQDCGVSPVLLMGEP PWHPPGPEGSFAGATRDDAITRYKEKKKRRKFDKKIRYASRKARADVRKRVKGRFVKA GEAYDYDPLCETRSY</aaseq>

Gene Sequence

<dnaseqindica>5705..5834#4856..5157#4034..4234#2215..2805#tatccttctcttctccgtttgcttcgctgctgctgctgctgttctacgcgcgcgacacggaagagagaaaagtggttttttattgggttcctaagccctttttgtttccagaggcttctggattgatcggttgatctctctcccttcccctctagggtttcctgggggtggatctgaggagcggcggcgctccttcgtcccggtgcgtgatctctctctctctcaatctccgttgaggcgttggtttccccgcttggattctgcgaggttggtagtgtttgcgtccgcgggggtttgcgctctggtttggatttggaccgagttcgagtacttcggagccctttcctctgttgggattcgttggctttggggtgttctgcatgcatcggtccttttacggaggatttggggggttttgttctgtttctggctggcttcgattttttactggctgagtgattgctgcttcgtgtgtactacggcgttgttcgtgtggttggatttgatatgggttaattttggtttggatttcgtccggggtcatgtaagtgagatttcgggttaagtttgtgacgacagctctgaagtttcttacaagatgttttttttaacagtaatcgacttttctacgattggctatttttttcccctttgtttcaatcagaaaataaatcttttcccctttaacaaatgggcgaagcatgtttttgaattgaatttgtgggactgtttttttattcgatgaactaaaaaaagttatggatcttaggattgtttttcttttttttattcttcgtatgttgtcactaaataaaaaaatttcagcttttttctattgtgaaatatattgtcaatatgttcttgctttttttttcgtactatggtctaagaaactggagttaaaatgaaagagaactcggtctttgactaattctacaattttttaatgggacatcttttctacatcttaaattccatcgttttcataaaattttctttcgtgcagctttttttttcttgcttgccatagctattaaaatctttagttccttttttttaatctttatccagacatagcttgcctagatgcaaaagttgtgtgttttgctatgcccgcctaaaataacatttattttgccatgtcatcaaacatttttctttctgccaatcctgcatgtccatgaaaacatttcttaataggcttccttaccctactttttactggagtactagtactcaagactgcaattttttcttcaccttttcgtttacctttataaggctttttttctcccctgatgctatgattttatcctgcaaattgacccttcttttggttttataaaaaagactaggatagctccgtctttctttgcttatatcgttatttcagcctcttctgttagatatatttcccccctatttcgagtgttcaactaatgcggcttgtcgttcgttgcttggagaaattgtgataaaatatactattttcataatgaaaccgataattgtcgttgactcgtaatgtagttattttggttcttgtgataattttctacatctctctttttcccttgcaaacttagtacctatgggaatgggaatatatgctagaagcaatgagtgaggtgctggaattatataatatgtgccaagagcaggagattccaaagactagttgctgatacttttgtagtgggatttcgattttttatgcttcggttggcaaatgggggcggagtccacagattaatgagtccgttgaaacctaaagtagatggcggtaatatgtcctaattaggaaatatatctacattatcctttagattatattattgatagctgatgcaagacgacgctgagtggaacatacttgttgctacctgttttgaacatttctcttggtttgaatgaaaactgaaaaggatggctacctagggtcctaggtcatagcaactgaaacagtaaaaaatataaaatctatgttctcatgtaggtggatgcccataaatgtatgaatattcatttatgaatactctacggttttccaatagtatgtgggaatatttttttatgtgctggtactaatgttttctaataactgtttgttgatactgtacaggtttatgtaaatctgatcgatccagaaagtttgtgaaaaaagagtgtggcacatacctaaagctggcttaaagtttgcccatagctaatatcatgggcgctctttgtgatttctgcggggagcagaggtctatggtttattgccgatcagatgcagcatccttgtgcttatcgtgtgaccgtaatgtgcattcagctaatgctctttctcggcgccatacaaggacacttctgtgtgatagatgtgcttcacagcctgccatggtccgctgccttgtagaaaatgcctcgctttgccaaaattgtgattggaatgggcatagtgctgggtcttcagctgctggtcataagaggcagaccataaactgctactcagggtgcccatcatcttcagaactttcaaaaatctggacatttgtttcggatattcctaatgtagctcctgagccgaattgcgagcaagggataagcatgatgagcatcagcgacagtggtgtcagtaatcaagacaatgctgcaggggacagcagtttgttagatattgctagtgcaacccttatgagtgatcttggcactgctggcaagccaaagtctttgataggctcctcatctgaagctggcgtgaaccttcttccacttgctactgatcagatggctggatccgtggattcgacatcagctaaggtgctataaggctttcacacattcctccatacatagatttactaattcgcctcaattcacctctgccgctgcatatactacccatatcccatggatgtaagataatcgactgttttcctccctacagttggccattatcatttgtttactctaccatatatgccatgattttctttttctgtgtgtactctattttgaatgcatattgtaagtgagttcacttaaatttctatacaagaaaaagaaataatctaactgttaatgatgcataagcataagcttgtcaatgattactttaccatatgtcatggattttttctgtgtactccgttttgaatggatattgcaagtgagttcagttaaatgtctataccaaaaaaaactgttaattgtgcataagcataagcttatcggggtagtggatggtgcatggaggttcaataggctagcagaagttgctgaaactgtatacatgcatgtgcaatgagatatgaacattatgatgtgtatggactacaatctggatccactcagcagatatgaatagatgaaacagggtaataacagaatatggagtatagaaaatgtctatattacagaaatagttataggactatcgagaggtttagacaggtggataactatggtgcttatgttcttatgtcaagtcttgtcttccaagtgttctgtgacctcatgcagatctacaaatgcatattctcacaacattaaaatttggtacaagtaatcttttaaaattattccttcacaatttctttggaaaatgttaagaacactgctttgtattatttggatgatgtagcatttcacattttagtctatctcgtattctaatttatcttactggaccatagattcccatgacaggttatttgtgtggagaactttaaagattctatacagagagaatttactttcgtctttcttcaaatcactttctctgtacagcatttgcaaattttcaggccgttttacttcaatcttccactacaccatgtttcttttttagagagcataagacacacacacacacacacacaaacacattcttccacatacattcacaccgtgtgtgcgtgtaagcaccctatgcacacacaaggcttcacccaggacatgctttctctcttaatccacacgtgtgcatgctccatgcttcttcaaaattagtttgtcactaatctgtgtttatggtctccttatgcaggtgccctatacggcagaccaagatatgttcagcaaagacagtatatatgaagatttctgtgtggacgatgttgatcttagtttcgaaaattatgaggaactatttggcacctcccatattcaaacagagcaactgtttgatgatgctgggatcgacagttactttgaatcgaaggaaataccttctggaaactctgatgaggtttgtagtttactcttaatggttcctttttaagaagtaagcttcaattccacagtaacattcatttgtaggttttctcgcaactcctgatcttctttgtttcaccaattcaacttgccctgcacatctttattgcttgcaggcttttctcttggttcgatttctcagatatatgttatttatttgacctggtttgagtcaaatttatctttcattaaagataaattattaggtgttaaatctctgtacaagaggagtcagcatttggattaataattaaattactctcgtctctcccaagtttatcatttcagtccatggtctcatccttctcttagatccctcccctttagttgttccttccctgctctccttggaactgatatattcgcagctcccatgttcaagaagcaaaagatggaagttcttaattagtgtttctggtctttgtgtttatgaaacaaacaaaactatgactgaaaatggtaatcagtatacattctcaaatgcagcagttcatttgtaatccatttgtttggaaattcatgttgtatttagttttgtctggggcttattggagttaactttcagcatttatattcattattatcttttcagcagcccaagctgatgcagccagtgaccagcaatgcagtatctgctgattcagggatgtcgatcccaggagccaaaggtgattccagtctttgtatacctgtgaggcaagctaggtccagtatctctctttcattttctggtttgactggtgagagcagtgctggagattaccaagattgtggggtatcaccagtgctccttatgggtgagcctccttggcatcctcctggccctgaggggtcatttgctggagctaccagagacgatgctatcacacgatacaaggagaagaagaagagaagaaagtaagtgcatttcttactaatttcgctactcatttgcttaaacatttatgctgtataaccacgtaagaattctataataaatttgtggctgcaaaagaactcaaagagaaattgtagcttgtaaacttttcggcacaacctctactttacacatttggtaaagagtgcttgtatcgttgagtttcatgaaagaagacacatggaagtagttttcatggaagttaaattttgagtttttggaaacatcagtttttgttaccctagttttacagtaggtagaagtaaaattaccttaactctgtatctttttacttacaccaaaaatgtttttggtaggtaactgcatcacataaaaacatgctgaagattttctgcttgaagataacttattgctaccttttcattcagagagctaataacttcttgtttcttgccttctcttctaatatgtcagtccactgatgctaacatgctatatttctagcataccaattgcctcctttttgacagctagctgattatcttttctcatggcttctcttgacagatttgacaagaaaatcaggtatgcatctcgcaaggctagggcagatgtgagaaaaagagtcaagggccggtttgttaaggctggtgaagcatacgactacgatccactctgtgaaacgaggagctactgaacacaataaaacattatccaagtgttaggttagcaagcatcaaccaatgcttgttgtggctggcaggaaggcactcatactacaaacaatgtggcaggcctgcctctaaaaacaacaaaaaaaacagagcaatcaaggggacaaaaaggacaaaaagatttgaatttgggaaatttttcagatgctaccccctcctttttcttctgtacagtggagggaatttgcatctttctgttgctttcgggaggagcgatttgagtcgctgcccaccttttgtgaattaatcttgatacagctgaacaaacttcacttgcatttttatctcctttctactaaccagagcatccacctacccttgctgtggtgtttttggtggtatgcttccagattggactattagcaagacaaggatggatgtagtcgtgaaatcttctgctgctctatttattgttatgtaaaatctgctgtaatccggagtttattctgcaactctgcatgtgtaaataccagatcagaataaactggtagatgtaaagttttctttattttctcaagtcgatgacattggaacccatgtaaccggccaccaacttttttgtttcactatgctcaaatattcgaaaacttcagactggcttaatgctattatttgtactaagcatatgcttgaatatgcggtcctttttgttacaagtaatattctttttgtggttgatttgacctttt</dnaseqindica>

External Link(s)

NCBI Gene:Os06g0298200, RefSeq:Os06g0298200