Os02g0494400

From RiceWiki
Revision as of 02:30, 25 June 2012 by 127.0.0.1 (talk) (Created page with "{{JaponicaGene| GeneName = Os02g0494400| Description = Tetratricopeptide-like helical domain containing protein| Version = NM_001186040.1 GI:297721212 GeneID:9271584| Leng...")
(diff) ← Older revision | Latest revision (diff) | Newer revision → (diff)
Jump to: navigation, search
Gene Name

Os02g0494400

Description

Tetratricopeptide-like helical domain containing protein

Version

NM_001186040.1 GI:297721212 GeneID:9271584

Length

7492 bp

Definition

Oryza sativa Japonica Group Os02g0494400, complete gene.

Source

Oryza sativa Japonica Group

 ORGANISM  Oryza sativa Japonica Group
           Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
           Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
           clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
Chromosome

Chromosome 2

Location

Chromosome 2:18106933..18114424

Sequence Coding Region

18106933..18106981,18107737..18107816,18107900..18108070,18108991..18109092,18110732..18110842
,18111220..18111306,18112358..18112497,18113267..18113398,18114043..18114228
,18114367..18114424

Expression

GEO Profiles:Os02g0494400

Genome Context

<gbrowseImage1> name=NC_008395:18106933..18114424 source=RiceChromosome02 preset=GeneLocation </gbrowseImage1>

Gene Structure

<gbrowseImage2> name=NC_008395:18106933..18114424 source=RiceChromosome02 preset=GeneLocation </gbrowseImage2>

Coding Sequence

<cdnaseq>atggtggagaagttgctcttcgacgcggctcacaacggggacctctacatcgtcagggggatggcgacgttgctggatgatgggaggggtcgaatcggggaggcggtgcaggcggccagggtgagaggtgcgccgatgggcgggatgggggcgctgcacctcgccgccggcaaagggaggctggaggtgtgccgctacctcgtcgaggagctgcggctggacgtggatgacgctgaccaggaaggtagaactgctctgattattgcaacactttgtaaacatttaagcactgtcaagtatcttcttgatcatggtgccgacgtaaacaaagccagccatgatgggcgcacccctctacattacgccactcatttaggagattgtggaacagtacagctattgcttgcaaaaggagcttgtgtggacacagtcgcaaaccgtggcacaccacttcatgttgctgctagtaaagggaaagatggtgctatgaagattttattggaccacaatgcagattttaacaagatggtagatggtcatctgacacctctagctactgctataactgctggtgaattgaaatgtgtaaacctcctgattgaggctggtgctgttgtcagtggagactgcatctcaactgctgcaaagggtggctcaaatgagtgcaattactcaatggaagagactggtgccaaccgtaacatttctgataatggtgagcctgtcagtaaaaggaaagcaacagagttaaagtcattggggaataaggcggtcgagaaaaaggattatctttctgcaacaggattctacagtaaggcactggacctttaccctgatgatgcaaccttgttctcaaatagaagcctttgctggcatcacatgggtaatggaggcaaggctttgttggatgcttatgaatgcaggaaattgcggcctgactggccaaaggcctactaccgacagggtgctgctctgatgctactgaaggactacgagagtgcttgcgaaacactttacgatggattgaagttggatccagggaactctgagatggaggatgcattacgggaagctctggcgtccttgaaggcatctgcaagcacagaggctaggtga</cdnaseq>

Protein Sequence

<aaseq>MVEKLLFDAAHNGDLYIVRGMATLLDDGRGRIGEAVQAARVRGA PMGGMGALHLAAGKGRLEVCRYLVEELRLDVDDADQEGRTALIIATLCKHLSTVKYLL DHGADVNKASHDGRTPLHYATHLGDCGTVQLLLAKGACVDTVANRGTPLHVAASKGKD GAMKILLDHNADFNKMVDGHLTPLATAITAGELKCVNLLIEAGAVVSGDCISTAAKGG SNECNYSMEETGANRNISDNGEPVSKRKATELKSLGNKAVEKKDYLSATGFYSKALDL YPDDATLFSNRSLCWHHMGNGGKALLDAYECRKLRPDWPKAYYRQGAALMLLKDYESA CETLYDGLKLDPGNSEMEDALREALASLKASASTEAR</aaseq>

