Os11g0708600

From RiceWiki
Revision as of 09:21, 21 June 2012 by 127.0.0.1 (talk) (Created page with "{{JaponicaGene| GeneName = Os11g0708600| Description = Similar to RECQL1 protein| Version = NM_001075096.1 GI:115486840 GeneID:4351234| Length = 11412 bp| Definition = Or...")
(diff) ← Older revision | Latest revision (diff) | Newer revision → (diff)
Jump to: navigation, search
Gene Name

Os11g0708600

Description

Similar to RECQL1 protein

Version

NM_001075096.1 GI:115486840 GeneID:4351234

Length

11412 bp

Definition

Oryza sativa Japonica Group Os11g0708600, complete gene.

Source

Oryza sativa Japonica Group

 ORGANISM  Oryza sativa Japonica Group
           Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
           Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
           clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
Chromosome

Chromosome 11

Location

Chromosome 11:30798048..30809459

Sequence Coding Region

30798174..30798350,30798453..30798670,30798928..30799006,30799896..30799975,30800112..30800450
,30800525..30800591,30801188..30801253,30801336..30801413,30801492..30801544
,30802836..30802869,30802970..30803006,30803922..30804010,30804982..30805104
,30805486..30805590,30805675..30805779,30806218..30806433,30807259..30807405
,30807796..30807840

Expression

GEO Profiles:Os11g0708600

Genome Context

<gbrowseImage1> name=NC_008404:30798048..30809459 source=RiceChromosome11 preset=GeneLocation </gbrowseImage1>

Gene Structure

<gbrowseImage2> name=NC_008404:30798048..30809459 source=RiceChromosome11 preset=GeneLocation </gbrowseImage2>

Coding Sequence

<cdnaseq>tgtatttgggatttcttcataccggcagaatcaaagagaggtaagataatcaatgccatcatgagtggaagagatgtactggtcataatggctgctggtggagggaagagcctctgctatcaactacctgctgtacttcatgatggaattacattggttgttagtcctttgctttcccttatccaggaccaggtcatgggactagcagctttaggtatacaagcatacatgctggcttcaactaccaataaggaagtcgagaagttcgtctacaaggcgcttgataaaggtgaaggagaactgaagatattgtatgtgacacctgaaaagatatccaaaagtaaaaggttcatgtctaagcttgagaaatgccaccatgcagggcgtctttctctcattgcaatagatgaggcacactgctgtagtcaatggggccatgattttcgcccagactacaagaatcttggcattttaaaggtccagtttcccagtgttcctatgatagctttaactgcaactgcgacaaataaagtgcaaattgatttgatagagatgcttcatatccctagatgtgtcaagtttgtcagcacaattaacaggcccaaccttttctataaagtatttgagaaatcaccagttggaaaggtcgtcattgatgagattgcaaactttataagtgaatcgtacccgaataatgaatctgggattgtttactgcttttctaggaaggaatgtgaacaggtcgcaaaagaactgtctgaaaggggtattttagcagattattatcatgcagatatggatgttatttctcgtgagaaagttcatatgcgctggagcaaaagcaaattgcaggtcattgttggaacagtggcgtttggaatgggaatcaacaagccagatgtcaggtttgtgattcaccacagccttagtaaatctatggaaacatactaccaggaaagtggaagggcagggagagatggactaccttcagaatgtattctgtattatcgacctggtgatgttccacgccaaagttcaatggtcttctatgaaaactgtggcctgcaaaatctttatgacatagtacgatattgtcagtctaagaggagctgtcgtcgtggtgctttcttccggcattttggagaggctgcacaagattgcaatggaatgtgtgacaactgcacttctagtcttgagctcaaggagatagacgctacccgtatgatgattttacatcagcttggaaattttactgttgcactgaattacatacttgatacttgcatgttctttagtttatatttttacaaaatggtatttttgggagacatatttcttggaaagatttcgtttatgtatatttacacttcgattgtttctatgacttattgtacagaccatactaaaattattgtttcgcttctacatgatatccaacttaatgaccaaagagctacattgttgcagctggttgataagttcaaggcaaagtggaaagatttaggttgttcaaatgagtccattgatcttaagaaagaaggcattgaacagttggtagttcaacttatactcgatcgggttttgaaagaagaatttcagcatacagcatatgcaaccaatgcatatgttgccttgggaccactgtggaagccagcactacaagggaacagaccggtcaagcttagcgttgcttttcactctcaggataaaggtagtggatccaaacggactaagcgcaaccagatgagtaatttggaagctaagcttgatgacctgcggagagagctctcttccagtaatggaggcgtattcccacatgctgttctttctgcccagcaaatttccctcctgaaccgccaaaaaccaaccactgttgctgagcttgaaaagcttataggaaaggttaagacaggtaagtacgggagcgcgatcattgagctcatgctgttacatattgattcagaagtagccggaggaaaggcctgtgcatcgaagaggcaaaagaaagataaggaggatgttatttgtgttgagagtagcgaggaggaggatgtttaa</cdnaseq>

