Os06g0622500

From RiceWiki
Revision as of 09:27, 24 June 2012 by 127.0.0.1 (talk) (Created page with "{{JaponicaGene| GeneName = Os06g0622500| Description = Tetratricopeptide-like helical domain containing protein| Version = NM_001064634.2 GI:297606190 GeneID:4341553| Leng...")
(diff) ← Older revision | Latest revision (diff) | Newer revision → (diff)
Jump to: navigation, search
Gene Name

Os06g0622500

Description

Tetratricopeptide-like helical domain containing protein

Version

NM_001064634.2 GI:297606190 GeneID:4341553

Length

11013 bp

Definition

Oryza sativa Japonica Group Os06g0622500, complete gene.

Source

Oryza sativa Japonica Group

 ORGANISM  Oryza sativa Japonica Group
           Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
           Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
           clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
Chromosome

Chromosome 6

Location

Chromosome 6:25900530..25911542

Sequence Coding Region

25900530..25900577,25900864..25900917,25901486..25901545,25902339..25902620,25902973..25903192
,25903312..25903431,25903711..25903787,25903875..25903994,25904776..25904841
,25904920..25905134,25906105..25906237,25907217..25907363,25907956..25908251
,25908877..25908974,25909091..25909126,25909406..25909442,25910318..25910390
,25911450..25911542

Expression

GEO Profiles:Os06g0622500

Genome Context

<gbrowseImage1> name=NC_008399:25900530..25911542 source=RiceChromosome06 preset=GeneLocation </gbrowseImage1>

Gene Structure

<gbrowseImage2> name=NC_008399:25900530..25911542 source=RiceChromosome06 preset=GeneLocation </gbrowseImage2>

Coding Sequence

<cdnaseq>atggtggaccgcgtccacggcagcctccgcctcttcatgcaccgcaacgccgtcttcctctgcgagcgcctctgcgcccagttccccgccgagacaaatgtccagttgctagcgacttgctaccttcacaacaaccagccatatgctgcataccacatcttgaaaggcttcttcaatacttttccaaaatataaggaatgcatgttccaagtggtgcaacagggcactaccttcttggagtacactggcagagtggaagctgcagctgagcaatttgtacaagctctgactcttgatcctcttctatgggcagcatacgaggaattgtgcatactaggtgttgctgaagatgcaaatgaatgtttcagtgaagcaacagctctacgtcttcagcaggaactcacatccacatcaaatgtggaaaagtcaaactttgttaatgaaaatcggtttctatcttccaatgtgtcagcaagttttggtgatagtcctaagcaaattaaacagctgcatgctaacaccactgcagaagtatctggttatcctcatgtaaagtcaactgcattgcatatgcagaacggtgcaccatctaatttatcacagtttgacactccatcgccaacttcaacgcaggcttctggcattgctccaccaccactctttcggaatatgcatgcttatcagaatacagcaggtggcaatgctccttccaaaccaaaggttaatgctccgaacctgacactccgaagaaaatacatcgatgaagcaggcctaaagaaggtttctggaaggctgtttaatcagagtagtgattcagttcctcgaagaagtgcaagactttctagagatacaacaataaactcaaactcaaatatctctcaatttggagggaatggaacagatcactcgtcaggaaacaggtaccacgttgttgatgaaatgtggacagataatgtaacttcaacttcgtcttctacaagtatagttgatggaagatatcccgagcaagagaaatctgaacgagttctgtcacaggactccaaattagctattggtatcagggagctaatggcactcttgcggacactaggggaagggtataggctttcttgcttgtttaagtgtcaggaagcattggaagtatatagaaagctcccagaggcacaatttaatactggatgggttctttgccaggttgggaagacatattttgaactcgtcaattatttagaagccgatcatttttttgagttagcgcatcgactatcaccatgcacgttggagggaatggacatttactccactgttctttatcatttgaatgaggaaatgcggctaagttaccttgctcaagatcttgtttctattgatcgactatctccccaagcatggtgtgctgtgggaaattgctttgccttgaggaaagatcatgagactgccttgaagaattttcaacgtgctgtacagcttgactcaagagttgcatacgctcacacgctatgcggtcacgagtattctgcattggaggattatgagaacagtataaaactataccgctctgcacttcaggtagatgaaagacactacaatgcctggtatggccttggagtggtgtaccttcgccaggaaaagtttgagtttgctgagcatcatttcagaagggcattccagataaatccttgctcttctgttcttatgtgctatcttgggatggccttgcatgctttaaagaggaatgaggaagccttggaaatgatggagaacgctatatttgctgataagaagaatccactccccaagtatcaaaaggctttaatccttctaggcctacaaaaataccctgatgctctggatgagttggaacggctaaaggaaattgcacctcatgaaagtagtatgtatgcactgatgggaaagatttacaagcaacttaacattcttgacaaggctgtattttgctttggcattgccctggatttgaaacctcctgctgctgacgttgctataatcaagtcaaaagaaatggagaaggcacaaggatggattgcttcagtgagtcagctttgttccactctaaaaggccagagcaatcatcacgatggcggccggctcgcaattattgctcatgaagtcaggcagaaagcgttgtcgtcgacaaaacaattagcgatctaa</cdnaseq>

