Os02g0170900

From RiceWiki
Revision as of 02:14, 25 June 2012 by 127.0.0.1 (talk) (Created page with "{{JaponicaGene| GeneName = Os02g0170900| Description = Lytic transglycosylase, catalytic domain containing protein| Version = NM_001052565.1 GI:115444500 GeneID:4328445| L...")
(diff) ← Older revision | Latest revision (diff) | Newer revision → (diff)
Jump to: navigation, search
Gene Name

Os02g0170900

Description

Lytic transglycosylase, catalytic domain containing protein

Version

NM_001052565.1 GI:115444500 GeneID:4328445

Length

7907 bp

Definition

Oryza sativa Japonica Group Os02g0170900, complete gene.

Source

Oryza sativa Japonica Group

 ORGANISM  Oryza sativa Japonica Group
           Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
           Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
           clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
Chromosome

Chromosome 2

Location

Chromosome 2:3855963..3863869

Sequence Coding Region

3857681..3857708,3857972..3858097,3858196..3858309,3858746..3858855,3859429..3859482
,3859967..3860136,3860322..3860380,3861046..3861168,3861274..3861390
,3861481..3861611,3861720..3861770,3862305..3862481

Expression

GEO Profiles:Os02g0170900

Genome Context

<gbrowseImage1> name=NC_008395:3855963..3863869 source=RiceChromosome02 preset=GeneLocation </gbrowseImage1>

Gene Structure

<gbrowseImage2> name=NC_008395:3855963..3863869 source=RiceChromosome02 preset=GeneLocation </gbrowseImage2>

Coding Sequence

<cdnaseq>atggctataagcttcaaatattgggatgactgcttggatccagaggatatgcaattaatgtgggctgatcctcatgtaagtaaagagtggattgatgctggggaagggccgggacagaaggttcacctgtcacgggatcctgatggtgaggcatatctcacacaaactgaaatgatggcggtggctgcaattactgttcataagcatttcaagtcacagctagacccgtatatgataggtgcccttgcagaaattgcaagtggaaggagactctttgtcgataattatgaccgaaagactaaggagatcaaagctggcataatgcaggtgacaatagaagttgctcaatggcttggcagggaattgggttacaagtattatgacattgaagaagatgctaatttgctctattggccttttgtgaatgtctactttggtgctgcttatgcaaaatggctattctcatgtgacgataaagaaagaactgaagaattcgttgttagagcttacaagggaggcaaaaagaaggctgttcacaaatcaacttcccccatctttcaacgctatctttatgtgaaggaggccttgctgtctatgagacagccagaaagttttaatgatttaactcctaatctcctagccaattcctcgagcacagaaggacagttgatttattgggattccaaggtatcagaggtagatatggatgcgatgtggagtcagcccgatgtgattaaggagtggacaaaatctggtgagaggcgaggaaatgtgaggttttctcatgactccaagaggaggccttatctttctcgagttgaggtgaaggctgttgctgaaataaccatatcacgtcatttgagctcaaaaggagtaacaccagaagccctagctgctcttgctgaggtgtgcagtatgcgttttgtccatggtgttcgttctcgtactggcttgatgggaatagactaccctactgcagcatggctttacagagattgtggccatagggcgtatactgtcagctccgtagatgatctatacaatccttttacatcaatgtactttggcgcagcttacttgggatggttgtcacaatatgaaggaagagaaagaagtcacgagttcattgttcaggcataccttgggggaccagaaaacgttagccttcaggagactggcccattttggaacaaattcctggaggccttaagactataccaagatccaaagaaggaacaagcaagctgttgtattttgtaa</cdnaseq>

Protein Sequence

<aaseq>MAISFKYWDDCLDPEDMQLMWADPHVSKEWIDAGEGPGQKVHLS RDPDGEAYLTQTEMMAVAAITVHKHFKSQLDPYMIGALAEIASGRRLFVDNYDRKTKE IKAGIMQVTIEVAQWLGRELGYKYYDIEEDANLLYWPFVNVYFGAAYAKWLFSCDDKE RTEEFVVRAYKGGKKKAVHKSTSPIFQRYLYVKEALLSMRQPESFNDLTPNLLANSSS TEGQLIYWDSKVSEVDMDAMWSQPDVIKEWTKSGERRGNVRFSHDSKRRPYLSRVEVK AVAEITISRHLSSKGVTPEALAALAEVCSMRFVHGVRSRTGLMGIDYPTAAWLYRDCG HRAYTVSSVDDLYNPFTSMYFGAAYLGWLSQYEGRERSHEFIVQAYLGGPENVSLQET GPFWNKFLEALRLYQDPKKEQASCCIL</aaseq>

