Os02g0433600

From RiceWiki
Revision as of 02:27, 25 June 2012 by 127.0.0.1 (talk) (Created page with "{{JaponicaGene| GeneName = Os02g0433600| Description = Basic helix-loop-helix dimerisation region bHLH domain containing protein| Version = NM_001053265.1 GI:115445900 Gene...")
(diff) ← Older revision | Latest revision (diff) | Newer revision → (diff)
Jump to: navigation, search
Gene Name

Os02g0433600

Description

Basic helix-loop-helix dimerisation region bHLH domain containing protein

Version

NM_001053265.1 GI:115445900 GeneID:4329217

Length

7894 bp

Definition

Oryza sativa Japonica Group Os02g0433600, complete gene.

Source

Oryza sativa Japonica Group

 ORGANISM  Oryza sativa Japonica Group
           Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
           Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
           clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
Chromosome

Chromosome 2

Location

Chromosome 2:14538110..14546003

Sequence Coding Region

14538187..14538263,14538736..14538857,14544429..14544556,14544649..14545176,14545293..14545469

Expression

GEO Profiles:Os02g0433600

Genome Context

<gbrowseImage1> name=NC_008395:14538110..14546003 source=RiceChromosome02 preset=GeneLocation </gbrowseImage1>

Gene Structure

<gbrowseImage2> name=NC_008395:14538110..14546003 source=RiceChromosome02 preset=GeneLocation </gbrowseImage2>

Coding Sequence

<cdnaseq>atggatccgcgcagcagccaggcgcaagaggacggcttcttccacccacgcgacggcgcgtgccccgccgactccagcggaaagacagaatgtaaaacccagggttcaattgccacgcgcaaggttcaaaaggctgatcgtgagaaaatgcgaagagatagattgaatgagcagttccaggaacttggaagcacacttgatccagatcgacccaggaatgataaggcaactatccttagtgatgcaattcaaatgctgaaagatttgacgtcccaggtgaacaagcttaaagctgaatatacttcactctcagaagaagcacgtgagttgactcaggaaaagaatgagctcagagatgagaaagtttcactgaagtttgaggttgataatctgaatacccagtatcagcaacgaatgcgtgtgctgtacccttggactggaatggagccttctgttgtcattgggccacccctgccatatcctttttcagtcccagtcccagtcccagtccctataccttcaggtgctgttcctatgcacccacagctccaggcatacccttacttccgaaatcaaacttctggaaccgtctccaatccatgcacaccttacatggcatacactcaacccatccatcctcctactgatcaactatctaaccaattcagtgctccagttcagcattcaagtagtaatcgatctcactctatggcccaagactctagaagcaagtcctctgcactgcagcaagtaagttgtagagggaaacatgatgactttgatgacgttgcaactgatctggaactaaaaactcctggttcctcagcccctctacaatcagagattgccaacaaggattcctcttctgacttgaaaaaaaagcagcagttcatacaggaaactaaaggtagttctcttacagaaggcagtagtagttcaagcagatgctcgtccagtggtcctccagatgtctctaacagtattgaaggtggatcagttgctgatgatcaacgatcgacagtacagacatag</cdnaseq>

Protein Sequence

<aaseq>MDPRSSQAQEDGFFHPRDGACPADSSGKTECKTQGSIATRKVQK ADREKMRRDRLNEQFQELGSTLDPDRPRNDKATILSDAIQMLKDLTSQVNKLKAEYTS LSEEARELTQEKNELRDEKVSLKFEVDNLNTQYQQRMRVLYPWTGMEPSVVIGPPLPY PFSVPVPVPVPIPSGAVPMHPQLQAYPYFRNQTSGTVSNPCTPYMAYTQPIHPPTDQL SNQFSAPVQHSSSNRSHSMAQDSRSKSSALQQVSCRGKHDDFDDVATDLELKTPGSSA PLQSEIANKDSSSDLKKKQQFIQETKGSSLTEGSSSSSRCSSSGPPDVSNSIEGGSVA DDQRSTVQT</aaseq>