Protein Sequence

<aaseq>CIWDFFIPAESKRGKIINAIMSGRDVLVIMAAGGGKSLCYQLPA VLHDGITLVVSPLLSLIQDQVMGLAALGIQAYMLASTTNKEVEKFVYKALDKGEGELK ILYVTPEKISKSKRFMSKLEKCHHAGRLSLIAIDEAHCCSQWGHDFRPDYKNLGILKV QFPSVPMIALTATATNKVQIDLIEMLHIPRCVKFVSTINRPNLFYKVFEKSPVGKVVI DEIANFISESYPNNESGIVYCFSRKECEQVAKELSERGILADYYHADMDVISREKVHM RWSKSKLQVIVGTVAFGMGINKPDVRFVIHHSLSKSMETYYQESGRAGRDGLPSECIL YYRPGDVPRQSSMVFYENCGLQNLYDIVRYCQSKRSCRRGAFFRHFGEAAQDCNGMCD NCTSSLELKEIDATRMMILHQLGNFTVALNYILDTCMFFSLYFYKMVFLGDIFLGKIS FMYIYTSIVSMTYCTDHTKIIVSLLHDIQLNDQRATLLQLVDKFKAKWKDLGCSNESI DLKKEGIEQLVVQLILDRVLKEEFQHTAYATNAYVALGPLWKPALQGNRPVKLSVAFH SQDKGSGSKRTKRNQMSNLEAKLDDLRRELSSSNGGVFPHAVLSAQQISLLNRQKPTT VAELEKLIGKVKTGKYGSAIIELMLLHIDSEVAGGKACASKRQKKDKEDVICVESSEE EDV</aaseq>