Gene Sequence

<dnaseqindica>6162..6189#5773..5898#5561..5674#5015..5124#4388..4441#3734..3903#3490..3548#2702..2824#2480..2596#2259..2389#2100..2150#1389..1565#gttgtataccaaacggcaatacgcgcctctctctctctctctctctctctctctctcccctccttcccttccctctctctctctcctcaattccccattccaccaacgcacgcaccaacccgccattccctcccaaaaccaaatcccccgtcgacgcgagaggaatccaatcctccgaatcgtctcccaatcccgcgcgccggtgagctcccgttccgatcccgcctcagttttttttttcattttttttgcgctttatttggtgatccagcgcgcgagcgagcgagcgagcgaggcgatgatttttggtgttttttttggatggggagcatggagttcatggatgggatcgacggcgttcgtcgtcgcgtctagtctcgtggtggttcggcgaatgcggttgcggctgctgtttgtttgttgcgggtggtctcgctggacgcggaggcgtgcgcatgacgctatggtgttttggtgtgtgggcatctggttccgtgacgcggcgatgctgctgctgctgggttggggtgaccattcaatttgtgtggctatcggattctgcgtttttttttttgggttgtgtatgcgttgcttcatcatgcaggcatgcggttgtttactgcctccaatcccatggtcgatttcatgattccggtacttgttagtgtcgtgggattgtgcatacatgtgattttgaggtgcgttgcggtggaaggcagtgatcatgatttataaggtgtcatgcgcctgtggagtggaagtagtttttgtcaattcggtcgtaatatgaatagttcggtgtaacatggttgagaaatttcagagggttgtgtatacagtgcctctggagttgattctgctgatttgtttctggggtgaattgccccggttatatgtgcttcatgcgtctctgatgattggtttggttgtgttgtggtttgatcatgaaccctgtttgcttcttttttgggtgatgagttcagcatgcagttctggggtgacttatcctgtaactgtgattgaagcaattatttctgtcacttttcagtgattactccatgttgttgctatgagctcaaattgaatgcatagttggttgtagaagcgcggatgcttttcgcatctattacgatgcaatcagaacatattcttattgtttgctcacttcttttctttttttgtttttgttttggcaacgttcccattcctaattatttgatggcttctaactgttcaaaattccatcaccctctatgtcaaccctgaacaaaatgcagattggcacattggatttccttttgctttaaggaagttatcctattgcatataattttcatatttgttgctcccagtgtagatcgacagatacaattgctaattagtacaaaatggctataagcttcaaatattgggatgactgcttggatccagaggatatgcaattaatgtgggctgatcctcatgtaagtaaagagtggattgatgctggggaagggccgggacagaaggttcacctgtcacgggatcctgatggtgaggcatatctcacacaaactgaaatgatggtgagtgatcagctgtagccagtgtatcttgacatctaaaacctgcattagtggcaatcaaaccaaagttcatgtcattatctaaaaagaaaaaaaaccaaagttcatgtaaatcattgtatttattttttcgcaagctgtatttctgtacgtatcgtgtctattttttgagcagtttatattatacttggttgttacttttgaacaataatttccttgtacctatgctgtagtggcgttaaatgcaggttatactagtgccagcaaattgattcaccgaagtttaaacaagacaaaaatcaatcagtgctgtgagttaagagtctaacataatagtttttacctatatttatccaagtgactaaattactgttgacaactttgttactgctgcgctgatctaaacaaattttcgaagctatggaaacaataacaaattaagggtcctttgctttattttctttttcaaaactgtacttgttatctacttatctgtacaattttggcttaaaactaaattcattgattcttcaggcggtggctgcaattactgttcataagcatttcaagtcacagctagacccggtattgcttcttttgctttatgacttatcaatatttggatttgtatatgtatcaaagacactgctgaagtacattaaacattattttttactttcatcactcatgcagtatatgataggtgcccttgcagaaattgcaagtggaaggagactctttgtcgataattatgaccgaaagactaaggagatcaaagctggcataatgcaggtgacaatagaagttgctcaatggcttggcaggtaccatgaaaccttgataacccagatttagtaactatcttttcttctatgttttcatactaaatatttgttttctttacctttaacaagggaattgggttacaagtattatgacattgaagaagatgctaatttgctctattggccttttgtgaatgtctactttggtgctgcttatgcaaaatggctattctcatgtgacgataagtatgtattttgattgtcagattatgcttgaccattgcaattaatttcctttgacatattttatcttctactgccaaacataattacttgccaaaaacacttcagagaaagaactgaagaattcgttgttagagcttacaagggaggcaaaaagaaggctgttcacaaatcaacttcccccatctttcaacgctatctttatgtgaaggaggccttgctgtctatgaggtttcacccttaataatttatttccatattcagcttctaactttcttattctgtgaaaagtgtgccttaagcactaaacaaattcgtttctcttagcacctgtgaacctccaaggtccaattttagaggtattgaggttatttggaagcctagcaaacctttaagttggagaaaattggtttgaacttctcaaaacaactggccattgaagatttgaggtaaaaaacctaaaattttacttatgacatgtcacataatttaaagaacagtagttttcatctcaagtttgaacccctgaacctgacccctgagctgtgctatgtggaccttctatgctggcaggttaaacacatgatggacagcaatatgtttagtgactttctttactgtaattcatgctcacctgacctgtcgaaataccaagttaattaaaacactgatatttcttaattcaaacatgagtgtttcttgatggttgcatcatttgctcggcctctcaaatatattcagaatttcaagctcttctgagttttccgttagggttagaaacatattcaatggatcgaaatccaaaagttatgtttgtagaggagctattattttattttactttagttccagttctgaacttgctgacaaactgcttcttgctattttgtctgcagacagccagaaagttttaatgatttaactcctaatctcctagccaattcctcgagcacaggttaaattttactgtgttacctttttatttatttaaataattttctgctattcaaggtttgtggtttgtcgagatgttagcaaatactaggttatgattttaggatgttgattcttgttttgattccagagaattgatatgcttctaacattcaagctgacatcttgttatcacatttgagtcagaaggacagttgatttattgggattccaaggtatcagaggtagatatggatgcgatgtggagtcagcccgatgtgattaaggagtggacaaaatctggtgagaggcgaggaaatgtgaggttttctcatgactccaagaggaggccttatctttctcgagttgaggtgaaggtaaaagatgattctttaaattttttgtagttactttgcatttgcagtatacgggccacctttttttaccatgctaaaatgttgacatacatatgtttttgtgtaaagctaccactataatcttattaatattcttgtgctgttaaaattgcatccttgatttgatcaagtgaactgctcgtgtggatggcatgtaataaaatcaactttgtagtttgtaggtgtggctgcagtgctatacatttcctatcatgccatacaaattacatggacaaatattgttcacagaagcattacttatacttggtgccatagctattccttctttttggaacaatcccagactcatgccttgtttgatacaataatcctatatctgctcaccagtaaaatgtcttgcaggtttcatgtatttgttattttattcaccaatacttaatttccatccatctcagacttacgtggttgtaaatttttttctcaggctgttgctgaaataaccatatcacgtcatttgagctcaaaaggagtaacaccagtaagtttttttgtttataaatcagtgaacatatagtatctgtataatgatactaattatgtattaaatttgttgttttatatcgctttctgtatcacctataacatggccctcccttattttaaatatgtgatgaggccaacatttaggcaaactgaagaaattcttttggctcttaacctatttgctttgttgcatggtattgcttttctaagtcatacatttagtactttagcatgattatccatcacatcagtgctgatactcatcttgttctttttttacataaaactcatcttattttggttgtcgattcatgtaacatcattgcattagttaatggatttgttgtatattttgtcaacaaagcattttctctattttgtggatattctaaaattatgcaaatgtccatagattgtgttagtatatatgtcctggtcaaaatggtgaataaagatggtgttggcctatttgggtgcatgttacaataacagtatttactcttattttagcattccaagaaagcttgagatatttagtaaattctctattctcattcatatctgccaggaagccctagctgctcttgctgaggtgtgcagtatgcgttttgtccatggtgttcgttctcgtactggcttgatgggaatagactaccctactgcagcatggctttacaggcaagcatgaaattaagtttacagttgtgttttaattatctataaagctttgctttttgtctaacagttttggtgagctatttgcttaatcctagtaggaccttaccagttccttttgcccttttactagttatgaatgcttacagagtaatgcactgttcaggatggctgaactattgtttggactataccttcatacatattcatatggtgatttaaactatgataatttattttggtctactacttgtctagtttatgttacttcagatgtcaggcaatcatattctagagaagattaatctggaaaacaaataggcataggagaagttagctgcttaggctatcagaagacacactgcagttactctcggtcggttataatattatagttttcatgaagttatcttcacttgcagttagctttttcctgcagagattgtggccatagggcgtatactgtcagctccgtagatgatctatacaatccttttacatcaatgtactttggcgcagcttacttgggatggttgtcacaatatgaaggaaggttagtgagattaaatgctaacatgttttcagcatagtgaataaatgtactagcgaaatgaaaaaaaaaactgacacattctatcttctctctttcagagaaagaagtcacgagttcattgttcaggcataccttgggggaccagaaaacgttagccttcaggagactggcccattttggaacaaattcctggaggccttaagactataccaagatccaaagaagtatgcttctccttgctgttaacttaaaatggtatttttgtttataaggtgggccttactgaccaatcaaaaaatgagagcataagtgtgtgagtagctctcatcaacatttttagtagcattgacatcaaatattcaaacttactcaaaaatgcaattttgacatgtttttaaagtttagctttaaaactactctaatttttgtaactatatgtcttatgaaatagctatactaaaataactgagtgattgtaccttttcagggaacaagcaagctgttgtattttgtaaaagttgtcctgatgtgcccttatgtctttgtttggtgaaggtatttatttgatcctaagtacaattttcatcctattttgctacctcaaatttacaagatgtgcatgtttctcattgtattatctcattcaattcaaatacgtctgagcatagcaaggactgcatagtatgaaaatgttattttactgatatggttgtcttacgagacccttcatcccacaatgtatggttttgtgtagtgtgtctagctagtccctccctagttggcataatatttattttaacagtttgtgcagactagtgcatgctgatttttattcttatagataagggataagttactacttgagcagtagcacatcagataggcaattctagccgacagattgacctattccatactctctgtgtccctaaatataagggattttggttggatgtgacgtatcctagtactacaaatctggatatgaagtatgttcagattcatagtactagaatacatcccatccacccaaaattccttatattttgggatggagggagtaccttggaatctttaatagtcacttggatgtgagttttgacattgatgcataaactctcctcattttatgtcagagaatgcagttggattgtattattgcaaaaatgcatttattgatatgagatgatatggcagtccatctagtattatatattttaaggtaatcacttgcagttaagcataagggtagatgtgattttgttttggatgccccaatttttttcttctttgctggtctgggtttgtctgccacagtttttctcttcttccaagtactatggcgcagtcacacagatttcctgtgggttctcaaaagaaaagcacctttaatttccagataattctgatcgcaagtagtaagctaagccttctttaatttgagtcaacttggaatagttgagctgggggcaccagttgcagtcattactcataagttctataccaacattcagtggtggtttctcgtttgtttgtatttatctaactcttgtttctgcacattaaatttgaaaagtatcatcagtactctatataaattaatatcaaaagaaaaatgctactccctccgtttcacaatgtaagactttctagcattgtccatattcatatatgtgttaatgaatttagagacacatatatatctagattccttaacatctatatggatatgggcaatgctagaaagtcttacattgtgaaacggcggaggtatatccatgattagtgaactattaatggcgtctgttctgcaaaatttcaggctcccactcaaaggattcaacgctaactagcaacgggcttgcttggattccatttgtacatatttggtcatttgataccctgctcgtgttccagttttcaactgtggttgatccccactgggtgctcacagagctatgccctcctcttcttctgtccatatattttgcttttctgtactaaatatattaacggcctttttttttctgcataccggtatgttataaaaatcacttttgatatatagatacccaaaaggaattgactcaaacaaaattaaaaaggaaaaaggttcaattacataagactactgttttaggaaaaatgtttcatggaggattgttagttcttcattacagactagagaatgtaaaattttcaggcatattgcttatggctcattatacatctc</dnaseqindica>

External Link(s)

NCBI Gene:Os02g0170900, RefSeq:Os02g0170900