Protein Sequence

<aaseq>MVDRVHGSLRLFMHRNAVFLCERLCAQFPAETNVQLLATCYLHN NQPYAAYHILKGFFNTFPKYKECMFQVVQQGTTFLEYTGRVEAAAEQFVQALTLDPLL WAAYEELCILGVAEDANECFSEATALRLQQELTSTSNVEKSNFVNENRFLSSNVSASF GDSPKQIKQLHANTTAEVSGYPHVKSTALHMQNGAPSNLSQFDTPSPTSTQASGIAPP PLFRNMHAYQNTAGGNAPSKPKVNAPNLTLRRKYIDEAGLKKVSGRLFNQSSDSVPRR SARLSRDTTINSNSNISQFGGNGTDHSSGNRYHVVDEMWTDNVTSTSSSTSIVDGRYP EQEKSERVLSQDSKLAIGIRELMALLRTLGEGYRLSCLFKCQEALEVYRKLPEAQFNT GWVLCQVGKTYFELVNYLEADHFFELAHRLSPCTLEGMDIYSTVLYHLNEEMRLSYLA QDLVSIDRLSPQAWCAVGNCFALRKDHETALKNFQRAVQLDSRVAYAHTLCGHEYSAL EDYENSIKLYRSALQVDERHYNAWYGLGVVYLRQEKFEFAEHHFRRAFQINPCSSVLM CYLGMALHALKRNEEALEMMENAIFADKKNPLPKYQKALILLGLQKYPDALDELERLK EIAPHESSMYALMGKIYKQLNILDKAVFCFGIALDLKPPAADVAIIKSKEMEKAQGWI ASVSQLCSTLKGQSNHHDGGRLAIIAHEVRQKALSSTKQLAI</aaseq>

