Os03g0265700

From RiceWiki
Revision as of 12:31, 24 June 2012 by 127.0.0.1 (talk) (Created page with "{{JaponicaGene| GeneName = Os03g0265700| Description = Src homology-3 domain containing protein| Version = NM_001056186.1 GI:115452100 GeneID:4332351| Length = 9870 bp| D...")
(diff) ← Older revision | Latest revision (diff) | Newer revision → (diff)
Jump to: navigation, search
Gene Name

Os03g0265700

Description

Src homology-3 domain containing protein

Version

NM_001056186.1 GI:115452100 GeneID:4332351

Length

9870 bp

Definition

Oryza sativa Japonica Group Os03g0265700, complete gene.

Source

Oryza sativa Japonica Group

 ORGANISM  Oryza sativa Japonica Group
           Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
           Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
           clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
Chromosome

Chromosome 3

Location

Chromosome 3:8826846..8836715

Sequence Coding Region

8826847..8826879,8827220..8827448,8827869..8827975,8828115..8828177,8828438..8828538
,8829551..8829645,8829885..8829905,8830542..8830637,8830743..8830863
,8830970..8831125,8831234..8831424,8831762..8832033,8832408..8832509
,8832687..8832863,8832952..8833140,8833222..8833463,8833538..8833684
,8834081..8834306,8834448..8834577,8834931..8835076,8835384..8835563
,8835890..8835949,8836039..8836110

Expression

GEO Profiles:Os03g0265700

Genome Context

<gbrowseImage1> name=NC_008396:8826846..8836715 source=RiceChromosome03 preset=GeneLocation </gbrowseImage1>

Gene Structure

<gbrowseImage2> name=NC_008396:8826846..8836715 source=RiceChromosome03 preset=GeneLocation </gbrowseImage2>

