Os03g0347300

From RiceWiki
Revision as of 12:38, 24 June 2012 by 127.0.0.1 (talk) (Created page with "{{JaponicaGene| GeneName = Os03g0347300| Description = Zinc finger, CW-type domain containing protein| Version = NM_001056633.1 GI:115452994 GeneID:4332823| Length = 9721 ...")
(diff) ← Older revision | Latest revision (diff) | Newer revision → (diff)
Jump to: navigation, search
Gene Name

Os03g0347300

Description

Zinc finger, CW-type domain containing protein

Version

NM_001056633.1 GI:115452994 GeneID:4332823

Length

9721 bp

Definition

Oryza sativa Japonica Group Os03g0347300, complete gene.

Source

Oryza sativa Japonica Group

 ORGANISM  Oryza sativa Japonica Group
           Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
           Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
           clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
Chromosome

Chromosome 3

Location

Chromosome 3:13040939..13050659

Sequence Coding Region

13042562..13042759,13043952..13044112,13046107..13046264,13047769..13047929,13048024..13049462
,13049590..13050002,13050405..13050583

Expression

GEO Profiles:Os03g0347300

Genome Context

<gbrowseImage1> name=NC_008396:13040939..13050659 source=RiceChromosome03 preset=GeneLocation </gbrowseImage1>

Gene Structure

<gbrowseImage2> name=NC_008396:13040939..13050659 source=RiceChromosome03 preset=GeneLocation </gbrowseImage2>

Coding Sequence

<cdnaseq>atgccgtcaaatggcgggattatacctggacctgcaaatgcagcttctcttcctgcacctgttttgatagaggataattgggtatgctgtgacatgtgtcataaatggcgtctcctcccctacgggacaaacacttccatgcttccaaaaaagtggatatgcagcatgcttgactggctacctgggatgaacaaatgcgacattagtgaggatgaaacaacaaatgctctaaatgcactttatgtcactcaaatccctgccgctggtgtttcttcaggtggccctcacactgcgcatgcaagtgtagcagcatctagcacctacaatataagtggacaactgggacagagtaggaaaaggaaaaatgctctgaaagacgaaaactgttacgagcatgatcaacaagcccctgcaaaaatgactctcacgagcaatcaacaagcccctgcaaaaaatagagaagttgttgatagtgaacattatactaatgacagagatcctgtaagcacacatgatctggtgccacagagcaaatcagcttctgaaaggcataagtctaagcacaagagtcgcagtagccactcagatggaggagatcttacagaaaaatcgaagaagcattcaaaatcaaaaaacaggagaggaattgatcgagatgagcacaaaacatctaagaagacaaaaaaagaggatcgacattactttaacaaagattggaaaaatgaatacgatttagctggcaacaaagttcgtgatgaaaccaaagctttatctgcaaaagcaaaaatgtcaaaggactcatgtgaacaagatgagttttctttacgcaaggaaaaagcttcaaggtttgatattttggaaaaaacaaagagaattaatgatgatgatgtggcctttcatgagaagatgaaagaacatcgtgcaggcatagaaacattagatttgtctggcaaaaagaagacagtgaaggaatgggaggataaccggctcagttcaatggaccacacaagcaaagggggcgataatgagaatttgaacgagagattatcaaagataaagaagtccgaagctaggcctgaagaagttcaggatgcaaatgcattattttcttctgctggaaggcgtcaagataatgagctagttgctgacaacaaatttgttacttgtaaagaaggtccatcagaactatgggataatcaacctcccagacaggtcttgaacttggcggaacccactaggagggatgttgcctgtcttcagtcttctacggttgcaacttcaagctcttcaaaggtctcaagctctcggagaaacaaaaattctcgagaagcaaagggctctcccgttgaatcagtatcttcatcaccactgaaaaattcaaacactgataagatttctaaggccaggaaaactggaaaagatggagaattgaatgctgattcaagcatcttgcataccccaatgaaatatccaacccacgaagttggtttactacatactgggcagcaagctgtgggtgaagccattctgcgtggttctacaaataactccggtatggggagagtagataatcaattgtaccctggtgataaaaagatcttggatatgcatggccctacactacaacctgatcagcaggattgttttaacccgagggctacagctgattccactggacataaaagtaaaaatagtgctccttcacgccaaggtagaaatggatccagtaacttgatttcagagggaaataagcagatagagatgtcatccagaaaagagaaattacgtcctagtattgataatcaagatatgcaaaagtctattggtcaagataatcattctcatatgaaagaaggcaaatcagaggttcacaccactagagtaaaaccaggtgcttcaaaaaaccacacacaattaaggtccaatgttgaaaatggagattctgcgagtccaattaggagggatggtaatatgattgcatttgcactcaaggaagctcgggatctaaaacacaaggctaatcatttgaaggaaaaaggacttgaacttgaaagtatgggcctgtactttgaagcggctttgaagtttctgcatgttgcatctctttgggaaactcctaatctggacaattcgagatcaggcgatgttgctcagtcaatgaagatgtattctgaaactgcaaaactctgcagcttttgtgctcatgcctatgaacgatgcaataaaatggcttctgccgctttagcatataaatgtgtagaagtggcttacctcaaagcagcgtattacaaacaccctagtgcaagcaaggatcgacaagaactacagtcggttgtacagatagctccaggtgaatctccatcatcgtctgcctcagatatcgataatttaaatagccatggattgtcaaaggccctttcaaccaagggtggaaactcaccccaagtggctggcaaccatttgccactggccgttcgtaaccaagcacacttattgaggttacttgcctatacaaatgatgtcaattgtgcattcgatgcaactcggaaatcacaggttgctattgcttctgctgctagcagtcaggaaaggggaaaaactgtggacgatggtcttgcttcagtaagaacagttttagattttaacttcaacaatgtcaatgagctactgagacttgtccggctttctatggagttaatcaacacctga</cdnaseq>

