Os01g0534900

From RiceWiki
Revision as of 18:52, 22 July 2012 by 124.16.129.48 (talk)
Jump to: navigation, search

Please input one-sentence summary here.

Annotated Information

Function

Please input function information here.

Expression

Please input expression information here.

Evolution

Please input evolution information here.

You can also add sub-section(s) at will.

Labs working on this gene

Please input related labs here.

References

Please input cited references here.

Structured Information

Gene Name

Os01g0534900

Description

Similar to Hv711N16.16 (Fragment)

Version

NM_001049791.1 GI:115437279 GeneID:4326412

Length

10939 bp

Definition

Oryza sativa Japonica Group Os01g0534900, complete gene.

Source

Oryza sativa Japonica Group

 ORGANISM  Oryza sativa Japonica Group
           Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
           Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
           clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
Chromosome

Chromosome 1

Location

Chromosome 1:21051387..21062325

Sequence Coding Region

21051523..21051783,21052940..21053173,21054209..21054533,21055247..21055492,21056516..21056856
,21057157..21057237,21057375..21057494,21057763..21057864,21058546..21058681
,21059243..21059389,21059759..21060072

Expression

GEO Profiles:Os01g0534900

Genome Context

<gbrowseImage1> name=NC_008394:21051387..21062325 source=RiceChromosome01 preset=GeneLocation </gbrowseImage1>

Gene Structure

<gbrowseImage2> name=NC_008394:21051387..21062325 source=RiceChromosome01 preset=GeneLocation </gbrowseImage2>

Coding Sequence

<cdnaseq>atggctactattcaagatataggtgtctctgcagctatcaacatactgagtgccatcactttcctgctagcgtttgctttcctgcgactacagcccatcaacgatagggtttacttcccaaagtggtatctcaaaggtgcaagagagagtccaagtcatgggggtgcatttgtgcggaagtttgtcaatttggacatgcgatcatacttgaaggtcttaagttggatgcctgctgctctcaaaatgccagaggatgagttaattagccatgcaggccttgattcagctgtctatctgcggatctacttaatagggcttaaaatatttgctccaatcacagttctagcatttattattcttgtgcctgttaattggaccaatattacccttcaaagctcgaaggtgcagcacagtgatattgacaaactttcaatatccaacatacctgtagggtcaaagaggttcgcagctcacctgaccatggcttatgttttcacattttggacatgctatgtgctgttacgggagtatgaaatagtggcaacaatgcgtctgcgctttcttgcatcagagaagcgccgcccagatcagttcacggtccttgtgcggaatataccgcctgatcctgatgaatcaattggtgagcttgtggaacatttcttccttgtaaaccatcctgaccattatcttacgcaccaggttgtctataatgcaaataagcttgataagatggtcaaagagaagaagaaaatgcagaattggcttgattactatcagctgaaatatgaaagaaatacatctcaaaggcctactacaaagactggttttcttggatgttttggttcaaaggtggatgctattgaatactacacatctgaaattgagaggatagaaaaggaagaaactgatgaacgtggaaagattatgaaggatccaaaatcagttgtgccagcagcctttgtttccttccgatcgcggtggggagcagcagtgtgtgctcagacacagcaaaccagtaatccaactgtctggttgaccgagtgggccccagaacctcgtgatgtctattgggataacctctctattccttttgtttacctgacaattaggaggctgataattgcggttgcattcttcttcctgaacttcttttatgtgctcccgattgcatttgttcagtcccttgcaaatattgaagggattgagaaggcagctccatttctgaagcctttgattgaaatgcgtactattaaatcattcatccaaggatttctgccaggaattgctctgaagattttccttatattgctccctagcatattaatgtttatgtctaaagttgaaggattgacatcggtgtcctcactggagaggagatctgcttttaagtactatatcttcttgttctttaatgtattcttgggaagcattattgcaggatctgctttagagcagctcaaaacatttcttcaccaatcagcaaatgaaataccaaggacaattggtgaagcaattccaatgaaagcaaccttttttataacatatgtaatggttgatggttgggctggggtagctggtgaaattttaagattgaaaccattgataatcttccacttgaaaaactttttcttggtcaagactgagaaagacagagaagaagcaatggaccctggaagcattggttttgactcaaatgagcctcaaatacagctctatttcttgctcggacttgtctatgctgtggtgacaccatttttgcttcctttcatattaatattctttgggttagcatatgtggtataccgtcaccagataataaatgtgtacaaccaagaatatgaaagtgcagcagcattttggccaagtgttcatggacgcataattgtagcattaatcgtatcacagctgcttctccttggattactaagcacaaaaggtgctggccagtcaacaccggtgctccttgttctccctgttgtaaccttttatttctataaatactgcaagaatcgctatgagcctgcttttgtggaatatccattacaggatgcaatgcggaaggataccctagaacgcgcaagagagccagggttcgacctcaaaggatacctgatgaatgcctacatccacccggtgttcaaaggcgacgaggacgacgagaagttctccatctccgacgaaccagaggcggagcaggttctcgtggcgacaaagcgccagtccagacggaacaccccagttccgagtaaatacaatggctctgaatcaccttcccttgctgaaattgtaaatgatcaacggctataa</cdnaseq>

