Os01g0636700

From RiceWiki
Revision as of 04:50, 25 June 2012 by 127.0.0.1 (talk) (Created page with "{{JaponicaGene| GeneName = Os01g0636700| Description = RNA-binding region RNP-1 (RNA recognition motif) domain containing protein| Version = NM_001050202.1 GI:115438774 Gen...")
(diff) ← Older revision | Latest revision (diff) | Newer revision → (diff)
Jump to: navigation, search
Gene Name

Os01g0636700

Description

RNA-binding region RNP-1 (RNA recognition motif) domain containing protein

Version

NM_001050202.1 GI:115438774 GeneID:4326574

Length

7843 bp

Definition

Oryza sativa Japonica Group Os01g0636700, complete gene.

Source

Oryza sativa Japonica Group

 ORGANISM  Oryza sativa Japonica Group
           Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
           Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
           clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
Chromosome

Chromosome 1

Location

Chromosome 1:27280033..27287875

Sequence Coding Region

27283692..27283697,27283771..27283884,27283970..27284116,27284204..27284440,27284900..27284948
,27285032..27285165,27285262..27285462,27285670..27285839,27285911..27286013
,27286336..27286499,27287153..27287193,27287282..27287325

Expression

GEO Profiles:Os01g0636700

Genome Context

<gbrowseImage1> name=NC_008394:27280033..27287875 source=RiceChromosome01 preset=GeneLocation </gbrowseImage1>

Gene Structure

<gbrowseImage2> name=NC_008394:27280033..27287875 source=RiceChromosome01 preset=GeneLocation </gbrowseImage2>

Coding Sequence

<cdnaseq>atggtacagattaaggaacttggcgagggcagcagccatgctgggcaagttgttataagagggctgcctagcgaattgtcatatgctgacctagcagactatttcattaaatatggaaagatagttgatttgattattatcagggccaagggcacagcccaggcaggggattctgctaaaattacttatgccgatgctgccatttctgataaaataatcaagtgcaggcatattatcaaaggaaaacatgttgtagttgatagaacattaatggaagacaccattcagtataaggacaagaagacaaaccggaggataactctggatggccttccctggacagtgtccaatgatgatattgtgcacttcttctctccatatggaacagtagttgaccatcagatcactcagaaggatgaaaataaactttctgaaggatcagggtttgtgctcttcagttctgagctagctgtaattaaaattctctcaaatggcaacactgttaatcttggtggtgaaaaggtgtctattaatagatcaggtgcttttgttatcgcagcaactggacaccatataaaacacccctttctccttcctagtgagatattttctagtctcttccctcatcaaaaggatgggcttgaatggctctggaggctccactgtgaaaaatccggtgggggaattcttgcggatgatatgggcctaggcaaaacccgccaggcttcagcctttctagctggccttttttattccgatttgacacaaagggtattgattgttgccccgggcacaatcttgcatcagtggattgctgaattaacaaaagttggttttaatgaagatcttatacatagcttctggtgtgccaagacaaggcatgattctctagcgcaggtgctaaaggaaggtggtgttctgcttattacgtatgatctggtgaggttgtataatgaagaactaaacggcatgagcagtaaaagctcaaagatgagaagagcttgtccttcatgggactatgtgattcttgatgagggtcacgtgctgaagaacccaaatacgaaaaatgctgctgcgctgaaaagcttatctcgtgggcaaacagttgtcctcacaggaacaccggttcaaaataacctttcggaatttcattcactaatgagtctttgctgtcctactgtcttgggctctcttgctgcttttgaaagagacttctgtaaaccaattgacatgggaaatgtgcttgaggcaacaactgaagtagtaatgatatcttctaaaaaggccatggagttccgcaaaatggtgcgaccttattttcttaggcgcaccaaggaaagtattgaaagccttttacctaataaagctgatcttgtcatctggctgaagctaacgccatatcagatataa</cdnaseq>

