Os04g0465000

From RiceWiki
Revision as of 11:13, 24 June 2012 by 127.0.0.1 (talk) (Created page with "{{JaponicaGene| GeneName = Os04g0465000| Description = Sterile alpha motif homology domain containing protein| Version = NM_001059557.1 GI:115458843 GeneID:4336087| Length...")
(diff) ← Older revision | Latest revision (diff) | Newer revision → (diff)
Jump to: navigation, search
Gene Name

Os04g0465000

Description

Sterile alpha motif homology domain containing protein

Version

NM_001059557.1 GI:115458843 GeneID:4336087

Length

5995 bp

Definition

Oryza sativa Japonica Group Os04g0465000, complete gene.

Source

Oryza sativa Japonica Group

 ORGANISM  Oryza sativa Japonica Group
           Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
           Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
           clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
Chromosome

Chromosome 4

Location

Chromosome 4:23627481..23633475

Sequence Coding Region

23627674..23627736,23629158..23629294,23630244..23630284,23630388..23630986,23631487..23631567
,23632034..23632096,23633029..23633085

Expression

GEO Profiles:Os04g0465000

Genome Context

<gbrowseImage1> name=NC_008397:23627481..23633475 source=RiceChromosome04 preset=GeneLocation </gbrowseImage1>

Gene Structure

<gbrowseImage2> name=NC_008397:23627481..23633475 source=RiceChromosome04 preset=GeneLocation </gbrowseImage2>

Coding Sequence

<cdnaseq>atggcctcctcggcgtcgtcatccaggcaccaggtcaccatcaccctcggccgcagcggtcaggttgtcaaaaggcgagctgtatctgacattgataatgatgatggtgtgcacttaggaagaaaacgatctgtgagggacagactaggaaataatatggttggttctgagtcgtatgatggccagcagcgtaacaaaagacgacagatagaaaccaatggtttgcagcatggagataatgattgccaggtcggtagggatgatttgagattgaagcttatgaagaaaggcttgtctagcaatggtggtgcagaacagaatggagtggatctccgtgaaaagctttccaggaaacctaagaatatacggaggtatgatgcaagaggacatgttccagaatcaaggtctagatatgacggaagagataaaattccagaattaaggtcaagatatggcatgagagagaggctccctgagccaaggacatctgctcttcctagtcgaattccttctgcaagaagcatggatgatctgttgaagttggactcttcaagagaagcttattcctcgtggtctggtaatttgaggcacaggtcccctgaaaaacttaaaagtgctcgcagagatatgtctccctcaagaacatatgatcatattcgttccatgccacccattagatctgctggtacctcaaggacttcaggtctcatcactagagacgctcctgatgcattaagaactcaaccttatgctggcaagtctaccatttctattgatacaactcagccagcaaatggagttgcttcatctgctacagtgatgcctacagctcctgtgatgccagaagtaccgctaacagttactgggttgctgaattcactaggacttgagaagtatgtcttcctcttccatgctgaagaggtggatatggctgcattgagtcagatgggagacagtgacctgaaggaaataggggtaccaatgggtcctagaaagaagattctccaggcagtggcaccttattcaaaacggcgtagatga</cdnaseq>

Protein Sequence

<aaseq>MASSASSSRHQVTITLGRSGQVVKRRAVSDIDNDDGVHLGRKRS VRDRLGNNMVGSESYDGQQRNKRRQIETNGLQHGDNDCQVGRDDLRLKLMKKGLSSNG GAEQNGVDLREKLSRKPKNIRRYDARGHVPESRSRYDGRDKIPELRSRYGMRERLPEP RTSALPSRIPSARSMDDLLKLDSSREAYSSWSGNLRHRSPEKLKSARRDMSPSRTYDH IRSMPPIRSAGTSRTSGLITRDAPDALRTQPYAGKSTISIDTTQPANGVASSATVMPT APVMPEVPLTVTGLLNSLGLEKYVFLFHAEEVDMAALSQMGDSDLKEIGVPMGPRKKI LQAVAPYSKRRR</aaseq>