Gene Sequence

<dnaseqindica>78..154#627..748#6320..6447#6540..7067#7184..7360#gaaacccacctcgcgtgctctgtgcacggcggggacgctaaggggaggcgaggcgaccacgcgccctccgcgtcaccatggatccgcgcagcagccaggcgcaagaggacggcttcttccacccacgcgacggcgcgtgccccgccgactccaggtcctcccgctcccttgttttagctccgaattctcgcaattctttcgcagggttcgcggttaggagctagttcggtaggaattttagcctcctgtcgcccaaatctaggtagtttatgtggtatacgggaggtaggcagtatctgaatctcatgcgtgctggttcatgatgcaaatcgagcagccttccgttcccggtcgttccaattcagctgattgagttttacctttcgatattccttgcgtagggtttgtgggcaccgagacataagaagatatgcatgagtgagagtattgtccgtgtacaaattggtcttggaagtcagtcttagaattttactagtactaattaagacactgatcatcaactagcatatctatgtctatggtgacgctgttgtgcaaaatagttgcgactcatacatccaatatgtatgtgctaacagcaaatgttttccttattttactaacagcggaaagacagaatgtaaaacccagggttcaattgccacgcgcaaggttcaaaaggctgatcgtgagaaaatgcgaagagatagattgaatgagcagttccaggaacttggaagcacacttggtaaggcacaattgtttgtctcaaatagactactccctccatcccattgtaagtgtagttgtgggtttccgtgtccaacgtttgaccgtccgtcttatttgaaacaattatgaattttttttaaaaaataagtcaggcataaagtactattcatgttttatcatctaataacaatataaaaatacaaatcataaaaaaaatttaaataagacggacggctaattgttggagatagaaacccacaattgcacttaaaatgggaccgagggcataatgacttcttgatggatgtgtatcgatttatttgttctagttaattattctatgtgttatgactggaaaatcatattatgaataaaggaggagttttcttatagaataaattgtccaagagcttgttatctgaaagcacgtgccgtttgaaggatttatttattcatccttctacaaacagctgatatactacttgtttttttgcttttcacaataccaagataacattcctgaatgcaactgtcccctataccattcttgacctctaaaagaacacctcagttccttagcgttcggaatacgccaagttagtaataataagcaaaattaccaaatttagtgcttaacaaatggaattaccgcttaacttacccttcccctgagagaccaataccgcttgacttgataaaaacttctatttttatttattcttgaggttcacttgtttaacagattacacctagttagctttctgtttgggttgatgtaatattgttcctaaccagtcatgttcggtgtcacagtttttaatcttgtcttacataatcctggccacctctccctatggtttcttctcaatttcctactttctcatgactaatattttattgatttgactgtttccatcatgttttttcttttgaattttgtctgtttctaactggtgcacatgcccatttaaataatgactgcaaaatatgctgtaggtcctacactacttgggcatttcacttcgattcttgtacttgagaattatacatttaggtcataagctttgtgtcaatagagattcaagcagtataattagaagctaatgtcatggagcactttgaacatgttcaaggtaaagtttgaccatgcaattagtaactattcaatcagaatcatgtagaagtctcccaatggcatgcttaaactgtatgcaggagcaggaaacagtttgttcagaactaaattatattctttttggaaatcgtgaactttcttagatgcttgaacaaaaactcccacagtttagtaattccgtgatttggagtggctacgatgttaacttgctctgggagaccaataatactttcttgttgtagtcaaactctcacagccgatatttacaagcttttttggctagaactttttcacagcctaaatgtaaagcggaacatgaagcttaccacccacaaacagatgttcctagacaatttattaaacttggaactgttagtgctagcagagtgtgattgagactaaactatttgtgatgcgttactatggtctcaattgagttcatgttatgttcctcacttgccagacctaggggtggtaatgggccatgccctatgggtcctttcacaaccctacttggccgtcctatatttttaggtaaaaaatgtataaaaattcagcctgccccattttagacctagccctcaaattttgtaggctaaaagattaggtccattaccacccaggcctttgatggaaaagtttcaagaacttaaaaaatggtcatatatgctgtttaacgagtgcccgagtaagcataaatacataatcaattgtgtaaatgtaattgttttatatatcagcgtgatatactgatttgttatgcacacttgatcagcatgtcttcattatttgtttctttagcttgtttgtcttcaaaagatccatgcttggccctggactagggctagggtggttatgatataaatttttttggtttcttgctgacaaccaagaccttgtttggataaaaaactattttggttccaacgtactctactgcataaattatagcaactatcaagtattaactgtatcattgttttatattagtggagtaattttcaaattctacaactgttttgttaaaactatcaattgactgcatctttcactggacatttcaggaaactgtagaaatagtgcttggtctggttagcacatgagggtggtggcagagaggggttgcatgctatattatagcacgttgtgtgcgttctttaccactaccacaatgttaatagtcctggttcaaaaatctacttgcacttgtaaaggatcctctgcgtgcttgtaaattctaccatgtctgtaaaccaagccgttgcagctataagagcaagtttaatagtatagccaactgttggctccaattcatctatagccaatctaatagctcatccacacaatagttatctataaacatatactacaccattaatatatggtcccacctctcatacacacacaacgtattggaatccgtggtgtagctggctataaatctatagcccgcttttccttctctttcttctcttctctcctccacgtgtgcttatagctaacttgcagcctgctattgtactcgctctaaatcaaactactgcaattgtaaatgaataaccgtgactgtaaatcagggcagtttgttttttttttaattccagccctttaggagtccagaggggattcagccttttctcccttctcaacagtgatcttggcgaccagatgctatgccaatgcgctggtggagatccagccagagatcactaagcaagcagtggcgcccttgtcattcccgagcaacaccggttgacttcatcttcaggcatcatggctgctgtctttgtgggcccccagcggcagcatgttgtcgtccgctacacattatatctggactgccaccctcctctgtggtccaacctccccagctgctctcccttctaccaccctagcttctgtgccttcactaccaagcccctctttgccccctagcactgcacctctactgctgaccattcccgagcgctctgccttttgtacctacgccgccaggtgacacgtggtgttccatttcactggctactctgcctgtgccactgcctctgctgccgagcgccacccgacactgcacctcgactgctaggaacggtgtggtgctccacctctgccatccccagcggcccttcgcttcaaggttctggctggtttgcatgggcatgggggaataaatgtgtttgctgtgaccgattgttcatttacaggttccccaccagaaacatcaagcaacacagtgaccctacaagatgtttagtgctttgtacattacagatcaagcttctgattgtaaaaagtgacagaatttatggttgatggatgtgttcagggtgcgttttaaggttgtgaggtatgcatttacattggaagaatgtgttcgtcatgtgtttgttggtttgtgggttttctacacttgcaaggtgagcatttattgtcttggagacatgtactttcacatgacctgttctcgtcggatttacactccgggggacgcgtttacagtcgtgggttgcgggatccctagaaatgggagatctagcaggtggggtgctattaccccccctggtcattagttagtgggactgattagaactgtgaaatttcatgccaccctgttgttatcaattctgtaaacatttaaacaagccataacaattactccctccgtttcataatgtaagactttatagcattgtccacattcatatatatgctaatgaatctagacacacatgtgtgtctagattcattagcatctatatgaatgtgggcaatgctagaaagtcttacattatgaaacggaggaagtattgttcttctcaaactgtctgttagaaaattttccacaagaccacttggaactaatatttcagatatttaatggccttttcattgcctattattttcatgtgtgtatattacatttctgagcatggaacttatatatagatctctgtacagtactttcctgagcagtattgtggctacaccttagtccttgccattgtatgcgttgtagaaatgctttctaactaggtaggctcttaatataatgctcagcagcaatttctgatttccatcatgtaaagtcttaactgaatctcgttatgttgatgaaccttttttctgttctcttcatgacaggtttggtttaatgcttttaattagtctgttatttactttttttagtcagcaattagtacaaatggcaggccatcctaagctggcatcgccattaacttcacttatttactatttgaggtaaagttgttcttttggtgcctttgactgaatgccaacttgagcctttcctgagctgggatagttgtgcccaaatggatatagtttggtatagtttttcatgtacaagaaaatggccacatagtatttcaaaataaataaattactgtttctgactttttaatcacaagttcactagttggctgagttttgtctgcctttgtttaagacaaggtcctagaagcaggtgcagtgagcatgctgcagcagcaccgatgtctggagtctgaggtctgatgctaacttctgtggacatatttagggagcaaaagcgaggcacacaaaagtccagcgaggagtaggcttcgtcaaaagtgcatccagttagtattagggaaggaaggtggcatgcaggaaacccaaagccatctagtggaggtggtctgctagcagaataggaaagatgagatgtatccatgttatggcagttagaattgaattcgtgggaggtgccatgtggatatagtttggtagtatggtaaaaggatgtctgctcctctatgttagttcactcaacagaagaatgattgatatttatatcctccttgtgctatcttgcaacttatcatctaattatctgtttctatttattaatgtgtctatctgccttatgtgcaacccttatgtcctttatgctgtccattcatcatctgtgcagtacttaatatttaaccatacatccagtagccttgttttcttttgctctgtttgatagtgcggtggctttcaaaactcttatttattcatttatttgtttatttatttttggattggatagtcagaatcatttgaattagagctgtaacagaataatcttacttgcattagtcaagatccctctaactagattcccacagcacaacacagcacagcaaccacaaactggccagtttacagtcagctgctttactggttgcacctacaatggacaaaggttggtcagtggaaactagcgtgtaaacaaatttgaaatctgcaaagattcttgattcaattaacatattgctagtttctgcataactaagattaattgcacttaaaattgtttgttctctttactagctgcatctatgcgatatcataatcattagacttagttctatagtgttctcattaactgataccatattgccattaatgtgttcaaatatacagatccagatcgacccaggaatgataaggcaactatccttagtgatgcaattcaaatgctgaaagatttgacgtcccaggtgaacaagcttaaagctgaatatacttcactctcagaagaagcacgtgaggtaaacttgtaatatgtgtataaacaagcaggtcagccacagctcacagaaatattcaaatatctaaataacgcttgtcatggtgcttgtagttgactcaggaaaagaatgagctcagagatgagaaagtttcactgaagtttgaggttgataatctgaatacccagtatcagcaacgaatgcgtgtgctgtacccttggactggaatggagccttctgttgtcattgggccacccctgccatatcctttttcagtcccagtcccagtcccagtccctataccttcaggtgctgttcctatgcacccacagctccaggcatacccttacttccgaaatcaaacttctggaaccgtctccaatccatgcacaccttacatggcatacactcaacccatccatcctcctactgatcaactatctaaccaattcagtgctccagttcagcattcaagtagtaatcgatctcactctatggcccaagactctagaagcaagtcctctgcactgcagcaagtaagttgtagagggaaacatgatgactttgatgacgttgcaactgatctggaactaaaaactcctggttcctcagcccctctacaatcagagattgccaacaaggtaagggtcatccaatattcagtttcactgtaaatgatcagcatgttttatccttgttcaaagtagatcaaagggagatgagtacttttttttttgggtgtttgtcattatcacaggattcctcttctgacttgaaaaaaaagcagcagttcatacaggaaactaaaggtagttctcttacagaaggcagtagtagttcaagcagatgctcgtccagtggtcctccagatgtctctaacagtattgaaggtggatcagttgctgatgatcaacgatcgacagtacagacatagactaatatatgacgtatagctatcttttccgacattcctaggcctgcatgtgtggtgtaatctgctggcacatcaacctttgctgcttagctgtgcccacttgatatcggaattgacaaattaggaggcctataggcaaagtagaactggttagtcgaagccaaagccatattccatggctatgattatgaatggtcggtagttacccacactcttctatggcagtttgaaatgctttcggcgactaggtatgcttgcgactaacttctgcggtttgtcatctaagatatgcgtcaagtgccaaccagatctgttgagatagttctatcctggagtagcattttctacgaatatatggtaaattaactagtgattaaccatagaatttatcatggttcaatagttacctggtagatcagctacaagttgtacatcatacactatattaccattaattggaatatgttcttaagtatattatttgacatgattgtcagtatccacattttactatatataggcggcatgttattg</dnaseqindica>

External Link(s)

NCBI Gene:Os02g0433600, RefSeq:Os02g0433600