Protein Sequence

<aaseq>MATIQDIGVSAAINILSAITFLLAFAFLRLQPINDRVYFPKWYL KGARESPSHGGAFVRKFVNLDMRSYLKVLSWMPAALKMPEDELISHAGLDSAVYLRIY LIGLKIFAPITVLAFIILVPVNWTNITLQSSKVQHSDIDKLSISNIPVGSKRFAAHLT MAYVFTFWTCYVLLREYEIVATMRLRFLASEKRRPDQFTVLVRNIPPDPDESIGELVE HFFLVNHPDHYLTHQVVYNANKLDKMVKEKKKMQNWLDYYQLKYERNTSQRPTTKTGF LGCFGSKVDAIEYYTSEIERIEKEETDERGKIMKDPKSVVPAAFVSFRSRWGAAVCAQ TQQTSNPTVWLTEWAPEPRDVYWDNLSIPFVYLTIRRLIIAVAFFFLNFFYVLPIAFV QSLANIEGIEKAAPFLKPLIEMRTIKSFIQGFLPGIALKIFLILLPSILMFMSKVEGL TSVSSLERRSAFKYYIFLFFNVFLGSIIAGSALEQLKTFLHQSANEIPRTIGEAIPMK ATFFITYVMVDGWAGVAGEILRLKPLIIFHLKNFFLVKTEKDREEAMDPGSIGFDSNE PQIQLYFLLGLVYAVVTPFLLPFILIFFGLAYVVYRHQIINVYNQEYESAAAFWPSVH GRIIVALIVSQLLLLGLLSTKGAGQSTPVLLVLPVVTFYFYKYCKNRYEPAFVEYPLQ DAMRKDTLERAREPGFDLKGYLMNAYIHPVFKGDEDDEKFSISDEPEAEQVLVATKRQ SRRNTPVPSKYNGSESPSLAEIVNDQRL</aaseq>

