Os01g0702400

From RiceWiki
Revision as of 18:57, 22 July 2012 by 124.16.129.48 (talk)
Jump to: navigation, search

Please input one-sentence summary here.

Annotated Information

Function

Please input function information here.

Expression

Please input expression information here.

Evolution

Please input evolution information here.

You can also add sub-section(s) at will.

Labs working on this gene

Please input related labs here.

References

Please input cited references here.

Structured Information

Gene Name

Os01g0702400

Description

WD40-like domain containing protein

Version

NM_001050529.1 GI:115439428 GeneID:4326934

Length

9403 bp

Definition

Oryza sativa Japonica Group Os01g0702400, complete gene.

Source

Oryza sativa Japonica Group

 ORGANISM  Oryza sativa Japonica Group
           Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
           Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
           clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
Chromosome

Chromosome 1

Location

Chromosome 1:30865781..30875183

Sequence Coding Region

30866311..30866427,30866516..30866600,30867160..30867262,30867386..30867470,30868002..30868085
,30868215..30868318,30869110..30869371,30869566..30870002,30870225..30870306
,30872501..30872677,30872748..30872801,30873228..30873320,30873400..30873465
,30873580..30873626,30873753..30874018,30874175..30874433,30874580..30874964

Expression

GEO Profiles:Os01g0702400

Genome Context

<gbrowseImage1> name=NC_008394:30865781..30875183 source=RiceChromosome01 preset=GeneLocation </gbrowseImage1>

Gene Structure

<gbrowseImage2> name=NC_008394:30865781..30875183 source=RiceChromosome01 preset=GeneLocation </gbrowseImage2>

Coding Sequence

<cdnaseq>atggcttcgcattaccaggctgccaccttgatcgcgtcgccgtcgtacccaaatgcaatcgcttggtcgactgagaacctggtggctgttgcctctggtcaccttatcactatcctgaacccatctgcactggaggggcctcgggaactggttgttcttcgtcctagcgacccatttcccataggagtggttaacagagaagatctctttgaaccatgtataatgcccacttccttagcacgtgaaactgaattatgcgctcgatctatttcatggtctcaacaagggttttctcctaactccggttgtctgttggctgtttgtactgttgatggtcatgtaaagctttatcggtcaccattttgtgaattctgtgatgaatgggttgaggttgcagatatatctcgattgctgtttaagttttacaaaggtatagaatttggggaaaatgatggtcctagttcacttcctcaggaaaaagaaaatactgaacaaaaccagcaagtcatgtgtattggtaaactgcaagagcctcttctgagcatgggtacagaacggagaaaaaggaaaccagcaagatttgaaggttttgtttatcatgaggataatggtggcgtagatgctccaatggatgcggactttttattggatccaatctctaatttaaagaaaaaaacattgaagaagcgcagtgtagatgctccaaaggatgtggactttatatcggatccatctaatttaaagaaaaaaacatcggagaaggacgatgtagatgatccaaaggatgcagacttttcattggatccaatctctaatttaaagaaaaatacactgaagaaggtcacgagacctggacttgacgatgctgtcagaaatggtcagggcaacactcaaaatattcagacaccatcatactgcaatggagaagacaaatctctcccacttattacggcaaaacagtattcatgtcgtgaagcacttttgtcttctctcgtagttgcatggtctccagttctaccatcacctgacagaagttcttatttcacgggacattggtgcattcttgctgttggttgcaagtctgggagtgtttccttttggaaaatacacaaacctgaatactacacaatagacatcggcatggttactagagatccaatgctgatcggggttgttcaagctcatttatcatgggtcactgccataagttgggaacttttttcctcaggctcttcaaaacctttgttgcttttggcaactggatgctcagatggaagctcaaagatatggctgggtgatattgaagggttaaatcaatgtacatgcgcaaaagaagtgcccttgacattagtggctgaggtcactactgattcattagcaccagtctcgtcaatctcattatctgcaccagctcagcatcaagactcagttaatctggcaattggaagagcatctgggtcactagaagcatggtcgtggaacatatctggtaacaaaattcagaagattcatgcatgtgacgctcatgatcaagtggtgacaggtctgtcatggggttttcatgggcattgtttatacagctgcagtcaggataattctgcacattgttggatgttcaacgaaaaacatctagaagaaattcctctgcacacagatggtccggagctgaaagagtccgtagatctcacagaagtatccgatcgatgttatggccttgcactagcacctggagaactaatgattgctgtggtgcgcagcttggactcaaacttgttaaatcagatgtatcaggccaggacacaaaaggcagtggttgagttcatttggattggtggtcagttccttggtattccattggacaatagcgttatcctcagtcttcagtctgccgccttatctgagactaatttcttgtggtggggatccaacattttttggtcactgaagaaatatgagaattgtgaaacagtgcttgtcttatgggatctcattgctgcactacaagggtttaagaaatctgcacctacctttcttgagacattgatgcataaatgggtgtcagaaaaaggtaatgatgtaatggctgatttgtggaacaatcttctggtaagaagtgaaagggagctgcaagagaggcttgtggctttcacttttgctgctgtcctcaaccgaacagcatatttgctcaagggtgcccctgctgaaaacagctggtttcctgttggagttgcccagatggactcttgggcatccatgaacgatggagaagtgagggatgagctcaaatttcttagaacgaggatcaatgatctaggagacaggatcaactcagtgtgcgagtactcagttgaagaatactgcacctactgcaatgcaccagtccccttcgagtccgcagatgttgccatgtgcagtggtagcaatcctgctactcccccagctgaagctcacaaattgtcaagatgcacagcgtcgatgcggctgtgccctgttcttcaaccaacatggcactgcgcgtgttgcgggaggacggtcgacaagctgctgccggaaatattcttcaccatgcccacatcattttgggatgtcactcatggtaacgaatcgcttgatttatcagcgccggccgtcccattttgccccttctgcggcatactgctgcagaggataaagccggagttccttctctctgtctcaccggtatag</cdnaseq>

