Os11g0245500

From RiceWiki
Revision as of 21:17, 22 July 2012 by 124.16.129.48 (talk)
Jump to: navigation, search

Please input one-sentence summary here.

Annotated Information

Function

Please input function information here.

Expression

Please input expression information here.

Evolution

Please input evolution information here.

You can also add sub-section(s) at will.

Labs working on this gene

Please input related labs here.

References

Please input cited references here.

Structured Information

Gene Name

Os11g0245500

Description

Lipid-binding START domain containing protein

Version

NM_001074134.1 GI:115484916 GeneID:4350186

Length

6075 bp

Definition

Oryza sativa Japonica Group Os11g0245500, complete gene.

Source

Oryza sativa Japonica Group

 ORGANISM  Oryza sativa Japonica Group
           Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
           Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
           clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
Chromosome

Chromosome 11

Location

Chromosome 11:7819922..7825996

Sequence Coding Region

7820167..7820661,7825175..7825433,7825725..7825783

Expression

GEO Profiles:Os11g0245500

Genome Context

<gbrowseImage1> name=NC_008404:7819922..7825996 source=RiceChromosome11 preset=GeneLocation </gbrowseImage1>

Gene Structure

<gbrowseImage2> name=NC_008404:7819922..7825996 source=RiceChromosome11 preset=GeneLocation </gbrowseImage2>

Coding Sequence

<cdnaseq>atgagcagtggtggtggctcctctccaacatcatccccttctgtctgctccagatcatggtctataagtgaggattcgttgaagaggtacgtgagctacgcgagcgagagctgcatccaggagctcctcgccgcgtcggactccggcggcggcggcggcggcggcgacgatgggtggaaggtgctcgcgtactgcaacggcgtggagatatcgaagcggcgggccggggcggcgcacgtcttccggagccggtggctgctgcacgccgtctcgccggggaagttcatggccgtcgccaacgccgtcgacgccgccaagcagtgggagtcggacctggtggacgcccggtacatcagggagctgggcgacgacctgagcatcgtccacctcaagctcggcgccgacgcctccaagcgcaccgccggcctcttccgccgccgcgacgtcgtcgtctacgagcgccgccagaccatggacgacggcacgctggtggtcgccgtggcgtcgctgcccaaggagatcgccgcgggcctcctgccccccggctcctcctccggcgcccgcggcgccggcctgctgctccagtccggctgggtcgtcgagaagctcgacgccggcgacggcggcgacggcccgccctgctgcgtcgtcacctacgtcgtgcagctcgaccccgccgccgggtggctgccccggtgcttcgtcagccggctcaacagcaagctcgtcatcatgatcgtcgccaagctcaagaagatggccctcgccaccatgcactccgccgccgccgacgacggcgaggtgatgccatga</cdnaseq>

Protein Sequence

<aaseq>MSSGGGSSPTSSPSVCSRSWSISEDSLKRYVSYASESCIQELLA ASDSGGGGGGGDDGWKVLAYCNGVEISKRRAGAAHVFRSRWLLHAVSPGKFMAVANAV DAAKQWESDLVDARYIRELGDDLSIVHLKLGADASKRTAGLFRRRDVVVYERRQTMDD GTLVVAVASLPKEIAAGLLPPGSSSGARGAGLLLQSGWVVEKLDAGDGGDGPPCCVVT YVVQLDPAAGWLPRCFVSRLNSKLVIMIVAKLKKMALATMHSAAADDGEVMP</aaseq>

