Os04g0555600

From RiceWiki
Revision as of 11:22, 24 June 2012 by 127.0.0.1 (talk) (Created page with "{{JaponicaGene| GeneName = Os04g0555600| Description = Concanavalin A-like lectin/glucanase domain containing protein| Version = NM_001060053.1 GI:115459835 GeneID:4336621|...")
(diff) ← Older revision | Latest revision (diff) | Newer revision → (diff)
Jump to: navigation, search
Gene Name

Os04g0555600

Description

Concanavalin A-like lectin/glucanase domain containing protein

Version

NM_001060053.1 GI:115459835 GeneID:4336621

Length

8627 bp

Definition

Oryza sativa Japonica Group Os04g0555600, complete gene.

Source

Oryza sativa Japonica Group

 ORGANISM  Oryza sativa Japonica Group
           Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
           Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
           clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
Chromosome

Chromosome 4

Location

Chromosome 4:28205317..28213943

Sequence Coding Region

28205317..28205583,28206324..28206656,28207180..28207261,28207481..28207556,28207711..28207825
,28207936..28208040,28209033..28209167,28209660..28210382,28211107..28211888
,28212705..28213941

Expression

GEO Profiles:Os04g0555600

Genome Context

<gbrowseImage1> name=NC_008397:28205317..28213943 source=RiceChromosome04 preset=GeneLocation </gbrowseImage1>

Gene Structure

<gbrowseImage2> name=NC_008397:28205317..28213943 source=RiceChromosome04 preset=GeneLocation </gbrowseImage2>