Gene Sequence

<dnaseqindica>10543..10803#9153..9386#7793..8117#6834..7079#5470..5810#5089..5169#4832..4951#4462..4563#3645..3780#2937..3083#2254..2567#gcccgtttccccttctcggcttcgtcgccttcttctcctcctcgaacagaagagtcggacccttccaaaagcgacgggtagattgccagccagcccaactccttcctactcctggtactactcctacataagaagaagtcctcccgactcccatcgcgatccctcgccctgctctgctgcagtgggagtaggacaagcggccgcgtcgctctccggttccatccatccacggagtagtagagtgtgccagtattagtacgagtggcagtttattctgcgtcctgcttcgttcgtcggtgaggaggaggaggaggagagagggaggggggcagagtgggcgcggcggcatttcggagggggatgtgtagcggcggcggcggctagggtggtggtttgctgttcttcgaggtgggtttcggggtttcgttcgttcttgggtttgttgtctccttccccgccctccgctctccctgcgattctctctgctcctgttcttcgcttcctgttgctggtcagatctggggtctccgggtgcttcctccctttcaaattttgtctccccccgtctccgatgcatttggatgttttggtgattgtttcaatccgtttcctccatgggtgaccatgcggctatagcgctatacgactttgctttacttctgttgtcttaaaactttttttcagctattcttacgggggagtccaagaagagaaacattttgttggtgtccttccgatttttatgggggaaacgaatcttttttgttttgtttttgcaaacaaaatagggaaattttgctgtatgccactcggaaaagctctcccctttgggactctgctgcaaagtagtaggagtagagttcttttattttctgatatgacaaagtagagtactattaccgcaactaatctaagattattgtctttcttgtttaactgttcatgtgctaaatcccaactgttagcacaaaatagtactactaccagatgaactggctttggcttccaccgcaattttcttttgctttttcgctgtcaatttcacaaattaaataatggtagaagatatggctttggctaccattatactactagtagtaatgatcttatgatttttttcgtccagttggcaaattaaagttagtaagaaacctgcctgcttaatgctacctttaaatgcctgccgtttttaaatttaaattacttttctaggctggcgtttcaagattttgtttttaggaaagctttaggcttcaagcggacgttttttcaattcaatgaatttatacccaagttgtgatcttttggcctgtcccgatcacacggctgatattctgcacctaaaaccaaattttgttttcttactcgcacatgtgctacaataatactaattataaggactgttggattatatctaaccatccataattccagtcctgttgcagctcatatagttcttttttaaaaaaaatgctggaggtccaaagttcgtatcagcctaatccattgagcatcgcagagctgatatgatgggaatattagtggtttctcttctggttgtcaaatataattttaggaataaaatcaacatttacttcctttctgtagctgtcagtcagataggattgctgcacctatgctcgagttaatgtacgttataccatgcgaaactctgaaagtatcttatcaatgtcttgcgatcctcttgacaatattaacccctgaatcagtatttttaaatgggcattttcatctgttagatctgcttgttgtctttgtgctaaaaaaaatcaatttggtctgccgttattgatgcgatactggaattcacacaaaacatacctttgtgctgaagaaaacaattgaggcagtcaccattgatataggataatggattcaaacaaaacatatcttggaattacatacctattttacatgatcttggtgctaaaagggttgaacataattgtggagttaaacctcgattcaagcctgtgcttatatgggaatcatactatgaatcaaactagaacttaatgtatgatatgaaatttccaagattggtggctatacccctctttacattgtgtggttgtgttccccactcaacatgtcacattgttttgctattttgttcactaattttatagtttgtttaacataaaagtttgttccctgtaaccgtagtattgttttcttacatctttcagctagcatctgtagtaattctcgcaagttatttgaaggacaaatatggctactattcaagatataggtgtctctgcagctatcaacatactgagtgccatcactttcctgctagcgtttgctttcctgcgactacagcccatcaacgatagggtttacttcccaaagtggtatctcaaaggtgcaagagagagtccaagtcatgggggtgcatttgtgcggaagtttgtcaatttggacatgcgatcatacttgaaggtcttaagttggatgcctgctgctctcaaaatgccagaggatgagttaattagccatgcaggccttgattcagctgtctatctgcggatctacttaatagggtatgcaatttatattcataaattctgctaactttttaagtcgtcaattatactttaggtcagacatatatttaagggaggggggggggggggtttagctttcaggttttctccttgacagaagggaagggctctagtgttggaccatattttaatatttacatactattcattttaattgtcttatatttttatggattctaaatcgttgctatttctccatttcttacatatgtagaagtgtacttctagtaccgaaaatgttgttttgttgaatgtttctgttttatccactgggtatctcccatctctgttacttttctctgccaatacttttacactaatctcctttactattaactgttgcaggcttaaaatatttgctccaatcacagttctagcatttattattcttgtgcctgttaattggaccaatattacccttcaaagctcgaaggtgcagcacagtgatattgacaaactttcaatatccaacatacctgtagggtcaaagaggttagtaccagataatttttctgtcttaaaatatagtaatatacctacatattactgttaatgttgtgtaccatctttggctaaaatatgggcatgcctgatagattacttcaaacacaatttaagatagtgagtatggggttggttcaaatggtaagtggaatgatgattgctcttactttctttccccatttgggcttaggaaagtcatgaagatccgaagatgtatagagatgaccatgcagtatgaacaaccacccagcctctgtgataatacatgagctgggagtcagaaacggtagtagcttgcatgtgtggggtgtgcaattctgaaggccattaattttaacctagcttgttgtgtcagtttggtgtgatactttgtaatagtaattagacaaatagtcgcaaaggtttgatcttgccatagataagtaggtgagtggttatagttgatattagccttccaggcagcacattagtcttgcaggataccctgttcatcaactctgaaactattgttttagtgttcactatgcctgtgacttttttttaatgcaggttcgcagctcacctgaccatggcttatgttttcacattttggacatgctatgtgctgttacgggagtatgaaatagtggcaacaatgcgtctgcgctttcttgcatcagagaagcgccgcccagatcagttcacggtatgatcttgtgaactctatgcatttggcagttcaatttatattacttgatattttctttctaatgtgccttccaattctacttagttcatagcatgtcatgtcactaacagtgttcatttcacaatgaatctaataatgccacttaagtctttttacacatctatggaagacaaaaaagcttcacctcatggatagtgattgagggactacgtgggaacttgaataatgtaaaatatcagctgataaaaaagataatcatgaaaaccactattcttgaaatgttatggacattgagttgttgacatcaaaaccataaaagtatcattattgaatgcttgctgtatactgctcattctgtaaaatgaaaattgttaggtatgtttgcactgtttattcttatagatgctctaagaaatggatttctatccaaaagaaaagacgaattagttagggcaccaatagtttcaactgccaactgggtataatttttaatgtgacttttgaacttgcaagtacctggttctatccagatatttaactaagctgaatgtggctaaccaagataggttggtgggagaactcatctttaaaattggaaagcctctggtgaaggaagattttgtaactgattatgactgaagagcaatgatatactaattgaccaatgttgatttttaggtccttgtgcggaatataccgcctgatcctgatgaatcaattggtgagcttgtggaacatttcttccttgtaaaccatcctgaccattatcttacgcaccaggtaatatttatattttacagtctggtatttatgcttcactggatctttctgtctggtcagttcaaagttcatagcgaagtcatgtgaatagttatatgccattaacttctttcatatatgcctttcctttttatctttctgcaatcaaatgtagttctgtttgattccttagttttaactgcttatcgttactaaaaaaaaaaaatctatgctctgatatggcttaccactaccatgttcttatcattcatttcatggactggtataggttgtctataatgcaaataagcttgataagatggtcaaagagaagaagaaaatgcagaattggcttgattactatcagctgaaatatgaaagaaatacatctcaaaggcctactacaaaggttgttgctaaatttgatcatgttaatctctttacttctcttacacagttcttgttgtttttatcaaaacaaaaaagaataatttttatttatgattccttatttattcttcttatttttctatacttcttttccagactggttttcttggatgttttggttcaaaggtggatgctattgaatactacacatctgaaattgagaggatagaaaaggaagtaagtcataatatctttgtgctgtgcctcctaatgcattattctgctttgagtctagtgttatttcaaaatactacagttgacttcatatagtgtcttaacaaaagtaaagcttcttgctattttactgaagcaaatagtgtctttctttcttgtctttgcatccatcaatattggcaaatatgtgttagcttttattagtaattagcactgtataagttgaatgttgtgtttcacatgttaaaaggatttccccagtaccataaaccaccggattaacttcttataaatgatatttaggaaactgatgaacgtggaaagattatgaaggatccaaaatcagttgtgccagcagcctttgtttccttccgatcgcggtggggagcagcagtgtgtgctcagacacagcaaaccagtaatccaactgtctggttgaccgagtgggccccagaacctcgtgatgtctattgggataacctctctattccttttgtttacctgacaattaggaggctgataattgcggttgcattcttcttcctgaacttcttttatgtgctcccgattgcatttgttcagtcccttgcaaatattgaagggattgagaaggcagctccatttctgaagcctttgattgaaatgtacgtgcatttatctctttcttctgcaataattattatcagttgttcctcaattttttttttcagttgaaagcttaccacatactgcttttctagtattggattttcagaacatggctttatgatcttatcatcatccaatatatgatttaagtgctactgccatgtaataaattagacttctgtgtgggttgcaacttgcaaggaatgttattgcagaaaaaaaatgataaaatatatttttgttaacttttgatgatcaaatcctttcaagatatcatagggtcagttgtcctttaaggctttaagtaagcttcaagataaatatcatgcagaggtaacagaggctttttcctaccgaatgaaactgaggaaatgtatgcatgaaatcacggttgaacttgaacttactgttaaagaattgaaaacatggcttggatgctatgaaggggtttagtcctgctgcactgtgcactctttacagatgtatttctgttatatattttggcacataatttgtgaatttccagtcattgcaaatttattgtttgttaacatttcattcttgctttcttttggaaatacaactgaaacttgctagaatgaaattaattagcattatatcagttgtgcttttgcacctgctttgttgcctgtggccatcaataacttgatgttctagtgcagctaaagtctgttctatacacctgatccagtacttgctgaaatctgtccattgaatggttgatgctaagcaatactgttttttgcatcttatttttcctctattatgaaaatgttttggcaatctaccaatctcacaacttatccattaatgtaccactttgaggagcaagcaagtcatggaacctaccaagccaaagtatatctttgagcacctaatgccctaaatagacaagttcataaactttacatttgatttactacttttttcttctacattcttctgttgttgatttgtcatttcacttatgtcaatttttcttttcaactattgcccaggcgtactattaaatcattcatccaaggatttctgccaggaattgctctgaagattttccttatattgctccctagcatattaatgtttatgtctaaagttgaaggattgacatcggtgtcctcactggagaggagatctgcttttaagtactatatcttcttgttctttaatgtattcttgggaagcattattgcaggatctgctttagagcagctcaaaacatttcttcaccaatcagcaaatgagtatgtcctctttgtctaccccacaagctgcaccttcaatccattatcctgtatgcttgcaatttatatatgtcctgataccacaatttaatttaattttacaagccatcctatctctctgattgagctcaactaaaccatagaacatcaccaaccatagatagaagtgtacaataaattatgtcaatgtgttgatatttttttcctttgttttgttcatagaggtagttgacaaaacaaaaaaatattgactatgccaaactgatagttgcattcttttgctagttacaatatagatgtgtctcaagccttaaaagttttgcacgacatgagacagcaggcaattctattggctgttacctatgacatagatggcagttgcaatttatttacatgagccagctgtagttaaagaagagagtgagggagggagtagcaccaaccattctagagcgcatatacatgggtgttttttgttcattcagaactaaacatgaaccgtgaaaaaagtggcacgaaggtgcacattcatcatatcatttactaataaggaaacttgctttgtcactgacgtttgcctattgtttttacattgctctgctgccctgcctttcatgctcttcatttgtgctacaatttcctattgtatttcctttctttttcgaagaaactcttatactccttttcaactgtacttatttgcctctttgcagaataccaaggacaattggtgaagcaattccaatgaaagcaaccttttttataacatatgtaatggttgatggttgggctggggtagctggtgaaattttaagattgaaaccattgataatcttccacttgaaaaactttttcttggtcaagactgagaaagacagagaagaagcaatggaccctggaagcattggttttgactcaaatgagcctcaaatacagctctatttcttgctcggacttgtctatgctgtggtgacaccatttttgcttcctttcatattaatattctttgggttagcatatgtggtataccgtcaccaggtaataaccctttggaacactttgtgatttttagcactttgtgattaatcatgaatctgtccatcttttgttttggggtgccaagtgaaagtaattcttgaaaaaatcattttcacaaatatatgtctatcaatctgagtacttctttttgtactttgttcaaataatcatgaggcttgggttcactggctaacttcctgtgttattattgaagttccacatcaggatactatggaatgcatgtgctgtcttgatggcagtcggacaagcaaatcatttgcattgtaaatttcattgttagaaacatgcagaggagccctctttaaagttttgaggctactgctatcatcatatgtgccatcatttaatatgacatatagcaaaattaaccatgttaaattttaagaaacatgtccagtacattgttgcaaaccatcttgtgggtccaaaagcattgattatgaatgagagaatgagataaaaaaatgcttacatttcatcacccttagtttggattcataaaatgaatgtgagaatttccgtttccattatccttttcacttattgtttgccaggggtttgtcctcgttgtttctcccagcacaaatttaatttggtttgaaatttgactgcgtttctgctacatcaaggacacttcaaacttgttttttcccccattttggaatcaaaacgatgttgttttctgttttgtacttaaataatggataaccaattgcattaggtagctccatataatttatcatgttgctatacaatcgcataccctgtctgtacttgtttgtcaggtgtgatagtctatgtgtttgctagtccacaattatatagttcttttgattctttggctatgttgtctactattatttccatgtaagaagttagcactctcgcctttcactgtattcaaaggaattaaatgtgtgacaatttagtcttcggtgcaatagaacaagtaattctacattctgattatgtattaaaatgattgacttcctaactgagggttcattgtttcagataataaatgtgtacaaccaagaatatgaaagtgcagcagcattttggccaagtgttcatggacgcataattgtagcattaatcgtatcacagctgcttctccttggattactaagcacaaaaggtgctggccagtcaacaccggtgctccttgttctccctgttgtaaccttttatttctataaatactgcaagaatcgctatgagcctgcttttgtggaatatccattacaggtaatgctcatctcagaatcagtttatcatgccactatgtattttaagtttttatctattaaaccttagcttgtgaaataaaaaacaatattaaaattctgaagttttcgtagttaataccttgggatgaaagttcctatacatgttgataagaacatatgagcgtattatcaccaattcacccatggttctatttgaaatgaactgtaaataaccaaaaacattgtagatgtctgttaccataatttgtctagagccctatagaattgctttttagccaaagctgtcgtggtgtagtaaaatgaactaaatatccagaaatggtagattttaacagccagcaagtttaaaatgttttatacaatcttgttagcaggattggcatatagttgccttcagtaagatttgggtgtatgacgtactgaagtagtattatttagtcgatgaatattcacatttttttaagaataagagtacatggaagtggctattctcatcgaatgctgctttgcaagaaatatgccaagcacaagtctgcaactaacaagatatctgaaggcatctgtttaaatcctttccaagtgtgtgtgatggtcctatgtgttcaaatttaccaatagtacaacataagtactctgccattaaattattttcgacgtgcctttttttacaacaaggctactgctgttgaatggttctgcttacaaaagaaatcatttgtagtgatatctacagagatggtgttgaaactttatcatgcaaaataaatgtcttaacatacagcctcatcgtttggcttttttcgtaataagccaaaacggcttattagagaataaaaatgaatttgtaggtaaaacttttatatatgtgttctcggtgacttaaaagccaatgttgaaaaagaaactacgttgaaaatatcttaaaatcaatgtcaaaattaagtttgaaaattcaaattttggctttttctttagctgaataggccatccgatgggagccataacttggatagaattgaagcttctatattttattttggacattgtcagttctatgtcaaaaggagaatgtgcatcttgtgaattagagaaactgtggaattcaaccttcaaactgaaatcaaccaataacgtctcatcattcccttttccaggatgcaatgcggaaggataccctagaacgcgcaagagagccagggttcgacctcaaaggatacctgatgaatgcctacatccacccggtgttcaaaggcgacgaggacgacgagaagttctccatctccgacgaaccagaggcggagcaggttctcgtggcgacaaagcgccagtccagacggaacaccccagttccgagtaaatacaatggctctgaatcaccttcccttgctgaaattgtaaatgatcaacggctataaatataatagaggtgatggctagtaggtttgtagtttcgacatgtacattaaagagcaccaataatggttttgaggatcggttttgtttacagcaaggaggaatggcaaaatatatatatatataccaatgggctcc</dnaseqindica>

External Link(s)

NCBI Gene:Os01g0534900, RefSeq:Os01g0534900