Gene Sequence

<dnaseqindica>7444..7492#6609..6688#6355..6525#5333..5434#3583..3693#3119..3205#1928..2067#1027..1158#197..382#1..58#atggtggagaagttgctcttcgacgcggctcacaacggggacctctacatcgtcaggggtaattcactaacgcggcttctgctcatccttccttggtttcggtcgcgaaggcgggcgtttcaattttgggtgcttgggtgggtgtgctgatttttttttttttggtggggggtggggggattccgagccgttgcagggatggcgacgttgctggatgatgggaggggtcgaatcggggaggcggtgcaggcggccagggtgagaggtgcgccgatgggcgggatgggggcgctgcacctcgccgccggcaaagggaggctggaggtgtgccgctacctcgtcgaggagctgcggctggacgtggatgacgctgaccaggaaggtccatctctcattctctcgcccgatacaaaacccctcctttttgcaccgttatgaatgatcacgtgcacgtactcttaagttcttattaatccttttcagcgttataaaaaaaaacaccatttttaaacaatctacaatgtgccttttttttctaaaaaaacattggtgcggggcactagcttgttgagtagcttgttttgttgatcaatgtgtctcaatgataacttcatggtaggttgtactcaaattgtcttgtgtttgataagattatgcatggcactgtgaagcaatgtttaataggcatcaattttcacctaacttgcaaaatgaatgggttcatttccatattctgttatgttcccatggttataatactcaatatgttccataataactaggctgcccaatgttatctcgtgcactcagtcagacatttctacttcctatgatacctaaaattttatttttctcatactttattatcttgaggagcaacttttagatgccatgctctcagaaaatggtgttaccattataactttttatggcgatatatttcaaagaaaataaaaactgatattgtttcttttaatgtaatacagagttactttgcttcaataagcttttctgtgtgcttgacaggtagaactgctctgattattgcaacactttgtaaacatttaagcactgtcaagtatcttcttgatcatggtgccgacgtaaacaaagccagccatgatgggcgcacccctctacattacgccactcatttaggtgcccctctataaacacttttctttgattttcatctgctggttttgcttttaaaacttgtctttttatatacttatagtagattatgttgttgtttgttgtcgtagggatctgtttgcatttgttcacatttatttcctcagacctcagttcataacatagtgaattttattcaaatctgataagtcatgttgtaattatcattggaactgcctaaaacgtgccagtatgtattaaatgtatcctctaaaagttcttttggacacaaatttcattgtttgccctatggataagaactgtaagcatgcatttgctatctaacttcctttctgtatttttatggctttctaatagccagggtttacaaaaccgtgcggttatcgggcagttatcacggttatcatgtgcggtaaccttctcaatttttgaaaccacggtataccttgcggcaaccgcacggttatcgcgataaccgccaaaccatggggtggcgataaccccacccaaaacagtttggtaaaccctgctaatagcccttgaaatgtgtgccttcacatcaccttgagtattttgtgttttcgaatttctccaaccaactgtagatcttcgtcttatggaatattttctacttacctggaacttgtgtggagtgtgggaatatgttaaatagatgttatagccttccacgccccccccccccccccccccccgcccaaaaaaaaagggaaaaaaaactttgtaacaagtggcttttcttgtttgttttcaggagattgtggaacagtacagctattgcttgcaaaaggagcttgtgtggacacagtcgcaaaccgtggcacaccacttcatgttgctgctagtaaagggaaagatggtgctatgaagattttattggaccacaatgcagatgtaagttttacagcatgccatttgcgccttaacttgtcctttggacaagtgaacacatgtgttcaattggttgctttctgcgccaacttgttttatcagctccttgttggcatgttgttggcatgcatgttccattttattgattgtagttgggttacttgatacttatggattgctgtgcaccatcctcacataaccatctcactcatcctacgctgtgctgcctttcactgttgagtcttgttggatcgtcttgctacaacatggtattggcatttcataactcatgcctgttggcaacagataggtgtgagagaagtatagtatataggttccaagcatgaagattacgatggaggatatcatgcatgagttgccaagtcaagagttgttctatgaaagattttcaattttctatgttttgcttgtttaattgtgttcttaagtcaggtaaggaaagcagacagactcgccagtccctctatgtattaatagaatggaccatatctctgtaacaaatattgataattcattcacctgatcgttttctccacaaaagcaagctacatctagatttgtgctgtcatttttagcgcataagaaaaaaattttgttgttaggatggaaatgccattatactagttttctaatggagttccagaatacctctgtacgtgtgttgtcacttcaggagttcagattccagaagttctgatttttgtgtcatcagtaagttcttgggcaattaacaacttatttgccatgatagttgactacttgggcaatcatattttgctccttttaacctccaccttgaattgaataaaatatacttgttaagatttgaacaaaacaatgcctaccctcaatatattctgtaactgtatgttgcaatgagcttatttccttttgtaatgcaatagaagctattcactttcactgcatgtttgatgcagcattacagtcctatacgttttatctttccgtttattgcttgtcttctttccctcaagtatcattatttgaacatatgcctaatgtctgtcaccagtttaacaagatggtagatggtcatctgacacctctagctactgctataactgctggtgaattgaaatgtgtaaacctcctgattgaggtactgtacctttatttgatttttcaatccttacaatatatttgggctgtttgctttgttatgagttttgacattttctccacactccatttagtaagttcagcatttttcttctgtatatggcttgttaaaagtacaccgactacacatttttttgtagcccgtgatctacttatggtataaaaattttagaaagcccaacttatgatcaagttgactgccacatgtaggataaaaagaacaggagctcaatagtcagttcacaacacagagctagtgacataaagttgttaatccgtttatgaaacttataaaaattatgaaatgttgccaagtcatcttcgggacagatggtaacacttatttttgtatgataggctggtgctgttgtcagtggagactgcatctcaactgctgcaaagggtggctcaaatgagtgcaattactcaatggaagagactggtgccaaccgtaacatttctgataatgtaagatttacctcatcgcactacaaggatgcactttaatcattgcagttttttttaacatagattagaattctgttggtaacttaacactgtactttttcaaggttacggatatgtttgtggctaataactgcatgctacttcttttcttcctattcaaagtttctcagttgctccattactatgattaatgctctaaatgcctaagctggtacatatttgggaatggtcttcgcatattatatatagtttatatgcttgcaaactattattttcaagaatgttgtatagttatgactttgtcattttggttgacacaaattatccagcttggtataggaaacatatgagagacaatttctattttgagaggcagagagatggagaaccatcaaaaataagaaatattttcttatatactccatatttgttaagcttcatcatgattttttgtatattacaatgatttaaaaataaagaaaatcagctcatgattaccgtctttctcagtgcatgaagtcatctgtgcatgatctactgagaagttaacaagatgcaattttgatgacaagttttttgtccttttattctactccctttgtcctcaaatgttttgaaagtttgggacggtgacatgctcaaaatatgtaaatggaacactagagaacaatgtcactgagtttgtcttgcaaaataatatcttttatcgattgtgctagactgctagtgtaatataagaaaattaactgtactcaacacctttcattttagaccatggaaagtgaaaacttttatttaatattctagagggtatgtttggttaaagatggtttgattgcacacattctacagtgatacttgctttgacaggagggggcatatgggctgaaatttgttaaaataatttaaaacaattgtataaaaaattttcatatctaatgatcctatcttcctaacacttgaaatgtgaatgtgtgaataagtatcatgttgcattaatggttaaccattgctgctccaaacaagtgccatatagcgtttttttatatatctacatgttgtgcttgttaattactttgggaacaacccattctgactgaaagataagcttgcattagttaatttgaatacatcattaaggagtaccacatcggttcattttcccaattctgcacaagagttggttaccaatgattgagaactgtcttaagattagaagttaagggatgcgttgaagacttgaagtgctctagatgtgtaggagataaaatgtaggaggaaactgtgtcattagttaatgatgaaggctcatctttcttcccattacaagtgtcagagtatggctggtgaggtctgcgtaggatgtgttataccgataccagtagttcctgtaggattatcatcacaagtgaaaacttaggcagcaagttgtcattcttacaggactgggcatggaaattaggagattttctcattgaaacataggcatgtggaaatgtggaatcatgtaaatgatggctgaagatgttacataattaaatccaattttcctgaatttccaatgcatgaatttagatggttgcttattgttatgacttttcctgcatagcacttatatgttgatatattgatggtttagggtgagcctgtcagtaaaaggaaagcaacagagttaaagtcattggggaataaggcggtcgagaaaaaggattatctttctgcaacaggattctacagtaaggtacttcagaacaccaagtttcctcattttgttcaactctattttgaacttgtactttcatacattgtacagagattatgacctggctttgcttattctcagcatgcaaacaagttaatctaaagtattcttttagaaaaaaaaaatctcagtgtacaaaatttactgccgctgggtaaaaaaataaaaaaaatctaactcaatgtacataggagctattttttgtgttcccggaacagccaaaccaatgatttggcaatgttgctacaaggggtattaccaaaaacttggggctttggaccatacctatagagtgccaatgtcctagatatattatttcctcattcagttatgtggtgcatttcctcgcgtagaaaccattgatattttatactattttcacataggctctgttgaggtatacctgtttatcataacggaaagagagaatatgtgcgtgatgagagtagcgcaattgttctaggagactcactttctcagtgctcttgctgtcactcctatgccatgaaacaaactacagtagagcttttgtggagttgcttggcttgtgagttgtgactgaaacatagagaaactacattgaacttctagagaaagctttaaatccccatattttcacggactaagaactagtgaacatgattttttttaatccaaaactggtatgatttaaaattccatatatatattataaatgttacattaccttacttttattttcaagaatctctcatattttctagttttgttgtctagtttgctcaaccagtttctgtatactagtgtgatagtagtgtggcaatgtgcaagtttcttgtttctaggtgtttgcagattcgttaactgttcttatgttctcagtaaatctgctaactcatgcttttccttattcaatgtaggcactggacctttaccctgatgatgcaaccttgttctcaaatagaagcctttgctggcatcacatgggtaatggaggcaaggctttgttggatgcttatgaatgcaggaaattgcggcctgactggccaaaggcctactaccgacagggtgctgctctgatgctactgaaggttaatagatgatgcaattatctatgttttggttttgtgctgaaaattattatttgcttatttacttggcattgtatcatcaggactacgagagtgcttgcgaaacactttacgatggattgaagttggatccagggaactctgagatggaggatgcattacggtatcctttctgtctatttcggccacaccacggctctgtttgaaacagattatttggtgtttgaaacagattatttggtggattaatgctgttgattatctacttcattattggattaattgtaaatattttgagaaataaactttaacaaaaactagtttggaactaatggtcgaagcaatgcggtattgcggtagaaaaaagttcttttttttcgtagaaaatgaatctttagaggtgtggagcaagtatccatggcaatagttcggtgaagtagctgaaaagaacagggcctatggcttctttcctatgttgtagttaggtttagcataaacttatgccttgaaaacttgtggggtatgaatattatttaaattccgttctgtttttgggagtttgtcaggacttttgctttagcggtgatgccatccatatcttactgtaccaaaacttgctctttgatcagcactgtccactaggcacaatagttacaagggagtatggaatcttcccgccaatgaatttcctaacgtaaattgtaaactaaagaggaggtgtgcattgcatttctcatcaaggtattggcatagtgcattcacccgtgctagaggaattacgagttatgaagctatcgaacttgttttctcatagttcgtttttaaataatggaacaaaagttctgcctgctgcatctatcgatggacaaaaccatcgtaaattatcgcatcttctctcatagttcttgaaacatgcagggaagctctggcgtccttgaaggcatctgcaagcacagaggctaggtga</dnaseqindica>

External Link(s)

NCBI Gene:Os02g0494400, RefSeq:Os02g0494400