Protein Sequence

<aaseq>MVQIKELGEGSSHAGQVVIRGLPSELSYADLADYFIKYGKIVDL IIIRAKGTAQAGDSAKITYADAAISDKIIKCRHIIKGKHVVVDRTLMEDTIQYKDKKT NRRITLDGLPWTVSNDDIVHFFSPYGTVVDHQITQKDENKLSEGSGFVLFSSELAVIK ILSNGNTVNLGGEKVSINRSGAFVIAATGHHIKHPFLLPSEIFSSLFPHQKDGLEWLW RLHCEKSGGGILADDMGLGKTRQASAFLAGLFYSDLTQRVLIVAPGTILHQWIAELTK VGFNEDLIHSFWCAKTRHDSLAQVLKEGGVLLITYDLVRLYNEELNGMSSKSSKMRRA CPSWDYVILDEGHVLKNPNTKNAAALKSLSRGQTVVLTGTPVQNNLSEFHSLMSLCCP TVLGSLAAFERDFCKPIDMGNVLEATTEVVMISSKKAMEFRKMVRPYFLRRTKESIES LLPNKADLVIWLKLTPYQI</aaseq>

Gene Sequence

<dnaseqindica>4179..4184#3992..4105#3760..3906#3436..3672#2928..2976#2711..2844#2414..2614#2037..2206#1863..1965#1377..1540#683..723#551..594#ccgttgtaaatccgctccaattgactctaccaacccacccgtgctctctcctgccgtgctcgtcgacagcaatcagaactcggaagccgaccgggaagtcgccgcgccgccatcgtgctcgccgccggtcgccgtctcggaggaggtaaagatcccgccgccgccctccctcccctccgcgtggtcggcgccgtgctccactaccccggccggcgcaggtcacctcaccacccccccgccccccacccccccccctcctccaaaacccccaacactatccctctccccgccgtgctccacacttccggccgcgttgcttcccacatccaccgccctccccgtgctcaacccctcccgatacgcggaatcgtcgccgccatcaccgccaatccgccggcaaactgtggctatctctctctagagcctctccccctaaccctaatttttacacacacactctctctctcttgcaatttgactatttcccctttttttttttgatttttggtgtttccggcctccaggaaaaaagaaaggaaaaactgcagcgatggtacagattaaggaacttggcgagggcagcagccatgctgggtaagacactatccccaccccttcccaccatttcaccagttatttattgatcttaattaacatcagtgtggtctggttggtgctgcaggcaagttgttataagagggctgcctagcgaattgtcatatggtaatttgctcctttataccctagttaatgaaaccacatcatattctgttaagtagggtggtttaaatttccatattattgcaggtattttttggggatattattccgttattttttctgctccaaataaaagtttctaacagctcaaagcaagtcctggaagatagatattcatagattccgttaagtactgtacttgacaataaatatctgactggaatgacacactaggttgctgaggcaaattcttcaatctgtgtgctcagtttctgggtttttgtttctatattctatgcaagtagcaaatggtgcgcacctatttcatgagcccattcgtctgccctggttggtatttatgtttccttataaatatatacagttcaattgactcaaaggcataactccatcatgcgatttaagagatgtttgtactttatgagttgaaactggtaagaacaacagtgaataattcctataatggaggatgatggattataacatctattgcaccggttcaatgattacgattttctcattaactaatctgaattccatagttataatatttacagtcagctacctggtaaacagattttccatggcatactaactttttgtaatactaatttggtttctgtcattttttatgacagctgacctagcagactatttcattaaatatggaaagatagttgatttgattattatcagggccaagggcacagcccaggcaggggattctgctaaaattacttatgccgatgctgccatttctgataaaataatcaagtgcaggcatattatcaaaggaaaacatgtaagtcattctcccaatttccatattcctacctaaacaacatggctcatcattcaatgtctgttatgtgctcatttgaaattttttgtattctaatattcccaatctaaataacttggttaaaaatattctaagttatttttcaaaaggaggattttaatcctcgacatatccaaatgcacttccttactcatcctaattcccagctacctgcaagtaaaaaccatatggatttttgttcctctagaattatcacatatttttcagttccataatgtcccaactgaaaggtacttattggtttgtctattgatatttccaggttgtagttgatagaacattaatggaagacaccattcagtataaggacaagaagacaaaccggaggataactctggatggccttccctggacagtgtccaatggtattattaatacagaagatagtcatctgcttccttatagtgttaacctgatggttattttgatttctcagatgatattgtgcacttcttctctccatatggaacagtagttgaccatcagatcactcagaaggatgaaaataaactttctgaaggatcagggtttgtgctcttcagttctgagctagctgtaattaaaattctctcaaatggcaacactgttaatcttggtggtgaaaaggtgagtcataagcagttaattacaaagatcatcaatttttgtcctatctgcgatattctatagtgcaaaatgtgttgactcttcggcagaaattgacaactcacaatagtgttattgctatacaacatgaatatgtgatgctatacaaataattgacagaggatttataagtttgttttaatagaatttcggtcatttgtgttgcaggtgtctattaatagatcaggtgcttttgttatcgcagcaactggacaccatataaaacacccctttctccttcctagtgagatattttctagtctcttccctcatcaaaaggatgggcttgaatggctctggaggctccactgtgaaaaatccggtgggggaattcttgcggatgatatgggcctaggcaaaacccgccaggtttagttgaaatttcctttatccttcccttgaattcttgtatgatgtgttcttttcatataggcttctaatctagtttttttttttgctattcaggcttcagcctttctagctggccttttttattccgatttgacacaaagggtattgattgttgccccgggcacaatcttgcatcagtggattgctgaattaacaaaagttggttttaatgaagatcttatacataggtatgcatttgtcttatttctctcttgccttttagttgaaggagataagctcagcttaatattccttttttactcggttgtagcttctggtgtgccaagacaaggcatgattctctagcgcaggtgctaaaggtttgttattcaatctaaatttattgagaaactaagtagaatttgtgggaagtagctaagggtacaaaaacatgtgagttggatgcaatctagtgcaacaccttgcaaaatactcggaactggtacaagaacttgtttaatgaatgcaaaagagagcctggttacccatgttggcaagttttgcatccatcaaacaagatagcacactagtttgagcttcttttttttttgcaagatattgcactagactgaacgcacctagatggatgcaccgccaacacacaaatttgctttaataaaaagttgcatggagttaacatggaatgaatcacagcatagggtaaatgaattaaatttgtccatacataagattggaactatcttaaatttcaacccaataccttgcttttaagtttggaatattctcaatgagaatatgctattgtgaaaataatgcaggaaggtggtgttctgcttattacgtatgatctggtgaggttgtataatgaagaactaaacggcatgagcagtaaaagctcaaagatgagaagagcttgtccttcatgggactatgtgattcttgatgagggtcacgtgctgaagaacccaaatacgaaaaatgctgctgcgctgaaaagcttatctcgtgggcaaacagttgtcctcacaggaacaccggttcaaaataacctttcggtatatctttttgcatttcatatctatactagaatgtaatttttcattgagcttgtctttatgcattaaggaaaatgtcacatgcaggaatttcattcactaatgagtctttgctgtcctactgtcttgggctctcttgctgcttttgaaagagacttctgtaaaccaattgacatgggaaatgtgcttgaggcaacaactgaagtagtaatgatatcttctaaaaaggccatggtattttcctatttcatcgtttgcttttgtttccgaaaacatcttgtattatttgttctattcagttattatttgttgcttgcaggagttccgcaaaatggtgcgaccttattttcttaggcgcaccaaggaaagtattgaaagccttttacctaataaagctgatcttgtcatctggctgaagctaacgccatatcaggtagaaattacgttgatgaaaaagctacattcagttattagcattatttattcctcttttcttgtgtacgcagatataattatatgaaacatttatgaagagcaatttgattgataagacagtgaagggatcaacatttgttgcaacaatggtacttctgaaatttctctttaatcgtccttttttaagttatgtatggtgctctctcatgatcttatggtccttgatggtctgtagcactagtcgagtaatttccttagagatggattgtatcttttttcataatattgagatatttcatgtttacatttaaacagctgctccaaaagatatgcaaccatcctcagaacttgacagctgtagattcctgtgaggaacaattagcgttgaaagaaaacaggacgttacagggcattgtcaaaaaacttgaagctttgattgcaaagaataccacaaagacatcaaattgtctcaagtcatgcaagcttacatttatactgcaattgttggtctgcactcaatgcttttctttagagcaatgtatgcttatccattgataatcttgcatgcataatacatagaaaacatggcaggaaaaacttaaggaagaagggcacaaggtgctaattttctcacagacgcgcctaatgcttgatgaaatagaggtttgtatatttatttatcttgtaatagactgtagcatgacaccattttttgaaaatttatcccctataaaaacaggaggcactaaccaacaagggagtacattttgctcgtatggatgggactgttacagcttctaaaagagaagctattattaaggtacatttcttcacctacttatttattatgtttttgctagatttcagtcaatgctatccaatctgtcctccaacctgttctctagtttgggttttgtcttttgtattgggtttgttcattggatccaatagcataatactcatctggtgcgggcatgcatggtgatggactggctatgccattctatatactaagataattttgatgcagcaagttgattatccttttctttcctgtgggctgtatctgaaaatgcatttttatgctaagatagtgtgtatatgtgatgtgaaatggccttgagtaacgtaggcaatctaggtttcccttttctccttttcacaatactttaaatttccaagaatagggccatcggtgtaatgttctagggaatgtgctattctctgaacatcagtacttcatgttccgactttctgaacattagtgtgttccaggtctttttgctctttctagaggactccatggttgtcttttacttttacacaatggtaatgttcatctcttgttcaagatgaaccttctctgttgtgatggattgtggcatgccaacaaggtcctagaggcattcctaacaaattaggggcaaacgagcctgttatgcaactgccagtgcagaattgattttcttcttagtgtattgcttttctttctgcttggttcatatatgagtatgtttggaagagatggcaaatgtgactgaaattttaaaacaaatcaggtgactaaaattactttatatgttgcatgctatttatttatttttaatctttttagggctttcaaagtaaagatgggcctcccatatttttaatgaccacaaaagtgggtggtataggtctaaatttaactaatgcttccagagttatcatcgctgatccatcttggaatccgaggtattcggtttatccttatattccatattattgtttttgctgaaactacttatttaatatatttattgtttacagcctggataatcaatgcgttgatagagtgtacagaattggacaggagaagaatgtcatcatctataggcttataacctcgtgtactattgaggaaagaatatatgaaaaacaggttagaaccgtttccagcatttattaaaaatatcaatggttgttaaaggtgttgcttaagctcaaggcatctggtaggttgggcaagggccctaaaaaatatccatgtatatgctatgtttccataactttttgtgtcagtatcttgcatgaaaacatcagagcttcctttcctcccctcacaactaactaaatgaagatctgatttgttatagattgttttgtttgcctccttgttaaaatgaagcgttctggttttttgagtatggcctgttgtgttttaggtatccaaagaagggattttcaaagctgcaacagaagaacgtgatttcaggcgctacatcaacaaactggtgtgctataaattttattgaaatttcaatttaactaactcttgaagaactaacagttcgtttgaattgtttcacagggttacaaagaatttttaaaacttcctgagatgggtttcggaacatccttattacagaaaaggcttgagatagagaccatgacagataacatgtaagttaactcaataaattgtgatgaatttcagtaagtcagcactttatctgatatatttcttccatgaaatctcagtagggcaacattgaagagtcatttgatatttttgagacagcaaggtatagtaggcgtatcagttcacaacacattgtttgagaaaacaattaatcttcctcctcaaaagattgatatgaagtatcttcctcctcaaaagattgatatggggtaattgctgtgttttcatgcgtaattaattgttgaaatgagcaattcagtctaattatttcaactctttccatagtgatgaaaatagaagtacggttgggcattcaagatctcagcaccgccgatcgctttcagatagttgcatagattggtaactaaaaaaaaatgtttaagcttatttcatttgattgtgctagattatatttaaaatggtctctttgttacaggtctgagttagcagtgaatccaaaagcaaaacctgttagaaatacatcattcagagttgaaaaagttgaagtagaccggactgtgaaaattgaagctaaaagggctgagctagaatgcaagactaagttgtatgaagtaagtaattcagacctttttacatgcaaaccagaagcatgcaacattactcagcatagttttttctcttcgaaccaatagttgcttccagctatatttgtaatgacttttcaaagtatattgaaattgttgctttctgaaatgaaaacttgtaaatgctttttacattcgttgcttttcatattgggcatctataccttttaatgtcactaagcatgttattgcttgtagatgagtgtttttgtgttctaatcaacattcccttgccttccctgatccattctattagctgctacataacaaattgcttatacattgcagcatatcaaggaagcagctcatgactctggagccaatgttcttcgacaaatgaaggctattgaaaaagagatttctgaactaacatcacaagaagagatagaagaaaagaaaaggaaagggggttagcgatggtcaaactgctgaagaactcgcgccaagtgaaatctgccagtagacatttattgttgtcttccttttgcttttttttggggttcaggtttgtattgctgtagaagctggcgatgatgtagaatttgtgccagtagaaattggtgctccaggatgcaaacaacaaagttcattggtcgattgactttttactctctgtgtctgtgtctcagtttgctttttggttaagttcaatggagatcgaacatggtac</dnaseqindica>

External Link(s)

NCBI Gene:Os01g0636700, RefSeq:Os01g0636700