Os05g0230600

From RiceWiki
Revision as of 10:12, 24 June 2012 by 127.0.0.1 (talk) (Created page with "{{JaponicaGene| GeneName = Os05g0230600| Description = Protein of unknown function DUF1620 domain containing protein| Version = NM_001061510.1 GI:115462750 GeneID:4338159| ...")
(diff) ← Older revision | Latest revision (diff) | Newer revision → (diff)
Jump to: navigation, search
Gene Name

Os05g0230600

Description

Protein of unknown function DUF1620 domain containing protein

Version

NM_001061510.1 GI:115462750 GeneID:4338159

Length

9279 bp

Definition

Oryza sativa Japonica Group Os05g0230600, complete gene.

Source

Oryza sativa Japonica Group

 ORGANISM  Oryza sativa Japonica Group
           Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
           Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
           clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
Chromosome

Chromosome 5

Location

Chromosome 5:7938172..7947450

Sequence Coding Region

7938269..7938384,7940435..7940562,7940666..7940728,7941746..7941867,7941980..7942095
,7942183..7942990,7943223..7943951,7944061..7944282,7944512..7944607
,7944696..7944890,7945726..7945839,7946818..7947078

Expression

GEO Profiles:Os05g0230600

Genome Context

<gbrowseImage1> name=NC_008398:7938172..7947450 source=RiceChromosome05 preset=GeneLocation </gbrowseImage1>

Gene Structure

<gbrowseImage2> name=NC_008398:7938172..7947450 source=RiceChromosome05 preset=GeneLocation </gbrowseImage2>