Gene Sequence

<dnaseqindica>5336..5830#564..822#214..272#atctccatttccatttcagagagagagagagagagaaggccaatcttactaccccaattccatccccctttgcatattctcactcactctcaagtctcaactcaactcatcaagatatcatcatcatcagagaggttgtagaagctacctagctagctagctagccaaaagagatatctttcagaagaaaggaaggaagaagaagaagaagcaatgagcagtggtggtggctcctctccaacatcatccccttctgtctgctccagatcatggtaggcatgcatacatgcaaactctctcatcacacaaaactatcaacatctattcatatgttcaccattttttgtttctttaatataatcaccctatatgtccataggtccgtctagtcttatcatgagttgcctatcaacatatcaacattattttggacagaaaattcacgtgttaatccgtgaaatgcatgagcaagaaaatcagtgaagattaatgaattgcctgatgacgatcatgtgttaattattttgatttgtgtgtgcaaataaattaattaattgaatcaggtctataagtgaggattcgttgaagaggtacgtgagctacgcgagcgagagctgcatccaggagctcctcgccgcgtcggactccggcggcggcggcggcggcggcgacgatgggtggaaggtgctcgcgtactgcaacggcgtggagatatcgaagcggcgggccggggcggcgcacgtcttccggagccggtggctgctgcacgccgtctcgccggggaagttcatggccgtcgccaacgccgtcgacgccgccaaggtacctgccactttaattagcagtattcctggcactgctaaaccaagcggacgaattaacgcatgattaattaaatattagttaataaaattttaaaaagattaatatgatttgtttaacatattttctatatgagacattttaaaagaacatattgtttagcggtttgttgaaatcgtgtgtgtacatgaaaagcgagagactacaagttaggaaagcgtggaaaagaacacaatctcaattacttttactgcttttatttaatggatcattaactaaagcctgggaaactaaaacgttttttggttaagtaatcatcaataaaggaagaaaacttaattcaagaggtttcactaaagagagattaataaaaggtatttttttgcaaaggattttttttgctttagattaaagtgaacaactaattaagaccttttaataaggtttgaaatatatccttccttttcaacgaattaatttgtactgaaaactaaaacactttctctcgagcagtagctctcaatacccaagttatccgtcctttctcatcaatctccaacgacaaataattgctagtacctacaactgatcaaattgtcgaattaatattgatgcaatttcactaactaattaattgattaaaaagcaaccaacaacaacgtactacccctataccgtactaccgtgactgtgagagtacacacattacgtacatatggtgtgaaaatgcacagcatttttttataatactatggcattgtttagtttggaaaaatttttacgtttggttgtcatatcggatatacggatacacatttgaagtattaaatgtaatataataacaaaataaattacagattccgccagggaactgctagacaaatttattaagcctaattaatctatcattagcaaatatttactgtagcgccacattgtcaaatcatgacgtaattaggcttaaaagattcatctcataatttacacgcaatctgtgtaattagttttattttttgcctacatttaatattctatacatgtgtccaaacattctatgtgatagtgtgaaagtttttattttaggaactacacaggacctacgtaataaatgggtataattgggtaacggtgacagtagattagtaaaacgtgttaccattgatgagtaaagttaatgcgttgttgtctcgtgatccgaccgccagcccaacccaccgtacctgtcgtcgtagctagtatctttgttacgcccgtgattcttaaaggccttcaaattaaacgtacccttttttgtgcatggtacaaatctaccaatttgtaccattttgaacgacctattgtacgataccatgaatgcaaaggaatttaccaattgtacgagcatgcagtaattaacagtccaggtatcagtgataggtaaagtgtgtctatttttttggtacttaattagaaacctagcccttgtacatttgtttttccagctttattcgatataacatgatgcaataagtattagcatacctataactaaaatgcctaaccctaatcgtacagtaaaatttaaattttaaaacctattttaagagttgatttgattttgatgttttttcatcgtatagttgaaatataaaagttttacttataagttaggtatagacgattgtaggcgaaatgaagaatctacgaattcttttgcaaattctttctcaaattgtttgtgttattcttgcaccaataaaccaaaataactaatatgactactttttttagctctctagatcagagtctacaaaacatgtggcttggaaaattttaggcttaccaactacaaaagctcaaagaccacattattgattaacaaaagccaaagctaacaaaattaattaatggaggggtattgtgctgcagagaagtctctgttttctactgtacacagactgtatagaaatactaatgtaacagtaaccaaagttcctactactacctagctagccccactacacctctcctcatgcacgctgcaacaaaattctgatgccaacttgtcgccatgctgctcccccggccatgcatgtcgcatcgtcagattgacacgtacctgacacatccagaaaattgttcccaagaaattattattactgccattggaaaaaaataaggaaaacgacagcctttactaaaatattgcattatagagccagcgatgtcgtgaagcctgaggacgaagaacattttttagactttcggttaatttttatgagtatttttcgtgtcgttaataataacaacggctagctcaggagctggctccgtctctagctatttctgtgaacaaagctaattaattgagaaaatactctcttttactttgaatatgagttgtttctttacttgtgctctagagttaaaagtaaaataatcttattgcccttgaactacacttgatattaattgggagagagtagcattttggtagagcaaatatggagaagaaaaactttaaaagaaattgtaatatttaaaagacaaatttaaaaatgtaaaacaacgaagcaacctacattaatctactaaagacagaaaaaaaaagaaactactgcagtaacatgtgtgagacgaggcaggcatatgcatgaatctacgagcccacaagtacaggccaaatcatttggcacttcgagatcagcaaaaaaaaggggaaaattagacagatcgagagagaaagagatgggtatatgaggatgattaattagagccatgtgtgtatcataatcagagagatgtggtaattaatcaattactccaattaattagatgatgcatgcacgcatgtatgctgatttaattacgctctaaactcgtgggctggcagtagtgtcaggcaggggcacacggtgccatgtgagggcacgtgtacccacatgccaaaaccttaattaacgtgaacatgattgtcttaacggctaattaaaggcacgcagcctgtcagattgttgtcagcaatttcctgttttaattcaaaacgaaaaagacgatgtgcatgtgtgaaattaccaattttgttttcttttagtagtcatctccgtcgagctggacaccaattaaatttctaaaaattagatagtgcaaaacagtggtaaaaactacgcaagtgcaagtgaaaaataagataaggtttaaaacaggggaatagtaggaaaaaatagaagatcgaaaacttctttgtacgtaaccagctatctggagtattgatcggcaagcttaatttgaattaagcaggaaattaattaataccattctgaattaaatcggtcccgatcagacaatttgtgaccttaattaattagaatggctctcgcctggtcggcagctaattaattgtacttggcgaattaattagtgaaatgggccatttatgggcccaaaattactaggccagatagtccaatggctaaaattaagatctttgcatgcagcaatggtcctcttccaaacatctttatcttttgactagcacatccctcatataaccactttattaggtgtgaattgaccgctttaatctgaacattgaccgtaataattttcaagtataatttcactagttaattagtaaataaagaaattatagttgtactttctacgtttcaaattacaagacacttaaaaaatttttctaactcaaacttttttaactttaattaagggtatagaaaaatataataaaattttaaatataaaacaaatatagtataaaaatatattaacactatatttaataaaatatagtaattttcaagtataatttcactagttaataagtaaataaagaaattatagttttactttctacgtttcaaattacaagacacttaaaattttttttctaaatcaaacttttttaactttaattaggggtatagaaaaatataataaaattttaaatataaaacaaatatagtataaaaatatattaattttatatttaataaaactaatttaatgttatagatgtggtacaattttggataaacacggtaaaactcatgaaagtttaacttagaaaaattaaaatgtctcataatataaaaaaggtagaaataaattgatattcggtgcatagttatactcttgaagagggtccaataatccaattgaattacactgcaattactccttccgtatagtataagtcgttttgactttttaagtcaacatttctttaaaattcataaaagaaaacctttagcaacatctaaaacagtaagctagttttattaaatatatgttgaatatattttaataatatgtttatttcgtgttgaaaatgttactatatatattttaataaacttaattaaacttaaataaatttaactaacaaaacagtcaaaacagcttataatataaaacagatgtactggtatctatttaattaattaatttttacatatccatatatatttattaatactgcttaattaaataaacaaataaaacaataatattgcagcagtgggagtcggacctggtggacgcccggtacatcagggagctgggcgacgacctgagcatcgtccacctcaagctcggcgccgacgcctccaagcgcaccgccggcctcttccgccgccgcgacgtcgtcgtctacgagcgccgccagaccatggacgacggcacgctggtggtcgccgtggcgtcgctgcccaaggagatcgccgcgggcctcctgccccccggctcctcctccggcgcccgcggcgccggcctgctgctccagtccggctgggtcgtcgagaagctcgacgccggcgacggcggcgacggcccgccctgctgcgtcgtcacctacgtcgtgcagctcgaccccgccgccgggtggctgccccggtgcttcgtcagccggctcaacagcaagctcgtcatcatgatcgtcgccaagctcaagaagatggccctcgccaccatgcactccgccgccgccgacgacggcgaggtgatgccatgagtttagttaggaaggagagagatcatctggattaattaattccggcgatcgatcgatgtggcactgtggctacaagctcgccgtcgtcgtcgtcttcgtacgtgagtaaatacgattttgtagaagagtgtggtgttgcgtgtgtggaggtgttatttgtgacatgcgtcgcttgcatgacatgcgtttcagcatctctctatatataaatatgaactttgagagtgagaattgttaccgtgtgt</dnaseqindica>

External Link(s)

NCBI Gene:Os11g0245500, RefSeq:Os11g0245500