Os11g0414000

From RiceWiki
Revision as of 09:08, 21 June 2012 by 127.0.0.1 (talk) (Created page with "{{JaponicaGene| GeneName = Os11g0414000| Description = contains InterPro domain(s): IPR003307| Version = NM_001074292.1 GI:115485232 GeneID:4350359| Length = 7491 bp| Def...")
(diff) ← Older revision | Latest revision (diff) | Newer revision → (diff)
Jump to: navigation, search
Gene Name

Os11g0414000

Description

contains InterPro domain(s): IPR003307

Version

NM_001074292.1 GI:115485232 GeneID:4350359

Length

7491 bp

Definition

Oryza sativa Japonica Group Os11g0414000, complete gene.

Source

Oryza sativa Japonica Group

 ORGANISM  Oryza sativa Japonica Group
           Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
           Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
           clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
Chromosome

Chromosome 11

Location

Chromosome 11:14426578..14434068

Sequence Coding Region

14426810..14426876,14427246..14427454,14429540..14429801,14429885..14430381,14430989..14431057
,14431596..14431701,14432610..14432633,14433927..14433931

Expression

GEO Profiles:Os11g0414000

Genome Context

<gbrowseImage1> name=NC_008404:14426578..14434068 source=RiceChromosome11 preset=GeneLocation </gbrowseImage1>

Gene Structure

<gbrowseImage2> name=NC_008404:14426578..14434068 source=RiceChromosome11 preset=GeneLocation </gbrowseImage2>

Coding Sequence

<cdnaseq>atgagctcgaaggagaagcccactcttggaggccagcggattaagacccgcaaacggaatattgctgctcctttggaccctgcatcattctctgatgcaattgtccagatttatctggataatgctggagacctggaacttgttgccaaaagtatcgagtcctcggatctcaacttctcacgttacggtgacaccttttttgaggttgtattcattggagggcgcactcagcctggcacaataaaacctgaggaagaaggagagcgtcacccctattctgtacttgattgtgcagcgcagcgtgaagcaattttgccttctgttctctacattcagaaaacattgcgcaggaggcctttcttgataaagaatcttgaaaatgttatgcgcaaattccttcagtcactggagttcttcgaagaaaatgagaggaagaaacttgccattttcacagcacttgccttttctcagaagttatcaggtcttccacctgaaactgtcttccagccactgctcaaggataatcttgtttccaaagggatagtgctttcgttcattactgagtttttcaaagaatatctgaaggagaacactttagatgatcttattgcacttttgaagaaaggcaaaatggaggacaatttgctggaatttttcccatcggcaaaaagaacctccgaggctttatctgaacatttcactaaagaaggtctgacaagtcttgttgagtacaatgaaaagaagatgtttgaggttaaacttaaggagataaagttaacactgacaacaatgatcaatgaagaggctgaaatatctgaagtcacagaagctgtcaagcaacaggtgaaagatgctaaatttcctgatatagaggttgttcgcatgctatgggatgtgctgatggaggctgttcagtggtctgggaagaaccagcaacaaaattctaattcagcacttcggcaggtgaaagcatgggctggccttttgaatgcattctgcacaagtggcaggcttgaactcgaactcatatacaaagttcagacacagtgctatgaggatgctaagctgatgaagctatttcctgaaataatcagaacgctgtatgaccaagatgtcctagctgaagataccatcctcctttggttccgcaagggttcaaacccaaagggcaggcaatctttcgtcaaagcactggaaccttttgttaaatggctggaggaggccgaggaggaggaataa</cdnaseq>

Protein Sequence

<aaseq>MSSKEKPTLGGQRIKTRKRNIAAPLDPASFSDAIVQIYLDNAGD LELVAKSIESSDLNFSRYGDTFFEVVFIGGRTQPGTIKPEEEGERHPYSVLDCAAQRE AILPSVLYIQKTLRRRPFLIKNLENVMRKFLQSLEFFEENERKKLAIFTALAFSQKLS GLPPETVFQPLLKDNLVSKGIVLSFITEFFKEYLKENTLDDLIALLKKGKMEDNLLEF FPSAKRTSEALSEHFTKEGLTSLVEYNEKKMFEVKLKEIKLTLTTMINEEAEISEVTE AVKQQVKDAKFPDIEVVRMLWDVLMEAVQWSGKNQQQNSNSALRQVKAWAGLLNAFCT SGRLELELIYKVQTQCYEDAKLMKLFPEIIRTLYDQDVLAEDTILLWFRKGSNPKGRQ SFVKALEPFVKWLEEAEEEE</aaseq>