Gene Sequence

<dnaseqindica>10966..11013#10626..10679#9998..10057#8923..9204#8351..8570#8112..8231#7756..7832#7549..7668#6702..6767#6409..6623#5306..5438#4180..4326#3292..3587#2569..2666#2417..2452#2101..2137#1153..1225#1..93#atggtggaccgcgtccacggcagcctccgcctcttcatgcaccgcaacgccgtcttcctctgcgagcgcctctgcgcccagttccccgccgaggtatgcatgtgtttccctgggagtaagcgcggttcagatcgggtgcttggtcggggggtgggggcggcgatttggggtgcgggcgctcgcctgcgccgggggggtcgatttattggcattgtttaggttttagtgtttaggcgtgcgcctggagcttcagtggtgagatttgggccaagttcatgggaaggttgaatgagaagggcttcctctagctatttagccatttggggaagtggtttcagtaattcagtctgtagagaactagagctactgtaattggttgccatagggtttatggataatctgggtgccgaaagacttttatggcctaagataggatacgatttcactcttgcagtctgttttagtgatttggttgggaaatagctatggtgatgtgttacatcttattattttactgggtgtttagaacactagccattgtaagttgcaaaggctagattaattgtacgttaatactatgtagttagctacccatactaccatgctactccctccgtttcaaaatgtttgacaccgttgactttttagtacgtgtttgaccatttgtcttattcaaaaaatttaagtaattatttattattttcatatcatttgattcattgttaaatatacttttatgtacacatataattttacatatttcacaaatttttttaataagacgaacggtcaaatatgtgctaaaaagtcaacggtgtcaaacattttgaaacggagggagtatcttgcaacgtggactactggagtgtgtggatttagctgctttagcttttaacaattcgagtaggactatgtttgggcagaccaaatattacttttttcatgtgttcaattttcttttgtatatgactttaattgtttggcagttattgagatgaagctagatagtgagtaaactgaatccgatacttgtttgctgtaataagagtcttttcagttttctcatcgctgatagcgtgtagttttgttctcttagttcgtatatgaccaggatcacatgttgtactaaatgtatactactcatgtgcacagacaaatgtccagttgctagcgacttgctaccttcacaacaaccagccatatgctgcataccacatcttgaaaggtaataacatatgctcaccacgtgaccacttattattgtgtagaagtgaaatcacattatttaaaaatcaaagaaatgtgaatatagtatctgtccatctttttgggcacatttctatcctgttttgtgatttcagtatattttattctgtggtcgcaaagtgctttggtctttggagcgatttctgatttttatttctgatataacataaaggaaagaagctgccagagtcccggtacttgtttgctatgtcatgcttccgaatgaacctcttacgggaagctgaagaagccttgtgtcctgtcaatgaaccaaatattgaggtatatagcatgtttttaaacattatttgttcattgtgttcctgaaatatatttcatccaacgctcttaattttttcgtaagtgcttgaactcaagttttgttctggacaaggggtcgcatgatgtatcatttgttccatggtgtcttctggattccaaatcagaagtagaaaatgggatgtgcagcatgtttgattattcatgaattaagagttccaaaactggtgatataccatttgaaaacattaagattggttgcctgtcaatgaaatcgtatcaacaatgttatcaatgtgaaaacaagaagtgtatcatgtcttaaaagaaaatatgcatgtatgattaagtgatgtacacgagaaacattgtcactacaagttgatgttttgcttgcatagaaacgtctgcagacatcttttttttctttgggtgcatgacagcattttgaggttgtccactaactgtttgattccacacgggtgaagtaatgatgtggaaaaaaaatcagtttgcatctttgcttactgttatacttcctcccttttttgcaaggcttcttcaatacttttccaaaatataaggaatgcatgtgagtttattgcttttattccttgtttaccctcatttttgacataatacctcttaaattaatgcgaatgaactcactaaccatcagctctatatttcgaatttatttaagtacgggtagaatggtcatctactcatcttaacctctctttctcatggttttagactcttcttaatcttgtgccaacttgacaactcctaatatgacctataaatagaaactgagggattgttattttggtaacttatttcttatatgttgtttcgttcctttgtgcaggttccaagtggtgcaacagggcactaccttcttggagtaatttacaggtttaatattcatgtcataactcgtaactaaatctataatcacagcatatcttgatccattagttgtgtcagatagttcattgtatttaccacatctgcatgtaggtacactggcagagtggaagctgcagctgagcaatttgtacaagctctgactcttgatcctcttctatgggcagcatacgaggaattgtgcatactaggttggtgcgttaatacactatgagtgaagttttttagcacctccattcctagttttatacattagaattacatgcgtcaagtgttgcttcaccacaaagatttatttcctaaatgtctagtagtaggaaatgaaaagtacagtgttgatttttctgaagaagaacacgtcatccaaaatatgtgacttgcagtagaccttcaataggcctgttatgtgttttgcatcatagtagttttattctgtcattcattattagcttgatagatcaataaacaggcataatatttttagccattatgttcattactccctctgtcgattttttgaccaacaaatagtccaacaatatgcagaggctgcgatacagaattggtgtcattagattcacttttgaaagtactttcttgttatcatgattttcacatttagagaccttataaaaaaaacagggattagttcattgccatacatgcccattgatatgcctaatgttgatacattattatttttgcataccgttgcagttacactatggcccagtagtccttatattgaaggcctcatactcactaaatataaaagcaagcatataccatgtgtgtcactaattaactatcttgtaggtgttgctgaagatgcaaatgaatgtttcagtgaagcaacagctctacgtcttcagcaggaactcacatccacatcaaatgtggaaaagtcaaactttgttaatgaaaatcggtttctatcttccaatgtgtcagcaagttttggtgatagtcctaagcaaattaaacagctgcatgctaacaccactgcagaagtatctggttatcctcatgtaaagtcaactgcattgcatatgcagaacggtgcaccatctaatttatcacagtttgacactccatcgccaacttcaacgcaggtcagcaaaacttgtttggttcttcacccagtaggattaaccagatacaatcaattcgtactttgaggaattctccagaatctgcacatttggtttatctagatcctcttcttacctttgtttgcaagaaagatttggcatattgtcattattgtttctctgaatcacatgctttcagttgacctttttgcacatgaagagtaacaacttggtgttagacagcagctcttgaagtgcaacataccctttgtagtgcagttgtgcactttcttgatgtacttctcatttactctgactaggtgtaaaaaaatcaaaatcaaactaattacatgttatgagtaacaaaaatgtaaataatctgccaaatgttaaatcacaaggaaaaggaaagcgaaaaatcaaattatactcacagcaaagtttgtatcttttggttcactgttatatgcttcatggtggatatgatgatgagcagtgaaagagtgacagaagcatatagcacactttaaacaacatcacaatacagtgtaaagacatgtgatctatggttgcgctatcacaattttctatttaattaatttaatttttgcaggcttctggcattgctccaccaccactctttcggaatatgcatgcttatcagaatacagcaggtggcaatgctccttccaaaccaaaggttaatgctccgaacctgacactccgaagaaaatacatcgatgaagcaggcctaaagaaggttgttgtttcctcaactgaaagatactgtcttgcaacttctataatttctactgatctcttgagcttctaggtttctctcggtcgactgtcctctttcaataatttaaattgttagattaaacctctcggaaaatgatacgtgtttggagtaaaccacatacttgctgatcctctccagttgtgcatactagcattgcttgttaatgcattagtattcattggctcattgcatttacagcctaatacttcctggttgtatgagtctgtagagtttcagtcatggctgttctatcaggattcaggatgttgatcccttgcttctacctaactgcgtctgcattgcaaagtttgtgattgcggtcttctttttatttgttagtttgtattgcccattaattaagattcattgactatggatagttctgtttgacagtaccagactacccatcaagtttgtaccaacacccagccccagcgacgagatagtttacctgataatagctgatttgtcaatttttgatagtttaccattcattaactttgaagtatatctccgatggtgtttttgtaacattctagctgctagattgttgcctcattttcatctttgcatagcgccttacgttcttcactttccatcagcattcttttgttcaataatagtgggatattatcattgttttcattttgttttcacaggtttgtccatgtagtacggactgtggaaccagcaaatattttttgtagtttcgttcttttcatctttgatttattattgccttcgttagagctcatctcgtctaatattggacctatgtttctattgttctgttgctttgaggtctggctgtatagtctcttttatgttctttctgttgatagtcctcacaccatgctcataccccactttagatttgacttgtgatgataccagacttaaaagattatttttctcagttaaaagattattttctcaggtttctggaaggctgtttaatcagagtagtgattcagttcctcgaagaagtgcaagactttctagagatacaacaataaactcaaactcaaatatctctcaatttggagggaatggaacagatcactcgtcaggtaaattgcgagtaaactcgtccacaccatcaaaattgtgttcaacagctctacgttccgtgcaagttaggaaagggaaaccacaggcaacagaaaattttgatgaaggtgattaccatttcgacatggatgactcatcaaattatataagcctcaaattatataagcctcaaattatataagcctcgcaaaaaatgtggttgatatgttgttatagacactgcaatcaggatatatctgcatgtttgcttatatgttcatgtgcaatgggttcacattagtaaaactcactcatcaatattgtattgattgtacttgaaaagtacaataatgacaccaagccacaactcacaaggcatttaggatgctaagaaacatcatgcaactactcaccgaatttattggctgttcatgttaatccatataccttttaaatatctctattattgagctgaaattttaagcatctataataccaccagaacattatcagctatcattcaacccttgaagtgtctccgttatcatattgtttttagtttcttcttcatgtagcatatgaactgcagaattgcttatccttttctttggcgcctcatgttagatcattattcctaaaatacataaatatttacatccagattcatacatttttactgtatcattgcttgtttgaacttttcactcctatggataaggtttcctgattattgtgataaaaaaaaatcgaaaggaacttcttgcaccatgaatcctgtttcaagagccctaacacttaagacttttaaaatgatcacacatccttctccttcactggatgcaggatcatccaatccatcaacttatccttttcgatatcataattacgtggtttgtgaaattataattatcataataatcgcatcagctttctctatatgaatggtgcattaatattcacgatggttttatttccccttctgaaccataggaaacaggtaccacgttgttgatgaaatgtggacagataatgtaacttcaacttcgtcttctacaagtatagttgatggaagatatcccgagcaagagaaatctgaacgagttctgtcacaggactccaaattagctattggtatcagggagctaatggcactcttgcggacactaggggaagggtataggctttcttgcttgtttaagtgtcaggtatgttcacgatgtttgtgttggaaatgctaacctactatcctgttatgtggttgatttcattcacttaatgatcaggaagcattggaagtatatagaaagctcccagaggcacaatttaatactggatgggttctttgccaggtacagcccctgcaaaatggttggcgacttatcttcatgcttttgattttgtaatgaaaaacctttagttttgtacatggttcaagaaggtggtaggcgctagagggtctgcagggccgtagcctaggtccaacatgattagtaaatcccaagcaattagcaagtatatgacatagaagttaaacaatagaacactaaaatagctacaccagaaccttcatggatagtttgccgcctaattgacaatctaatgcctaattggggtggttactctgctcctagggctaacttttggaaaactggttttgtatgagtgtatctacgttattcatgagggcatgaggcatagggactgtatagtaatgattcagggtctgtatcgtaatgtatagcatatttgtttccttcgttttctaaaagaaactacgagtttatttaaattaatctgatacgtgataatgtgatgaattcattatggtaattgtatatatgttagttgggtcaatctggagaattgacattagtaaaatgataacttgaactgtagttgaacattggccctgaatgctgattgttggaatttccagtcactcagcataaccatgtttacttgcacatgagccactctacatctggtatttcatttccacttctatatactcaacttaataataaaaagtcacgccataatatttttttcactgtacagatattaacagtaccctgtaattttgttccttttcacaattaaaaattgttttcattttggtcaacggtgcaggttgggaagacatattttgaactcgtcaattatttagaagccgatcatttttttgagttagcgcatcgactatcaccatgcacgttggagggaatggacatttactccactgttctttatgtaagtggactaactgctcttgtacttgagagtactttattcccaccttttgcctcaaatttcaccagctttgtttctcttttgcagcatttgaatgaggaaatgcggctaagttaccttgctcaagatcttgtttctattgatcgactatctccccaagcatggttcgtctttttatgcccagcaagtgaatgatattttggaccaaatgccaaaatggaactctgcaaatgtgctttactgaaagtaattaatagatgttaaagcaacacatctacttgattgattttgttagtccatgataactttgtcttagtcctgatgctgtgcaaaacatctggatgaagcaaggagacaattacagatctttagtggaaatgcttttaagctgacataatattgtgttacattttctaatgtatctgtttttaaatgttcaaaaggtgtgctgtgggaaattgctttgccttgaggaaagatcatgagactgccttgaagaattttcaacgtgctgtacagcttgactcaagagttgcatacgctcacacgctatgcggtcacgagtatgttttcgttcacactatcttataactggtgcacatatgagtttcttatcttgtattaatgtttgagatcacctgtcgaaaatttctaactatactgccattcctttgaactgtaggtattctgcattggaggattatgagaacagtataaaactataccgctctgcacttcaggtagatgaaagacactacaatgcctggtatggccttggagtggtgtaccttcgccaggaaaagtttgagtttgctgagcatcatttcagaagggcattccagataaatccttgctcttctgttcttatgtgctatcttgggatggccttgcatgctttaaaggtgatataatactccctccgtttcgaaatgtttgacaccgttgactttttagcacatgtttgaccattcgtcttattcaaaaacttttgtgaaatatgtaaaattatatgcctacataaaaatatatttagcaatgaatcaaatgataggcaaagaattaataattacttaaattttttgaataagacgaacgatcaaacatgtgctataaagtcaacggcgtcaaacatttcgaaacggagggagtaccatatactaatttttggtttccacttaccctcaaaactagaattttcatcatcatctggacaatgattaactatgaaccttctttctgaatcgaaactttcagaggaatgaggaagccttggaaatgatggagaacgctatatttgctgataagaagaatccactccccaagtatcaaaaggctttaatccttctaggcctacaaaaataccctgatgctctggatgagttggaacggctaaaggaaattgcacctcatgaaagtagtatgtatgcactgatgggaaagatttacaagcaacttaacattcttgacaaggctgtattttgctttggcattgccctggatttgaaacctcctgctgctgacgttgctataatcaaggtatagtacactatctttgcttatcccactcccaaagctccacctgcctccctccacccccattttgtttcctgcactacatattattttaaagaacttatcttggtgtctcttcctacggtggtccagcaatcattgctagttaaaattttgtttctcagttttagtatcttaccattatcgtacaagtctcaatgctgcaattcatctgcgtctgaataaccgagtcacaagtccatgtccatgtccatctgatgtttaacagtctgcaatggagaaagtacaccttccagatgaacttatggatgatgatgatgatgatgatgagatttaagctcactccgaagaacagaggggaggaaccaacattgattggcatgcctgtgcttcccgagtttgtagccagcgtggctgcgtgtgcttcactgcttcccgagggaacctggagattcaaggaagaatgcgcaccgtgtgctgttcgtaatctgcttctcctgtggactaactctctttggggcgcgaccatgtaccattaaccttccagttttgtagcagtagatgtaacatgtaagagcctagatcacacaaggcacaccagggcattagtttagatgtgtaagttaagagcgttggcaatgtgatctgtatcattgtagaattgtcagattactgaaagaaatcattgacaaataatggtaattatcggagcgatctgctgactgaagcagatcgcgtatcgcatgaactgttttacctggtgtcatattcaaggttgttagcatttctgctcaagtcaaaagaaatggagaaggcacaaggatggattgcttcagtgagtcagctttgttccactgtaagtggtgcatagataaagttatgaaatatgaaagcctttattttcaagcaaagtctagccttcgttctcttatcttggcagtagccttgtgattgctgctagcccattatgattaggaaatgattaaagaaaaaaagtaatagggataagcaattactggcaaaggtgagtttacttttagatgctgtgaatctgtagtgtgtggagtacttatttaaaattggtagtacctgtttaaaatgatctggtgagatctattcttttggtccccccaaatatggcggctgatcaggtgcacaaaacacgaggtgtctgtatcatttgaagctatttccagacgaattgtttcgttcgttgtcatttgagatggtagatcttgcccaatgctttcacgtaatggtgagttgagtaccattagttctctcccttttctcttacctaaacagggaaaacactgggttatactcgaaacactctcctgatattacatttgctttcatcaagagacgagagaccaacaggttgttgctgtaaacatttctttcattttcttcttgtttcttagctaaaaggccagagcaatcatcacgatggcggccggctcgcaattattgctcatgtacttgctactagctagtgtatttgtgttactaactgactatatatgcattggcattgcaaaggagttcataatttcattcgaactcaaatgactaatataattgacctaccaacacgacgcactgatgcatattatgcatgcagcaaaaccgattaaattaagtaattagtgtgcatgccgtgctggcactcactaattaatcacatccagatcgatgtatatatatgcttcctctttttatctgtacaagcaattcaatcgtacgtgggcttcccattggcaggaagtcaggcagaaagcgttgtcgtcgacaaaacaattagcgatctaa</dnaseqindica>

External Link(s)

NCBI Gene:Os06g0622500, RefSeq:Os06g0622500