Os03g0706900

From RiceWiki
Revision as of 12:54, 24 June 2012 by 127.0.0.1 (talk) (Created page with "{{JaponicaGene| GeneName = Os03g0706900| Description = Zinc finger, RING-type domain containing protein| Version = NM_001057564.1 GI:115454856 GeneID:4333857| Length = 755...")
(diff) ← Older revision | Latest revision (diff) | Newer revision → (diff)
Jump to: navigation, search
Gene Name

Os03g0706900

Description

Zinc finger, RING-type domain containing protein

Version

NM_001057564.1 GI:115454856 GeneID:4333857

Length

7550 bp

Definition

Oryza sativa Japonica Group Os03g0706900, complete gene.

Source

Oryza sativa Japonica Group

 ORGANISM  Oryza sativa Japonica Group
           Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
           Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
           clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
Chromosome

Chromosome 3

Location

Chromosome 3:29209275..29216824

Sequence Coding Region

29209656..29209734,29209822..29209901,29210349..29210429,29210531..29210600,29210756..29210830
,29210910..29211115,29211394..29211643,29211723..29211768,29212990..29213059
,29213781..29213850,29215474..29215558,29215657..29215741,29215825..29215915
,29216472..29216605

Expression

GEO Profiles:Os03g0706900

Genome Context

<gbrowseImage1> name=NC_008396:29209275..29216824 source=RiceChromosome03 preset=GeneLocation </gbrowseImage1>

Gene Structure

<gbrowseImage2> name=NC_008396:29209275..29216824 source=RiceChromosome03 preset=GeneLocation </gbrowseImage2>

Coding Sequence

<cdnaseq>atgcagcggcggcgggcgcagacgtgggcgggggtggggaagacggcgcaggcggcggcggcgcacgcggcgctcttctgcttcacgctcctcctcgcgctcaaagtcgacggccgcacagcctactcctggtggattatattcatccctctatggctatttcatggcattgttgcccgtggaaggttttcaatgccagccccttcgcttcctcatggccgtcattgggctccttgccattcaattgttgcagcgccgttgcttattgcgtttgagctgctgctttgcatatatctcgaaagtttgagagttaaaagtaagccgactgttgatttgaagattgtattccttcctcttctggcctttgaagtgattattcttgctgacaatttcagaatgtgtagagctttaatgccaggagatgaagaaagtatgagcgatgaagctatttgggagacacttcctcacttttgggttgcaatttctatggtgtttcttatagctgctacaaccttcacacttttgaagctgtctggtgatgttggtgctttgggatggtgggatttgtttataaattatggaatcgcggagtgttttgcatttcttgtttgtactagatggtttaatcccatgattcataaatctcctaatcctggggaggctagctcatcatcagcggcaattagataccgtgattgggagagtggtcttctcctcccatcactagaagatcatgaacaagagaggctctgtggtcttcctgacataggaggtcacgtaatgaaaataccactggtgattttccaagttttgctttgtatgcgcttggagggtacgcctcctagtgctcagtatattccgatatttgcactgttctccccactgtttattttacaaggcgctggtgtccttttctctctagcaagattgttggagaaggttgttctactattacgaaatggaccagttagtcctaattaccttacaatctcatcaaaagtccgtgattgctttgcttttcttcatcgtggttcaaggcttcttggttggtggtctattgatgaaggcagcaaagaagagcaagcccggttattctatactgaatctactgggtacaacacattttgtggctatccacctgaggtagtcaggaaaatgcctaagagggatcttgcagaagaggtatggaggctccaagcagctttgggagagcaatcagaaattaccaaatgtaccaagcaggaatttgaaaggcttcaaaatgagaaggttctttgtaggatttgctacgagggggagatatgcatggtcttacttccttgccggcacagaacattatgcaagacttgttctgataagtgcaagaaatgtccaatctgccgtgtgcccattgaagaacgcatgcccgtatatgatgtttaa</cdnaseq>