Protein Sequence

<aaseq>MASHYQAATLIASPSYPNAIAWSTENLVAVASGHLITILNPSAL EGPRELVVLRPSDPFPIGVVNREDLFEPCIMPTSLARETELCARSISWSQQGFSPNSG CLLAVCTVDGHVKLYRSPFCEFCDEWVEVADISRLLFKFYKGIEFGENDGPSSLPQEK ENTEQNQQVMCIGKLQEPLLSMGTERRKRKPARFEGFVYHEDNGGVDAPMDADFLLDP ISNLKKKTLKKRSVDAPKDVDFISDPSNLKKKTSEKDDVDDPKDADFSLDPISNLKKN TLKKVTRPGLDDAVRNGQGNTQNIQTPSYCNGEDKSLPLITAKQYSCREALLSSLVVA WSPVLPSPDRSSYFTGHWCILAVGCKSGSVSFWKIHKPEYYTIDIGMVTRDPMLIGVV QAHLSWVTAISWELFSSGSSKPLLLLATGCSDGSSKIWLGDIEGLNQCTCAKEVPLTL VAEVTTDSLAPVSSISLSAPAQHQDSVNLAIGRASGSLEAWSWNISGNKIQKIHACDA HDQVVTGLSWGFHGHCLYSCSQDNSAHCWMFNEKHLEEIPLHTDGPELKESVDLTEVS DRCYGLALAPGELMIAVVRSLDSNLLNQMYQARTQKAVVEFIWIGGQFLGIPLDNSVI LSLQSAALSETNFLWWGSNIFWSLKKYENCETVLVLWDLIAALQGFKKSAPTFLETLM HKWVSEKGNDVMADLWNNLLVRSERELQERLVAFTFAAVLNRTAYLLKGAPAENSWFP VGVAQMDSWASMNDGEVRDELKFLRTRINDLGDRINSVCEYSVEEYCTYCNAPVPFES ADVAMCSGSNPATPPAEAHKLSRCTASMRLCPVLQPTWHCACCGRTVDKLLPEIFFTM PTSFWDVTHGNESLDLSAPAVPFCPFCGILLQRIKPEFLLSVSPV</aaseq>

Gene Sequence

<dnaseqindica>531..647#736..820#1380..1482#1606..1690#2222..2305#2435..2538#3330..3591#3786..4222#4445..4526#6721..6897#6968..7021#7448..7540#7620..7685#7800..7846#7973..8238#8395..8653#8800..9184#atagggcggaggaggacagcacgcgctccgctcgcccgccgccccacgccccccgcacgccgcggcccttcgctcggctgccggttgctgccgcgcccctccgctcgtccgctccactccgcgtcgcagcaccggggtgggagccggcgcggcgagtccggccggcctcggggaagcgctgccgcgctcttcccgactccggcgactgcaacggctgctccacctccgcctaacgtttcccatcgtcagcctcctccctcttatactcctgcagttttagctctccgccactattcattcctttcctttcctagggcttagctgaaatttctccgtagcgaagaggaattgggtggtgggggattaaacccgatccatctgcagtgaggattttcccccatgtgtcaaacaagcatgctgtggacttacatataggatgatagaacttagacgaggtgcaggtgcagtcagtggctcaactgaacccccttgtcccgcgttaatttccgcctggttttgttgtgagtgccatggcttcgcattaccaggctgccaccttgatcgcgtcgccgtcgtacccaaatgcaatcgcttggtcgactgagaacctggtggctgttgcctctggtcaccttatcactatcctggtatgtgtggtttcattgcattagtgtattcgaaccatgttgtcctcctcaggagttatgactgttcatcttgtgtttttgattctagaacccatctgcactggaggggcctcgggaactggttgttcttcgtcctagcgacccatttcccataggagtggttaacagagaaggtacggtttccagtgaaacacatgaatttgtgctgcattccttttgcttttcacgtgttatcagtttagacggataatatgattgccgaagtggagtggaagagatgctcggtgttaagtttctttatgttagcactgcatagtaagaaaaaatgattgggacagcttgagtttagcagttactttagagttctgtcaacaacttaaatgttatgggtggctgttgtgcttgagatcacggtggacaactccaaatgatgataaatatcatcaatatgtacactttgctttctttaaaaattattaagcaatgccttaggctaattgcatgtgaagatgcaattcaacaatatgcatccagaagttacgctttcttaaacatcaattcagcagtgtggatttgagttcctacaaaaataaaattgtaattttaatatgtaattatcttgattacatgaaatttttggcagtcaacttctcttgtgacaaactgaaaagtaacactggacatcgatagaaggtgcgcaccaggaatcagtttttattgcttattttgcagatctctttgaaccatgtataatgcccacttccttagcacgtgaaactgaattatgcgctcgatctatttcatggtctcaacaagggttttctcctaactccgggtatgtctttttttaagtcgtttcatcacatcatttttgtctctctctagatttattcttcagcactactaggttcatttgcttatctggcctctgtacttttttttccctatatggattcagttgtctgttggctgtttgtactgttgatggtcatgtaaagctttatcggtcaccattttgtgaattctgtgatgaatgggttgaggtaagcatgttcacctaatgtattattaatttagtttattgactaacttaatttgtataaacattgatagctgggcagcttgattggcctgccaaattcctgttatgcaacagtaatttgttccatgtaggtccaatttgccatgtcccatgcaaccatgcagccccctacattattttttcactatctaagaatttgaaaacatattggacaggcaatgcagttaaaataagcttaacaatcactgcaccacctagtagacattcaaccgtttgttcagtactacttctgacttcgattacagacaaaagaagatattctttttggcagttttgtttgtatttctctgtgtttttcttgctgtttgtcatgtcccttccttttccttttgccattagataaaatatttattttcattcaccacttgtaatcatttgaacctatcagttacatatgcttaggatatctcagggtgtatgtgttctttagttttctcatattctgcctgtcaacttaaatctattggtctaggttgcagatatatctcgattgctgtttaagttttacaaaggtatagaatttggggaaaatgatggtcctagttcacttcctcaggtattctcccatccatccactctatcaccagtgtctccctttcattggttgcctcagaaaattttttttttgtgaggcagaaatatatgttattgagttaacttacagaaagtttgtcttctgtgtcaggaaaaagaaaatactgaacaaaaccagcaagtcatgtgtattggtaaactgcaagagcctcttctgagcatgggtacagaacggagaaaaaggaaaccagcaaggtgagtcacactcttctgtttgctggccatcaaagtttaagataacaagatggtccaaaggggttagttcaagaaataagatgatgggttctatgcttacaatttgatgtatgataatgagtgcctagagtcgttcaaaaaaagataatgagtgcctagaagtataaaatgtatttaccagagaaagatctatgcttaacactggcagactggcctagtgcacttacttggtttctctggtggtacattgtcaatgggtaaatattctgcatgtgctatttgaatcaggtttaattttagccagggaaaattgaagataatctccaacaaactgaaaatggcaatgatagcaactcagtttcccctttcctgacagtctttgacttagacgagcagacaaatgtgtcaaggattgcaaaaaggccattttattttctatcattaggtggcgagaggctgcttataatgtggttgtataaagtaattcttttttcgtttggcacgacacacttgccatgtgtggttttggaataagattgataatttagaggctcttgtttgctaatttttacagttgaagtactgaattactgacgattactggtagaaaaactgtagtaagtatttgctatgggttgttgctaagcttattataggatgccaattgttcatatgtcaacctatccgccactgattaatgccttccttttcgcactaactttattttgcaagaagctatttttggcctataatcgtatgttaggtctgaattattttgtttcattttttagatttgaaggttttgtttatcatgaggataatggtggcgtagatgctccaatggatgcggactttttattggatccaatctctaatttaaagaaaaaaacattgaagaagcgcagtgtagatgctccaaaggatgtggactttatatcggatccatctaatttaaagaaaaaaacatcggagaaggacgatgtagatgatccaaaggatgcagacttttcattggatccaatctctaatttaaagaaaaatacactgaagaaggtaggatttacatgttcacatttaggttaaagtccccagtgtatgcccattagttgttaacattaaaagctaaaccttgtttcataactaaggagagaactatttgtgctgttaaatcacactcgcacatagcctattttatatgatttttttttctttggcatcctgtatcttttacctggttgtgattgtaggtcacgagacctggacttgacgatgctgtcagaaatggtcagggcaacactcaaaatattcagacaccatcatactgcaatggagaagacaaatctctcccacttattacggcaaaacagtattcatgtcgtgaagcacttttgtcttctctcgtagttgcatggtctccagttctaccatcacctgacagaagttcttatttcacgggacattggtgcattcttgctgttggttgcaagtctgggagtgtttccttttggaaaatacacaaacctgaatactacacaatagacatcggcatggttactagagatccaatgctgatcggggttgttcaagctcatttatcatgggtcactgccataagttgggaacttttttcctcaggctcttcaaaacctttgttgcttttggcaactggatgctcagatggaaggtcagtacaacttccgtcaccactgtaaaggattttacatttttgtcatactatgtgacagctaactcttgaatttgctcttccatggttccatctctctctctttctctctctctctcgacaatttaagcataaaccactaaaattgtgatgcttccttaatcctcccaaatacctgttttactcaaaacctttcaaattcgttttctggggttttttcagctcaaagatatggctgggtgatattgaagggttaaatcaatgtacatgcgcaaaagaagtgcccttgacattagtggctgaggtacataattaccattaccctgtgttgtctattgatatacatatttgattcgatatatgactaatatccaatattctattaataaaactagctgggtaacccgcgcaattgcgcaggtatctagttgtcttaagattttgaaaaccaaaccttattgtccccttgtttctatattatttttatagttttttaaaatcacaccagttgccacccttacttgtgtcatccccttctttatttgcttgctcgatctaccactatttctattcattctctcagaacctttaaaaattaagccttataatttctagagtttattgtctcattggttccatttttataattttagaagtcccgttaaatgctgccattatactattctgcggcccgtccgttgcctccgcttttattgtcattgggatttttaaaaatcaaacataattattgtttgggtttattttttttactttatagaagtccagccaaaccgccagcggctatgtcacagtactcctctacggctcgcccgctgcctctcctctttattgtgattgagattttaaatcgaacattatcatcattgttttttttttactttttagaagttccgaacctactttttagagtttattatctcgttgggttttatttttataatttttaaagtcccgtcaaatactgacactatactcctccgcagcctgtccgctgctttctctctttattgtcacattgggatattaaaaatagaacataattatcatttggattcttttacattctagaaattctgtcaaaccataagtgactttgccactataatactttcctttacggctcgcctacagcctcccctctttattgtcgttaagattttaaaatcaaacatggttatcattgggtttattttttaccttttagaagtcccgccaacagtcgtgatcatgttgtttaacggtatgtccgtcatctctccttttaatattcagtaggattctatttggggttttattaatagtttttagatgtcccattaaccgtcaccactctacttctttacaaacatgttacttctcccatatttattgacatttgtcatctgtgttctagattttatttttttaaaaaaattccatatttttcattccgatattttttatttacaacattatactcctatttgaactcttataattatttttctattttcagaatttattttatttgttatttggaattttaattaatcttgtcatgtgttctagatgtctcttcttccaatagtatttattttttattacgaattttagttatttataaattgtatttctagttgaattcttatttttcgttttgtcatttcagaaattattttttattttgaattttaatttaatcttgcattgtgatatatatggactattctccgattgatatggaaatttctaatccccacaacgtttgtctgtgttaattaaaccgacggaccatgataaaaaacgaaatccttgcgtatttttttattaggtatagatataggttttagaacggaacaacatgtgtccaaagtgaggactaatagtagtactcggattgtttgctttgctgtatgcatatactatcgtttatgtttttctctgcagcatgcaaactctctctgttggtatgtgtttctgacacccagtgtggaaagtgctacttctaaatagagttatgccagagtttagttggcttaagaataaacactaataagagtctgattattagaggtgactgcttatttttctttgatatttagctgggaattaggcagtcatccatgggaatcggacacaaattcgtacttatgtagctaaagctagttttctatttttgtgtttgtttccaacacttacatatggtaatatgcaaattatatcagattccaaataacaaaacaaatcaagtcaaacttacatatggactgtcattaaatctctaccattaaaatctagtcatatcacaatacaacggttaatatttttctctttttctccgattaatgtgggaatttctagcccccacagcgaacgtgatgcctcctttcaaagctatcttaataatataatagattgaaatgcccatcttgcactttctagttccagctaatgcctttctgttattaaatatactgctccaaacgttgtactgtcaggtcactactgattcattagcaccagtctcgtcaatctcattatctgcaccagctcagcatcaagactcagttaatctggcaattggaagagcatctgggtcactagaagcatggtcgtggaacatatctggtaacaaaattcagaagattcatgcatgtgacgctcatgatcaagtggtaaaatttcattttaccttagtatgtttacatcttgataaaagaaaaaaaatatctaacatcaccataggtgacaggtctgtcatggggttttcatgggcattgtttatacagctgcagtcaggtgtgtttatgtcctcgttgcactttgtaattaattctgattttgtttttaaataaaaccaaagttccgttgacagtatgttaacttttctattaaagtgtaaactattttctatgttctcagtgtattcacgatctctgtctttgcaatattactagctgctgattacaaaacgtgcataaataactgatggcagattgacgggagacattgatttctgtagtattttggagttgtgttagttaagacttggaaagctgaagttttctgaaagttatattttatgttctgctgctggatcataaaatcctatgcactgtgttgacttattttcttgaaccttcaaaaaatcctgcgcactgtgttaacttattttcttgaaccttttgttacttgcttatgcataaagccttgctactttgtcaggataattctgcacattgttggatgttcaacgaaaaacatctagaagaaattcctctgcacacagatggtccggagctgaaagagtccgtagatgtaaaacatatactcaataaccctttatcctgaacatgcaagttttttcttctggttgacatctgaaatgtgcatgcagctcacagaagtatccgatcgatgttatggccttgcactagcacctggagaactaatgattgctgtggtatgctttaggctatctcttatatctgacgcatattgcttaactgtgcaacatttgtacttgagctttcatatataataagctaaaacaatttatgaatgttatctccttcaggtgcgcagcttggactcaaacttgttaaatcagatgtatcaggccaggtaattttgtttgggagttcggtatgggaagtagtgaggtctgcttggatctaattaatgatttcttttatctaacatttagaaaatccactgtcatcacaataattttgtgaataaaaacaacaggacacaaaaggcagtggttgagttcatttggattggtggtcagttccttggtattccattggacaatagcgttatcctcagtcttcagtctgccgccttatctgagactaatttcttgtggtggggatccaacattttttggtcactgaagaaatatgagaattgtgaaacagtgcttgtcttatgggatctcattgctgcactacaagggtttaagaaatctgcacctacctttcttgagacattgatgcataaatgggtgtcaggtttgttttcagatgatccacattgtgcttctatcgacatcccatcacattcaattcacaacatgtccaaagtcagctcgcggaagttgcacttgctgaatatcgtatgtaggaaagtaatgcttagtgatcaaccgcagtattctcctggtgcagaaaaaggtaatgatgtaatggctgatttgtggaacaatcttctggtaagaagtgaaagggagctgcaagagaggcttgtggctttcacttttgctgctgtcctcaaccgaacagcatatttgctcaagggtgcccctgctgaaaacagctggtttcctgttggagttgcccagatggactcttgggcatccatgaacgatggagaagtgagggatgagctcaaatttcttagaacgaggatcaatgatctaggagacaggtaaaccatttttctaacatcatttcacttgtgaaacggcatagagcatatgccacatgatagttcagtagaattgccttgaaatggcttcactgaaagtaaaattggatgttgaacctgttcagtaactgttttgcgccatgcaggatcaactcagtgtgcgagtactcagttgaagaatactgcacctactgcaatgcaccagtccccttcgagtccgcagatgttgccatgtgcagtggtagcaatcctgctactcccccagctgaagctcacaaattgtcaagatgcacagcgtcgatgcggctgtgccctgttcttcaaccaacatggcactgcgcgtgttgcgggaggacggtcgacaagctgctgccggaaatattcttcaccatgcccacatcattttgggatgtcactcatggtaacgaatcgcttgatttatcagcgccggccgtcccattttgccccttctgcggcatactgctgcagaggataaagccggagttccttctctctgtctcaccggtatagaagctagtgacactaggcagcttccagctgtaagttgtaatactgaatacgtcactaatgcactttgaatttgttgttggtggggggctgcttctaaaaacatgtgcttaaaataagcatggctggtttgcgctaggtgtggtggtgccatcataatgtaacaacccgtgtaacatgtgacatctgtaactcttggcaataaagcgggcaatatatact</dnaseqindica>

External Link(s)

NCBI Gene:Os01g0702400, RefSeq:Os01g0702400