Protein Sequence

<aaseq>MPSNGGIIPGPANAASLPAPVLIEDNWVCCDMCHKWRLLPYGTN TSMLPKKWICSMLDWLPGMNKCDISEDETTNALNALYVTQIPAAGVSSGGPHTAHASV AASSTYNISGQLGQSRKRKNALKDENCYEHDQQAPAKMTLTSNQQAPAKNREVVDSEH YTNDRDPVSTHDLVPQSKSASERHKSKHKSRSSHSDGGDLTEKSKKHSKSKNRRGIDR DEHKTSKKTKKEDRHYFNKDWKNEYDLAGNKVRDETKALSAKAKMSKDSCEQDEFSLR KEKASRFDILEKTKRINDDDVAFHEKMKEHRAGIETLDLSGKKKTVKEWEDNRLSSMD HTSKGGDNENLNERLSKIKKSEARPEEVQDANALFSSAGRRQDNELVADNKFVTCKEG PSELWDNQPPRQVLNLAEPTRRDVACLQSSTVATSSSSKVSSSRRNKNSREAKGSPVE SVSSSPLKNSNTDKISKARKTGKDGELNADSSILHTPMKYPTHEVGLLHTGQQAVGEA ILRGSTNNSGMGRVDNQLYPGDKKILDMHGPTLQPDQQDCFNPRATADSTGHKSKNSA PSRQGRNGSSNLISEGNKQIEMSSRKEKLRPSIDNQDMQKSIGQDNHSHMKEGKSEVH TTRVKPGASKNHTQLRSNVENGDSASPIRRDGNMIAFALKEARDLKHKANHLKEKGLE LESMGLYFEAALKFLHVASLWETPNLDNSRSGDVAQSMKMYSETAKLCSFCAHAYERC NKMASAALAYKCVEVAYLKAAYYKHPSASKDRQELQSVVQIAPGESPSSSASDIDNLN SHGLSKALSTKGGNSPQVAGNHLPLAVRNQAHLLRLLAYTNDVNCAFDATRKSQVAIA SAASSQERGKTVDDGLASVRTVLDFNFNNVNELLRLVRLSMELINT</aaseq>