Gene Sequence

<dnaseqindica>11110..11286#10790..11007#10454..10532#9485..9564#9010..9348#8869..8935#8207..8272#8047..8124#7916..7968#6591..6624#6454..6490#5450..5538#4356..4478#3870..3974#3681..3785#3027..3242#2055..2201#1620..1664#tcggctctacctacctctcccgattccccaatctgcggtgtggtgtggtgcggtgcgagccggacgcaggcgtcgcctcgcctcgtcgcgcgcgcggctgtagagagagaagcctcgtagacaccctagcctcctccaccggccttgccctcctcgcgcgcacggcctcctccaccggccttggcctcctcgcgcgcacggcgggcggggcgtgcaggtttgggggagtagcgacggcgacgcgcccgacctccgtccacctgcctccatatcggttcggttcgattcaccacctaactgttgtgttgctttgattttgaaaagatggatgtgctatgtggtatgccctagactatttttaaaaagaattacttattatgtggcagaatgaggattctgtatttctgaaaatggaccaaatcagcctctaactggttctcttgaacaaatgccatatatatgccgatcgatgcttgttatacatggacatgtcagtattagtttacctcaattgtttaactataattaggtcttgtgttttgatgttgggtccgagtatgccttttgatagtcccaactcaaagtgtacaattctgtttcatggactctaactcaatactcgtttttaaggcagtgggtaagctaagaaagtcagttgccttttttttcccttgtcattgtgcagggctgcagcatgtatgaggaagacaacattcagggagaattgttactcgttcaggcagaacttgatgacatccaaggtcaccgctaatcatgcatattctgcaatatgtgctatccctttgattcataaacgttcctcggatgagatcaagtgattaacccttctgtgtaatacataaatgggaggcaggggtttctagctcaccatatctaagtgcagttgaattaaattatagcaagtacaacaattttcgggggttagattggcatctcctgctccgtttttctcattgatgaatattttatcactgtctatattacatcacaaatactaattgttataaatccataggtactttcatacaaataatacaaaaccacatccctctttagtctttaatttttgccgggattcataatatttttgccgggactatttagtctttaatttacatgaagtctaattatcaccttacactatgatgaaacaaatcaactatgcctatataaatatgctgctaatgtcattatgtatcttcacttgcattaatttacatgaagtctaattatcaccttacactatgatgaaacaaagcaactatgcctatataaataggctgctaatgtcattatgtatcttcacttgcattatgatcagcagtggccaccttttcctttgtggtgctagtgctctgttatttcctcatattacaaattatcctttcattttctcacttaaattcatgtttctcagggcaaattagtgcactgattgatcgtcaagaggagctgtatgagcgtgaatcacagctgaaagctatgctcgaagtatctaaagcatccaacaacacaatcaataataccccttcagttggtccaaaagattggtctgggagcttcttatgggactctcgggctgatgatgttcgttttaatgtatttgggatttcttcataccggcagaatcaaagagaggtaaggttagtagaagttatctatatttttatgttggacactgcttaaacaactaagaagagtagaagttatctttttttatgttggacactgcttacaactacgaaataaaatacaaagtgagattcatataatcatttcatttagcgaagaaaccatatatttggtgtgcttcagacatacatgggctgctatatgtattctattatttatcattaacttgtgtgttgctcaaaaagaaataatcttttagaattatgttactatccccacattctttcccttttgttctcttggtactgttgagcctagccctagatgtacataccacaacttgctatactgcttacagtttctttattttgcatccttttaagcatattgcaaccttccagataatcaatgccatcatgagtggaagagatgtactggtcataatggctgctggtggagggaagagcctctgctatcaactacctgctgtacttcatgatggaattacattggttgttagtcctttgctttcccttatccaggaccaggtatttaagctttcaagatcgtagttttcactgcattttccaagtcatcaagtagacaaaaggacacccatggacatcacgtatgagagagataggataatatctgtgttgtcaaagctttatctgtctggcctctagtgatcccccgcgtgttatactcactgtctctgcctataatctcttctagaagaaaagaagaggaaaacagccagagctctgcctattcaatcaagaagaatataaagaagcatatacatttgcagtcacaatttgaaaactaaagcaataactaagtcaaaacaactagaactaattcattcctcgctatttccattggctaatgactataatctccattttgaggttcatatccagttctctggtgccctcgttccctaaagtagcccacatgtccatgttgtcatcacccctcatgggctcatcgcaacatgcatagcctgcatcatcctcgtggcctagtacattctacattgcttccagctggctgtcgtcatcaacacagactccagatccagctattcaagcgctattagacttgttcccctatctctatgctgtgattttctgctttcttctgttctcttcttctcacttctactctctactatgtttctctctggttctcttctaactctttgctctctgctcagcctttctttaagtctcttgtcttctccaggcaatgcctgtacacctgcctagtctgcttgctgacatggtgttgtctaggccaccatgactaccatgagaatttattttatcttgtatatgatcattaccattatttgatttgttcaattctaggtcatgggactagcagctttaggtatacaagcatacatgctggcttcaactaccaataaggaagtcgagaagttcgtctacaaggcgcttgataaaggtgaaggagaactgaagatattgtatgtgacacctgaaaagatatccaaaagtaaaaggttcatgtctaagcttgagaaatgccaccatgcagggcgtctttctctcattgcaatagatgtgagttttttaccacacaataaagcatgtttactctgattaaggttggatgatgtgcttgtacatgcttttgcttactctgtctctcttaagaatattgttttgctttgagtgtgttttactatttaaatactaacccatccctcttggactagaaaaaaatgatttgcaaaaaaaacgaagaagacttgttgccattgtctacactcgtgctaatcacttgtacaaaatgagcagttatgatgaattggtttattcactgttcacattttataagttattcatattggtttttagtttttattatgtttctcatcatataatgatcttatcaagtgtgagcatagctagttgacatatgttttaagcagttaagcacatgtgtatctagagtctgcgattaccaatttatcattgtaattaagtgttatcatgcaggaggcacactgctgtagtcaatggggccatgattttcgcccagactacaagaatcttggcattttaaaggtccagtttcccagtgttcctatgatagctttaactgtgagttgcgaaaataatatccattttttacaataattaaattttaactgtaatgtgaaataaggcctgcttctttttttgcaggcaactgcgacaaataaagtgcaaattgatttgatagagatgcttcatatccctagatgtgtcaagtttgtcagcacaattaacaggcccaaccttttctataaagtatgccttttctcaatttcaaatcgaggaaaatccatccataccacagattttgccaaattcaaagaataccacaaaatttgggaagtgccaattaataccacaacttttgccaacacttcctatctgtacactgagctagagaaatgtcactttgcccttcttcctcacctaaccttcaattttctatcctttgcctgagtttgagttgctgctgccagcttgagcagccactgttaggagcgagtagattcaccccagtagtcagtagactttttcttaaatataagaaagtgcaatgcagaagaatgaagatgtgaagagaacatttcactagtcttgtatagttgtatttgcctttaacattcttttgctattcaggtatttgagaaatcaccagttggaaaggtcgtcattgatgagattgcaaactttataagtgaatcgtacccgaataatgaatctgggattgtttactgcttttctaggaaggaatgtgaacaggttagtatagtcactgatgaatgcttcaagtttcttttatttgctgacatgtgatttggttggataatccactatctgtaacttttgaatttctattcaattctggtttgtgttttacagtctttcacatgctacactatctgtcagttcatatatattcgatttgctagatgctaaatttaacatagggtagctgcggtaaagattggagcaataagagattggtaatgggtcaaggcccatgggttctttcacaaccatacctgccctcatatttttaggtcaaaaatgtataaaatttcagcccaccccattttagaccaggccctcaaattttgtaggctaaatagttgggcccattaccacccctagacactggtgcatgataacattgcattttgtttttgataaaattatatgctattgttgttttatgaaacgcccatctaaagatgcagcaaggttacagttttgaacaaatagttgctgtttcgtgaaatttactctttatatagttaaaaatgggcagtggttgaaagccatgtcttggacttctctactttactgactgcacattgtcaactttagttctctcaatgcaaacataaagctaacatgaactacattctgaaaataagaattgacaagtaaccgattgttttctttcttctcaaatgggaataaatgtttgcaaagtatgatttcattggttgcatcttccatttactaaatattatggcttaccattttcagttaccatctgaatttataattgttagagattcttttgatatgcactatgcctaacacatgattgctgcatctatatctatactatatcctaatgctgtgtttcatggttagtcttcaaggactttcttgtattctaaaatggccatccgctgaccaacagtatctctcacactgcttcatcaactattttataattctgtgcttttactgacaaacaggtcgcaaaagaactgtctgaaaggggtattttagcagattattatcatgcagatatggatgttatttctcgtgagaaagttcatatgcggtatgctcagaattttttttatccttgtttgttactttgagatgaactttatttggtcttgtacatttataagcaacatatgtagtacatactgatcaacaaggttgaattgtctctctctgaacatgctcacttttgaataatcacatgcatataactgcaaagtatggaatttatatgtaataggagagttcctcttcaacttcatacaggtttctctctgaacgaataaattaaacatttttaaactgtataaattcttcatttgctatgtatgtttgtgcgtgaaagctttagctaccaatattattcttataatgtttaataattctaatattaaaatcacagtaaccagaatgaaccggtggtttaacagagcaaaaagaaagcggaacgtagctcagctcggttcaagatgctaaatagttcaggtaaaagaaaaacagcataaatggaatgttgtatatgacccgtgcaaccgtgctagttggagcaaacttgctgtcttttgtggacaggctaactctcctaccacctctttttctggtatatctgcaagaggcatgtcatataacaagtttccttggctatacttgcaccagaggaattaaaaagaatgaatgtgcagtttctcaaaatgtctacttttaattactattgtccaactgctcaatcccttattggattacagctgcctgatctatgagtagcatgtttctgatttagttgaaaatacaaatctgtgttgttaatcacctttaaatgtttttggaccttgtaagtatgatgcaatgatgcattcaacagtagttttgtacattgaaatttctatgactgtaattctgtatcgccattgtaatttgatgttgagctcttatggttgccgacaattttgtgaaccatttctttcaacagctggagcaaaagcaaattgcaggtcattgttggaacagtatgcatccacccccccccccccccctcgtctatgcccccctctcctctctctctctctctctatctctaacattcaagttttgtattaatttatgtaggtggcgtttggaatgggaatcaacaagccagatggtgcgttaagttttggtctttcatcataatgatgacatatgatgtgttcaagatgtagatgtgcacttatctaatctaattatatggtaccagcaggattaaacagatggggattagcccgtcattgatcgcaggtcatgggaaacagtcgaaaccctgtagatgttattacaggtagtaaaaatattaggaaacttaaatgtttggtaaaacatgaagaactgtgtttcaaggcggccaaaatttccaactatttagtaaattgccccataagtctctaaatttgcaaggtgcaagttggtccattatcttagaagctggaaacgttctaacttgtatgaatgattcaaatagattcagagctggtgcttaaccagcgtcaggaagataacctggcgtgtcagctactggagaagggatgtagatttagactaggagagaacataggtgagagagattagactaattgattttcattgcttaataataatagacacaattccttccttatatagatggaatttaacttgacccctaagtaaggactcgatctaatcttatctctaactagatctcaatctaacttatccctatccgaagtacacgtggtcggcctgtcgacccgatgatcatgacactagagacacctcaccacagtttttagggaaaccctccctataattcatttgaaatatattctttgtcgcatatcagagtgatgagacaggctgctgttctttctgactatgaggttacagggaagatatgagaaagagtagttggggagagaatgggagaaagaagaaatgtcatatttgtttccacgcgccacttcacataagtgtctaaggccacatggatgccttgtcaaaccaacttttgatctatttgaaccaatatgtgttcatggactagttttcagtttatttgcatatttgaatccacttgcaaacttttcgaagtactgtatgatatcttctttcactcgttctttctcttatatcctctcacaaatctgacttactggaactagttagatttgtgctatggcatagttcataattatttggacaatccatatactatatgttcccatgctccttcgttgtcctagaatatttcagcataggcttctcaaataaattgcatgtcttttgtatactgtgactactattagtttttgaattaccgataagtagcagttacagactggtgatatcgaacaaattggactattatgtttgcaattacatatctaagaaataaattaaatctcattttgtttctgtagtcaggtttgtgattcaccacagccttagtaaatctatggaaacatactaccaggtacatctaattatttaaccaactttcttcttttctctgactacttggtccattttaaatagatcttattgattttaggaaagtggaagggcagggagagatggactaccttcagaatgtattctgtattatcgacctggtgatgttccacgccaagtaagactaaagatgtcttcctttttctcttggtgtggcttcttgcttcctcttatcgatatgctgttttttcaatgagcagagttcaatggtcttctatgaaaactgtggcctgcaaaatctttatgacatagtacgatattgtcaggtaaattcccagtgctccgccaaaatgaataatatttgattttcttaattctttataccctcaacatagattttgttagtctcagttccgccccttttctactcataactgtacaagaaagtcatttatgtataatctcacactgctgtttaagtgatcaatccaactgaacttcctgcctggaattttgtacaacactccaaaaataacttccactgaaaatgtacaggagcatagggatcaatatacctttccacagaaaatggacatcataacttgctgtcggatctctctctctaggaataaaacatgcaataggtcctgagataacataggacaaaagttgttcatacaacgaaaagtaatattgtaaagttttattgcaatatacttatactagagtcctactcggaactgtgtgaacagacttaggcctatataacaagtaataaagattaggaaatagtttgaagctcattaacttacatgacctgagcatgctatatttgccataattagcttttttctgaacatccaacatggttatctgtagtttattcacatttatttctgatcgtaagctcgcctgtttatagtctaagaggagctgtcgtcgtggtgctttcttccggcattttggagaggctgcacaagattgcaatggtgttctctcattactttctgagtacatgactaaacttttggatttatcatacttaaacagtttcttcttgtaggaatgtgtgacaactgcacttctagtcttgagctcaaggagatagacgctacccgtatgatgattttacatcagcttggaaattttactgttgcactgaattacatacttgatacttgcatgttctttagtttatatttttacaaaatggtatttttgggagacatatttcttggaaagatttcgtttatgtatatttacacttcgattgtttctatgacttattgtacagaccatactaaaattattgtttcgcttctacatgatatccaacttaatgaccaaagagctacattgttgcagctggttgataagttcaaggcaaagtggaaagatttaggtgaacttcctccaaccaaacacccttttttgtgtgattcaagttgatgattcatttaatttataccatttgcctgcataaatattgaatgacccagaaaacagttctgatattactactgatcatggataagcaggttgttcaaatgagtccattgatcttaagaaagaaggcattgaacagttggtagttcaacttatactcgatcgggttttggtatgtgtgactgcaaatactgccatgcgaattcacaagtttattaatggtgattaatgtccattatgaatctcacattcaggtttataattcacctagtactgctactattgaaacatttatttggagtacttcacttgtaacattaaatgtatgtttatataactactgcaagttctataagaactacttcaaccatggacaagggctgagcaccacacactccagacccagcccaaaatccaagaccatggtgtaataccagatctggtttagttgtatatttattggtttgttttatttttatttttttctgtatcttataatggttttatattccccccatttgtaaatgtagctgtgtaagacagcagaataagaaccaggttccagtggttgctatactcctggctactagctgggatttcataaacttgcataaaccaactggttttgggaaaccctgtagatttgaaatgagcattttgctttgataatggcaatgtggaaaatagtgctaccttttttctggttaactacacgacacattctctataattaccatgctgcattgtcttgtggtcaaaataattatattttgccactaatgttttgagaaaaaaaatcaataaacgttttgaagcaaaggtgtttgtgcttgtattgtggccatccccaatctttgttttccaaaaatgaagcttttgcttttataatcttatatatcaataaaaagcagtagcaagatcataacattatgaaactattttaacaaaaagtctaataatatggtcttcacattttcatagctttagctgctttctttgtttgcctcaaagaccttgatttgatttgcaatgattactgaagaactgtttatccctcttagaaagaagaatttcagcatacagcatatgcaaccaatgcatatgttgccttgggaccactgtggaagccagcactacaaggtaaatgtttctttctcgtgaactttccatcttattttacgagcgatggatgaacatcttatgtgtaaagttcaacgcttgaacacaccactatctttgttattgctagatggattgtgaccgtacactaattaaaattctggcccttgacctgccttaaactttgaggtttttcttgatgtggtcatgtgttcatgtttggataatttaggaaattgtggaacgtatgtgaatatgtttttttcgtatatatgcagggaacagaccggtcaagcttagcgttgcttttcactctcaggataaaggtagtggatccaaacggactaagcgcaaccagatgagtaatttggaagctaagcttgatgacctgcggagagagctctcttccagtaatggaggcgtattcccacatgctgttctttctgcccagcaaatttccctcctgaaccgccaaaaaccaaccactgttgctgaggtgaggtttggttcaaatattctcttatcctacttagtgctatcctaagtgtatatatggaccgtctctaatttatatgtacattttatctgcggcctgcagcttgaaaagcttataggaaaggttaagacaggtaagtacgggagcgcgatcattgagctcatgctgttacatattgattcagaagtagccggaggaaaggcctgtgcatcgaagaggcaaaagaaagataaggaggatgttatttgtgttgagagtagcgaggaggaggatgtttaagcgttatcatggtttttcttttgaaggctaacgaggcaaatttattgttgaaccttgagtgaaccttgagttgtgttgggatttaaacgagttctgaaatatatgtagttgaggaattacagtgtc</dnaseqindica>

External Link(s)

NCBI Gene:Os11g0708600, RefSeq:Os11g0708600