Protein Sequence

<aaseq>MQRRRAQTWAGVGKTAQAAAAHAALFCFTLLLALKVDGRTAYSW WIIFIPLWLFHGIVARGRFSMPAPSLPHGRHWAPCHSIVAAPLLIAFELLLCIYLESL RVKSKPTVDLKIVFLPLLAFEVIILADNFRMCRALMPGDEESMSDEAIWETLPHFWVA ISMVFLIAATTFTLLKLSGDVGALGWWDLFINYGIAECFAFLVCTRWFNPMIHKSPNP GEASSSSAAIRYRDWESGLLLPSLEDHEQERLCGLPDIGGHVMKIPLVIFQVLLCMRL EGTPPSAQYIPIFALFSPLFILQGAGVLFSLARLLEKVVLLLRNGPVSPNYLTISSKV RDCFAFLHRGSRLLGWWSIDEGSKEEQARLFYTESTGYNTFCGYPPEVVRKMPKRDLA EEVWRLQAALGEQSEITKCTKQEFERLQNEKVLCRICYEGEICMVLLPCRHRTLCKTC SDKCKKCPICRVPIEERMPVYDV</aaseq>

Gene Sequence

<dnaseqindica>7091..7169#6924..7003#6396..6476#6225..6294#5995..6069#5710..5915#5182..5431#5057..5102#3766..3835#2975..3044#1267..1351#1084..1168#910..1000#220..353#aaagaaaagggctagagtctaagaggggagagagagagagagagagagaggaaggaacccttcgtcctcgtcgcctcacttttgtctcccactccttcgtcggcggctcggctcggcgcaggcgcagcggggagaagaccaaggaggagggagaggcggacgcgggagcggaagagattaatttccagtggggtttggggcgcggtgaggaggtgagggatgcagcggcggcgggcgcagacgtgggcgggggtggggaagacggcgcaggcggcggcggcgcacgcggcgctcttctgcttcacgctcctcctcgcgctcaaagtcgacggccgcacagcctactcctggtggtaacgctccctgctctaaaccctagctagcaccctcccccgtcctccgccgccacgggcctccgcttcgatctggcttagtggttcccgcgagattgcgagttgggggtggaattagtggctggcgtagtggtttttttgggggggtttccatcggatgcagatgcaggctgaggggggaatcggactagtcctttgcgtgcggttgagagtcgtcgcctgcttgtggtggtctggtgaactaattttctccaccagaacgattcagctctttcgtgtccttgtgtttggacattgatgagttgatgtaggcattttgctcacgcagagggtgtgcttcggttagtctttagctgatgctgggccacagttcctggttctactgaaggctgcactttgagagctcgttcttatttggttatgtatttgtttgagtaacccagcgctcttgttcctataatgatggtagcagattcagaagacattgttgactgctttgtctgtagcagtgaaggtattaataccgaatgctaattctgctatttccatcatgcaggattatattcatccctctatggctatttcatggcattgttgcccgtggaaggttttcaatgccagccccttcgcttcctcatggccgtcatgtaagaattggtatcaatttctctagttagtatgcacgtgcttaccccacattttgatctgatgggtttctatttgtatgtagtgggctccttgccattcaattgttgcagcgccgttgcttattgcgtttgagctgctgctttgcatatatctcgaaagtttgagaggtaggttcttaggttatctagatgagagaagctttggcgaccataaacgaatttcctggaggctcttataccccttctctctgtttgttcttccgcagttaaaagtaagccgactgttgatttgaagattgtattccttcctcttctggcctttgaagtgattattcttgctgacaatttcaggtaatgaatctgaacaattattttgcatgcctttaatactgtatcagtaaatgcacaaacgcactaccaattggcacgattgtatgtgccttactgttttatctgcttatgtattctgcaagtcttaagtgctgaatgtaactagtttttttttccaagattgtttttctgactaagcagctagcacttataaactgtgccatgaactcgtaatatgtcctaacctatttttggttacgtctgggattgtagtaagacgacctgacctattgtcaaatatggtatgcaccttcaagagcagctaacgcgttttagattataaatttcttgcaaccaaaagaattcaattatctggtgttctgttgttctcaatggccggttcttggtgtctgtctttttctccactggaaagaatactgaaattactcaactgcctctttgtttatttttgcacactgcttaggctgtgttcgccagtccacgttcccaaccggaacagtacgcgcggaaaacggagcggtccattagcgcgtaattaattaagtattagctatttttttttcaaaaatagattaatttgattttttaagcaacttttgtatagaaactttttgcaaaaaacacaccgtttaacagtttgaaaagtgtgcgcgtggaaaacgagggagaggggttggaaaaaggggtgccgaacacagccttagtcaggttcaatgatatctttctgttggttgcaaaataaattaatcatgatcattatactcatatggtttctgttggttgcaaaataaattaataattatcattatacttgacgacttggtatgtagagggtagcactaagtgcttgtttatcattgcttgtttgatagcaggttgaattatctcaattacaaatatactcaagtctactgttgatattattcttagttttgttattccgtacaacattttttttgctacataataataaatggtggcattctatccaaaagttacaaatggtgtttttaaaaggtaaatttcgcaatactgaactaccatttgcaaaactatcgcaaaagacacatgtttattcacaattttggagaactacactttttagttgcaaaatgtgcagcaaaactacactcctatcagagaaacaggtctgataggttgggccctctcatcagtcatcagtatttcatccgggttgtttctgtttctgatgcatgtgttggttaaaaagaaacagcctacacatgcaacactgactagtggacctagcctgtcaggctcattggcattttcagtaatttagttttgtgaaacttttcacaaccaaaggtattcctccgaaatcgtcgcaaaagtgtgtttgcgattgttttagcgatggcttttgtctggtttaatgaaattgaatcattgttaaaatttagcttgtcacacaatcagtactgttgttggtatgcaacgcataaattggatgcaattcataaagatatgtgctgaccaaatcatgaaccttaatttggccaaaaatatctagagatattagttgttaatacaatagtagcgctaaagttaatttggatgttaacctttattttttttccttgcattggtttgactattcagaatgtgtagagctttaatgccaggagatgaagaaagtatgagcgatgaagctatttgggagacacttcctgtgagtataagtactagtaactagtggttctttttaagaaattatctccattagcttcaatttgagcttaacttttatttactataagtaaccatacttctaccaaatcatcttataaaaatatattagaaacttttaaatacgatgataactaaattagagagctgaatatcatgcaacaaaatgcattatttttcagtccatttttagtggaatactggattggaataattttattgataagaataaatcagctgcaaggatgaaagtagaatctcatgaacttgtcaattgacgatgctgtattttcacattatggagcctatatgttggacttgtaccagcttaatatgggttgatgatttattaagtttaacaaagcaaaacatatacagtgaacaaatattcactacataatgaagtaaattctgttcaaagtttaagagaattaaaccttgatcagggcttgtgtttatagaattatggtttgatcatttcattctatctgatactctatttgtcacagcagaatgtaccgatttacattgtaatatttcacaccgatgtaaagtctatgaatgaataacattgtgtgtggctcttttataagttatctatgatatcatatttcttatcttgtgctgactgccgtgttctagaatagtgtggactatacactgttcttttcatcttatatgacacggcttctatttgctatcagcacttttgggttgcaatttctatggtgtttcttatagctgctacaaccttcacacttttgaagctgtctggtaaagtttcctggatctcctttttgttttttgaccttcattatggcatgtcctatttgttatgtgttttcaagcactgtagactgtagagttaaaaagtttgcttccttgcacatgactaatattgtttgtttgtctgctaagcctctatagttggtaggatatggctttctcaaaagtcgcttcattgtttactagagtggttgtcacaatgacattcttctaagagtgattaggtagttgcaaatgagacaatagttactaaaacaagattagattgtcaattaaccataaaatctggaaacattacattcagcagcttggttttgaaagccaggcagttttctactatttggaaatggctggtgatttcacctgaactggccgggtttctatttttggcagtttaaagcataaattcgtgcaagttaaaactatctttagtataagcaatacaatgttggatagagagcaaaaagatattcctagggttcccgtgatgtgaagacccaccagctgctttcccattcacatgcatatatgcaacatttttccatggtttctcactctaaagagtgtaatcttccaattcccaacacaaaatcgaagtcagcttctccacactgaatcaaactccttaatgcatttcatgtggtcgattttctttgacgatactttcaatttggtgatctattacagttcttttttttttggtatacgcaaaagacttgtgtagcattaaggagtttgaatgttacatcccctgcctagctccatatagctgggcaactacctaatgagtagtacaagattaattctcgtgatacaattgtgcgacctatgtgccagagcgatgttagaccacagattgagccatctttgctcctgcaacgatccagagtcttgcctctgcggtgattgctgcaatcaccgcatccagttcctactttcccaattgaaaatccggtccttcaagattacccaagcgaccaggatccatcaaagttctgagttgttccagttactaggggctgctttgtctgcctcctccatgagcttttaagtgctactttttaaatcaaatcatttattagttcgatgtgataagaacaacatgttcagcaaactatcttagattgtacaatattcaggtttttatttctcttcggcctaattttcctctactctgaaatgttttgtgatattattattgcatgacaggtgatgttggtgctttgggatggtgggatttgtttataaattatgggtgagactagtctcaatagcaattttctttattaacgagatctgttataatataatccagcaccttcttttttgtacagaatcgcggagtgttttgcatttcttgtttgtactagatggtttaatcccatgattcataaatctcctaatcctggggaggctagctcatcatcagcggcaattagataccgtgattgggagagtggtcttctcctcccatcactagaagatcatgaacaagagaggctctgtggtcttcctgacataggaggtcacgtaatgaaaataccactggtgattttccaagttttgctttgtatgcgcttggaggtacgtgtcatttatatatttctattgggttacatatggttgataaactggtagatgcacttgtagacagacattggatggggattggggagcttccaggaattgttttttaattatgtcatgtaacagaacacagtaacactatttggaaaaaatgcaaaacaagaactttgtccattttctgagttcgtctagggggtcaacgcttgttagtggctttttatcatgagctggatcaataataatcttgaaaacatcatttgcttttgttttttcagggtacgcctcctagtgctcagtatattccgatatttgcactgttctccccactgtttattttacaaggcgctggtgtccttttctctctagcaagattgttggagaaggttgttctactattacgaaatggaccagttagtcctaattaccttacaatctcatcaaaagtccgtgattgctttgcttttcttcatcgtggttcaaggtaatatttgatagctattatgagctacttctctatatgtttgttttcttgttggcttatcttactttgcatcacacaggcttcttggttggtggtctattgatgaaggcagcaaagaagagcaagcccggttattctatactgaatctactgggtacatgatagttgacttcagcctgttcatattgttaatttagatcctattaagctggtcaagttgtttcatttcctctatgtttacagttctttttgcgcatccacatccactttctatactgatttcctgcctggttgccttttggttttaaggtacaacacattttgtggctatccacctgaggtagtcaggaaaatgcctaagagggatcttgcagaagaggttacattctctcttttcattttattattgtttaccttattaatgttatgtgcactctattttatcataatataactattttcctacttattatctttcaggtatggaggctccaagcagctttgggagagcaatcagaaattaccaaatgtaccaagcaggaatttgaaaggcttcaaaatgtaccatctccttgtgacttgtgaagtttcatcattttacattatataaattggtgcaatacatcctatagacatgattgagtccattaacttgaggacatgccatttaggtcgctcagcttacacaataagatcacatatgtctgagtcgttcatgtttaaggagacttatgtgatatagccttgaaacttttagcaaactacaattttaggtaccgagaaatattgaattatcaagtttgtgggttcaagtgggacatccatacaactctaagaaactcatttcattttaaccttttctgttgttttatttaagaacctaagtcactacagctctatggcactaactgaaacttccagagaggcagagagcgctgatgatgatctgttggttgtctgaccggctctttttcctttgttgactaagtacttccttttccatttcaggagaaggttctttgtaggatttgctacgagggggagatatgcatggtcttacttccttgccggcacagaacattatgcaagtatgtttccagtcacttgttaagccactttggatgctcttacatgttgatttggaactgacagttttgttgatggttctgtgataggacttgttctgataagtgcaagaaatgtccaatctgccgtgtgcccattgaagaacgcatgcccgtatatgatgtttaaacttcgctaactcagatgaacgttacaaatttgtacatgttggttgtgcaatgtcgcgccatgtagtctcaatcacaactttaagctgattgaggtttgcacaagttcagaaaggtttaccgaatatggagaaaatataaagcatatcatgtctaaccaaaagcatgaaaaggtagttgatgatcattttgccggttacaattatgtactgtaagtatgtcatcggtggttttaacttttttttttggtgatcgatagatgctccagttagattgtgtagcatcttctcaagtttatgcattgtctgaatgtaaataagaatattgtcttgtttgagtgttgtagtgctctttggttgagaagagtagaaaagaaaaatgt</dnaseqindica>

External Link(s)

NCBI Gene:Os03g0706900, RefSeq:Os03g0706900