Os11g0472000

From RiceWiki
Revision as of 09:10, 21 June 2012 by 127.0.0.1 (talk) (Created page with "{{JaponicaGene| GeneName = Os11g0472000| Description = The start codon is not identified.| Version = NM_001074410.1 GI:115485468 GeneID:4350492| Length = 9425 bp| Definit...")
(diff) ← Older revision | Latest revision (diff) | Newer revision → (diff)
Jump to: navigation, search
Gene Name

Os11g0472000

Description

The start codon is not identified.

Version

NM_001074410.1 GI:115485468 GeneID:4350492

Length

9425 bp

Definition

Oryza sativa Japonica Group Os11g0472000, complete gene.

Source

Oryza sativa Japonica Group

 ORGANISM  Oryza sativa Japonica Group
           Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
           Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
           clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
Chromosome

Chromosome 11

Location

Chromosome 11:18075917..18085341

Sequence Coding Region

18077256..18077522,18078430..18078756,18079508..18079804,18079920..18080039,18080892..18080954
,18081466..18081617,18084552..18084570

Expression

GEO Profiles:Os11g0472000

Genome Context

<gbrowseImage1> name=NC_008404:18075917..18085341 source=RiceChromosome11 preset=GeneLocation </gbrowseImage1>

Gene Structure

<gbrowseImage2> name=NC_008404:18075917..18085341 source=RiceChromosome11 preset=GeneLocation </gbrowseImage2>

Coding Sequence

<cdnaseq>tgtggatacgttgtcggtgaggcaatgtggcagatgaatctaggagaagctatggaagctgggccatacccagagcgtattggagaaccagattgtagttattacatgaggactggcttgtgcaggtttgggatgacctgtaaatttaatcacccagcagatcgtaagatggctgttgctgctgcaaggatgaagggggaatatcctcaaagaattggtcaacctgaatgtcaatattatttgaagactggaacatgcaaatttggagcaacatgcaagtttcaccacccccgagaaaaagctgcaattgcaacccgagtacagctgaatgctttaggctacccattgcggccgaatgagaaggaatgcgcttattatttaagaaccggacagtgcaaatttgggagcacatgtaagtttcatcatccacagccatctaatacgatggttgctgtacgtggctctgtttattcacctggacagtcagttacttctcctagtcagcatacttacccaggggctgtaacaaactggcccttgtcaagatctgcttcgtttattgcaagtccaaggtggccaggccattctagctatgcacaagtgattgttcctccagggctcgttcaagttccagggtggaatccttatgcagcacaaattggttcttcatcctcagacgatcaacagaggacagctggaggtgcacaatactatactggctcacgtcacagtgaaacacctaacatgggtgaccagggaatgttttcatcataccaagctggttctgttcctcttgggctatatacagtacagagggagagcatatttccagagcgacctgaccaaccagaatgccagttctatatgaagactggggactgtaagtttggtgctgtatgcaagttccatcatcccaaggagagaattatccctactccaaactgtgcgttgagctcattaggtcttccactgcgtccgggagagcccatatgcacattctattctcgctatggcatctgcaagtttggtccgaattgcaaatttgatcatccaatgggaactgtgatgtatggtctcgcaacatcaccaactggtgatgtgtctgcccgacgtatgctggcacctgtaccagcacattcagaagtatcgcctgacaatgtctcagggaggtctcggaggatcacccattcagattcccagcaaataccctctggtgaaagaggcaccgagagagaggcgtcctaa</cdnaseq>

