Os07g0486000

From RiceWiki
Revision as of 20:36, 22 July 2012 by 124.16.129.48 (talk)
Jump to: navigation, search

Please input one-sentence summary here.

Annotated Information

Function

Please input function information here.

Expression

Please input expression information here.

Evolution

Please input evolution information here.

You can also add sub-section(s) at will.

Labs working on this gene

Please input related labs here.

References

Please input cited references here.

Structured Information

Gene Name

Os07g0486000

Description

Similar to MSH4

Version

NM_001188272.1 GI:297725674 GeneID:9266513

Length

9703 bp

Definition

Oryza sativa Japonica Group Os07g0486000, complete gene.

Source

Oryza sativa Japonica Group

 ORGANISM  Oryza sativa Japonica Group
           Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
           Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
           clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
Chromosome

Chromosome 7

Location

Chromosome 7:18530719..18540421

Sequence Coding Region

18530783..18530863,18532057..18532260,18532348..18532383,18532481..18532593,18533183..18533228
,18533478..18533524,18533664..18533771,18533987..18534101

Expression

GEO Profiles:Os07g0486000

Genome Context

<gbrowseImage1> name=NC_008400:18530719..18540421 source=RiceChromosome07 preset=GeneLocation </gbrowseImage1>

Gene Structure

<gbrowseImage2> name=NC_008400:18530719..18540421 source=RiceChromosome07 preset=GeneLocation </gbrowseImage2>

Coding Sequence

<cdnaseq>atggagggcgacgccgccggagccggtggcggcgaccggtcgagcatcgtgatcggcctcatcgagaaccgagccaaggaggttggtgttgctgcttttgatttgagatcagcctcactgcatctttctcagtatattgagaccagttgctcatatcacaatacgaagacacttctgcatttctatgatcctatggttgcaatagtgcccccaaacaaaacagcagcagacggtatggttggagtttcagagctggttggtaaacatttgccaacaaataaaaagataacaatggcacgtggctgctttgatgacacaaagggtgctgttatggtaaaaaatctttcagctagagacccatctgcactcggtttagatacttattgcaagcaatactatctttgtcttgctgctgcctctgcaacaattaagtggattgaatcagaaagaggtgtaattatcactaatcactcattatcagttacattcaatgggtcatttgaccacatgaacattgactcaactagtgtacaaacattggaaattattgaccctcttcatactgaactgtggggaactagcaacaaaaagaaaagtctctttcagatgttgaagactacaaagactacaggagggactagactactgagagccaacttgttgcaaccgttaaaagacattcaaacaatcaatactcgtctggattgcttggtaaggagattaatcttttttgttattctcaattcttaa</cdnaseq>

Protein Sequence

<aaseq>MEGDAAGAGGGDRSSIVIGLIENRAKEVGVAAFDLRSASLHLSQ YIETSCSYHNTKTLLHFYDPMVAIVPPNKTAADGMVGVSELVGKHLPTNKKITMARGC FDDTKGAVMVKNLSARDPSALGLDTYCKQYYLCLAAASATIKWIESERGVIITNHSLS VTFNGSFDHMNIDSTSVQTLEIIDPLHTELWGTSNKKKSLFQMLKTTKTTGGTRLLRA NLLQPLKDIQTINTRLDCLVRRLIFFVILNS</aaseq>