Coding Sequence

<cdnaseq>atggcgccgccgcgccatctcctcctcctcctcctcctcggcttcctcgccgccgcctccctcgcgttcacgctcaccgccgccgtgtacgaggaccaggtcggcctcgcggactggcatcagaagtacatcggcaaagtaaagcaggcagtctaccacagtcagaaaagtggaaggagacgtgttgtggtgttgacagaggaaaatgttattgcttctcttgatcttcgttcaggagatatattttggaggcacgtcattgagaagaatgatcctgtggatgagcttagtttatcacttggaaaatatgttgtaactctttcttcgggaggtagtatattgagggcatggaatcttcctgatggccagatgatctgggaaactaatcttcaagtttccaaatcatcaaaacctcttctgcatgttttgtcaaacaacaaagtagcaaaggataatctggtttttgtgttggctggacgatggatttatgccgtatcaagcattgatggggtaatttcttggggaaaggagttctcccttgatggcctagatctcaagcagattattcaatcacctgagaatgatattgtatatgctgtaggacttgctggttcctcgaagctaaacttgtatcagttgaatgctaaaactggagaaacagtaaagcatatacaagagtcattccctattgcattatgtggtgaaacaatacttggttctcataatgtgttggtagctttagatgagaccaggtcagatctatttcttattgagctcaagggtgagagcatcagctacaacaaggtccatatttcagatcttgttcaagacttatctggaacagtcaaacttctacctttaatgtccaatggtgtcatagctttgcaagcatcttctactgtttcccttctgaaacttaaaggaatcgatgggttggaagtaattcagagctttgaacaaccagctgctgtgagtgatgcgttgacaatcacagaaaaagacgaagcttttgccgttgtgcagcatacaggttctgaaatcgaatttgtcgtcaaatttacaagtgatgtcaccggtgaagttattagagaaaaaattaatatagatcaacataggggcaatattcaaaaggtcttcttgaataactatatccgaacagataaatcacatggttttcgagctttggttgtaatggaagatcattcactcttgttggtccaacaaggggaggttgtttggagcagagaggatggacttgcatcaattgttgatgtaacaacttctgaattgcctattgagaaggatggtgtctcagttgctaatgtggaacataatctctttgaatggctgaagggacacatgctgaaactcaagggaactctaatgcttgccaatgctgatgaacttgctgcaattcaagcaatgagactgaaaagctctgagaaaaataagatgacaagagaccataatggatttaggaaacttcttattgtattgacaaaggctggaaaagtgatagccctgcacactggagatggacgtattatctggtcaaacttgttgcagtcccttcgttcctccaagtctggtgaaatgccttctgccttaagaatatgtcaatggcaggttccccatcatcgtgtgatgcatgagaacccatccatacttatcattggtagatctggagcagatagtgctgctcctggtgtcctatctgttcttgattcatattctggagaagaacttaactctctgaagttagaccactctgttgtccaaattatcccattgacagtgaaggattcatctgaacatcggcttcaacttattgttgattctcactcccgtgctcatctctatccaagatctccagatgccatgaatgtatttcttcatgaaatgccaaatacatatctctacactgtagatattgagacaaatgttatcagggggcattcattacaaaagtcatgtgacaattcagctgatgagtactgctttagcacaaaggagttgtggtctattgtttttccttctgatacagaaagaattgctatctccgaaacacgaaagatgaatgaggttgtccatgcacaagcaaagatcatagctgatcaagatgtgatgtacaagtacttatcaaagaatttggtttttgttgctactgtgtctcctaaagcttctggtgaaatcggatctgcggcacctgaagaagcttggcttgtggcttatcttattgatgctgtaaccggacgtatattgcaccgtgtgactcatcatggagctcaaggccctgtacatgcagttgtaagtgagaattgggttgtatatcattatttcaatctccgagcccacagatttgaaatggcagtgattgagatatatgatcaatctagagcggacaataaagatgttatgaagctgatacttgggaagcataatctgtcagcaccaaccacttcttatactcgtccagaagtaatggtgaaatctcagtcatacttctttaccttttctgtcaaagcaattgcagctacacaaacagctaaggggataacttccaagcagcttcttattggcacgatcggtgaccaggttctggcacttgacaaacgttttgttgacccacgtcgttcagtaaatcccacccaacaagagaaagaagagggcattataccactaacagatgctttgcctattattccaacgtcctatttgacacactctcttcaagtggaagctctgcgaggaattgtttctattccttcaaagttggagtcaactactcttgttttcacatatggtgtagatcttttctatactcagcttgctccctcaagaacctatgactcactaactgatgagttcagctacgcgcttctactcatcacaattgctgcattggttgctgccattgttgttacttggatttggtctgagaaaaaggagttaagagataagtggaggtaa</cdnaseq>

Protein Sequence

<aaseq>MAPPRHLLLLLLLGFLAAASLAFTLTAAVYEDQVGLADWHQKYI GKVKQAVYHSQKSGRRRVVVLTEENVIASLDLRSGDIFWRHVIEKNDPVDELSLSLGK YVVTLSSGGSILRAWNLPDGQMIWETNLQVSKSSKPLLHVLSNNKVAKDNLVFVLAGR WIYAVSSIDGVISWGKEFSLDGLDLKQIIQSPENDIVYAVGLAGSSKLNLYQLNAKTG ETVKHIQESFPIALCGETILGSHNVLVALDETRSDLFLIELKGESISYNKVHISDLVQ DLSGTVKLLPLMSNGVIALQASSTVSLLKLKGIDGLEVIQSFEQPAAVSDALTITEKD EAFAVVQHTGSEIEFVVKFTSDVTGEVIREKINIDQHRGNIQKVFLNNYIRTDKSHGF RALVVMEDHSLLLVQQGEVVWSREDGLASIVDVTTSELPIEKDGVSVANVEHNLFEWL KGHMLKLKGTLMLANADELAAIQAMRLKSSEKNKMTRDHNGFRKLLIVLTKAGKVIAL HTGDGRIIWSNLLQSLRSSKSGEMPSALRICQWQVPHHRVMHENPSILIIGRSGADSA APGVLSVLDSYSGEELNSLKLDHSVVQIIPLTVKDSSEHRLQLIVDSHSRAHLYPRSP DAMNVFLHEMPNTYLYTVDIETNVIRGHSLQKSCDNSADEYCFSTKELWSIVFPSDTE RIAISETRKMNEVVHAQAKIIADQDVMYKYLSKNLVFVATVSPKASGEIGSAAPEEAW LVAYLIDAVTGRILHRVTHHGAQGPVHAVVSENWVVYHYFNLRAHRFEMAVIEIYDQS RADNKDVMKLILGKHNLSAPTTSYTRPEVMVKSQSYFFTFSVKAIAATQTAKGITSKQ LLIGTIGDQVLALDKRFVDPRRSVNPTQQEKEEGIIPLTDALPIIPTSYLTHSLQVEA LRGIVSIPSKLESTTLVFTYGVDLFYTQLAPSRTYDSLTDEFSYALLLITIAALVAAI VVTWIWSEKKELRDKWR</aaseq>