Coding Sequence

<cdnaseq>gccgttgttgccgcggagctcctgccttacctcccctgcggcgatgagccatctccgcgcactcgtatggccgtgggcattcacgccacgctccgcgcctgcacacgcaatcgtgccatgtgctcttcatcgggccttctacccgtcctcctcgattctgctgagaagctactcattggaatgggtcgggcaagtagctgggacggaacaccactgctccattgcatccagctattgggtgggcactcgcttagcgtgaaggacttgcattcgtggcttggtttggttaagaaggcgcttggtacaagctgggcaacaccactgatgctggcacttgagaaagccatggggagtgaggaagcaagaggtcctgctgcgacatttgagtttgacggggagagctctggcttgcttggccctggtgacagcaggtggcccttctctaatggctacgggtttgctacttggatttacatagaatcattctcagatacacttagtacagcaacagctgcagctgccattgctgctgcagccgcagcaacatctggaaaatcatcagcaatgtcagcagctgctgcagccagcgctcttgcaggagaaggaacaacacacatgcctagactttttagctttctctcttcagataatcagggtgtggaggcttacttccatggacagttcttggtggtggaaagtgggggtgggaggggtaagaaggcttctctgcacttcacttatgcgtttaaacctcagcgatggtacttcgttgggttggagcacacaaacaagcatggtttgcttggaaagggcgacagtgaattgcggttgtacgttgatggaagcttgcatgagagtcgtccttttgagttcccacgcatctcaaaaccactagcattttgctgcattggaacgaatcctccaccaactattgcaggcctgcagaggcggaggcgacaatgtccattgtttgcagaaatgggacctatatacatttttagggagccaattgggccagaaaggatgggtcgtctggcatcccgtggaggagatgtactccctagttttggaaatggtgcaggtttgccttggagagcaaccaatgaccatgttaagaacatggccgaagagagttttacattgaaccaacagataggaggatgcttacatcttctttatcatcctagtcttctgaatggacgattatgtccagatgcttccccttctggctcagcaggcactcaccgaaggcctgcagaagttcttgggttggttcatgtttcatctcgtgtgcggcctgcggagtctttatgggccttagcctatgggggtccaatggctttacttccgttgactataagcaatgtgcagatggatagtcttgaacctatgcttggtgaattgtcgattgccactgcttctctttctgccccaattttcaggattatttccctggctattcagcatcctggaaataatgaagaattatgtcggacatgttcaccggagattttgtcacgtgttttacattaccaattacaagcatttccaaagatggaaggtggagagggggaggcagtgactgatgaggagctagttgatgcaattgtatccttgtgccaatctcaaagaaacaaccatgagcttaaagtgcagcttttcagtactttgctgttggacctgaagatgtggagttcatgtacttatggtttacagaagaagcttctgtcctcgcttgcagacatgatatttacagaggctgcttgcatgagggatgcaaatgcattgcaaatgcttcttgatagctgcagaaggtgctactgggcaatccgggaaccaaattcgatcgataactttgcccttactggaacaaagagatccttgggtgaaattaatgctctgattgatgaactcttggttgttgttgaacttctgttaggatcagcatcttccacagcagcttctgatgatgttcgctgcttgattggatttgttgttgattgcccacagcctaatcaggttgcaagggtgttgcacctcatctataggttgattgtgcagcctaacatttctagagccaacatgtttgctcagtcattcatatcttgtggtggtgtggatgcacttctcgttcttttacagagggaagctaaagctggtaacaacagtattttggacaattctgatgcacttttaagtgaaaatgattttttaaggaatgatgattcagacacaaaagctgctagtggtgaagcaaagagccaggatgatcaaattcaatcagttgaacttgaacagcacgaatccatccttcatgaagaacatactgagctgggatctacaagcacaaatgatgtgccttgtgagattttgggatcaagtataggaaggaagttgtccagttctgaaaatcagctgctaaagaatttgggtggcatcaacttctcaattactgctgacaatgtccggaataatgtttacaatgttgacaaaggtgatggcattgttgttggaatcattcacattttgggtgctctagttgcatcaggtcacctaaagtttgcctcaagggctgcaaatccaaatttacctggtggccttctgacgacagttcatgaagaaggaaataccatgtcagaagatagagtgtcactgttactgtttgctctgcagaaagcatttcaagcagccccaaggaggcttatgactgtaaatgtctatatggctttaatttctgctgcgatcaatgtttcttcagttgatgaaaatctaaacctatatgattgtggccaccgttttgaacatattcaactgttgctagtcttgctccgttcgcttccatatgcatcaaggtcattccaatctcgtgctatacaggatcttctgtttttggcttgcagtcatccagagaatagaaccacgatgacctcaatttcagaatggccagaatggatttcggaggttttgatttataatcatgagatgggtgctaagaaatatgctgatggcataagcattggtgatattgaagacctcatacacaatttcctgattatcatgttggagcattcaatgcggcaaaaagatgggtggaaggatgtggaagcaacaattcattgtgcagagtggctttcaatggttggaggatctagcacaggagaccaaagaatcagacgggaagaatcattgccaattttaaaaaggagattgctaggcggtctgcttgatttttctgccagagaacttcaagtccagactgaagtaattgctgcagctgcagctggtgttgcagctgagggtttatctcctgaagaagcaaaaacccaagcggaaaatgctgctcatctttcagtagcactagcggaaaatgcaatagttattctgatgcttgtagaagatcatctgaggtcacaaggtcaacatttttgcacatccagatcacttgatagtgctgtcccttctgcctcaatggtttcgtctgctgccagtcgatcaaattcattgtgtagaagtggtaatgagcctatggatgctgggacctcaagacgatcatctttgtccactgatgctggtggccttccattagatgtgcttacttcaatggctgattcaaacggacaaatctctgctgctgtgatggagcgtcttacatcagcagcagcagctgaaccttatgaatctgtcaaacatgcatttgtttcttatgggagctgcattgcagatcttgctgaaagttggaagtacaggagccgcttgtggtatggcgttggaatcccatccaaatctgatacatttggtggcggtggaagtggttgggaattttggaaatctgttctggagaaggactcaaatggg</cdnaseq>

Protein Sequence

<aaseq>AVVAAELLPYLPCGDEPSPRTRMAVGIHATLRACTRNRAMCSSS GLLPVLLDSAEKLLIGMGRASSWDGTPLLHCIQLLGGHSLSVKDLHSWLGLVKKALGT SWATPLMLALEKAMGSEEARGPAATFEFDGESSGLLGPGDSRWPFSNGYGFATWIYIE SFSDTLSTATAAAAIAAAAAATSGKSSAMSAAAAASALAGEGTTHMPRLFSFLSSDNQ GVEAYFHGQFLVVESGGGRGKKASLHFTYAFKPQRWYFVGLEHTNKHGLLGKGDSELR LYVDGSLHESRPFEFPRISKPLAFCCIGTNPPPTIAGLQRRRRQCPLFAEMGPIYIFR EPIGPERMGRLASRGGDVLPSFGNGAGLPWRATNDHVKNMAEESFTLNQQIGGCLHLL YHPSLLNGRLCPDASPSGSAGTHRRPAEVLGLVHVSSRVRPAESLWALAYGGPMALLP LTISNVQMDSLEPMLGELSIATASLSAPIFRIISLAIQHPGNNEELCRTCSPEILSRV LHYQLQAFPKMEGGEGEAVTDEELVDAIVSLCQSQRNNHELKVQLFSTLLLDLKMWSS CTYGLQKKLLSSLADMIFTEAACMRDANALQMLLDSCRRCYWAIREPNSIDNFALTGT KRSLGEINALIDELLVVVELLLGSASSTAASDDVRCLIGFVVDCPQPNQVARVLHLIY RLIVQPNISRANMFAQSFISCGGVDALLVLLQREAKAGNNSILDNSDALLSENDFLRN DDSDTKAASGEAKSQDDQIQSVELEQHESILHEEHTELGSTSTNDVPCEILGSSIGRK LSSSENQLLKNLGGINFSITADNVRNNVYNVDKGDGIVVGIIHILGALVASGHLKFAS RAANPNLPGGLLTTVHEEGNTMSEDRVSLLLFALQKAFQAAPRRLMTVNVYMALISAA INVSSVDENLNLYDCGHRFEHIQLLLVLLRSLPYASRSFQSRAIQDLLFLACSHPENR TTMTSISEWPEWISEVLIYNHEMGAKKYADGISIGDIEDLIHNFLIIMLEHSMRQKDG WKDVEATIHCAEWLSMVGGSSTGDQRIRREESLPILKRRLLGGLLDFSARELQVQTEV IAAAAAGVAAEGLSPEEAKTQAENAAHLSVALAENAIVILMLVEDHLRSQGQHFCTSR SLDSAVPSASMVSSAASRSNSLCRSGNEPMDAGTSRRSSLSTDAGGLPLDVLTSMADS NGQISAAVMERLTSAAAAEPYESVKHAFVSYGSCIADLAESWKYRSRLWYGVGIPSKS DTFGGGGSGWEFWKSVLEKDSNG</aaseq>