Gene Sequence

<dnaseqindica>65..145#1339..1542#1630..1665#1763..1875#2465..2510#2760..2806#2946..3053#3269..3383#gcaagcctcactctcctcctccccgcttcggattccaccgtcgcggagctcggcgcgggcggagatggagggcgacgccgccggagccggtggcggcgaccggtcgagcatcgtgatcggcctcatcgagaaccgagccaaggaggtgacgcctctcactgactaaccccccccccccccgccctcccatccctccccctacacccccgcacgcatttttgcttgtcggattgctcgcctagctagcttcctcctcttctcctccaaggcccccgagggtttccgtttcgcgttctactcggtcttcgctgcgccgcggatcggcttcgatcgtgtcgtcggcctgcgtgcgtgttgtgttcgcgctcccgcgggggtggtggtcgatcggatgctgctcgggtggattacttgctctagctggtcagattggtggtggtggtgggggggggggttcgtgttatatggcgttctgagcggcttgatttgagggtttggtggttttaggatttgaggctccagctccatttccggggcgattagagcataccctgtcctcgatagtgctgctctagcggttcgaatcgagttggtgtgatgtgtacagtaaattgttggagaggtgggcacaattactgcagtgacctgctgttgcaattttttcctccactgatttggccggcactttcttacaagttgggaatccggataaccaacggtcaaaggataaagccatttccataacagcaccatgcgccatgcgggaaagcatttttatctacgatatattagttgttctccaggcttgttttgaaggagttgcaagtttcattgtaaacaggaaaattcattggatcatggtgcattggcgcagaagagagaaatttgatcaaagtgttgtagtagatcaactcataaacttattatggatgaattttttttagataatgtattatggatgaacagattgtgaaaatgatttctccattgtacacacttgttttgtggtttactaatgaacaagatcttctgagacgctgacctctctgtacatctttatttttcttgttctaagtcaagtgtatctttagttttggaagcatctcaacatttttgccaacgtaagaattctttgtagtgtcagttttggaaaaaaaaaatcgtgatatgaacacgtgtagattgtctgtgcacgtcagttgataacttgatatgcacaccatccaattcaactcaaattgaaaacatacaaacaaaaatcatggagttaattatttctcaatttctttattatgaaccaaaagatcacgaagatttatcaaactagtatttttgcaggttggtgttgctgcttttgatttgagatcagcctcactgcatctttctcagtatattgagaccagttgctcatatcacaatacgaagacacttctgcatttctatgatcctatggttgcaatagtgcccccaaacaaaacagcagcagacggtatggttggagtttcagagctggttggtaaacatttgccaacaaataaaaaggtgatggctgacatatgcaaatttgttctatgttttctcataatatgaacccactttcgtttattctaaacagagttcaccttttagataacaatggcacgtggctgctttgatgacacaaaggtataatgatttgtattcctttctgaccatttatttgcttaattgttgggtgattaactgctgcttaacatcatgcatgttcttgttttcttttaagggtgctgttatggtaaaaaatctttcagctagagacccatctgcactcggtttagatacttattgcaagcaatactatctttgtcttgctgctgcctctgcaacaattaagtggtacgcgtgctatctttgtctcgatacattgctgggctacattttccctgtttaggattaagttaataacttctgttatgtatctcccatgaacatagttgtgtattgcttcaatatggacataacgacttgacaaagctgtgtcataatttctattttttcaaagtgtaattggagcatatgaacttactatgtactacaacagtgcaactctcaaagcaagtacttactaaattattttacaatttgtctgttacttctcatgtcatttcataggagttatgcctaagcacctcatttgatgatactacttactatttatacaatgccccagaatatttgttgttacttagtacattgaaatggaaactgagataggattttcaagttggatacttggattctataaagcttatcttggatcatcaaaacatatttctcatattgttttttttggtcatagataactatttttttcctcgtattggacggaaatgaggataaaaccgaaatatagcagatgattagatctcatgttgatagtgttgataagtatcacaatgacaatttactttgtttcttcttgcaggattgaatcagaaagaggtgtaattatcactaatcactcattatcagtaagttttttagagttttgtttcatataaatcatcgttgtttagcctttttttcacctgtaaggccattcttacgatattatgtatcaaaagtctccattttgtgactactcttctatgggctatgctgatctgaaaaaaatctatacattatggggtcccatacattatctctaaaaacgttttctctaaaaatgttagctgatgtttccgtatttttctcttatatatgtatgtataacttttcaggttacattcaatgggtcatttgaccacatgaacattgactcaactaggtactcttttggttaaattgagcagtattatctgtcacttgataaatcatcttcaccaaaggagcagaaacaatataagttaaaattttctgctacacgatctgaattgccttcattgttccatatatgcacctagcagtgtacaaacattggaaattattgaccctcttcatactgaactgtggggaactagcaacaaaaagaaaagtctctttcagatgttgaagactacaaagactacaggagggtatggctttcccattctccaaactaatcttttttacatatatttacactgcaacattcaatatctcctcatttttgcaatttgaacaatcttttctgagataaaaagtttcatgtcaacttctattgatggtacaaaatagtttaactttatgtagtctatgtattgaaatatcaagcacactgcaacaattctcttcaaacttgcttgttcaggactagactactgagagccaacttgttgcaaccgttaaaagacattcaaacaatcaatactcgtctggattgcttggtaaggagattaatcttttttgttattctcaattcttaaattggaatgtctgtttgatcaaattggtcatacggtaatcctgacatttgaaacttccaaagttgcacatattaagttctggatcttctagtaggctaggttctggatcttctgtgggaatgaactaacttcatggagtatgaaccctgctttatgcatgtggaaatcttagtgcatatagtcttaaatcgttactcgaagggtttaccacaatcatgtttgtaccatttatagttcatttcctgttggagcactttgcaatataatggagaattttactgcaaccatgattgtacaccacaggccatatgtgaaagtatttccatgagaaggggaagcaatagttcttgtaatattgatatgcaacgctcctttgcaagaatgaaagtcaactggaatctgggatataacaagtattcagttactaatattatcatcgaaaatgatcagtaatatatccaataaatgcatgtttattaattttatatcttaaattttaggatgagctaatgagtaatgaggaattattctttggcttgacacaaggtcttcgtaagtttccaaaagaatcaggtgaacttatgtcctttttctctgtagaaaattctatatcctcttctggctgtgcaacactacagataataggtaaaatggttgctggtgttacaacttccataattttattatgcctcagataaagttctttgccacttctgcttcaaacccaaaaaggatactgatgaagtgctaaagcctgccaatggtagaaagagccaagggctgatttctgacattattgttctaaaaacagctctggatgccataccattcctctccaaggtagtgttatagatgtgtttgtcctagtattcaatttagcaatttattcattctgatttttcattttgttttgtttttgaagatgcatgttattttgttcatttaagggtaaatgtcttttattctagaaacatacccatctaccttttcacgcatgtgatgtgtagctcatcacaggttctaaggggtgcaaaaagtttccttcttcgcaacatttatcagactatatgtgaaaacccaaagtatgcaagcatgagaaagaggtactgttttctgacctttttcctcccatttcaaaggagaagttgaatgaagactgaaaacagcatgctaacttcaggcttagtcttcccatcctgcttttgtttgtacatttgtttttagtttttagtaatattgccagtatattagcattatgtgactgtaaatatgttcgtccacatttattaaataacaagtatatccatctacattctaaaagtaaccattcacctttgatttggttgcatgttttcttttatgatcctagaattggggatgtcattgatgaagatgttgttcattcaagggctccttttgtaacctgcactcaacaatgttttgctattaaggctggaattgatggactgcttgatgttgctcgtagatctttctgtgataccagcgaaggtgtctatcgttttcatgtttgttttctaattttacctaacacagctgattgacataatgcatttttcagccatacataaccttgccaacaagtacagggaggattttaagcttccaaatttgaagataccatataacaacagactaggattttattttattgtaccccagaaggacattactgaaaggctccctaataaatttatccaggtatgtggatatatcccttttaagaaccagcctcttagctaaaccataagatgctaaccaaatatttgtgaatgtgtaatcaattaggtagttagacatgggaagaatgtccactgctcaagcttggagcttgcttcggtaagtttgcatccagtgaattatcatccttgggcatttttagtaattcaacacttactgccacactgcaaatttaaccatgtaattattttctctgggatgctattttcaagtggaataagtgttagtcaatagttattcatttatgttcttttgttttccctcaaagaaagtttatcatcttgtttaagcatcacggagcaaactattcttttgccaaaagcattgggacagtgttatatttttcttctttataagtgtatggtataatttcatcatagctacacgtgaaataagcttttattttatcgattaggatatgacattgaaaaaatataatatgctattggagagtttatttcttcatacggtcacttattaccatgtgctttctacccaaatttgcagctaaatgccaggaataagtctgctgctgctgagtgcttcttgcgcacggaactttgtttggaaggttgccatggccactaaacattgagtattcaacatttttccattggagttttgttactttatttgttgatattgatataggttaagctctggtccagttatcagatacctgttattataattttctagtgataaactagagagttaacatgcaatacatgcatgcataatgtatctgttgcattgggatatcaaattctatatttgttgggcatcctccatataggtagcagctattgtagaacagaacatcatcattcttcttaacttagaatagggatctcctcattttgctttgtttatgaactttttagccatccatttctttgctttcctggcttattttggctgaattggtgggactttgagggtatcatacacttgactaattcaactcacgaacttaaagggaattgaagcttgtggatagtgtaacttgtttctgtgcagcattttacatttcaactagtattattcaagtgtctaaagaaatatttaacttgcataaatctgttctgttgtttcagggcttattaatgagatcagagaagacattggtatattaacgttgcttgccgaagtattatgcctgttggacatgcttgtaaattcttttgcgtttacaatatctactaagcccgttgatcgttacacgagacctgaattcactggtgggcaattcaattcaacactagtaactgatcttgttaaggattttttttagtgatgttgtggagtcctgatctgacagttgcttccaattaagcagatgatggtccgatggcaattaatgctggaaggcatcctattcttgagagcttgcataatgattttgttgtaagttcttcatttgttatttattcctcagtatttacttcatttgtatgtctttttcatcataaatttgttgattgaaatagcaatgatcataatactgtttatatcatgcagcctaacaatctctttctgtctgaagcatctaatatggttcttgtcatggggccaaacatgtgcgttccataaacattgtatccaaatgtctatagcaggctaattatatatggaaattcatctgctctctgcattatctgctgttgcaggagtgggaagagcacatatcttcaacagatttgtctaatagtcattcttgcacaaattggctgttatgttccagctcaatttgcatcactaagagtggttgatcgcgtattcacacggattggcactggggacaatgttgaaaataactcaagcacagtatgcaaattcatctcttctatatggtttatacttatgttatcttgttatttgacttacagaattcttctaaaagcacgtgaaacaataaaatgattagataaagcattcaactgttactgttgatagtcctcaagtaatatttatcccctgagtaccattctttaggcttgtttcctcccagattaattcctatttattatcttaaatctcctgatgcacattatctctattgtgctcaaacctatcaaatttaagatgttttcttgtccatatgaagtataaatggtcatttgcattgtcctgttccagtagttggtgtttttggattccttggtggatttccttaatatagcattagatatggagggtcttaactcctaagatcggtacctgtttgtcatatttatggatgactctacatgaagaagcgcgttgaagtagtggattaaccatcttatctaggatcgcgagagcccatactataccatttcttggtaatatctggatggctgatctggacttttgaattgtttgtatactgtcatttataaccttccttcaagttgtattggccttggacacttgacaaagcaattcacatataatatttcttcgatcaaatcaaatatttcatcaatagttggtcgagcttttcctttgtgagaggcatcttgtagatatttgctttcttaatgaaatgaagcacagttctcctgcgtttttgagaaggaaataaaaacatcaatgctgtatcttttatggagtattagtaattagtctgaagccaattgatgtatagtttatttcaatgctgctaatcagcttaatttctctttgcagttcatgacagaaatgaaagagacagctttcattatgcagaatgtttcttcgaagtactatgggtctaccatgctgcaatagattggattgctgtttctcttgtttccttgtaatgaccatgtgcacatttgcacacattacaggagcctgattgttgtggatgagcttggaagagctacgtcttcctctgatgggttggcaattgcatggagctgctgtgaatatctattatctaccaaagcgtaagaactattaacctcttaagtaccacatttgatccttttcatgcagcataatttgacttatcacagtcctaacttggtggggtctgtatgaaataacttatgtgccttttaattgagtgcttctgaaaaagagatgatgatttgtgtacgttgtcatacttaaattcttagcagacaatgaaatagataagggcagaagagataaactaccatttttctacatgcatgcttactatttttgaacaagaagaggaagctaatatgcattgtaagactggagggagtatcaatattcacagcagatgttttcttgtcaatagttttgaaactgcatgcttttctaaatgtgttgtctaggcttctgttattcagttacctcatccaacatttttgtagcctatttattcaaccatatccatatgttctcatcttgaatcaaatatttgatcgtgataatggttagtacaagaacatttactacttgtcttgtgctcaccttaggccgtgctaccatcaagtttcagatatcatatttatcacagaacctactacttccgtcccaaaatatagcaacttttggctatgtatcttgacacgcttttgtccagatacatagctagaagttgttatattttgggttagatattagcagtaagttcagcatagtgcctgggggtgcttgacatgctgaatgcagctggtcatgtttggttaatcttgccaaccacaatatggtctattagttacagatataaccttttaagacaagatatcatccttgttgagcaaatcctactatcttagaagcatcactgtcgggtcttttcacccaatgcagctacacggtgtttgccacgcacatggagagcttgtcagaacttgcaaccatctatccaaacgtgaagatcctccattttgaagtcgacctgagaaacgaccgcctcgatttcaaggtataacctgaatcgttgacagtcacatgacttttttttttcatgtctcttaacatcatggatcatacaatccctctgcatcagttccggttgaaggatggtgtccggaaagtaccacactatggtcttttgctggcaaaggtggctggtctcccttcttcagtgatcgacactgcagcaagcatcacttcacggatcacagaacaggtaaacctctcagtactgattagagctgatgttgataacacagtgtgtgtgactgcttagattacattatgcaactcaaattgtatgcccattttcttctacttgggtccttttcttttttgactgcacagccttgctcgttcctgctgctggatttgatttcttctactcgagcgcattgatcaagtcaagtttacctgttttgatcccggcctgcaggaaatggtgaggaaggacgacaactgcgagcagtaccggtcgctccagatggcgtaccaggtcacgcaacggctcatctgcttgaagcaatccaaccaaggcgatgactacatccgggaagcgttgcagaatctcaaggacggctatgctgcaggccgcttgacatgagaagaaaaatatatgtaaaaaggagtttttgtttctctctcctacagctggcagcatgtatggattatggtcgtatggatgtagccatgtagggcacccc</dnaseqindica>

External Link(s)

NCBI Gene:Os07g0486000, RefSeq:Os07g0486000