Protein Sequence

<aaseq>CGYVVGEAMWQMNLGEAMEAGPYPERIGEPDCSYYMRTGLCRFG MTCKFNHPADRKMAVAAARMKGEYPQRIGQPECQYYLKTGTCKFGATCKFHHPREKAA IATRVQLNALGYPLRPNEKECAYYLRTGQCKFGSTCKFHHPQPSNTMVAVRGSVYSPG QSVTSPSQHTYPGAVTNWPLSRSASFIASPRWPGHSSYAQVIVPPGLVQVPGWNPYAA QIGSSSSDDQQRTAGGAQYYTGSRHSETPNMGDQGMFSSYQAGSVPLGLYTVQRESIF PERPDQPECQFYMKTGDCKFGAVCKFHHPKERIIPTPNCALSSLGLPLRPGEPICTFY SRYGICKFGPNCKFDHPMGTVMYGLATSPTGDVSARRMLAPVPAHSEVSPDNVSGRSR RITHSDSQQIPSGERGTEREAS</aaseq>

Gene Sequence

<dnaseqindica>7820..8086#6586..6912#5538..5834#5303..5422#4388..4450#3725..3876#772..790#tcgttcctctcattccccttccttcctccctcttccgcctccgcctcctcctcctccgcccttacccccgcgcgcgtgcacgcgacggcgcggcgatctgatgctgccgccgctgctgctgcaggcgccgcggtgatggcggcggcgccgtccgccggcggcgttggggagggctcttcctcctccgccgccgccgccgctgctgctgctgccgcgacgatcgggccccacgtggtcgacgaaggtgacgaccccctcatcctcatcctcgtcgtcgtcgtcgtcgtcgtcgttcgctttccttttccgtcagggtgggtgtggggggaagcggcggaggcgggtgccagctgggggtaggtttcgattggttctcctcgtggggaagcgggggtgtcggtggcgcgggtgctagggtttgggcggcaggcggggggtggtggggaggggagggcacgcgtgcggccgaccaatgctggtgaacactgtgctgtcggtgggcgggggtgtggtggggggttgagggtttcggttaatttttgatggcggacggtgttccaacgcagtgctggctctgcggcggagccgctcgattcggtgattaattcatatgtttgggctcatgtaccatattggagaagtcaatccagcttgctggattggaacggtgcatcgggtcggaaaggcgaggtttctgagctgatttggtatcccactccatgcaggagcgctctgttttggtcattctcacaatgctgatatgttttataatgtggatacgttgtcggtggtgagttctatgtgaatttttgtttgtgcgtctattggatgtcggtgattgtcgatggtgtttccatgagaatagtaagaatctcaaatggaaagaatacattgtttttggaagatagggaaggtttttaatgttattgttggttttggaaagaatcatgagggcagggcaggcagtggttcggttaaatttcatttggactcaagctatcattctgtaaatgtttactcaattatgttgtgtggttgaagtaagatatggacatcagtatgttttcaacctggctgttatggtttgtgaatgttctgggcaagtatccgagctatttatcaggtagaaaggagttaccaccaagggttcttgaaaggcacatagacatggggtgtgtttacatatatttttggcctttttgggtttattttttttgtatcactcttgttgaagtgtatcaggatgaacatttctaaatttggccgcatttcttttatatagattgatggtatggttgtaatcacgactcaaaattttgaactccagtacattaaaggtctttggaggatatggcaggtttttagtgaggatactttgtttagaaagacctactacccttctctgttaaaaaatggactggtgaggtgatgacctgatgcacaatgcaggatgaggtattgatacttcagttttggaagattggtcagagtattggtaggatagcttgcctgctagtatttgtgacttgaagttacgctgcccctaaagactctgaccttattcttcttgcagacaaaatttaattagttacacttttcattcttctgtgataatttggagttctgcaatattttgggttgttttctcataagcaaaattagcaagtttaatttcatttgtttgtgttcacgtgtacaaaatgataaattcacttttgtcgtctttttggtaacgccacaatggaagcagtatggctgttcttaaagatttggtacatgaaagaatttattaaaagtttatcagtgtgacaacccatccttatctcatgagttatgacagtactttcaattgttttgaaccgttactataaatttaactatttctttatgcatctttagcacttgacgtgctgtgaggtatgttctacaaaattaattcagttcttcctttttttctgataacgctgaagcggaagtggtatagggatctttttgcagaaaagggaacactttaatcctttttggttgccgtttctgttgttttatgattatatttattggtacatggttcttcctgaactatttataccaagtatgcaattacctgagattaaatttctgatccgatgcctcgggtggctgtgaaggcgacaccattgatgggcaggatcagctttggtgctgccagggagggcttgtcagccgctgctaccgcagttgctgttgcagcctctgtgattgggccccatagttctgatgaaggtgtgctgcaccctcctaggtctttgtctttgttctatggtgtagcctgtctagctggtgattagtgtacttgtatggctatttcatttggggtctttcttttctaaggaatggaatccttgaaactgcagagtttgtaggatttggatctcggatcttgcttttgtttccaagtacgcttcttatggatttatgtttcttgaagtatggttgtatggtgaaatttttgtttgaaggcagtgtttgagtctgatttggtcctcgtagtggagtttttgatttgggtgcagaaaagtgaaactctagaaatacatgtcatctcatcatttggtttgcactcttctagatggatatgttaatcttactttgttttatcatgggtatttgaagaactaaaggtgaatgttttggatgggaggaacagttttgggattagctggtcttggaagtgaaattgcggagaggtagcaagtgatctgaattttcattttaaatgcggggaatacttgtgtgattgtggtgttccatcatttttggtttgcgtaatttatttgttggttgaaccttgagttaatctgatttatggtgctgtttgagttgggtgtagttcagttttgcaaagtttcctgtttgtgttggaatttaagttatttgattctggcgaagaggtttaggtctgattttatactggggtccacagctacaatgaaattaggattcagcttaatttaaggcttttttgggaactcttgttactgttgccaataccagtcttttctgcgaaaagtgttaaaatgttaagtgtcttctaggatgtaattgtatttattgcagatgctttcttgtcagtatctgaacagctgaagacgaagctttcagagtattagatagtttatgtagtgatagtgaatcacttattataatgatatagagggcatgatgaactgactacgactcggtttttactcgagatagaatgaatgaattttattgatttctgtagaaagaatatgggtggaaatctatttcctaatcttggtgcaacttttctctatcttttgagttctgaggctgtgtattgtgatgataattatttatgtgatttgagggtacagaggatcattagtatgattaagttcagtagttctctatttgttttatgtaaattaatttttttcccgttatactggctaaatatagcttattttgtcacttcataatatccagtccagctctctctatgtccgtcttcatgtggtgtttattcactgcaacagtcttaaggtatccaatgacatggattagtagtcatattgttgaatgatgttgccaggaattcttggtgtccattttccacttttcttgatgctaccttctctcctttgatgtcaataatctaccagcttatagattttgctgcaattttttgtgagtgatcggtattgttataattaaattgcagaggcaatgtggcagatgaatctaggagaagctatggaagctgggccatacccagagcgtattggagaaccagattgtagttattacatgaggactggcttgtgcaggtttgggatgacctgtaaatttaatcacccagcagatcgtaagatggtacactaaactattcttgtaccctttttttttccacattagagtatatttttcattagcattaatgtcttctacaatttttacaaatatagtgtggtaaagactaatgctacaagttgaatctatgtaaattgtttgaatttttgacagaggaagtactttgttgattctgtagcgattcccttctaattacaagaatttatctagattggttcttttggagttcatgtgcgagttattttcctgaacaattaacacaacagtgaaaaccagataacagcttggctcctcctttgtaggcatatggctgttttgaaaacctcttcaaatgacttgtaaatatttttctattttctatcttttggaattcatagattttttattagatttgcatagtttaggagcatgataatattttcaaagctgtaagttggaaagcttatggaactcaccatttttgtgctactttctataaattcttacctttgatgtaaatggttttgatcatcaggctgttgctgctgcaaggatgaagggggaatatcctcaaagaattggtcaacctgaatgtcaagtgagattttccattctaacagtttcctcaattttgatacttttgatcatgtaacagtaacggattggtggtgtttcatatcttttaatgctctgatatttgaaagtttatactcgtgacgttaacttttaacatacttgatagtttcacattgcgcccttatttttgagctattttaaacaatatttttttgctggtaatatttgaaacaatattgcctaaaattgttttatcgctgttcttcagttatcctgtgccctgtcaagccgcaggtgtcttagaggttcttccttagctgttcttcagtaagaagttgagggcattaaagataaatagtttcataagtgtatgatctaagtggttactttgatgaaggcagccacatgggttgaaatcatcctttaattgcagcgctaattctcttgaacttggtgaataccaacaccagagttgcctcatgcacattatcacagacaactccttactattttactttctgatgcttttacctgatgttttttggcgcttgaagttgtagtatcttaaacaagatcaaagagcatgatcttgagtgtaatgttggcatctttttctattgcaagccatagcttggatttttccaaataaactggagtagaatgacttgcatccaacccaactcttagcaagtgtgatttagtttagttcgttgaatttcttgttcattgcatgatgatatggactgttttggtattttggacgacatatattcataatgtagctgcttaaagctgtctattagtatatcttatctttgacgacttagcagcattgttttctgtattatttattgtgcttcaccttttttttcagtattatttgaagactggaacatgcaaatttggagcaacatgcaagtttcaccacccccgagaaaaagctgcaattgcaacccgagtacagctgaatgctttaggctacccattgcggccggtttgttctaaatttccattatcttttactattacttgttggacttaaggatagttcattattctgcaacttctctgcaatatttgttttagttacctaaattttattaccacagaatgagaaggaatgcgcttattatttaagaaccggacagtgcaaatttgggagcacatgtaagtttcatcatccacagccatctaatacgatggttgctgtacgtggctctgtttattcacctggacagtcagttacttctcctagtcagcatacttacccaggggctgtaacaaactggcccttgtcaagatctgcttcgtttattgcaagtccaaggtggccaggccattctagctatgcacaagtgattgttcctccagggctcgttcaagttccagggtggaatccttatgcagtatgtttatttctcccactttgacatttacgatcgtctattaaatgtatactcatccagtggagtagatggtgcaattcattggtttattgagaatgctgtcaaagtgactatggtcttatggtctctatttaatctgttttttgtattccctttttctaccacatattgtggtaggaaagaagaggcagcttcacccgttgcagtgttcagcatccacattttgtcatcagttacacactgctaattaccttgaagtttgtcaccaattgttacctgattggcacttttccgcagcaaaaagaattgaatatttaataaacacatctgtataattatttctgcctttctgttgggtaatagatctccaacatatccttacaagatcacttgaagtgtgatccttatttctttagaataacaataatgaaaatattggctataatatcactctgcgcaacaaagtgttacctgtttttatataaatctattgtatgctggcttgttcatgtcatccattagaggctaattaaatctattgtcttaacaagcattatttttcttaaagtaaaaaaaaacattattttcttattgtatatttgtgttgatccacatgcctagagtgatgagcttaatatttttacatggaaaatcatttaccttgagattaattgttgattttgtcgtgccatcatttctgtagctttcatgtcaaatatgtgattgctcaactatttttatgttttcttaggcacaaattggttcttcatcctcagacgatcaacagaggacagctggaggtgcacaatactatactggctcacgtcacagtgaaacacctaacatgggtgaccagggaatgttttcatcataccaagctggttctgttcctcttgggctatatacagtacagagggagagcatatttccagagcgacctgaccaaccagaatgccagttctatatgaagactggggactgtaagtttggtgctgtatgcaagttccatcatcccaaggagagaattatccctactccaaactgtgcgttgagctcattaggtcttccactgcgtccggtaagggagtcttttatagcattgtacaccctaagttcctaagttcatgtattcttagcaacatggtcatttaattttttgctgtatgctgccttagctttgtggcctcattttgtctataaaacctcatgcggcaaatccctttttccatagggagtggtggttcctttgacagagggtattagaaaaaataaactaatccgtgtagtgtagtttaaataaatctgtcctaaagaactctttgttgtcatgtgatgtaattgttttttgacaagagacatcaggagagactcctactatgttaatatattaaatatataaacatgtacaaaataattacagggagtgtggtgtaaattagttagatcttagttgtctttgcagaaagtgaaaccatttagtgtattatttgcaccagtcctccttggtattcgctgtttttttttgaaggaacttgatggctaagcagaatcccatggggcgaattagatttccacttgtgcatcttgactgagaattcccatgctaattttgattgttgatctacatttgaatacaataatgtgtaaatggtactatattcaagattggcatatttctaaatttactttgcatacactagtttttgtactttcttttattgatactgttatcatcacgcctacgatgcctacttactgctgattagtgattagttactctgagtgatgacttggcattctgcatgtgattctattatgtgtagttgatttctcgacaatagctatgcatggagcgtaccaatgcacattttagtaattgctggttgtttatcatgcaatgttcaaaaccgataaaacataaatacatacaatatagaagatggacaagtgttgcctaatcctctgtttctttttcctgcttgcagggagagcccatatgcacattctattctcgctatggcatctgcaagtttggtccgaattgcaaatttgatcatccaatgggaactgtgatgtatggtctcgcaacatcaccaactggtgatgtgtctgcccgacgtatgctggcacctgtaccagcacattcagaagtatcgcctgacaatgtctcagggaggtctcggaggatcacccattcagattcccagcaaataccctctggtgaaagaggcaccgagagagaggcgtcctaagccatcctcggtgcaaatgtttcatgctgcttcctgttcttgactctctgagtaaattacccgcaacaaaacttgaggagccgaagctgtacaggtctcgcccttttgcctcacatttgagctttacataccggagcttgcttcaagacttccaacatgtatcgcattcaggcaggaaaaagttcttgcttgttagggatgctcttttgccccgtgtaaacgggacaaccgaccttatttaaacatctatatatggaacaaactcacctctggacattcgatttcgagtgatgtgccttgatccctttgttgtagttatacaggtgccttgcaatggacaaagcttttgccaaacgggggatatgtgcaaatcgctctcctctctgtttctttcttttttttgccttccctctaatttagcagtttcataaggggcaacccccgcttctggaattgtgcatgttgaggatgcggaaataataggcaattgtataatcatctacatatttataccctgtcacttgttcccataagagagcagaaaattcaccttgatggtgccggctttagtttgtcatttcatcttgcaaaattttgttctgctactgaaccttttatcaattgtgcatcatttttttgccattatatgtgcacgggaaggatggttactaaagaacaagtaacaagaggtagggttagactggttgagacaggtccggttcctaattctgttacagcaatctatcatttgcacagctatcaaggttgccaaacacctctatccggtgttacgcctcctaaatcctgatgaacggagcagctgcgtcaacacctatgtcctgataaacggagcagctgcatcaggattctggagtgtcaggtaggtgaaggtataatgtggagcaaaaggagttccagatgactcctaatcctataatcatccgatacgagtaggttcgccacatgcggatgaaatgtagtggatggtttctaaactacaaatgtagtggatggtttcttataaataggattatcagatcatcagcccttcaaaactatgggcctggttggcacagctctagctcccgctccacccctcctggagctggagctcagccaaacagttttagctccaccaaaaatgggagtggagttgggtagagctctctcacagaatgtactggagttgtagagctgggtttaggcagctccacaactccacttcagactcaactcctaaagttatatttaggagttagagttgtactaaacaggccttacaaatagaacactacttatatgtccacattataagtttgcctaagagggtatcattttc</dnaseqindica>

External Link(s)

NCBI Gene:Os11g0472000, RefSeq:Os11g0472000