Os03g0808100

From RiceWiki
Revision as of 13:05, 24 June 2012 by 127.0.0.1 (talk) (Created page with "{{JaponicaGene| GeneName = Os03g0808100| Description = Similar to Cellulose synthase-5| Version = NM_001058183.1 GI:115456094 GeneID:4334515| Length = 6245 bp| Definition...")
(diff) ← Older revision | Latest revision (diff) | Newer revision → (diff)
Jump to: navigation, search
Gene Name

Os03g0808100

Description

Similar to Cellulose synthase-5

Version

NM_001058183.1 GI:115456094 GeneID:4334515

Length

6245 bp

Definition

Oryza sativa Japonica Group Os03g0808100, complete gene.

Source

Oryza sativa Japonica Group

 ORGANISM  Oryza sativa Japonica Group
           Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
           Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
           clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
Chromosome

Chromosome 3

Location

Chromosome 3:34630748..34636992

Sequence Coding Region

34631532..34632116,34632199..34632549,34632793..34632995,34633191..34633446,34633606..34633818
,34633904..34634029,34634112..34634249,34634338..34634683,34634777..34635043
,34635339..34635525,34635604..34635703,34635806..34636056,34636389..34636575
,34636709..34636720

Expression

GEO Profiles:Os03g0808100

Genome Context

<gbrowseImage1> name=NC_008396:34630748..34636992 source=RiceChromosome03 preset=GeneLocation </gbrowseImage1>

Gene Structure

<gbrowseImage2> name=NC_008396:34630748..34636992 source=RiceChromosome03 preset=GeneLocation </gbrowseImage2>