Gene Sequence

<dnaseqindica>194..256#1678..1814#2764..2804#2908..3506#4007..4087#4554..4616#5549..5605#accaaagcgagtccctccccctcccgtctcgagcgccggtaaactccacgcctccaatcggccaatcgccaattcgcaatccattccccccgaaaccctaaccggcgcctctcctccacgcgccgcgccgcctcccgctcctccctcccagcagcgccgccgtcgtcgtccctctcaccggcgggtggcggcgatggcctcctcggcgtcgtcatccaggcaccaggtcaccatcaccctcggccgcagcggtcaggtgagaagacgtcacgtcggatccgattctctctaattaatatactgcgttttgatgccccggtcgtggattcgattagcgacgaaatccgaatgatcccatcgatggaatcgaggtgcgaccgctttgcttcgctttttagtaaatgtagctgtggcatatgtggggaatcgatagtcgcaatggttcgctgatatttgcttcgattaaggtgtttggtgccgtagatcgaggataggacgctggatgcagttctgctctgtgttgattgattgttgaagtctaaaatcaggtgctgttttttgagattacgatttcacaatgtgcggaaggtatcgctagatgtgttggaaaaaaaagttgataattctataggtgaaaagcgtgaacaaacatgaggtgtatggataatccaatctgaaatttatgagttttagtttaggagaggagtctctcgatctattgcagttagagtagctatttagtccagggatagtaattgttgtgatgggtgcatagttggatgggatgatgagtgcgcgccaatgtggattttgatgtgattacgttgctaatatacacatctatgaaatgaaacatacttgaatgactgaaaataaaaagagaggacaagaaattagaaaggctcagcagatgttttcttgtaacttttgcttaatagtatgccctattctgttctaccctgttggctatattgattatgattatccgttattgcatactctgaatccaaaacttatatgctgttgatgataattcactagaacgcatgtaaacataatctcatttcagtttgcatttttaccattcttatctgaatagcttaggctacctattccttatgtttatattgatcctttgaaactatagaaagtttgtagatatcctgaacttggtgggttaaggggggtgtttggatcctaggcaagagcgaaactagccttgcttggcaaggacagctgtttggtagatgcaaactaatcttgctttgccaggcaaagtggccaataactgccagcatatccttgccaaccgtcaaaagccaattcagctctcccatgaaacaacacagtgtgcccatcctgtggtgtgcatgcagtcaaagaagtgctacaaccgtccggagattgtgctggcaagcagtaaggtgtttgaaccaaacaagcagacttgcttctttgagcgagagatcaaacgggttagcctatcttagcctggctatgagtggaggatcaaaacatgctctaattcattcctgttttcaagctattctatgatgtgaaattgttaatgtagcaggcttgatacgcatgccttgtgttgctcatttgtttttgccctttttgaagtccatcagttattcagtttcagcttcttcatctaacttttgtttgtttcaggttgtcaaaaggcgagctgtatctgacattgataatgatgatggtgtgcacttaggaagaaaacgatctgtgagggacagactaggaaataatatggttggttctgagtcgtatgatggccagcagcgtaacaaaaggtatctgtcttggacctacaaagttaattgtgggaaaagcctttcttgcccgacaactcttggctccatctatttttcatccctcagctagaaaatcactaaaatctgcccctcaaccctgagaaccagttgaaatatgctcttccaccctatttgattgttgttttgactgaaatggtgtgctagtatgatccaatgtggtggtggggtctgttttgtcactggaggagagaataagaggaaaatgttgtttcgattgccaccaatgacatgtgggcctgactaccaccacatactaactagataacaggggctgtgaatagtattgcagaaactatagcaaactacgagtattgtttgtgcatgttgagtgtcctttgattgttatgcaccccctattatgtgtcatggatcagatatgtgttactaaacatgtcattggttaattaagttcgaccagttgatcatttagcatgtatatttgaattacaactgttggatcaataatttatcaaatttgttaataacactctaatattgtatggagtattgagcggtttactttcatttatgtttgtacttgatacttaatagcagagcagttttctgtttgttgattgcggtaccatttgctctctcattcgtgttagctgatctagagtctagacatgcggacatgcacaagctttttttattttgctcaacaagtgttcctacatttataagtcaataacaattatgctttatttgatagctttggtctgttatgttattctgtgttccttagaaagtaattgcttactataccatttacaagatgatataattagatatatcatgttagtttcgttatctcccttgcattccgatagatatgattgtttcaatcctaatcaattgcttagatattttactttctcatgccagaaattttttactcacttttcagacgacagatagaaaccaatggtttgcagcatggagataatggtacgggtgatgatgaacacttcgttttcttgcttatccactaaaatgtaaatgacccctgtttgacaatgatattttgtgcataccaatataccacataaagattgccaggtcggtagggatgatttgagattgaagcttatgaagaaaggcttgtctagcaatggtggtgcagaacagaatggagtggatctccgtgaaaagctttccaggaaacctaagaatatacggaggtatgatgcaagaggacatgttccagaatcaaggtctagatatgacggaagagataaaattccagaattaaggtcaagatatggcatgagagagaggctccctgagccaaggacatctgctcttcctagtcgaattccttctgcaagaagcatggatgatctgttgaagttggactcttcaagagaagcttattcctcgtggtctggtaatttgaggcacaggtcccctgaaaaacttaaaagtgctcgcagagatatgtctccctcaagaacatatgatcatattcgttccatgccacccattagatctgctggtacctcaaggacttcaggtctcatcactagagacgctcctgatgcattaagaactcaaccttatgctggcaagtctaccatttctattgatacaactcagccagcaaatggagttgcttcatctgctacagtgatgcctacagctcctgtgatggtttgtattttgtacttcctcttgtatatttaatttagtcatgagtctgagtaaaaagcaaaacttagctaaattagtttcattatttattcttggcatttggaattattttgaaccatgtgttctgttttatatttattattgaataaaaagttaccttaagaaagatatatctgtaataataaggttcatcttgtagtcgtttgttactactgcattggaaccagaagacctttagtcacattgtttaagcatgatcttttgcatttacttgctggtacagatcatacagtacaacttccatttgtgacaacggacaacactctgcttccattcaatatgatatgataactttagttatccgtataagagctcaactagttatgcttgtaactagctgaggtgctctactaattttattagcgagtttctgattttgtgttttcttaactatcatttgttcttgcaattctctgacattgctgtatgcaattttgcagccagaagtaccgctaacagttactgggttgctgaattcactaggacttgagaagtatgtcttcctcttccatgctgaagaggtgattgaccattactgattcatttccaaccttaaacctaattatggttctaatatgattgctatatttatggtgttcttttttgtggataatcatttctgttaaccatggagtaccttactggctcatgtattagtatttgaatgccttttgtatttgaccttttgcttgctacgggttatttggtttctactttctgaaaaaagctcttgtgttctttcctgtaagctattcattagcagctttgtttatactcacgcacacaattattcactacatgctgcatgttccaagtgtatgtgggtcaccaccataagcatttttttaggtcatgcaatatccagtaagcatatgcctgttttagtgagtacttatgcatgtgttcaagctaatagtaagttttttgagtgttcactggcgatgccaatgtttctttccttattgtttattatttgtttgcccacaggtggatatggctgcattgagtcagatgggagacagtgacctgaaggaaataggggtaccaatggtaagatgtactttttattcatactagcatctttacatatatgtactctctccatttcatattataagtcgtttgacttagtcaatattctttaagtttgatcaattttgtagaaaaatatattaacattttcaatacaaaacaaacatatttggtattgtaaatgttagtattttttttctataaacttggtcaaacctaaagagctttgactaagaaaaaagtcgaacgacttatagtatgaaatagagggagtagaaatgttctagttctgagtattttgttactgaagtactattgttcttatcattggtttgaattattatctggatactgcataatggactgtgaatctgtgattagagttagtttgaatcgtcaagtcaaaaggacctgcaaactatatcaatcactcatttagtacataacagattagtgcaccagcctaccagagcttgtctcgatgagagtagattattgtgtctcactaaaagtttccactccaagaatccaattcattcaagctggtcacgtttgctcaactttcgaacataatgggttacacagggctgtggcatgcagtgctgcctaatatttgtgctagcaacttgccatctcatcacatgccagcaagtataacattttaatgtcaagcctgatttgtaaaactatgattctgtttgtgtatttagacatgtgttgtaacacaatccatgttataggtccaccatctcatttaactactattgcaaggatgtgttgcactatatgctgtgttttcctgaagtctgctagcatgcttaattaattgaaccccacgaaatgggaggtctcctttcacctagagcatctagcagagattatcagcatctcaaacatgctagtgttatttgcagtaattttgactcgtggaatattatttgatggatcagggtcctagaaagaagattctccaggcagtggcaccttattcaaaacggcgtagatgaacagcatgctcaggaacttggggcgttcgtgggcaatgacaatttattggtgtaagctgcttcattgcagatcttgtatatcccaatggtctagtgctctagtcaatccgtttcattgctgatagatcaacgcatcgcttttcttggcatgcataatcttatctgtcagctgatgatcccaatcctgttattcacgacctgccccttgtgtagcaggatctgaaacatggatatgtagctttgctacactaaccagtcagttttttcttcctctttgggaattgggaacatcgatgacctgtaatcgaaatcccatgctttatgaccttgggagcgttggcaattgagtttactggaacatactagtgttaagattgtgtacagaatgcg</dnaseqindica>

External Link(s)

NCBI Gene:Os04g0465000, RefSeq:Os04g0465000