Gene Sequence

<dnaseqindica>7901..8098#6548..6708#4396..4553#2731..2891#1198..2636#658..1070#77..255#tgggccagcaaaaaaggagatcccttccagtgtaaagcatggcacatttccaggttcagaggaacagcagttgcatatgccgtcaaatggcgggattatacctggacctgcaaatgcagcttctcttcctgcacctgttttgatagaggataattgggtatgctgtgacatgtgtcataaatggcgtctcctcccctacgggacaaacacttccatgcttccaaaaaagtggatatgcagcatgcttgactggctgtaagttctagttcagtttgattagaattgcatttatccagtgttatgcctcaccatacatgcttgcttcaattggcaccttacatatgttaagttgtccttagtacatggttaaacgttgttaaatatagttatttgatctggaatttctttgtacaccttaaacgatttctgattagacaggtaatttgactagattctgatatctccccccgaacacccatccaccccgccttaaacaaaaaaaaaagtatttttaagtggtccataagctgtgcaaattcaacattgaggtagcactctaattcaagggtcatgcagttttctttctctgagtggtctgacaattggggaagaaaaaattccattactgaaaaatacaatccaaatttgtctttgcagacctgggatgaacaaatgcgacattagtgaggatgaaacaacaaatgctctaaatgcactttatgtcactcaaatccctgccgctggtgtttcttcaggtggccctcacactgcgcatgcaagtgtagcagcatctagcacctacaatataagtggacaactgggacagagtaggaaaaggaaaaatgctctgaaagacgaaaactgttacgagcatgatcaacaagcccctgcaaaaatgactctcacgagcaatcaacaagcccctgcaaaaaatagagaagttgttgatagtgaacattatactaatgacagagatcctgtaagcacacatgatctggtgccacagagcaaatcagcttctgaaaggcataagtctaagcacaagagtcgcagtagccactcagatggaggttctgctctctttcatgtttattgcttatatttagctgatatgtattatcttctgatatttttcagtaaatactgtgtttagttatttaaattgtttactgacatataattcctatttaaatacaggagatcttacagaaaaatcgaagaagcattcaaaatcaaaaaacaggagaggaattgatcgagatgagcacaaaacatctaagaagacaaaaaaagaggatcgacattactttaacaaagattggaaaaatgaatacgatttagctggcaacaaagttcgtgatgaaaccaaagctttatctgcaaaagcaaaaatgtcaaaggactcatgtgaacaagatgagttttctttacgcaaggaaaaagcttcaaggtttgatattttggaaaaaacaaagagaattaatgatgatgatgtggcctttcatgagaagatgaaagaacatcgtgcaggcatagaaacattagatttgtctggcaaaaagaagacagtgaaggaatgggaggataaccggctcagttcaatggaccacacaagcaaagggggcgataatgagaatttgaacgagagattatcaaagataaagaagtccgaagctaggcctgaagaagttcaggatgcaaatgcattattttcttctgctggaaggcgtcaagataatgagctagttgctgacaacaaatttgttacttgtaaagaaggtccatcagaactatgggataatcaacctcccagacaggtcttgaacttggcggaacccactaggagggatgttgcctgtcttcagtcttctacggttgcaacttcaagctcttcaaaggtctcaagctctcggagaaacaaaaattctcgagaagcaaagggctctcccgttgaatcagtatcttcatcaccactgaaaaattcaaacactgataagatttctaaggccaggaaaactggaaaagatggagaattgaatgctgattcaagcatcttgcataccccaatgaaatatccaacccacgaagttggtttactacatactgggcagcaagctgtgggtgaagccattctgcgtggttctacaaataactccggtatggggagagtagataatcaattgtaccctggtgataaaaagatcttggatatgcatggccctacactacaacctgatcagcaggattgttttaacccgagggctacagctgattccactggacataaaagtaaaaatagtgctccttcacgccaaggtagaaatggatccagtaacttgatttcagagggaaataagcagatagagatgtcatccagaaaagagaaattacgtcctagtattgataatcaagatatgcaaaagtctattggtcaagataatcattctcatatgaaagaaggcaaatcagaggttcacaccactagagtaaaaccaggtgcttcaaaaaaccacacacaattaaggtccaatgttgaaaatggagattctgcgagtccaattaggagggatggtaatatgattgcatttgcactcaaggaagctcgggatctaaaacacaaggctaatcatttgaaggttggtgacaccaattgtgttaaatgttgtctcaggcagcataattgtgctgtcaattttgcttggaagtatctaatgacaattttccctgcaggaaaaaggacttgaacttgaaagtatgggcctgtactttgaagcggctttgaagtttctgcatgttgcatctctttgggaaactcctaatctggacaattcgagatcaggcgatgttgctcagtcaatgaagatgtattctgaaactgcaaaactctgcaggtgagctacctgtgatgtccattgaataagtctataaagtttatatacttcgtttcagcaaaagtttatataaagttgtcataggtacaaaagaaagacacaccacgattcaccaagggatgaaaacagtctaggtatttaaaaatacgaaaaagtccactttactacctcaaactatttcataagtccacttcaccccctaaacatattgtaggctcacttttttttcccaaacacgcaggagatctgtgtatcatttcattaagcaaggaataaaaggtcggacttacaaaacaaaaacacgccatcacacccgctgaaaacacaaaaaagacccacccacattcgccccctcctagggcacaagtattgccttggccaacagctcttggaggttagaagctcccgccatacaccatagtgtgccctcattgtaggctcacttaaccccctaatctattaataccagcccacttagcaccctaacccagttttgttaggtggtattgccagcgtggagtggttttgatcagtcaagtcacgtcttgtgcgccagacgcagcctggctatgtccttgctgtggttgaagcttgaagggcagcaactgcgtcttcttcaatgagctgttgcctgttggtttctcacttggacttcgtcgtggttgtggtcacctgtaatttagagggacagttggcagcatgccgaaaagtgtaggatggatgatgtcacagtaacaggcccacagcatcggctgcatcgcacagcgctggtgcagctatggcaaccaaaattctgttacgcagcaacatccatctgatctgactattctttaaaactggatttaacatccatcttctgtatctgatgttgctgcaatggattattagttactaaggatgcggtagtggctgcgatcgctaggatggagaattggagacggttgacggtgggcaggaaccttgaccacagcctcgccacgtgagcaaatgcaactatctggaagcagaaatcagaaagccacgcgaagcatgaatgtcatgatctatcctacctttgctccgcctggcgcctgccatgacccttatactccacctcagcacatatgtgtggcgtggctaggtttaccggtaaaaactactcgacactggcaataccacctagtaccaggttagggtgcaaacatatgtctgcacaaataaactaagggattaagtgagcctaaataatgtttagagggtaggttggactgtgaaaatagtttgaggtagtaaagtggactttttttcaaacaaattgaagataaatctggctgttttaattaaactacactgaatgatgacgaattggatggttgcatctaatcacgtagtgaatactcatccatattaaattgatcagagttttcttcacgtatggttagctatgtctaactttgaaactatatgaactaagctttttaaatgcagtatactaaaatgcttttttttttatttgactgtccagcttttgtgctcatgcctatgaacgatgcaataaaatggcttctgccgctttagcatataaatgtgtagaagtggcttacctcaaagcagcgtattacaaacaccctagtgcaagcaaggatcgacaagaactacagtcggttgtacagatagctccaggtaattgatgtctaaaaaaatgtttgttctagcttgtaaactttaatttgaaatatttgaatcctttttattcctgctgagcttttctgggagttggaggctgcttctactatcctttgttccgcactgtgtcactcactggagttcgagtattaccaatttatttatttaggatgatgagcaatttggtccccaactttctcacttagctcatcaaaaggaccaattttgaccatcaattcagttgccttacactaaatgattaagatgaaaataaccgcttgctgcttcttgacttgtttatgcgaggtctgtgtgcatccaaacatgtagggactggatttggtattcatagagaataatgaattgcattctttgttgaaagagaacattgattgtgtgtgtgatatgtaagggaatggtatattttgtcttctcatggcattctgagtcatctaaatcccaagtcagtgctacttgtacgccacatcagtaaaaggaccatttgatccaaatgtataagttgatggacgaaattgactattttaaaagctcacagactaaagtaagatttgaatgtaagttgtgggaccaaattgttcgtcgttttcctatgttgtgcatcaagaatgggtagaattttggaagtccaggcacagggctcagctattttttttagataatgggaatttataaaacccggcttctacaccaacaggggtgtatacagccacagaaattccgagtgaacaagctcagttcttacacaagtttacaaacaaaaggagcacagaggctcaagcaccttacataaaactaaaagagcacaaagactccaaagcctttcaaagcgaaaaagaccttccaaacaaaccaacgaccacattacccccttaaccgctttctcatgttccatcgatctttaccaaagaagtgcacgacagttttctccaacagtttgcatccttccttcatcacatcacaaatggctatgcaacttgtatttatgtaatcatagtaatcatagttttgtattatgtaactacaaatggtttactagataaaccaaattatacaaaaaatacagttacaggcatatactagtaatggatttgttggcctagagagtgccgcatgcctgcatgtggatatatggattatattgacctggcattaccgaatatctaatttggtttatacgattcttggtaaatccattttgctgatatggctatctggtcactataaactgtactccctccaattctatattaactgacattttggacagcattgcaaataccaatgacttattaattagtcaccatatttcctgttatacccttattaaatacccatatagccttttccgctggatggagacgaagcaacagcatttactgtttgcatgcatgcatgaggggtattctggagaaataaaagggagagagttgtggagaaagctaaaacgtcagtttttgccatccaaacagcattaacccataacgccagttaggccgtgttcgaatgtccaacaaaacttggatgaagttttggattaaagtggcacgcttttcaaactgctaaacggtgtgtttcgtacgaaaactttctatatgaaatttgttctaaaataagtttgaaataattaaaactcaattaatcacacgttaataccatctcgttttgcgtaaaaaacttaatcttcatcttcatcttcatcttaaggagattcaaacaccaccttaatatagaactggagggagtaatcaaattatgcttggtgcattctgcaatctaaccatttgaaaattgataggtacttagtttttttttcatgatgtaatctggtttctaccaattttgttttctatactattgcattgttatcaattctcagacttcatagtatactctgaaaattttatttgtattaagtattttatggcagtgtatggagctttatgtgtatattatttcttatctttatataggtgaatctccatcatcgtctgcctcagatatcgataatttaaatagccatggattgtcaaaggccctttcaaccaagggtggaaactcaccccaagtggctggcaaccatttgccactggccgttcgtaaccaagcacacttattgaggttacttgcctatgtaagtaccttattgcacatgtcccaattaattgttactttcaatcaagctatttacctttagcctggtacaatctttttattactaggttccttcatctgtcccttcatgaaaacatgtttatagatatggatatgcaagctgttccattgtgaactgtttctagtctatggtttatgtctctgtgctgtggaggcttgtttcgtacaggcagaaccaattgcaatttaatacataatctcttttggggatttgaacaatgtatattaacgactatacccttcaaattggaaatgaattagtaggagtttgatgcagtaacattttctttagctcaattagtacaggcagtagtggttatttgtgctatggtgctactgctatcctgtgctttggaatctatttagtgagggaaatctttagtgattccagtaaggctttgctgttaaagctaaaaaaatcaactaatattttaataaaaaaatatagataatgagtgcttttgaaaagtcactgcattgccaaacagggcctaaaatcaggcagttctcaatagctaaattgaaattacattatcaatggtcaaaatggcatttaactcattaacattttgggtaaggtgtaagtggctacccgcgaatccacttatagatcaaaataagccgcgaactcgcttattttgacctataagcgggttcacgggttagccacttacatccgtaattttggttagtagcgaaaccatgaataccataaatattgcaatttaatacagtaatatgaacagcatccgctttgatgacaggagttgtttacactttgaccatagaaaatgtaaatgatagtttggtcaaatgtctaccaaaattacttttggtttggtgataattgggtcagatgtacataaagtgaatatgcaacttaaaaaacaatcgagagtggtactggtacctaaacattgttgtccctgttttggacaccatcctgtgcttggcaaatatgcttccacattggtccacaggaagcagatagcatggaaccaatttttaattgaattgaatatttatttatcatcatcaataactgactgtgattgtagtaattaatgagttagcataatgaaacttcagtgctttgccatcgaataatgatattcggaatctaacttatgtttgttttttctgatctttagacaaatgatgtcaattgtgcattcgatgcaactcggaaatcacaggttgctattgcttctgctgctagcagtcaggaaaggggaaaaactgtggacgatggtcttgcttcagtaagaacagttttagattttaacttcaacaatgtcaatgagctactgagacttgtccggctttctatggagttaatcaacacctgatatgttcagaattgcatgaaatggcaccccatgaatagctattgttggaatgcctggctgcagttacctcagcatatttacacggtgcaaaagagatgggtctactaagtctgcgtgagctccataggaactgggaccggcttgcctggtttatgtacatttagaggcatccagcgctttttcatacaaataggatcaccacttcggattaatcttatacgttttggaggcattcagtgtttttttttttttttgggtacagtttggagcatcttcgattaacctgttccttttggaagcatattgtacagtttagagcatcttcttggcagttggtacgcaattactgtgtgaacggatccagctgaggtagaaccggattttcatgcgtgatggtttgaactctggcaaccattctgctgtaggtaggcaaatgtgttttatcgggaacatatgggctccatatcaagcattcccctgccatggttctatagattaggtgaatctttgactgacgcttacttatactaacttcgaagcagcataataccttttattggtgttactgtggggcactgatgatgtgccagcactcaagaacaattttgtaattggtaattggtaagttccacctgagtataaaattctgaaggctaaatggttagtccttctcgtctttccatgacatttggtacagtcttgagcaggggggatgagagaaatgagctgtgctaaccaagataagtattctccgtctcctcaagcaggtattggtatttttgaattagcaattacaatattatcatcatcagttcatgtctcctgctttaagcaaagcatatatttttcatttcattccgaccttataattgcccacaaaactatcgtagactgacccgttatttgaaagctaactattttccctgtttggagatgctgcctgaatttccacttatttgtgagcaacatatgcctgcagataaaataatataaaaaggtatctatgctcattaattggtgctgaattgcacttatgtagacctacctcttggaagcctccccctagtacagttttcttagtacaggttaagattgaacttggctcataacagaaatcctctaacaagctttagccaaccttatacttgattgatttgtcctgcttcgcatttgccacgaagtgtgaaaccctattgagcatactggaaaatggtgatactccacctattaattactccctcccccaaaatataagattctagaattgagtcttgtccagaatcatagtattaggatgtcttatctggacacagattcttatattttgagacagagggagtagtcatgaattgccccttacatgcgcatagcttctgaaattcactgtgttgaataaatgcattaaaatggtgaagtttttgtacttatacgaaatctcctgctgattatggattgtttgtttccaggtcttacgaaatggaacggtttggaagcatggtgggcaatgaattctataaccctgtaaatctcatgtacagtagagattaacctgtttgttcattacagtaaacagaaccagcacctgcgcattgtcatttacccgaaaccaaagagattttttcc</dnaseqindica>

External Link(s)

NCBI Gene:Os03g0347300, RefSeq:Os03g0347300