Coding Sequence

<cdnaseq>atggacggtgcgaaatcggggaagcaatgccatgtctgccagatctgcggcgacggcgtgggcacggcggcggacggcgagctcttcaccgcctgcgacgtctgcgggttcccggtgtgccggccatgctacgagtacgagcgcaaggacggcagccaggcgtgcccgcagtgcaagaccaagtacaagcgccacaaggggagcccgccgatacttggggatgaaagcgatgatgttgatgcggatgatgctagtgatgtgaactatccaacatccggcaaccaggaccataagcacaagattgccgagaggatgctcacctggcgcatgaactctgggaggaatgatgatattgtccattctaagtatgatagtggtgagattggtcatcccaagtatgacagtggtgaaatccctcgcatatatatcccatcgctcactcacagccagatctcaggtgaaattcctggagcgtcccctgatcatatgatgtctcccgttgggaacattggcagacgtgggcatccatttccctatgtgaaccattcaccaaacccatcaagggagttttctggtagccttggcaatgttgcatggaaagagagagtagatggctggaaaatgaaggataaaggtgcaattcccatggctaatggtactagcattgctccttcagaaggtcgtggggttggtgacattgatgcatctactgactataacatggaggacgccttactgaatgatgaaacacgccaacctctatcgagaaaagtgccaatttcgtcatccagaataaatccgtacaggatggttattgtgctccgattgattgtcctatgtatattcttgcactaccgtatcacaaatcctgtgcgtaatgcatacccgctatggttgctctctgtcatatgtgagatttggtttgctctatcctggattctggatcagttccccaagtggtccccaatcaaccgtgaaacttacctggataggctggctttaaggtatgaccgggaaggtgaaccatctcaattggctcctgttgacatttttgtcagtactgtggatcctatgaaagaacctcctcttgtcactgccaatactgtgctctccatccttgctgtggattaccctgttgataaggtatcttgctatgtgtctgatgatggagctgcaatgttaacatttgatgcgcttgctgagacttcagaatttgctagaaaatgggtaccgttctgtaaaaagtacagcatagaacccagagctccagagtggtactttgcacagaaaattgattacttgaaagacaaagttcaggcttcttttgttaaagatcgtcgtgccatgaagagggaatatgaagaatttaaagttcgtgttaatgctctcgtcgccaaggcacagaaagttcctgaggaaggatggattatgcaagatggcacaccttggcctggtaacaataccagagaccatcctggaatgattcaggttttccttggtcatagtggaggccttgataccgaaggcaatgagcttcctcgtttagtctatgtgtctcgtgagaaacgtcctggattccaacaccataaaaaggctggtgctatgaatgcacttgttcgtgtatcagctgtccttactaatggacaatacttgttgaatcttgactgtgatcactacatcaacaatagcaaagctctccgagaggctatgtgcttccttatggatccaaacctaggaaggcgtgtctgttatgtccaattccctcagaggtttgacggtatcgatagaaatgatcgatatgcaaacaggaacaccgtgtttttcgatattaatttgagaggtctcgatggtctccaaggaccagtttatgtgggaaccggttgtgtgttcaacagaacagctctttatggttatgaaccccccattaagcagaagaggccaggttacttctcttcgctttgtgggggacgaaagaagacaaaaaagtcgaaggagaagagcacggaaaagaaaaagtcacacaaacatgtggacagttctgtgccagtttttaatcttgaagatatagaggaagggattgaaggttctggatttgatgatgagaaatcactactgatgtctcaaatgagcttagagaaaagatttggtcaatctagtgtttttgtagcctccactctgatggaatatggtggtgttcctcaatccgcaactccagaatctcttctgaaagaggccatacatgttatcagctgtggctatgaagacaaaagtgactggggaactgagattggatggatctatggttctgttacagaagatattctcactggattcaagatgcatgcacgtggctggcggtcaatctactgcatgcctaagcgaccagcattcaaggggtctgccccaattaatctttcggatcgtctgaaccaggtgcttcggtgggctcttggttctgtggaaattctttttagcaggcattgtcccatatggtatgggtacggaggacggcttaagttcctggagagatttgcttacatcaacaccactatttatccactcacatcgattccactcctcttgtactgcatattgccagctatctgtcttctcactgggaagttcatcataccagagattagcaactttgcgagtatttggtttatctctctctttctgtcaatctttgctactggtatccttgagatgaggtggagtggtgttggcatcgatgaatggtggaggaatgagcagttttgggttattggaggtatttccgctcatctatttgcggtcttccagggtctgctgaaggtgcttgctggaattgataccagcttcactgtcacctcaaaggcctctgatgaagaaggcgatttcgctgagctctacatgttcaagtggacaacccttctgatcccaccgaccactattttgatcatcaacctggtcggtgttgttgctggtatctcctacgctatcaacagtggctaccagtcatggggtccgctctttgggaagctcttctttgccttctgggtgattgtccacctgtaccccttccttaagggtctcatgggtcggcagaaccgtacaccgaccattgttgttgtttgggccatcctccttgcatcgatcttctccttgctgtgggttcgtatcgatccattcaccacccgtgtcacaggccctgatacccaaaaatgtggtatcaactgctag</cdnaseq>