Coding Sequence

<cdnaseq>gtggatccttcggtggctccatctcttctcatgcttcatcagcaatgcgaggatagaaatgttctgcgctatgtatactattatctggctcgcatattgtcagataatggtgcccaaggtttaagcgctgctggtggcatacctaccccaaattgggatgctcttgcagacattgatgctgttggtggagtgacacgagcagatgttgtaccaagaatagttgatcagctctcagctgaatcaaccagcgatgatgttgagtttcatgctaggagacttgctgctctgaaggcccttacctcctcctccacaagcaattctgagatgttggaaaaactctacgaaattgtgtttggcattttggagaaggtggctgatactaaacagaaacgaaagaaaggtatatttactaagcaaggtggtgataaggagtctattatacggagtaatttgcagtatgcttctctaagtgccctgagaaggcttccacttgatcctggtaatccggcatttctgcaccgagctgtccaaggggttgaattttctgacccagttgcagtaagacatgcgttgtcaatagcctctgaaattgccgtgagagatccgtactctgtcgcaatggcactgggcaagaacgcacagcctggtggagctcttcaggatatccttcatttgcatgatgttcttgccagagtttaccttgcaaagctgtgccattcaatttctagggcacgtgtattggatgagagacctgacataaagtcccagtacagttctctcctttaccaacttcttctggacccaagtgacagggtctgttttgaggccatactctgtgtgttgggaaaagttgacaacacagaaagcacggaggagagagctggtggatggattaggttaacaagagaaattcttaaattgcctgaggccccttctgtagcatcaaagggtattctgtcaaaatctgaaaaatcttctaaagcaaggcgtcctcagcccctcattaaacttgtaatgagaagactggagagctcttttcgtagcttctctcgtcctgttcttcatgctgctgcaagagtagtccaggaaatggggaagagtagggccgctgcttattctttaggcgcttatgacgaggctgccaatcttcaatcttattctgataatgtcgagtctcttgattctgatcttaatgagaactcacaacctgaagctactcgaaaggctaacccactatcaaatggacatggtggaatggacacaatagcaggcttattagcatcactgatggaagtagtgcggacaactgtagcatgcgagtgtgtatatgttcgagcaatggtcatcaaagctttgatatggatgcaaaatcctcatgagtcttttgaagaattaaaatctattattgcatgtgagctggctgatccggcctggccttcttctctcctgaatgatgtcctattaactctacatgctaggttcaaggcaactcctgatatggccgtgactctgcttgagattgctagaatttttgctaccaaagttcctggcaagatcgatgctgatgtactacaactcctgtggaagacatgccttgttggagcaggaccagatggaaaacatacagctttggaagctgtgacaatagtccttgatctaccaccacctcagcctggttcaatgtctggatttgcatctgtcgatatggtatctgcctccgatccaaaatcagctatggcactgcaaagattagttcaagctgcggtttggtttctaggtgaaaatgcaaattatgctgcttctgaatatgcctgggagtctgcaacacctcctggtactgcactaatgatgcttgatgctgataaaatggttgctgcagctagctctcgcaatcctacgcttgctagtgctttgacacgtctgcaaaggtgtgcattcagcggtagctgggagatccgtattgctgctgtccaagccctaaccaccattgcaataaggtctggtgaaccttacagactgcagatatatgagtttcttcatgctttagctctagggggtgtacaatcaaacttttcagaattgcagctaagtaatggggaaaaccaaggtgctagtggtactggtcttggatcattgataagcccaatgctcaaggtcctggatgaaatgtatagagctcaagatgatctcgctagggatatccgtcagcatgataatagtaagcaagaatggaatgatgatgaacttaagaaactttatgagacccacgagaggcttcttgatttcgtctctttgttctgttttgttccaagggccaagtacttgcctttaggtcctaccagtgcgaaactcattgacatctaccgcaaccggcataacattagtacttcttctggtctaagtgatcctgctgttgctactggcatatctgatctcatgtatgagcccaaagatgtgcccaaagaggccactcttatacagactggaattgaccctgatctggctatggcctgggcagcaggtttggaagatgatgtttgggaaaacaacgcaccagctgtggataaagtaaaggatttccttgctggcgctggaactgatgctcctgatgtggatgatgaggaatacatgaattctaggccatcagtcggttatgatgatatgtgggccaagacaattcttgaaacatatgaagcagaggatgatgatggaagatcatctgggggatcctctcctgagtcaactggttctgtagaaacatccatatcgtcccattttagtggcatgaactatccgtcgttgttcagttcaaaaccatcaggatatggggcttcacaacaaacgatacgtgaagaaccaccatcatattcaacatcagttctacagaaacgtgagtcattcgaaaacccccttgctgggcgtggtggtcggagttttggatcccatgaggacgaagacaggagttcagggaaccctcaatctgggaaagcactgtatgacttcacagcaggtggcgatgatgagttgagtttaactgctggagaagatgtggaaatcgaatatgaggtcgatggttggtactatgtaaagaagaagagacccggaagggatggaaagacagcaggtctggtccctgttctgtatgtgaattcgtga</cdnaseq>

Protein Sequence

<aaseq>VDPSVAPSLLMLHQQCEDRNVLRYVYYYLARILSDNGAQGLSAA GGIPTPNWDALADIDAVGGVTRADVVPRIVDQLSAESTSDDVEFHARRLAALKALTSS STSNSEMLEKLYEIVFGILEKVADTKQKRKKGIFTKQGGDKESIIRSNLQYASLSALR RLPLDPGNPAFLHRAVQGVEFSDPVAVRHALSIASEIAVRDPYSVAMALGKNAQPGGA LQDILHLHDVLARVYLAKLCHSISRARVLDERPDIKSQYSSLLYQLLLDPSDRVCFEA ILCVLGKVDNTESTEERAGGWIRLTREILKLPEAPSVASKGILSKSEKSSKARRPQPL IKLVMRRLESSFRSFSRPVLHAAARVVQEMGKSRAAAYSLGAYDEAANLQSYSDNVES LDSDLNENSQPEATRKANPLSNGHGGMDTIAGLLASLMEVVRTTVACECVYVRAMVIK ALIWMQNPHESFEELKSIIACELADPAWPSSLLNDVLLTLHARFKATPDMAVTLLEIA RIFATKVPGKIDADVLQLLWKTCLVGAGPDGKHTALEAVTIVLDLPPPQPGSMSGFAS VDMVSASDPKSAMALQRLVQAAVWFLGENANYAASEYAWESATPPGTALMMLDADKMV AAASSRNPTLASALTRLQRCAFSGSWEIRIAAVQALTTIAIRSGEPYRLQIYEFLHAL ALGGVQSNFSELQLSNGENQGASGTGLGSLISPMLKVLDEMYRAQDDLARDIRQHDNS KQEWNDDELKKLYETHERLLDFVSLFCFVPRAKYLPLGPTSAKLIDIYRNRHNISTSS GLSDPAVATGISDLMYEPKDVPKEATLIQTGIDPDLAMAWAAGLEDDVWENNAPAVDK VKDFLAGAGTDAPDVDDEEYMNSRPSVGYDDMWAKTILETYEAEDDDGRSSGGSSPES TGSVETSISSHFSGMNYPSLFSSKPSGYGASQQTIREEPPSYSTSVLQKRESFENPLA GRGGRSFGSHEDEDRSSGNPQSGKALYDFTAGGDDELSLTAGEDVEIEYEVDGWYYVK KKRPGRDGKTAGLVPVLYVNS</aaseq>