Gene Sequence

<dnaseqindica>7193..7259#6615..6823#4268..4529#3688..4184#3012..3080#2368..2473#1436..1459#138..142#gcaccaacccctaccctgagaagagctaggttttttaccctcctcactctccctcgcgtcggcggccgcgcgcaactttccctgaagccccggatccactcaacccccctccccctccgcgccagatcgttgtgtttatgaggtacttgccgtcgtcccgcttctgcggtagccttagatctcgctttcttccttccctttgttgcctgtatggcggcggatctgtgggctgtcggttgtaggggtgctggatcggagtgggagggggttcgagctgctgtttgctgctttcttgtttggaagctggattttcgtttggtgattcttggtgacgcgctcttgatttgggtaatcttggatgtgcgattttccggcgagttttgatggttgaagcttggggattccgagcgctcagtatgatcggatctggtagctgtgagtaagcgaggttccctttgatgtgccttggtttgattcctgcgttgtaggtctatcaaattcgttgcgtactggtagatttgtccgatttgttcgtctcattgaaatggtataaggaattagctatgtttatccagacgtttatcgtgtcaatattttcgttgtttgggtaatttgatagtcttttcttaaatcttcaatgatttgatgggtttgatggagctgccttttctgcttttagtcagttaggttccttgattcctcacagatttggcggttgtcagatgtttgagtttttcttgattagtaagttctgtgaattttaccctgagatgagcatgaagattcttgagttgtccgttgttatttatgaagattctggaattctccgtcgatatttttagaaagtttcacaaaaccacatatcagtatgttatgttttatgactgtagctgcataaaggtttctcggccagagtctggatactccatcataaccaagttcttttttacttacacattctttacacattttttttacttaccttacacattttttttgacatgttttggaatgtcccgatggccttttccagtgccaataaaataacatctggttaagggaggggttctatgaatgtgttaggaccataaagcatggggagcctcgtacaaaaaacctttcgtgatttctgcaacaatggcaataaaacatttgattttttttttggccatttagtgcataccattattttaccttttgtcctatttaagttcaattttcttttgataggtgacttatgttttagacacatagggacacttgatccattttaagtatgcaggggtaacgggttattgaattattagcagtccctgctttgttgtttaacattttatacgccttatgccatgatcacttgaatttcatccaaattggagatgatgctttcttgttgtctgatccaatttctcttttacctattttttgtctgcagctcgaaggagaagcccactcttgggtaaggctcttggtctcgcaatggtggtgccagtgaatctgccagccactaactctgttgtactttttctctagaatttaggtttatcacgcaaatacatctacagcgaatcagggatgaaattgtcccaaaaaccttataattaacttgttccaaatattattagcccacatataattcatttttatccgtagcaaagcatgggtattagctagttcttttagatatttcttgtttactttcttctggtgctgttgtactgggtgttcatatcatttaagcactatattggaatgcaacattacgaatgaatctgcacagctagagctatcactgatgttactcctataaatttgtgtatgctagatcaatatgcacaactgcacatacagatattttgattgagtcatatgtagaacttttctgttttgttcgtattgcaagtagtaacatatagacatgcttttcctaaatgcccttgtactgcaacttaagctcacaaaatgtatgggcataatttcaactttgatttcattttgatagagctttccttgtttaagtatctatgaggcgcaaacttgttcaagtgctgtgctttaaattttgttagtccgtgttgcttacttagtccttatgattgtgtttgtaatctgtcttatctgacctagcaatagtagagataatgttgcatgtttcttttgcatgatgttcttgcttttaagatatatttatcttgtcttttctcattattaccttaactacgcactgtgtgatcatacagtaagggaatgagctgtcatgtggtttgttgtgtcaattcatagtattgtgtgaagttttcagctttctttgcaactatcatatagtaaggctatcttaatgattttttttgttatgctatactgcagaggccagcggattaagacccgcaaacggaatattgctgctcctttggaccctgcatcattctctgatgcaattgtccagatttatctggataatgctggagacctggttagccctgttaaacatccttgacatgtcacctaactttcgtctcatttatcttcagttgggtgttctgataaaatatttattgttgtctatactttttgctcataagggacatgcaattattcttgaaaatattcttagcagtctgcctatcattctttgctagtacttttttttaagaggtcagttgaacaaaaataaaacctacgcattacactgataaatcaatttatttcacagatatgtattgccatttcagccccgtactcaacatatttagtgaataatgttatcattttcatctcttagtgtattcaatccaaagcattacatgctatacaacaattatgacttcatagtaaattttaatttttttattcttgtaatcatgttgaacattatttggagtgctagaatatcgacatacaagctaacattatatttatatgtaaaactatcttgccgaccttcacatacatatgttttacttgtattttatcctgtgcaatcaattcttataaagacctttcactgacaggaacttgttgccaaaagtatcgagtcctcggatctcaacttctcacgttacggtgacaccttttttgaggtatttccatagaattatatgtatgtagaattctcttggatgttgcatttgtggttatgacctttaatagtctacatctatatttatagttaactaagatattattacagttctcttctagcttatattgtaattagtttggagttttagcttgcttgcttgcttggatgctgtactctgtggcaccaaactgccatttgtcaagctatttttatactattagctaaatgccggtgctttgcaatggattaaacaaaatgtattaatgtgttacggaatattcatcttgaactatttttttatgtggctatccatttagttttgatcctttttaatattaagaagttcaagaagaggtaacatgcaaacatttaaaatgggagtaggtgccaccaccactacctgattaaaagagtatagatacacagttatttttgagctatttgtgatttaattcttttgtgtttattttgaacaaaagtaaaactacaaatagtattgtgcctttgaaagatgtgcaaaatgaattaagtactggagtttcaatttccttgaataacccttgttgtcaacgaacacttaaatgtaaatatttgaaaaactgcaggttgtattcattggagggcgcactcagcctggcacaataaaacctgaggaagaaggagagcgtcacccctattctgtacttgattgtgcagcgcagcgtgaagcaattttgccttctgttctctacattcagaaaacattgcgcaggaggcctttcttgataaagaatcttgaaaatgttatgcgcaaattccttcagtcactggagttcttcgaagaaaatgagaggaagaaacttgccattttcacagcacttgccttttctcagaagttatcaggtcttccacctgaaactgtcttccagccactgctcaaggataatcttgtttccaaagggatagtgctttcgttcattactgagtttttcaaagaatatctgaaggagaacactttagatgatcttattgcacttttgaagaaaggcaaaatggaggacaatttgctggaatttttcccatcggcaaaaagaacctccgaggctttatctgaacatttcacgtaagttgttatcatgattttttgctgaacagaagtagttaaatgatattctgagttctagtgtttcattatgctctcttcagtaaagaaggtctgacaagtcttgttgagtacaatgaaaagaagatgtttgaggttaaacttaaggagataaagttaacactgacaacaatgatcaatgaagaggctgaaatatctgaagtcacagaagctgtcaagcaacaggtgaaagatgctaaatttcctgatatagaggttgttcgcatgctatgggatgtgctgatggaggctgttcagtggtctgggaagaaccagcaacaaaattctaattcagcacttcggcaggtaaatctttttattttggcattgattttaaagcagttgtgggatacttggaatgtgtatatcttagttcagcttctgaaattctacttttgcctactagcataggtgaggatagtcagcaagtgtacaacattgttttgtggtgtatcatatttctattttgttatacctctcgttccttatttttctcatagtaaagtggatcgtctgccctccacctaaatagaaaactacctcagtgtaacctctggagaactttctcttgaccaatcatttctcgggaggcaaaagaaataaaattctatccatagaacagtagaacgatgtttgctggtatggatagtaggagctaaatgtatacgaatttgcatatcatggggttaactggcctatgttaacccatgatatgcaaaagctatcaattactgagggaaaatgaacattgatatcgcctgtcaaaagctacagtttaatggaaaggcaggttaaagcaatgattatgagtggttgcttgtttggaagatggggcatttgatggcatttccactttctaatttagggacaagaagcctgttaactttgaaataaatgcaacaaactttgcaacttcatttgtcaatacatatttggatagttggattgatatgtacatgatatgggtaggattttcttgaggtattcacaaaaattgcagtaatatttttttgcagttgaattttggcgattgatgcaaaatgtcagttatctgtgacatgagagcagtattaggttaaagtcagcgtcacttaccgtgttatagatggcattagggtggtaatagttgcctgcacaggccacataattggacggccagtcgtaagcggcgaacgaactttcacaaatcagtgaatcagatctgttgtgagtgcaaacaccaaatctaccatgttggacatttggttggccatttcctcttacctgattactccttcaattactactaccacattgagtgcaccgtcaacctgcccaatagtaccagtagataacaagttatagtgccactcatgtccttgtgtcagttgcgtagtcacagttaagtttagagtctaatctacgaccatgtgatattacatgcttcgaaactactgtggtataaacccggggaatattgcaagtatttttatgaaatgacaatataatgtcttaagttgcctctaaaatagattaaggctgtgttcactccagccggatcccaacccaaacagtgtgcacggaaaacgaagcggtccattagcacgtgattaattaagtattagctaaatttttttttcaaaaatggattaatttgatttttttaagcaactttcgcatagaaactttttacaaaaaacgcaccgtttagcagtttgaaaagcatgtgcgcggaaaacgagggagaggggttgggaacttggggtgccgaacgcaccctaaaatttcacaactatcctcacaaaagaaaaaggagatcataatcaaatgtatatatatgtattaatatgactaccagattatcagtataatcctgatcaattatttgcatgtcaattaaccacttggtggtcccttggttgtacgaattccaactattactacactggacagtatatcctcttgatgggaagattaccttttaactgcttaggtgatgtgtgagtatttgaatgtgtgaactctaatagtttgggatgcattcaaataaattggttaatgagggctgctttcattatgtatgttcactaaagttgtggaagtgtcacatttcccaatgatggatcgtctattaggtatccaatttaagagctttaactctactttggaatgggtctattttggacaaattacttgaagatatccatgaataagtgtattattaattttgcagtttgctgaaagggaaaactctagatgctgcgttgtctagatcccaaataggaagaagcaccttctattagttatgcttgtggagattaggattaacctctaaagaccattttgatctttctaggttctctttgttatgatgggtatcatttattatatctaaaaatattccctttacaggtgaaagcatgggctggccttttgaatgcattctgcacaagtggcaggcttgaactcgaactcatatacaaagttcagacacagtgctatgaggatgctaagctgatgaagctatttcctgaaataatcagaacgctgtatgaccaagatgtcctagctgaagataccatcctcctttggttccgcaagggttcaaacccaaagggcaggtaattgccttacgtaggtccacttttgtacaagatactgattttacctaggtttttgttaatacgatttcaagctgttaaacaacgcattttatgtggaaactttctatataaaagttgctttaaaatatcagaaaaatccatttttcaagtttataataataattataacttgattagtcatacgctaatggctttcttgtttttcttgttttccgtgccctaacttcaatcttcatgttaagtagaaactaactaccaatgcgaactttagattgcaatcactagtggataatatttgtttcatgtagatgttgtagagtttcagttatgtttgaaactgctataatatttgcattttaatgtcaggcaatctttcgtcaaagcactggaaccttttgttaaatggctggaggaggccgaggaggaggaataaatggtgctactggaggctgtgcgaatgtattgtttgaatatttccttatatcccaagtttccagctaaagttatgtatcttttgctcccttgttactgggccgaccattttatgatcacatgctgatcctaatagtctactgaatgttaaaatcccatgcaagaagttattccaggatttgctaaattattggttgttacaacttacaagaatgttccatatgttatttctc</dnaseqindica>

External Link(s)

NCBI Gene:Os11g0414000, RefSeq:Os11g0414000