Protein Sequence

<aaseq>MDGAKSGKQCHVCQICGDGVGTAADGELFTACDVCGFPVCRPCY EYERKDGSQACPQCKTKYKRHKGSPPILGDESDDVDADDASDVNYPTSGNQDHKHKIA ERMLTWRMNSGRNDDIVHSKYDSGEIGHPKYDSGEIPRIYIPSLTHSQISGEIPGASP DHMMSPVGNIGRRGHPFPYVNHSPNPSREFSGSLGNVAWKERVDGWKMKDKGAIPMAN GTSIAPSEGRGVGDIDASTDYNMEDALLNDETRQPLSRKVPISSSRINPYRMVIVLRL IVLCIFLHYRITNPVRNAYPLWLLSVICEIWFALSWILDQFPKWSPINRETYLDRLAL RYDREGEPSQLAPVDIFVSTVDPMKEPPLVTANTVLSILAVDYPVDKVSCYVSDDGAA MLTFDALAETSEFARKWVPFCKKYSIEPRAPEWYFAQKIDYLKDKVQASFVKDRRAMK REYEEFKVRVNALVAKAQKVPEEGWIMQDGTPWPGNNTRDHPGMIQVFLGHSGGLDTE GNELPRLVYVSREKRPGFQHHKKAGAMNALVRVSAVLTNGQYLLNLDCDHYINNSKAL REAMCFLMDPNLGRRVCYVQFPQRFDGIDRNDRYANRNTVFFDINLRGLDGLQGPVYV GTGCVFNRTALYGYEPPIKQKRPGYFSSLCGGRKKTKKSKEKSTEKKKSHKHVDSSVP VFNLEDIEEGIEGSGFDDEKSLLMSQMSLEKRFGQSSVFVASTLMEYGGVPQSATPES LLKEAIHVISCGYEDKSDWGTEIGWIYGSVTEDILTGFKMHARGWRSIYCMPKRPAFK GSAPINLSDRLNQVLRWALGSVEILFSRHCPIWYGYGGRLKFLERFAYINTTIYPLTS IPLLLYCILPAICLLTGKFIIPEISNFASIWFISLFLSIFATGILEMRWSGVGIDEWW RNEQFWVIGGISAHLFAVFQGLLKVLAGIDTSFTVTSKASDEEGDFAELYMFKWTTLL IPPTTILIINLVGVVAGISYAINSGYQSWGPLFGKLFFAFWVIVHLYPFLKGLMGRQN RTPTIVVVWAILLASIFSLLWVRIDPFTTRVTGPDTQKCGINC</aaseq>

