Os04g0293700

From RiceWiki
Revision as of 11:02, 24 June 2012 by 127.0.0.1 (talk) (Created page with "{{JaponicaGene| GeneName = Os04g0293700| Description = Putative plant transposon protein family protein| Version = NM_001058931.1 GI:115457591 GeneID:4335404| Length = 759...")
(diff) ← Older revision | Latest revision (diff) | Newer revision → (diff)
Jump to: navigation, search
Gene Name

Os04g0293700

Description

Putative plant transposon protein family protein

Version

NM_001058931.1 GI:115457591 GeneID:4335404

Length

7593 bp

Definition

Oryza sativa Japonica Group Os04g0293700, complete gene.

Source

Oryza sativa Japonica Group

 ORGANISM  Oryza sativa Japonica Group
           Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
           Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
           clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
Chromosome

Chromosome 4

Location

Chromosome 4:12923358..12930950

Sequence Coding Region

12928588..12928775,12929034..12929226,12929305..12929694,12929771..12929875

Expression

GEO Profiles:Os04g0293700

Genome Context

<gbrowseImage1> name=NC_008397:12923358..12930950 source=RiceChromosome04 preset=GeneLocation </gbrowseImage1>

Gene Structure

<gbrowseImage2> name=NC_008397:12923358..12930950 source=RiceChromosome04 preset=GeneLocation </gbrowseImage2>

Coding Sequence

<cdnaseq>atgtcaagacgccatcgacattatccggatcctgaagttgaagaccattttgaggattcaacacaagatgaaccttcaaattctttggttacttcaacaaaagaaagtaagggtggtcgtggtccaaatgttttgatggcaccagttccagagaaagatagggcagtgataactccactcaataaagatgcttggattacgaatcctatgaagaagaatgtttcatctaccatcacatgtcttataaaagctcactaccctggcacatatagacctttggataaacatggcaaacaggtgcctgaggatgaagcagttgtcattgctcattatcacaacttttctgctcatacaaggataactattctgaaggaatttttgctgtgttttaagtttgctgatggtagagaagaggattgtgctagattattttatcgcaaagctgttgaacgttttagccaagctttgtcacatgagaaatctgaagcaaaacgttctttggagaagcatatcgaaaatatgcgtgcgactgagttacaacaggatggagatgccccttctcatgatgattttgatgttgatgaacctcaactttggaaggcattccctccttattggattgagcaaaagtggtgggatatgttgtgtgacttgtggtctgatgaaaatgtaaagaaggtgtcagctcaaaacagcaaaaatcggatggaaggaggtggtgttcatcatacttgtggttcacgaagtgttgctatgcataaacaagccatgataattgagaatgcagggacggatgttgatgatattgatgtctttgaacgcacacatcgacatgcaaagggcaagggacagtatgccaacaagaaagctgaatag</cdnaseq>

Protein Sequence

<aaseq>MSRRHRHYPDPEVEDHFEDSTQDEPSNSLVTSTKESKGGRGPNV LMAPVPEKDRAVITPLNKDAWITNPMKKNVSSTITCLIKAHYPGTYRPLDKHGKQVPE DEAVVIAHYHNFSAHTRITILKEFLLCFKFADGREEDCARLFYRKAVERFSQALSHEK SEAKRSLEKHIENMRATELQQDGDAPSHDDFDVDEPQLWKAFPPYWIEQKWWDMLCDL WSDENVKKVSAQNSKNRMEGGGVHHTCGSRSVAMHKQAMIIENAGTDVDDIDVFERTH RHAKGKGQYANKKAE</aaseq>