Gene Sequence

<dnaseqindica>98..213#2264..2391#2495..2557#3575..3696#3809..3924#4012..4819#5052..5780#5890..6111#6341..6436#6525..6719#7555..7668#8647..8907#actccacaccccaacacatcacgacttgtcgaaccccgccgccgctgccagatcggaggcgagagctccgatcccaaaacccccccgcccctcggcgatggcgccgccgcgccatctcctcctcctcctcctcctcggcttcctcgccgccgcctccctcgcgttcacgctcaccgccgccgtgtacgaggaccaggtcggcctcgcggactggtgcgttctctctcgcgctctccccactccgatatctgtgcgtcgtctggatccgatccgcgcctcctgtgcctggatctggttcgcccgggcgacgggatgtggcgggctcctcgaattcgatttgttgtctcgcggagttttgagtgtgtagtgtagggctgtaggggtagggtgggattcatctgtgttagtagtggtgttcactggttggtagcatatgcgctattattttgtactatggaagatgggagttctttagcttccaagtgagtagcagttttagtacggctgcatctagttcgaacgttttatcttcctttttttccgccttgaggattatgtgcaggggcaagatgagcgtgttgcaatggcaaaaggcaggccgatttggccttaagtttgttgacttatgctttctgcagattagatcagatcagaatactttctatgttgaattttaactggagaactgcgtagtgcaaattgctctgaggctttgttgttggttacgtgcctcttgtttaattatgactttggtctgaaggatgtatattttggtgtttcaatgtatttgtctgatgtccatgattcgccttgatatttaggactttgttttgtgtgtgtggattaactttgctaaaaaaaaattgcactgtttccagttgtagcttctcactgatctgtgttgttgtgcgatcatggttttccttgtatatatgtgtttcgtatattgatgatcaatgggtacacaatttaagacttgatcgtcatggtgactcagttgctggccttgcacattttgcttcagtgcgctcaattatcctgagcaaggtcacaatgaaccatgtttgattggttcgaggggcagggctgatgtagatggtacactgcctgttaaaatctatggtactatagggtatacctcttctagacaatggtttgggacgtgggacttgagcctaaccatgattgttgcagcatcgacatgggcattgtgtaggaggtgccatggcgtccaggtggcggagggaggatgccacggaggctcacttcgcattcaacatctggtaggggctgcacgagggagaaaaagtggtgcctctgttggatgaggaggtggaagaaggggagatggaagtggagaagaggggggagggcactggggtcctgttgaggccttgagggagtggcggcagcttgaagagtttcagtggctatgcgtaatgcgtaggggaaaggagatggtagggttgcagcctgaagtgctacactgataactggccaatccagcccatcttgccaacataaatagataggaaactagggttcctgagttcagtccaacgctgcctcttccatgtgctgtcactcaagcttgatcctatccatgtaacatcagcggcggcatccccccctgtgcgcgtcctctggctccaagctgcgtctccaatatcctctctatgaactttattccgtccaagtgcttgtgtatcaatcttctgtttcctgctctgcactctacctcgcctttgcttgccatggcatccaggtgccccactggcaccatggttgccttacttgccgtgacaaccttgaacctgacaaatccaggttgatgacctaggtcgataactcaatgtattgggtttatggttactacaatttgctgctctctagattgctggcatttcacactaatgaattgaggaatcgttcttagtgatgctgctatatactactccgtactttacaaaaacctaaggtggtaatttgccccccttctgtgcatattgtacatgttaacttttgatggtcatgccttctattaaaagggagtttatcactgatgtatttttttcaatcttatccactgttgtggcatgttatttctgtttctaaaattttctcagtagtattgctattttgatttactattgtgtgctgcttgtccggtgcacttttaggcacatggagatttcactaacagtatgtaattttggagatttacaatctattgactgttgtaagatgctgatattctttgtaggcatcagaagtacatcggcaaagtaaagcaggcagtctaccacagtcagaaaagtggaaggagacgtgttgtggtgttgacagaggaaaatgttattgcttctcttgatcttcgttcaggagatatatgtgagttttttttcctcttaaggaagatgcagttcttctaaatattttttgtagatgtatttctgtcctttcccttatatatgcgttgatttttacaatgcagtttggaggcacgtcattgagaagaatgatcctgtggatgagcttagtttatcacttggaaaatgtgagtctaactttctgtttccatttggagggatgtttttaataagaacaatgatgttggtggtgtttgtgtttcttatatgtttttaatccattcttgatacgatttcatatttgctttacattacagttgttaggcctatttatccaaagcttggtttagttttcccaaaaatgtatttttgtactgatacctatatgtccactggtaatggtggctagcttttactttagtaataaatttactggtttacatggttttatggaatgttgttttgaccaacattggatagttgcactactggaccatgtttattcaaaacccagcacacataggattgcacacaatatgactcatgaatccattgtatatcagtcatggactaaaggaggagcagcattatatgcatatttcagagttcaaggtccatattttcattctatctgtgagaacatgctagtggacaatatttatttcttatcttgtctaagtttttaaaagagggagttggagatgatggtaggttctacgcccaacactatatattttgctacggcaaatatgtactgtacacatgtgcatattattgcaagatccttagtgaaaaaatatttgcatctttgcatagtaggagcatatgtaggcaatcaattggtctcatatgagaccattttatatgtttatatttgagaataattcttaattattgcatttaataatttagaattataacatatttagctgggaatgggatccatcgcaatgcacagatatgcttgtattatacaagtactttacacatttttctcctaagaaaagaatattgtgatactttattacttacaactgagcaatgagcgcaagaaaactggatgctgtcaaaccatgtttctaaacttagaaagtgacaccttcacatctgtttgtccccaaacccatgtatgcatttactgcatccttttatcttctttaccattctaagaaaacaaaatctgattttgaacttgtctttttcagatgttgtaactctttcttcgggaggtagtatattgagggcatggaatcttcctgatggccagatgatctgggaaactaatcttcaagtttccaaatcatcaaaacctcttctgcatgttttggtctgtatggactgtattttccaccatctaataattatcacatgtggataatacaataaatatgtctatatataaatcctttccttgagtgatcagttcttgttgtttgcagtcaaacaacaaagtagcaaaggataatctggtttttgtgttggctggacgatggatttatgccgtatcaagcattgatggggtaatttcttggggaaaggagttctcccttgatgggtatgctctatgcataatttctccccattttttacttgtttacaacatcagaatacagtgctaacttgttctccgatgtctatgcagcctagatctcaagcagattattcaatcacctgagaatgatattgtatatgctgtaggacttgctggttcctcgaagctaaacttgtatcagttgaatgctaaaactggagaaacagtaaagcatatacaagagtcattccctattgcattatgtggtgaaacaatacttggttctcataatgtgttggtagctttagatgagaccaggtcagatctatttcttattgagctcaagggtgagagcatcagctacaacaaggtccatatttcagatcttgttcaagacttatctggaacagtcaaacttctacctttaatgtccaatggtgtcatagctttgcaagcatcttctactgtttcccttctgaaacttaaaggaatcgatgggttggaagtaattcagagctttgaacaaccagctgctgtgagtgatgcgttgacaatcacagaaaaagacgaagcttttgccgttgtgcagcatacaggttctgaaatcgaatttgtcgtcaaatttacaagtgatgtcaccggtgaagttattagagaaaaaattaatatagatcaacataggggcaatattcaaaaggtcttcttgaataactatatccgaacagataaatcacatggttttcgagctttggttgtaatggaagatcattcactcttgttggtccaacaaggggaggttgtttggagcagagaggatggacttgcatcaattgttgatgtaacaacttctgaattgcctattgagaaggatggtgtctcagttgctaatgtggaacataatctctttgaatggctgaaggtaatcctgaataaataatctgttttaaactagcttaagaaataagttctttcagaaagcttgtcagtgaagcttaatggcataatattttatgccaaattttatattctttcgatatttctctagaattctgatatcgtttgccagttaatgtttaaactgtgttaagtaatagtatctgctcatcctgtgaattatttttccaatatgtgtgacacatctttttacatagggacacatgctgaaactcaagggaactctaatgcttgccaatgctgatgaacttgctgcaattcaagcaatgagactgaaaagctctgagaaaaataagatgacaagagaccataatggatttaggaaacttcttattgtattgacaaaggctggaaaagtgatagccctgcacactggagatggacgtattatctggtcaaacttgttgcagtcccttcgttcctccaagtctggtgaaatgccttctgccttaagaatatgtcaatggcaggttccccatcatcgtgtgatgcatgagaacccatccatacttatcattggtagatctggagcagatagtgctgctcctggtgtcctatctgttcttgattcatattctggagaagaacttaactctctgaagttagaccactctgttgtccaaattatcccattgacagtgaaggattcatctgaacatcggcttcaacttattgttgattctcactcccgtgctcatctctatccaagatctccagatgccatgaatgtatttcttcatgaaatgccaaatacatatctctacactgtagatattgagacaaatgttatcagggggcattcattacaaaagtcatgtgacaattcagctgatgagtactgctttagcacaaaggagttgtggtctattgtttttccttctgatacagaaagaattgctatctccgaaacacgaaagatgaatgaggtttgttagtttctttctttttctttattaatccaaaaagtattcccaagatttttatttaaaattaatataacatgacatttgcttgtttattttattcttattgaaggttgtccatgcacaagcaaagatcatagctgatcaagatgtgatgtacaagtacttatcaaagaatttggtttttgttgctactgtgtctcctaaagcttctggtgaaatcggatctgcggcacctgaagaagcttggcttgtggcttatcttattgatgctgtaaccggacgtatattgcaccgtgtgactcatcatggagctcaaggccctgtacatgcagtaagtaaaagtagacttttattatttttccattgccccttccagtcactatttctgtgattctgtatgaaaatttcacactggtaatcccttttgtgatattttttcatgcttgaatctgagacagttacattctatttttttatcatggaacgtcctgtgtactttgcatttctgaaagctatatttatttaaagaaataacatggttatttctttcatgtttcaaggttgtaagtgagaattgggttgtatatcattatttcaatctccgagcccacagatttgaaatggcagtgattgagatatatgatcaatctagagcggtatgccttctgcaaaattttgattacataaattgatttatcattctttattgtggggatagtattaatttcactaaatttcatacaggacaataaagatgttatgaagctgatacttgggaagcataatctgtcagcaccaaccacttcttatactcgtccagaagtaatggtgaaatctcagtcatacttctttaccttttctgtcaaagcaattgcagctacacaaacagctaaggggataacttccaagcagcttcttattggcacgatcggtgaccaggtctgttttcttgttttatatgtctctttttcatcgacaatgtgatgccaacattatgcgtttaatctatataagaaatggtctaacaattaacctatataagatataatttagcaattaccatttcttttcttttcttttctttttttctagtttacacatcaacatgtgctgttttaattttctctcagaaaatgtggacaaatataatcgtctgtatttaagttaccatcgcatctggattcatttcaaaacaaatgaacttgcctcgcatttaagtataactgaaagtattcaatgcttaatttttctttggatactgtagagttggttatagagttagaaaaggaacatgcttgttttagctgcccattgttttggtttgtagttattaatttaaggacattacaaccattggaacttttgttgccgttgttgcattgcaggcatatatggtttcaaactgtcatgtaaacttaaattctaaaccaagtgatggttaaagtgtgtgtttctttgtgtcatgtaattttttctgtatctagtgatgagaaaagttctgttggatctgtttcaagttagatatccgatgttcaatattgatacataaagcatgcatttcccagttgtaatttcaaattgttgtgtgcctcgtttgggactgtctggcagttgttccagctaatataattttgccaggagttctacccaatatatcttccgggttgtagaaatcccatctgtttggctttgcatgtcctcttgcttgtcagaaacttactgtctattacaatctgctcaattgatgaatgacattttgtgaaatttatggcaggttctggcacttgacaaacgttttgttgacccacgtcgttcagtaaatcccacccaacaagagaaagaagagggcattataccactaacagatgctttgcctattattccaacggtaggttctcttttattgatgaaaatttagtttttgttattctctgtaaattccgtgacaattcttgtacatatattccctaaactattattaatatatattgatggtaggagtatctcctgtgcttcatttaaaaaacttaaggttcctttaaaaattgtatcagcgaatgggcctgtagcctagtgcttacagtgctcaaataaagggcctatatagcctaggttacagcgctcacatagcacctctaggtcctgggtttgattccccatgggagcgaatttcaggcctagttaaaaaagtcactcgctgacccttgtaaagacaagttaagaatcgacctatggagggtgggccccttgtgtagggggcatgggcctcaaagcataggttaaggaccgacctataggggactaatccacatgtggggggtcattcccccaccggtcgagtcttttttttttaaaaaaatgtatttggtaatgcaatgatgtagcctaaatttaagatgcacatccatttaccatgagcacatttcttcattattatcgactatgatcaaagtagcatgatatgttttcaaatttcaatacacttgggacatcatcaaatgattgaattcttcacgtatggtatttctctcaagtacaagagtactttgatgatatatattaagaagttcacaaatttctttactgtggaatcccgttattagcttgtaaccaaacacagcagaactgctttagcactttgttcatgtttatctgttaagaagtttgaccattgtaagttcacagaactagtttgtacagagaacaagaaacagttttcttttttgaaattgtacaaatctatctgaattagttccattgagatgagacttgagagctgattgtattattttagttccatttgtatttgcttaatttagtgcatgcattctgctaacagactcacttcactatttttctctcgcagtcctatttgacacactctcttcaagtggaagctctgcgaggaattgtttctattccttcaaagttggagtcaactactcttgttttcacatatggtgtagatcttttctatactcagcttgctccctcaagaacctatgactcactaactgatgagttcagctacgcgcttctactcatcacaattgctgcattggttgctgccattgttgttacttggatttggtctgagaaaaaggagttaagagataagtggaggtaagtgaggcctcaacacgatgcagatggatttcgggccctagtcagcatcccttttcttttgccatttttgtttgtagtggtagcctctgctagggtccatgtcacttttgactaggcctttctttatgtaaccatcttctgggatgacactcttttaagtcttatagaaagcctcctgtgcgattagaaatgctgcgaatggcattgaaaaactggtagagtgccaacggcaggcatggattgcttatgagttgtaaaattttaccgcagcaactaaactgtttagcagaatattagttattgttgtccatagaacatcaatctcttgtaacttatttcaacttggcatgttccatcattatacctttttctg</dnaseqindica>

External Link(s)

NCBI Gene:Os05g0230600, RefSeq:Os05g0230600