Gene Sequence

<dnaseqindica>4877..5461#4444..4794#3998..4200#3547..3802#3175..3387#2964..3089#2744..2881#2310..2655#1950..2216#1468..1654#1290..1389#937..1187#418..604#273..284#ctcgctggtgccacgtccttttcttgtcccgtttgattcttgcaagcctcctcatccagcttgtgctgctagctacgaggtcggctttggcggtggcggggggcgccttgaatccgaggcgatttggtgtctgactgattgatttgcctcacttggggtgggggggagttggggtttcttggtttcatcggggcggccgcggaatgcggtgaattggcgggagtccgttcgtggagacactttcttggccgtgagttcttggttcgtgcgccatggacggtgcggtgagtcgcattttcggggggaaagattcaaagattggttaatttgttgcgtggatgtttgggttggtctgagctctgaagcttttgcctttgtttgtttgtttcgtttggtgttgttgtatgcgcggcgaagaaatcggggaagcaatgccatgtctgccagatctgcggcgacggcgtgggcacggcggcggacggcgagctcttcaccgcctgcgacgtctgcgggttcccggtgtgccggccatgctacgagtacgagcgcaaggacggcagccaggcgtgcccgcagtgcaagaccaagtacaagcgccacaagggtataagttgcacattatccattcatccttctcttggatttcacctaaatacttcatctttggttaagaacagctacattggactgaacatctcgtgaacccaatcaggttgttgcatattgcatttagacaataatagtagagaagatatatatatgcttagtgaatatgctgagttaatagcacagagtcctgttctttagtgagctgtattcgaagttggtagtgaccagtgacaacataatttctttcctgtatgggttatttccattgagagaagcaaatgtgagtgaatttgttgagcttaacaagatatttaatctttgcttcagggagcccgccgatacttggggatgaaagcgatgatgttgatgcggatgatgctagtgatgtgaactatccaacatccggcaaccaggaccataagcacaagattgccgagaggatgctcacctggcgcatgaactctgggaggaatgatgatattgtccattctaagtatgatagtggtgagattggtcatcccaagtatgacagtggtgaaatccctcgcatatatatcccatcgctcactcacagccaggtttgttagaatttttgttgatagcgtgaagtcgttaacccttcagggtatgtgcaaagattgaactaatatttagtttcttcctctcgattaattctatagatctcaggtgaaattcctggagcgtcccctgatcatatgatgtctcccgttgggaacattggcagacgtgggcatccatttccctatgtgaaccattcacgtaagtttatctatcatcaagatctcatgtttcgttgcatcgactgggaaaatttaattattctttgttgctcaacagcaaacccatcaagggagttttctggtagccttggcaatgttgcatggaaagagagagtagatggctggaaaatgaaggataaaggtgcaattcccatggctaatggtactagcattgctccttcagaaggtcgtggggttggtgacattgatgcatctactgactataacatggaggacgccttactgtgagttctgatatgcttttgtccaccgttagtcatctatgaattctaccagtaattaatattccttgtatctggtgtactaacttgcactagtttgtacttggaagaacataggaaaaattcttgcataattcgaaatataattattttgtgtttacaagtataccttgctattaagcaaggcaatatgcacatttaatggatcagattctaaatggttgtacatctctgaaccttataatgcggacttatcatatagcttgccactataaatgttgtgctatctgtattacaggaatgatgaaacacgccaacctctatcgagaaaagtgccaatttcgtcatccagaataaatccgtacaggatggttattgtgctccgattgattgtcctatgtatattcttgcactaccgtatcacaaatcctgtgcgtaatgcatacccgctatggttgctctctgtcatatgtgagatttggtttgctctatcctggattctggatcagttccccaagtggtccccaatcaaccgtgaaacttacctggataggctggctttaaggtgatgtacaatatttacctctgatacaccattcctgcgttagcactgtagtactgattactgacaataacaaaatatcacttgcactctcaggtatgaccgggaaggtgaaccatctcaattggctcctgttgacatttttgtcagtactgtggatcctatgaaagaacctcctcttgtcactgccaatactgtgctctccatccttgctgtggattaccctgttgataaggtatcttgctatgtgtctgatgatggagctgcaatgttaacatttgatgcgcttgctgagacttcagaatttgctagaaaatgggtaccgttctgtaaaaagtacagcatagaacccagagctccagagtggtactttgcacagaaaattgattacttgaaagacaaagttcaggcttcttttgttaaagatcgtcgtgccatgaaggtaaatttggtttatatgtgtgtacttttttgttgttttttttttggtgtaatctcgcattaatgtctgttgcaaaaccaaaatccagagggaatatgaagaatttaaagttcgtgttaatgctctcgtcgccaaggcacagaaagttcctgaggaaggatggattatgcaagatggcacaccttggcctggtaacaataccagagaccatcctggaatgattcaggtaaatatcacttagatattgccattgtggtgtggttattgatccagcaattttcttactcttgacgtctggtcatgctcaggttttccttggtcatagtggaggccttgataccgaaggcaatgagcttcctcgtttagtctatgtgtctcgtgagaaacgtcctggattccaacaccataaaaaggctggtgctatgaatgcacttgtgagtagcagctagagtggtgttgcttaagtgagaagtatcttgtttaattcatttacttgatatgtggaatttgaaactgcaggttcgtgtatcagctgtccttactaatggacaatacttgttgaatcttgactgtgatcactacatcaacaatagcaaagctctccgagaggctatgtgcttccttatggatccaaacctaggaaggcgtgtctgttatgtccaattccctcagaggtttgacggtatcgatagaaatgatcgatatgcaaacaggaacaccgtgtttttcgatgtaagcttggttccctttaagattcttggatgcttcacttcacgctttagcaaacatcaataactgttgatggatcagcaatatttatgtttctatgtgatggatttgaacatttctggagtttgtcaagtaacttatctgcatttctgcttgctgcagattaatttgagaggtctcgatggtctccaaggaccagtttatgtgggaaccggttgtgtgttcaacagaacagctctttatggttatgaaccccccattaagcagaagaggccaggttacttctcttcgctttgtgggggacgaaagaagacaaaaaagtcgaaggagaagagcacggaaaagaaaaagtcacacaaacatgtggacagttctgtgccagtttttaatcttgaagatatagaggaagggattgaaggtaccatcgagtctggtttttgttcaattacatgtttttgctcttagatttttagtgatatttggccaccaccattgcattgcaccccacaacttttttcgcagtatttctgtatatgcttaggaagggagggacactaggcttaacttttctcttacactatatatttgacctggcacatcatttttgtggcaggttctggatttgatgatgagaaatcactactgatgtctcaaatgagcttagagaaaagatttggtcaatctagtgtttttgtagcctccactctgatggaatatggtggtgttcctcaatccgcaactccagaatctcttctgaaagaggccatacatgttatcagctgtggctatgaagacaaaagtgactggggaactgaggtaataaagctatggcattcatgctctgcattacatgctactagcctaccagtacaaattatacaatgtaacagaaaatgtcgagatatcaagtggtctttcttgtacaaaattaaggacgcaatttgatttctgttctgattcgcacaagtacttctgagttcatgcgaagaaacttgactaaattggcatctcctctcagttgccattataactttgtttatgatgctatgtgacttgcagattggatggatctatggttctgttacagaagatattctcactggattcaagatgcatgcacgtggctggcggtcaatctactgcatgcctaagcgaccagcattcaaggggtctgccccaattaatctttcggatcgtctgaaccaggtgcttcggtgggctcttggttctgtggaaattctttttagcaggcattgtcccatatggtatgggtacggaggacggcttaagttcctggagagatttgcttacatcaacaccactatttatccactcacatcgattccactcctcttgtactgcatattgccagctatctgtcttctcactgggaagttcatcataccagaggtaaatatgtagaattgtttttcctcttctgcagacgaaatcgcagaacagcatgcgctgactgacttattttggactgcagattagcaactttgcgagtatttggtttatctctctctttctgtcaatctttgctactggtatccttgagatgaggtggagtggtgttggcatcgatgaatggtggaggaatgagcagttttgggttattggaggtatttccgctcatctatttgcggtcttccagggtctgctgaaggtgcttgctggaattgataccagcttcactgtcacctcaaaggcctctgatgaagaaggcgatttcgctgagctctacatgttcaagtggacaacccttctgatcccaccgaccactattttgatcatcaacctggtcggtgttgttgctggtatctcctacgctatcaacagtggctaccagtcatggggtccgctctttgggaagctcttctttgccttctgggtgattgtccacctgtaccccttccttaagggtctcatgggtcggcagaaccgtacaccgaccattgttgttgtttgggccatcctccttgcatcgatcttctccttgctgtgggttcgtatcgatccattcaccacccgtgtcacaggccctgatacccaaaaatgtggtatcaactgctaggagtgagcaagatagtaggcaaagaatcgccagtttgctatccattctgttgtgtaagttattagtggatgactctatatagtctactgtaagatcttagctgccggaatgcttgttatgtattaaggagtagtaagtggtaccttgctgttcatctgttgataattaagttagtagaactactttgctgaaaaatgcctgacaacattctgctgcacttaatgggaatatgaaatcaatgttgctctgtatgaaagaatttacatgtatataacttgaatcaatttaacaaatacactctgtagccttgtaggcacactgcattgcaggttcctggtagaaaccccaatgagtgtatgcacaatgtatgcataaatatgactgattccttctgaatttttttatacacactttatacagtaatgaactttatcaggcccagttcctcctaatttgtgctggtgcatggttgtggaacaactgttccagatttcctccattttgcattctggcaagtacttcctgtggcaccattgtcatccaccatttccaggttgatgtcctgtaaggaaatgtcatagcatgggtagttcttgctgcagttcagagtgatggcactcttggaaattgttgtccctgcgatgttcttgaagaccacattgctaatctccactgctgatccctgagatccatgttcatggcaaatttgcaataattgtgtgatttggatgatttttgttgagcattactcactggtgttaaataaaggattggtttttgagag</dnaseqindica>

External Link(s)

NCBI Gene:Os03g0808100, RefSeq:Os03g0808100