Gene Sequence

<dnaseqindica>8361..8627#7288..7620#6683..6764#6388..6463#6119..6233#5904..6008#4777..4911#3562..4284#2056..2837#3..1239#ccgccgttgttgccgcggagctcctgccttacctcccctgcggcgatgagccatctccgcgcactcgtatggccgtgggcattcacgccacgctccgcgcctgcacacgcaatcgtgccatgtgctcttcatcgggccttctacccgtcctcctcgattctgctgagaagctactcattggaatgggtcgggcaagtagctgggacggaacaccactgctccattgcatccagctattgggtgggcactcgcttagcgtgaaggacttgcattcgtggcttggtttggttaagaaggcgcttggtacaagctgggcaacaccactgatgctggcacttgagaaagccatggggagtgaggaagcaagaggtcctgctgcgacatttgagtttgacggggagagctctggcttgcttggccctggtgacagcaggtggcccttctctaatggctacgggtttgctacttggatttacatagaatcattctcagatacacttagtacagcaacagctgcagctgccattgctgctgcagccgcagcaacatctggaaaatcatcagcaatgtcagcagctgctgcagccagcgctcttgcaggagaaggaacaacacacatgcctagactttttagctttctctcttcagataatcagggtgtggaggcttacttccatggacagttcttggtggtggaaagtgggggtgggaggggtaagaaggcttctctgcacttcacttatgcgtttaaacctcagcgatggtacttcgttgggttggagcacacaaacaagcatggtttgcttggaaagggcgacagtgaattgcggttgtacgttgatggaagcttgcatgagagtcgtccttttgagttcccacgcatctcaaaaccactagcattttgctgcattggaacgaatcctccaccaactattgcaggcctgcagaggcggaggcgacaatgtccattgtttgcagaaatgggacctatatacatttttagggagccaattgggccagaaaggatgggtcgtctggcatcccgtggaggagatgtactccctagttttggaaatggtgcaggtttgccttggagagcaaccaatgaccatgttaagaacatggccgaagagagttttacattgaaccaacagataggaggatgcttacatcttctttatcatcctagtcttctgaatggacgattatgtccagatgcttccccttctggctcagcaggtttgtccccccccccttttgttgacggagtagtttaccccttttcccacattaacatcaacttatatgttttaggtccaatttacacatccttgttggttccagttttagtgaaataggtatagatacagaaatgttatgttactcaaactcctgaacacattatttaaattcttgctctggacaaaacaaattgttatgctcaaagtcatataactaatgtgcctttgaccaataaaaaaagggctctgatttctcttaggacctttaacttttcaatggcccgctttggttcagaaactttcatttaatggtctgtaaatagtatctttaaaaagttttggttgtccagcaattttctcaatttgtttccataatagcatccttgaaaaaaaattcagtctgaacacaaactgtatcctaaagtcgaatgaccaaaatagggcttttcccatagcaaaacataagagttctcaaaaatgaggtgggagctcttgagagcaagctgctaactgtagtttctaccaagaaattgtatttactcacaggtgaatcatatcttcaatgccagtagtttctgtcaattgttgataaatctttgtgatgacactctcttgagtcatctatacccttttcagtgtgcaaagtaattgatatatcatgttccttgttgctgaaatgatgtcagattattgatttttgatatgtactgggctaaccgaatgtcaaaaaattcccaagcttcctcatagtggcactttgacacgttcggtcatgtacatgattttattgatagtatcttcttttgaactgtaggcactcaccgaaggcctgcagaagttcttgggttggttcatgtttcatctcgtgtgcggcctgcggagtctttatgggccttagcctatgggggtccaatggctttacttccgttgactataagcaatgtgcagatggatagtcttgaacctatgcttggtgaattgtcgattgccactgcttctctttctgccccaattttcaggattatttccctggctattcagcatcctggaaataatgaagaattatgtcggacatgttcaccggagattttgtcacgtgttttacattaccaattacaagcatttccaaagatggaaggtggagagggggaggcagtgactgatgaggagctagttgatgcaattgtatccttgtgccaatctcaaagaaacaaccatgagcttaaagtgcagcttttcagtactttgctgttggacctgaagatgtggagttcatgtacttatggtttacagaagaagcttctgtcctcgcttgcagacatgatatttacagaggctgcttgcatgagggatgcaaatgcattgcaaatgcttcttgatagctgcagaaggtgctactgggcaatccgggaaccaaattcgatcgataactttgcccttactggaacaaagagatccttgggtgaaattaatgctctgattgatgaactcttggttgttgttgaacttctgttaggatcagcatcttccacagcagcttctgatgatgttcgctgcttgattggatttgttgttgattgcccacagcctaatcaggtaatttggccattgattggtagacaaactcatggtgagatgcctctagtgtttcctcctgaggcattgtttgaatggaaatacccaaccttctacatattttatacgcagatgttcttgaactaaagatcataatggtactactactacctaatatctagtgagcatatacactgaaaactgtaaagttacaatttgatgtatttatttccatacatcatatcataaggataagtgggtattattttaaccgtgagtcacaacaaatttgatggtgcatcagctctttgctcttaaagcttgtctgtggttactccttccagttccataattcttgacgttttggatgaggttgaggtcaaacaattagaaccttgactatcactaacttttaaaatatttaatttgaagacactagaacatgatgcatatattagtttaaaaatattttttaaaagctaaatatttacttattttttgtatatattataatagaaaatcatagccaaagattttggagatcatgttgttgtccaaaacgacaagaattatggaactggagggagtacgtgctatttttctgttgggatatatttatacttgccttgatcatttgaaagacaatacaaatgtgtagcagtctagggccatcttatctatatagctcatctgacaatatagtctaagctgtttcttgtgatcttaacaatgtccttgttaacaggttgcaagggtgttgcacctcatctataggttgattgtgcagcctaacatttctagagccaacatgtttgctcagtcattcatatcttgtggtggtgtggatgcacttctcgttcttttacagagggaagctaaagctggtaacaacagtattttggacaattctgatgcacttttaagtgaaaatgattttttaaggaatgatgattcagacacaaaagctgctagtggtgaagcaaagagccaggatgatcaaattcaatcagttgaacttgaacagcacgaatccatccttcatgaagaacatactgagctgggatctacaagcacaaatgatgtgccttgtgagattttgggatcaagtataggaaggaagttgtccagttctgaaaatcagctgctaaagaatttgggtggcatcaacttctcaattactgctgacaatgtccggaataatgtttacaatgttgacaaaggtgatggcattgttgttggaatcattcacattttgggtgctctagttgcatcaggtcacctaaagtttgcctcaagggctgcaaatccaaatttacctggtggccttctgacgacagttcatgaagaaggaaataccatgtcagaagatagagtgtcactgttactgtttgctctgcagaaagcatttcaagcagccccaaggaggcttatgactgtaaatgtctatatggctttaatttctgctgcggtatgttgtttatgtgctgtctagataattgtatatgtttttgacttccacgaaatcgatttcctatgattaattaacttaagagtaaattacttagttgcctgttggttaccttatcacctgacctttttctcaactcaggccacatgaaaaactgatatctaagtttctatcaacaaaatctcttggattgtgctttatggtatttcaagtaaaaataagcatgaacgctagattttctctgcccagtcgagtgtccgagtccatgtcagttttggcggactttgcagttatatcctttacttagtttttttttgtccattccatttggaatggcataagcaccacagtgtttcaagtttgattagtattataggctctagactctaatattatcttgaatgcagattagtgtttcttccatttaattattacccaactgtttacaattcgaagtttctacttttgatgttgttatgatcttgaatgcagatcaatgtttcttcagttgatgaaaatctaaacctatatgattgtggccaccgttttgaacatattcaactgttgctagtcttgctccgttcgcttccatatgcatcaaggtcattccaatctcgtgctatacaggttggttttcatcttcttgccataaactttccaggatttgtgctgtcatgtcgatggtagtttcttatggtatatgctatgcgtggtttggctttttttaccttgtgataattgtggagtagtatttgttacagaaaaaacaccaatctttgccttgttgttttgtggttttgtgaagattatgaagaattgaagataaatccacacaatatttcttttggtcaatagggtatgaatatggcatgcatttattttcagtgaaaaatccttataaagtgatttgttatttgttaagtactagtacttcatccataaatattgggcacattttgttttgcacatagaccaatgagagattgacaaatgatctagtattccatccataaatattgggcacaatttgttttgcacataggccatggagagattgacaagtgatccaaacatgctcttaggattttgagctgttttgaacttaggctttatggtattagtcagtttctttttgctttattctaattattctcattgaaatcacatgcagctgtggtttaatacatttacatgggacaaccagctgccatgttctcagtagaagtcagccaagaactaagagaattaaggaaatatgtgtcactttgcactgttcaagcacatttcttttcttttggaaactcaagaaaagaaaaagaatgtatgcttgaactatgcaactgacacatatttagtgggaatattccatgccgtgtttaactatattcttatgcttttaaccaaacacctgcatggctgcacaatcatattcacttccattgcattatatgcccacatataacctctatgttagtactgtttggtgttttttttttattatttttgctcatcagtactgtttgctgttatctattctttgttttttcctgaaaccttgtttgcgaccttacctgtttaaatttcttatggtgtcaaaatttccctctatattatttcaggatcttctgtttttggcttgcagtcatccagagaatagaaccacgatgacctcaatttcagaatggccagaatggatttcggaggttttgatttataatcatgaggtaagtatcgtaggccttttttttatgtcagaatatattgccagaagaatcatgctacattttgtgctgtccactacccattgatctaattcacaaatttctaattatagatgggtgctaagaaatatgctgatggcataagcattggtgatattgaagacctcatacacaatttcctgattatcatgttggagcattcaatgcggcaaaaagatgggtggaaggcaagctatttttcttttgtagagcatcctatgcagaaaatcttttccgctgttgccatcccaaccttcctctcttatttgtgtttgtgatgcttgtatcattgctgattttggcctatttcctcataattttgttgttgctgtgacaatttaggatgtggaagcaacaattcattgtgcagagtggctttcaatggttggaggatctagcacaggagaccaaagaatcaggtgctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctcgtgctcccttctgtgtgcaggctagcagagggaatgcgtgaggagttttgacctgaaattggcaattggcttagatagagaaagagtcattttctctacaatttttctggcctttttacttgtggcattattatcttgctccttttataacaatatggcacttatgttcttttagacgggaagaatcattgccaattttaaaaaggagattgctaggcggtctgcttgatttttctgccagagaacttcaagtccaggtggttggactttcctctaaaagttacagtttactttctgtgcagagatgttttgtgtatatgtgtgagccttttttttttttgtatttttttgctctttctactttctgcactagttttttttacctttgccttgtgctgtatagtttggtcctggcctagtttaaatggtggtaataatccagaaaagttcagcatgaacttacaaattttggtactgtaatggtcaaaatggtggaacactaaaactggtagctttgactacatcactgcttactctgcacaaaagaaaagggttgacacctagacaataccatgtcagtggcattggtttctgttatcaatgttactgggtgtactttaccatttgcattgtattgtttatgttaatttgaagatagctgtctttgttatgttttgatacaatttcgtgaagtttgataattctatcattttcatggatactgtttcatcttatgttagtcaaatctataatgtctttgttttgcttgtcatacaacagactgaagtaattgctgcagctgcagctggtgttgcagctgagggtttatctcctgaagaagcaaaaacccaagcggaaaatgctgctcatctttcagtagcactagcggaaaatgcaatagttattctgatgcttgtagaagatcatctgaggtcacaaggtcaacatttttgcacatccagatcacttgatagtgctgtcccttctgcctcaatggtttcgtctgctgccagtcgatcaaattcattgtgtagaagtggtaatgagcctatggatgctgggacctcaagacgatcatctttgtccactgatgctggtggccttccattagatgtatgtaacgcatggctatatatattttatgttacttcagctattagcatcattttgatcaaatgatatttatttctaacaggactcaaaactggaatacttgtatttttaggtctatatgcactagcatgtttcgtcaacatgtttgttctgagattccatttactattttcttcaagatggtgcatagttgcaaaaggtggcactatgtgtcacaattagtcacctaagtttttagaatttttttaatctatattctggcttactactgctggtttttcgtcatagttacctatatctttgaggctctttatgccagtcacttaggctaccctgtcctgcattggtttttaaccacatgttacaggagaatattattgccatggtgaatactgctcttcttttttttaaaaaaaaatctacatagacaataatactgaatggacggaggtatatgtctaatggttcatacagaaagatgcataccactttactggataggaattctgaaagaaagttctaaatatgtgatacgtaggaaaattcatatgcctttcagtctgtagaatgcacaattatgggaagttgacagcatgataatgcatgtaaaacagacaagtgctattgaaagaaatatcattagttttaatagatttctggtcacgtattgactatatatagagtccactgttccttcatatgaatgtagtttcattcttgtttactgtgtgatcaagcaggtgcttacttcaatggctgattcaaacggacaaatctctgctgctgtgatggagcgtcttacatcagcagcagcagctgaaccttatgaatctgtcaaacatgcatttgtttcttatgggagctgcattgcagatcttgctgaaagttggaagtacaggagccgcttgtggtatggcgttggaatcccatccaaatctgatacatttggtggcggtggaagtggttgggaattttggaaatctgttctggagaaggactcaaatggg</dnaseqindica>

External Link(s)

NCBI Gene:Os04g0555600, RefSeq:Os04g0555600