Gene Sequence

<dnaseqindica>5231..5418#5677..5869#5948..6337#6414..6518#aaaaagaagggctctctagctctcatgaaaaaaacccccaagtcccaatccatctttttccttcccgcgattttctggcattccccccaaaatcatcgacccccattatcccatctctcccactccccatgtttgccggtctaattgtgatttcctcatctgattggagagatttatttgcccctccgtgagtttgtagcacccaattttcttcatttgttttcttcctcgcatgatcgctaacaatcccctgccgcgcgcttgcctcgacgcaggttggcacccccgtcgcactccgagccatcaggtgcggcacctcctgtagcccggtgcctgacacccaggcccagcactcctacctcgtcggagtgtgccgctctgccgtgccccgatccttcctcctcaggtaacatcttgattaatgtgtgcctaccagctgctcgatggaattcccctgtaagaattttgtcatgtcctgtgattttcatcttttgtgattgtatcccatgagcatctcaactaatgattttgaaagaatgttcatcatccttttggtttcttctactctccttgctccaggatgttggatattggattaatttgtttatggtttaagtaatacacactaaaatttgctctctaacttgcacatgtatgactcaagttcctgacgatgcttgtgtttctaattctttagttgctcgctactagatatttttattgcccaaaaattacgagtatctctagtagatatatattctatcatcagttcttcggattagaatatacaggtaggaattattaacatagtttaatttatgattggtactgatctcaggattgttttaagtggttagaaaattcaggtctcctgaaagtacggtggaatttgaatgttaataattgtgcaatctcaggattgctttaagtggttagaaaattcaggtcttctgaaagtacgatggaatttgagtgttaataattgtgcaatctgatagcaaaccattggcatgtgtgcaaaaattcagtaaattaaacaagctaagacacatgttgtttattcttttggtgtattgaagtgtagacagagtaaacaaattatagagaaatatgtactacttaatatgttcaagttatcactaataatgatttatctgggagcaattattttttgtatttaaaagaagatttgctattagtctacatctaatctttcctcttcttattttgataaacttcctttacataatctttcaaaatatgcatccttaccatataatttcaagtgtagggctagccattatttgcatgtcagaatagcttgtttagtgtgagattaatggctgaggaccgtagttggatgtataaaagggtagtgaatggatacatttcagatgagtatttgaaaggagttaagaggtttatgtcacacgctgtatcaaagttacaaggtcaggcagagaaaagggttagatgcccttgtacgaagtgcaagaatgggcagctgcatgacaaaagaatagttcaaatgcacctttgcaataaaggatttactgaaaattaccatgtgtggagtagacatggtgaaagtggagctgataccagtgagacaccagaaggcagtattgacaatgagatgaataaaggaggtaatgcctatggagagtcagatcatatagatgagatggtgttggatgccgcagggcctaatttttgtcaaaatattgaagagcctccaaatgctgaagcagcttcattttttgatatgttagatgcagcagacaagccattgtgggagaagtgtggaaaacactctcaattatctgcagtctctcggttgttgacaataaaatcagaccataatatgtctgtagcttgctttgatgagctggtcaaggttatgaaagaaatgttgcctccagatgcaaatttgccaggtagtttttacaaatgcaagaaagtcgtcgaagctttaggtatgcctgtccaaaagattgatgtttgtaagaatgattgcatgttatactataaggagcatgctaacaaaaggaaatgtataacatgtaatgagcctcgttatattgaagggttagaactccctgagaataagaagggcactccacagaaggtgcttcgctacctcccaatcattccacgcctacagaggctctacatgtcacgaggcactgcaacacacatgacataccacaaggatgggcttgaatcagagaggtgcaacaatgaaagcagaaagaaaaagttaactcacccagcagagagtgaagcatggaagcatattgattcaaagtaccctaattttgcaaaggagcctcgaaatgtgcgtttagggttgtcaacagatggattcacgccatttaatcaaactgcaaccccttactcctgttggcctgttttgttgtcccatataacttgcccccaatttttttgaatgcacattatattatccttaccanggttataccacngcctacncaccctncnnngaacatatanntattcttccatccactaatngatgaacttttgcnactttggaganaaggagttgtgacatatgatcgctcaaaaaaccagaactttgtcatgcgagctgcccttatggggacagtaagtgactttcctgcatatgggatgttgtgcggctggagcacacacngttaattagcttgtccaatttgcatggaagacacaaagtcattttggctaaaagttggaggcaagccatgttggtttgattgtcataggcgtttcctaccaaagggacacccttttagacatgcaaaagacaagttcatccagaataaggaggacaaagatggcccacctattcatcgatcatcttcagaagggtatgattgtgttaaatctctccctcaaattacatttggtaccaaggcaggaaatcaagagattgagggttttggaaaggagcataattgggtaaaaagatctatcttttgggagttgccttactggcgcgagttgttagtacggcacaaccttgatgtgatgcacattgaaaagaatgtgtttgacaatatatggaatacttttgatggatatcccaaagaagactaaagataatgtcaaggctcaatttgatttagccaatatatgcaatcgcaaagaacttcatatgcaacaaaaatctataggtcgatgggtgaaaccaaaagcttgttatagtctagataaggcacagaagaaattggtactgcaatgggttaagaatcttaaattccctgatggttatgcatcaaatttagcacagggtgttgatattaatcgaggcaagatcataggaatgaagagtcatgattgccatgtcttcatggaaaggttgctacctgtggcatttcgtgatttcctccccaagcacttctggaagtgtttagcagaactgagctacttctttaggcaactatgtgcaaaagaggtggatatagaacaaatgaagcacctacaaaaggaagtgccagtcattgtgtgtaaacttgaacagatttttcctcctggattttttgattgtatggaacacttggtggtgctctgggcttatgaagctttaattggagggcctgtagcttttaactcgatgtatgtatttgaaaggtatgtttctttggttaagtactaaagtgtgaatttgtatattaatttcataattatgttttctgctcaattcatagggagttacatgaggctcgcaagaaggttcgaaacaaagcacgtgtcgaaggttcaattgtagaggggtatagagtacaggaggtctctaattttatttctatgtactttgctgatcatgtgcgaacaaagcacactcgcgtccctagacatgatgatggtggtttcagagcacctactgactggctgtctatattctctatcccatatcgcactcttggaaagagcacatcatgtaacttatcaagagaagaatggcaggctgctagggtatatgcattactcaattgtgcagaagttgacaaatatgtcttgtaagtatatattattctgttttcctattttattacttgggctctatttttgtgaatatgacatattacatttatgttattgcaataaatgtcaggaaatttgatagggggatgaaacaacaaaacaggaacatcactacaactcaattacaagagatgcatgagaaagattttccaacctgggttcgtgagttggtaagaatacatgatgtaatatctgatggattattatttattttaatgcatgattcatgaaaattgattctacaggctggaaaagatgaaacagttgaagaacaagtaagggctctttccattgggccccgatacatggttaagtgttataagggatgtgatgttcaggggtttcgttttcgtacacaaccatatgaacaaaagaaatcatcgaggcaatgacaaatagtggagtttgtgtgtcagcaaattggtttgataaccaagggcctgactactatggcactattcaggagataatagagttggaatatgtcagtgatagtgatctaaaggtggctctatttaagtgtgtctggtttgatcctaagaaaggagtgaagtatgacaaagcactaggcctagttgaagttaaccatacatcaagattggaacaatatgagccttttgtgcttgcatcccaagtggaaccaagtatattatacaccatatccatcgccaccacgtgaaagaaaagattggtgggttgcattcaagacaaatccaattggtacttcacccgttcctgcagtggacgatgaagttgatgattcgcttcctcctgtagtttctgaatattatcaagagggagagcagcttggagctgacatttcacaggagcttggtgatgaaagcttgcttcatgaatcaaatattgttgagcaagttgatccagaagatatggattttttaaatagaccaaatagccatgagaacatagagagttatgttgccatggacagtgattgcagcagtgaagatgaagggccaatagaatcagataatgactcagacaatgatagtgattctagtgactaaacaattgatatatatatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgatattattatttcattttctcatgagcagtggcattattacaaatttactatgttatctattcttcaatgactacatttgcttgcaaaataacccttgtttttactagttaagtactatgtcaagacgccatcgacattatccggatcctgaagttgaagaccattttgaggattcaacacaagatgaaccttcaaattctttggttacttcaacaaaagaaagtaagggtggtcgtggtccaaatgttttgatggcaccagttccagagaaagatagggcagtgataactccactcaataaagagtaagttgacactctaaatttctgcttatattaaaacacacactgtctatcacacacacaaacacacactccatataatatgtatatcattgttgttaataattgaaaatcttgttgtaaactccatgttaaattttaagaaatacagatgcatagttcctataaatccaatattatgatggctgaacatatttttttatcactttcattgttttacactaatattacctaacttggtaaatggcatgttgtttctagtgcttggattacgaatcctatgaagaagaatgtttcatctaccatcacatgtcttataaaagctcactaccctggcacatatagacctttggataaacatggcaaacaggtgcctgaggatgaagcagttgtcattgctcattatcacaacttttctgctcatacaaggataactattctgaaggaatttttggtgagttacagtgttagcattcacatagaatatttaggttcttttaatggattgacgtcctaccttatccttttacagctgtgttttaagtttgctgatggtagagaagaggattgtgctagattattttatcgcaaagctgttgaacgttttagccaagctttgtcacatgagaaatctgaagcaaaacgttctttggagaagcatatcgaaaatatgcgtgcgactgagttacaacaggatggagatgccccttctcatgatgattttgatgttgatgaacctcaactttggaaggcattccctccttattggattgagcaaaagtggtgggatatgttgtgtgacttgtggtctgatgaaaatgtaaagaaggtgtcagctcaaaacagcaaaaatcggatggaaggaggtggtgttcatcatacttgtggttcacgaagtgttgctatgcataaacaagccatggtaccaaagttaaatgattttcctattatgatttatactactttgacttctcactatgatatgtacttttggatagataattgagaatgcagggacggatgttgatgatattgatgtctttgaacgcacacatcgacatgcaaagggcaagggacagtatgccaacaagaaagctgaatagttagcggtatgtgttctgcttattctagttcctagtttcaagtttggcaatcaaaaaaagtgaaatcatctaaaaccatgcaatggtgccactacatatcttaattaggtggtgtataatgatcgtgtcaaggaaggagaaaacaatcaagtcaacaaacaacatgtttgggtgcagctcactaaaggtagaaaacgtggaaggtattatggtctttcaggaattatagatagaaaccatgttggtaattcagcaagtgcaccatctggtagcatggagacacagccactatacacacagcagcaagtgcaagacattgttcagcaggcagtcactaatgctgtgaacaatgctcatcaagaactagcatcaaggatagaaaggctagagcagacagtggataaggataaggcagaaactcattcccatgtaagtataaattaaagctatttttgttacctagaaagaacatactaactggtattatttttcaaatcacaggatgcaaatggaccatcttcttctgttgtccctgagttccttcatgcacttctcatggtatatactgacttcaatctttttactactgtacatccttattatttattctcttgaacaaacattatgaaaaatttggttcttggacaacaatagatcaatttaaaaatgttctgccaatggtatggctttagttgcgataccagttagtgagttcaatttagaaatggactgctatgtatcattcataagttcaaacttagacctacccttatagtttttcagtaactttgtagcttattttgtaattttatttcagaatgggatgaacactactgaagaagcgccacaagctggtcattgtggaagaacttgtgagaatgatgacctctggcgtttctaggatgtgctaatgtcgaattgcaagcatttagagattaggaatctaggatcatgttatcagacctattatagttgctagattaatcagtttgatcaacttaccttctgagactattttatttatgtgttattgtctacagacctgtcttagattaaatgcaaatatattgtctac</dnaseqindica>

External Link(s)

NCBI Gene:Os04g0293700, RefSeq:Os04g0293700