Gene Sequence

<dnaseqindica>2..34#375..603#1024..1130#1270..1332#1593..1693#2706..2800#3040..3060#3697..3792#3898..4018#4125..4280#4389..4579#4917..5188#5563..5664#5842..6018#6107..6295#6377..6618#6693..6839#7236..7461#7603..7732#8086..8231#8539..8718#9045..9104#9194..9265#tgtggatccttcggtggctccatctcttctcatggtaagtatgccgtcctctactgttttagctctttttatggcttcatctttcacgtagacagcgtaattacttggtaaaagcagtaactagggtaattctcagaaaattcgactatgttagcaccacaatgcattgtcactatggtttgagtctctgaggagatcaatgacaaccttttcatgtttaaaacagaggaaaaaaagtacgagtacttaaatatgtgttgcaacttggaactgaaactgcacacatcgcataattcactgttagattaacctaacgagatcttgtttacttcagttaacttttctcttaatcgaatctggttctgtatttacagcttcatcagcaatgcgaggatagaaatgttctgcgctatgtatactattatctggctcgcatattgtcagataatggtgcccaaggtttaagcgctgctggtggcatacctaccccaaattgggatgctcttgcagacattgatgctgttggtggagtgacacgagcagatgttgtaccaagaatagttgatcagctctcagctgaatcaaccagcgatgatgttgagtgtatgcttttatactgtgctctcaatatacgttgaagttgtattatgcaaaacttgtattccaaaccaacctcttgtcactgttttacattttttcctcattggtactgctccccttttgcactgatcacacctcatgattagttctaccatattctaagcatgctatctcattttggtgaaataagtattatgttattttcttctgttttgcatcttagtgagaattatatttctagtaaacatctaattctgcataaatgataccatatgaccaaataagaatgatcacaatattattatgcatggctgagctaaaacaagatgctctttaatttcttgaaccaagcatgcttaattcttattaagttgcattgggtggttcttcatagtgctaaactatggattctggtctttgaagttcatgctaggagacttgctgctctgaaggcccttacctcctcctccacaagcaattctgagatgttggaaaaactctacgaaattgtgtttggcattttggagaaggttgataattgatatgcttttcatattcagattagttcctcaaagttttattgccctaagttcctttttggtatcccttgtttttggctataaaattgacgcttttcttctgtccatgatgtattctgaatcctttcaggtggctgatactaaacagaaacgaaagaaaggtatatttactaagcaaggtggtgataaggaggtactaaacagaacgaaagtactatttattgtatatgcacttaacccttttcttagaggtttcttatctcataccttgctgataatgggagttaagaatacacttattggaacattgtagttaacctggtagttttttcttgactagataacaaagtaggtgacaccacttcctgtttattttgagctggacttaaaattcctcactagtatcagtacaagctgtctgatgatgcctttctaatttgcatttctttgcagtctattatacggagtaatttgcagtatgcttctctaagtgccctgagaaggcttccacttgatcctggtaatccggcatttctgcaccgagctgtccaagggtaagtgtgaccttttttcctctggaaacttaagtttaggtttattttccatgtctgtttagtttaccagttatctactacctccatttcatattatatgatgttttggatttgtcctaagtcaaatttcttagatttcgaccaactttatagaaaaaaaaatcaacatctggaacaccaaattagttcatcatatccaccattaaatatattttaaagtacatttgctttgtgttgaaaatgttgctatgtttttctatagacttggtcaaacttaaagaagtttgacttaaggcaaacccaaaacgacttataatgtggaacaggtcgaataggttattgcttcttttgaggataaatgggggcatgagtattgttttgtggtatcttttatttgattatacaataatagtttttcttattgggagcctagtctaaactaaaagattagatcattgtgatgacattgctaatagtacggcgaaggaggattcttcagggtgtgcttaatggagaatgaatattcgacatctgttggtttgttaatataacctatcttgagagatctagaaaggatgctattctcgtgtctaccttaaactgcaataccgcattagtgttttttagacggatataagattgtgagagccgatgctctctttaggccttaatatggatggatatccagtgttcaagcaggtaagtgtaaagacggagttatcaaatggtaaacttcatcgaaaagaatttctccctacaaagattacaaacaactccttaagctacatatttgtattgaagtcttctttaagcaaattgatcatttcattgtgttgtctgaacataattatcaaatggacacctaagtttttgtctatctatttttatgaccacttgattctgcttctgcaacaaaattacagaggggtatagcctaatcaaaaagtatcatcaaggaacctgctgttgcataattatcattttattctcatcagacctggtacaattgcagggttgaattttctgacccagttgcagtaagacatgcgttgtcaatagcctctgaaattgccgtgagagatccgtactctgtcgcaatggcactgggtcagtttactcactgattgttgttcatcttatttattgttcttgcaagcagacaaaacatgggccattaactcgtggtgtagaacatacttgatcttttatgtgcaaggaattgtatagaatttcgactataaattttttaaaaactgtcagctgtgatatatttagtcaatatgcagtaaatttggctcatgccatttcgtagattctcattctcatgtttgttttttgttttgcaggcaagaacgcacagcctggtggtaatgttttttcccctttcttctgtgtttcatttgaacttaacttgattatgcatctgatttgtgttttagagttctagttgaaccgaccgagtttgtagaattaggatttctaatgatatgggctgtattctgcgaagaatcacgtgttaaatcgcattcatatattgttgtttgatttatatttacttgttgatgcactggcatgaaatgtaaaatataagcaataatctggggaaaaggcagtacctttctgtcagttgctaatgtaatacgtgctcaatgacaacaagaaatgccgtacatgtattctttgatcaccatatttagttcaatggtatttgagacctgggtgacttaatagcgcaaccttttgtttattgagtattttagtgtatgatatatggattttgagaggcatgaatcaactaatggtacggtaattgcatataaatagcttcggacaccatctgattgttgtgactgatcttgctgttgattgttttgaattccacaaaaaaggaatttacctgcttgtatatctgattgcttacaaggtgtttcttttttctctttgagtttgttctactttgatgtactcatttcctattattacgctgtgtcaaatttaaccaggagctcttcaggatatccttcatttgcatgatgttcttgccagagtttaccttgcaaagctgtgccattcaatttctagggcacgtgtattggatggtgagtgtaatttgtttttgtgcctgtcttaaatcaagatgaacatgtcatgattccagagtgaatgcatttaatcgtggttctggtcaaatttgatttacgcagagagacctgacataaagtcccagtacagttctctcctttaccaacttcttctggacccaagtgacagggtctgttttgaggccatactctgtgtgttgggaaaagttgacaacacagaaaggtactgatgaggtttcaccaatttaaatttctatataactttgtttcttcacttcagttcgacttgtacgtctgtgtttttccatataaattactatatcttgcagcacggaggagagagctggtggatggattaggttaacaagagaaattcttaaattgcctgaggccccttctgtagcatcaaagggtattctgtcaaaatctgaaaaatcttctaaagcaaggcgtcctcagcccctcattaaacttgtaatgagaaggtttgtatcttcattcaaatgttcaaatagtcggtctctctattttgatttccctgtatgttttctcttgttcatggatacctattgttcatttttctcttctgtcagactggagagctcttttcgtagcttctctcgtcctgttcttcatgctgctgcaagagtagtccaggaaatggggaagagtagggccgctgcttattctttaggcgcttatgacgaggctgccaatcttcaatcttattctgataatgtcgagtctcttgattctgatcttaatgagaactcacaacctgaaggtaccatgatattattgtagttttaattattcaattataaatcagcgtgaatcatatgcagcgtaaattttaattttatttaaagtaatggaagatggttccttcaaagcattccttattgggttggctggaaaactaggaaattagcagcctatagatgtaaatacatctcttttagaattaggctggggaatgcatctttctaagcatgaaatttaatttgttgcttacatggttcactagcgtccccttcttttgttggaaatcacactatggggtcctatggtttagtaatattccactttctattaaaatcatgtaactgttcatgttgcagctactcgaaaggctaacccactatcaaatggacatggtggaatggacacaatagcaggcttattagcatcactgatggaagtagtgcggacaactgtagcatgcgagtgtgtatatgttcgagcaatggtcatcaaagctttgatatggatgcaaaatcctcatgagtcttttgaagaattaaaatctattattgcatgtgagctggctgatccggcctggccttcttctctcctgaatgatgtcctattaactctacatgctaggttcaaggtattgtttcaccccattttatgcgttactaccagctgtgtgcctcaaatataggacatatgagtttgaaagcagattgatcgtacaatagtgacttcaagtttccataggttttgatgatttaaaaacagcattttatgaaaaaaaatgaaggcattcttttcccttggacatttgattgtaattttaacaggctactttacttgcaactaattctgtttagactacctttggcattgttttgttctcccattgtttatgtggcccaagtttgttgtgcatacattttgtagctattaatttgattattaataatcttttatcatttgctaaatacatggttgatttattattcgtttgttcttacatgataggcaactcctgatatggccgtgactctgcttgagattgctagaatttttgctaccaaagttcctggcaagatcgatgctgatgtactacaactcctgtggaaggtatatgccttttatcatacattacgattaatgtcatattgaatcaccaaggtttacttcatgaaagagaccccaatttctgtggtcagtttgcaaagctgcaactacttctgtttggatgagacttttttttatacgataaaactatgacaataataacatttgttatctttctagacatgccttgttggagcaggaccagatggaaaacatacagctttggaagctgtgacaatagtccttgatctaccaccacctcagcctggttcaatgtctggatttgcatctgtcgatatggtatctgcctccgatccaaaatcagctatggcactgcaaagattagttcaagctgcggtaagaacaaattctccactaggttaattttttcattgagcatggaatcacactatgttgatgtcttggcccttcggtggatcaacaggtttggtttctaggtgaaaatgcaaattatgctgcttctgaatatgcctgggagtctgcaacacctcctggtactgcactaatgatgcttgatgctgataaaatggttgctgcagctagctctcgcaatcctacgcttgctagtgctttgacacgtctgcaaaggtgtgcattcagcggtagctgggaggtatgcccttctgaaaagctgatggtattgcatcatcttataacactggcatttttcttatctcattgtttacctccgtagatccgtattgctgctgtccaagccctaaccaccattgcaataaggtctggtgaaccttacagactgcagatatatgagtttcttcatgctttagctctagggggtgtacaatcaaacttttcagaattgcagctaagtaatggggaaaaccaaggtgctagtggtactggtcttggatcattgataagcccaatgctcaaggtcctggatgaaatgtatagagctcaagatgatctcgctaggtatgtcacccccaagattccattggactgttgtagatagtactgaactgactactttgtgtgatcatttgcagggatatccgtcagcatgataatagtaagcaagaatggaatgatgatgaacttaagaaactttatgagacccacgagaggcttcttgatttcgtctctttgttctgttttgttccaagggccaagtacttgcctttaggtcctaccaggtatgtgtcaatctttgggggttctaatctcctaaagcagtaaaactattcctggattcaaaaggttaccttattgctacaactgcttaaagttagacctataaaattcactactcaccacacgacgactattcctaggactattaacctattgcttcacagcccatgtcatctgctttcttgtcataccacgaagcattctatcacaaaaggaagagcataatatttagtaatttgataagttacttctagctgtttcttgatcccaaaagggcaattgggtgtaatgggtgtctgccttttgtcctattattctttcatacctcattttccgtgatgcggtattgtgtaactaccctatatttaatatcatgtaatgttgaatctaatctgcagtgcgaaactcattgacatctaccgcaaccggcataacattagtacttcttctggtctaagtgatcctgctgttgctactggcatatctgatctcatgtatgagcccaaagatgtgcccaaagaggccactcttatacagactggaattgaccctgatctggctatggcctgggcagcaggtttggaagatgatgtttgggaaaacaacgcaccagctgtggataaagtatggttttttactttgctttgctgttaattcatacgtttctgcttcctatcaattcatacacgtgcaagttccccttttcctgaattcgagaacaattctttgtatcgtttatgttctttcttcttggatcttatgcaggtaaaggatttccttgctggcgctggaactgatgctcctgatgtggatgatgaggaatacatgaattctaggccatcagtcggttatgatgatatgtgggccaagacaattcttgaaacatatgaagcagaggcaagtgctaaagcattatcgagctactccctcattcccactcactaaggcgcggttaaacttgacacagtcttcaaaattaatctttaactttaaatttctcatatattataatgtttgtagcaacaaaatcataatcatatgaaagaaaattgaaatgacattccaataatattattttcatcaaataaaatttaatttataataaactatttattggtcaaatatttagagagttgaatcttaaaatgcgtgcgcgccttagtgagtaggacggagggagtacctgatttcagatgttttgaattgatagaaagtatcaaaataattcaatttgtttttatatgttgcaggatgatgatggaagatcatctgggggatcctctcctgagtcaactggttctgtagaaacatccatatcgtcccattttagtggcatgaactatccgtcgttgttcagttcaaaaccatcaggatatggggcttcacaacaaacggtattcttttacttagtctttttagtgttaaagtgatctccattattgggtttcacacttaataactgttggaaaataacgtactgaaaacctatgaaatcaaatgtatgcatgctgagatgggcatatttaatttaattaaactttaaataagaaaacaaaagcttttacttattcaccatctggaaatcaagtcaccgaacagcaaacttagctattgatgtaggaacctcgctgctgcttcataacaatagatttccagatggcatcatttgcttaaagagcatcggtttgcgttttgtttcagatacgtgaagaaccaccatcatattcaacatcagttctacagaaacgtgagtcattcgaaaacccccttgctgggcgtggtggtcggagttttggatcccatgaggacgaagacaggagttcagggaaccctcaatctgggaaagcactgtatgacttcacagcaggtggcgatgatgaggtatggaggctgaaattgtcttggttggctataacgtaacatcctgagcttcaatgcttccttgatcagagcttgataggcattagctgttgtgaaacatagttatttcagtgaagcgaacctcgtgcttttcatttgttacaagaacttaatatcttaattaattgagatagctttttaaatttatgatttgataagcgagttctgtagtaaaagagaagaccaaatgaaagcacaagtaaattatttgaagtgattaagctggctcttatttcttgtcttggaatgcacacaaaagaaagtttatccatgtaaatttctttcagttgagtttaactgctggagaagatgtggaaatcgaatatgaggtcgatggttggtactatgtaagttctcttctcactttctagtttttcttgttctttagtcatgcgcaaaaacattttaatattggttattattgctgtatcttcaggtaaagaagaagagacccggaagggatggaaagacagcaggtctggtccctgttctgtatgtgaattcgtgatagctatgagtcctgtgacataatgctctcgaaagctgattcggagtaaacgggcatacatatggcgtctggggaggttccttctgtgatcttagtagtgcacataaccttttttgagctccctagcatttgacaggcacatgtccttgttggaggccaaattcaatcatcgtgatgtctgtaagacgcagcaattttcttgctggttgtgtttctttgctttatacacaccacgagtccattcaattcattgtttatgtgtagagatgtacacgtgcttcggggttttacctttcgtgtgctattctggcccgtctgttatgattgaaagacgcagtttactcctctagttctccatcagataggcattattttgtcaaattgttgctctattggaggctgtaaactgctgaaggctgtatcttgctccccaccattatttcggtcttgtttatggtgattcagtagaagtagtaggcctgttaatttgtgtaaattttgtcttgtgcggagtatacatacatgaacacatacgacaatggaatggtatgcgtcgataactttcttactctgaacacttaatgcagtatacgctatattctggc</dnaseqindica>

External Link(s)

NCBI Gene:Os03g0265700, RefSeq:Os03g0265700