Os12g0126000

From RiceWiki
Revision as of 10:20, 21 June 2012 by 127.0.0.1 (talk) (Created page with "{{JaponicaGene| GeneName = Os12g0126000| Description = Multi antimicrobial extrusion protein MatE family protein| Version = NM_001072579.1 GI:115487119 GeneID:4351384| Len...")
(diff) ← Older revision | Latest revision (diff) | Newer revision → (diff)
Jump to: navigation, search
Gene Name

Os12g0126000

Description

Multi antimicrobial extrusion protein MatE family protein

Version

NM_001072579.1 GI:115487119 GeneID:4351384

Length

4538 bp

Definition

Oryza sativa Japonica Group Os12g0126000, complete gene.

Source

Oryza sativa Japonica Group

 ORGANISM  Oryza sativa Japonica Group
           Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
           Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
           clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
Chromosome

Chromosome 12

Location

Chromosome 12:1250404..1254941

Sequence Coding Region

1250619..1250699,1250824..1250910,1250992..1251110,1251200..1251438,1251541..1251597
,1251896..1251982,1252125..1252666,1254617..1254928

Expression

GEO Profiles:Os12g0126000

Genome Context

<gbrowseImage1> name=NC_008405:1250404..1254941 source=RiceChromosome12 preset=GeneLocation </gbrowseImage1>

Gene Structure

<gbrowseImage2> name=NC_008405:1250404..1254941 source=RiceChromosome12 preset=GeneLocation </gbrowseImage2>

Coding Sequence

<cdnaseq>atggagaggccgggtgatgaacatgatgactgcaggacggctcctctgctggagcctaagcacgctcatggcgaaggcagcaacaacgacaagcaagaagaagatgaagaggaggttgggtcgttggggccgcgggtgttggtggagagcaagaagctgtgggtggtggcgggtccttccatctgcgcgcgcttctccaccttcggcgtcaccgtcatcagccaagccttcatcggccacatcggcgccaccgagctcgccggatacgctctcgtctccaccgtcctcatgcgcttcagcggcggcatcctcctaggcatggcaagtgcattggaaacattgtgtgggcaatcatatggcgccaagcaataccacatgttgggcatctatctacaacgttcatggatagttctcttgtgttgtgcagtcctcctcctcccgatatacctcttcaccactccactcctaatttttcttggccaggatcctaagatcgctgctatggccggcactatttcattgtggtatatccctgttatgatatccaatgttgggaacttcacgctccaaatgtacctacaagcacagagcaagaacatgattgtcacttatcttgccatgctcaatcttgggcttcaccttttcctatcatggcttttaacggtccagttccaccttggccttgctggggtcatgggctccatggtcattgcctactggattccagtatttggtcagcttgcttttgtcttctttggtggttgccctctaacatggacaggattctcatctgctgcttttactgaactcggtgctattgtcaagctttcactgtcttctggagtgatgctttgtgtggaattatggtacaacacaattttggttctcctcactggttatatgaagaatgcagagattgctcttgatgctctttcaatatgccttaatatcaatggttgggagatgatgatttctatagggtttttatctgcaacaggagtgcgggtggcaaatgaacttggagctggaagcgcaagaagggctaagtttgccattttcaatgtggtcaccacttctttctcgataggatttatgttgtttgtgctcttccttatctttcgtggaaggcttgcatacatatttactgaaagtaaggtagtagcagatgcagttgcggagctttctcccttgctagccttctccattttgttgaatagtattcaaccagtgctctcaggtgtcgctgttggatcaggttggcaaagtgtagttgcctatgttaatgttacatcatattacttgttcggtatccctattggtgtaatactaggctatgtgctaggatttcaagtaaagggcatttggattggtatgcttcttggtacgctagtccagactattgtgcttctatttatcactcttagaactgattgggaaaaacaggtagagattgctcgacagagattaaaccgctggtctatggatgagaatgggagacaacagaatccgggtgaaaatccatga</cdnaseq>

Protein Sequence

<aaseq>MERPGDEHDDCRTAPLLEPKHAHGEGSNNDKQEEDEEEVGSLGP RVLVESKKLWVVAGPSICARFSTFGVTVISQAFIGHIGATELAGYALVSTVLMRFSGG ILLGMASALETLCGQSYGAKQYHMLGIYLQRSWIVLLCCAVLLLPIYLFTTPLLIFLG QDPKIAAMAGTISLWYIPVMISNVGNFTLQMYLQAQSKNMIVTYLAMLNLGLHLFLSW LLTVQFHLGLAGVMGSMVIAYWIPVFGQLAFVFFGGCPLTWTGFSSAAFTELGAIVKL SLSSGVMLCVELWYNTILVLLTGYMKNAEIALDALSICLNINGWEMMISIGFLSATGV RVANELGAGSARRAKFAIFNVVTTSFSIGFMLFVLFLIFRGRLAYIFTESKVVADAVA ELSPLLAFSILLNSIQPVLSGVAVGSGWQSVVAYVNVTSYYLFGIPIGVILGYVLGFQ VKGIWIGMLLGTLVQTIVLLFITLRTDWEKQVEIARQRLNRWSMDENGRQQNPGENP</aaseq>

Gene Sequence

<dnaseqindica>4243..4323#4032..4118#3832..3950#3504..3742#3345..3401#2960..3046#2276..2817#14..325#tgtgctaggagaaatggagaggccgggtgatgaacatgatgactgcaggacggctcctctgctggagcctaagcacgctcatggcgaaggcagcaacaacgacaagcaagaagaagatgaagaggaggttgggtcgttggggccgcgggtgttggtggagagcaagaagctgtgggtggtggcgggtccttccatctgcgcgcgcttctccaccttcggcgtcaccgtcatcagccaagccttcatcggccacatcggcgccaccgagctcgccggatacgctctcgtctccaccgtcctcatgcgcttcagcggcggcatcctcgtaactatcctctctacccactacacttaatactatttaattacattttgtgtttaaactaatttaaactttgttttccaaattttccatcaaataactctcaaactttgctcgatttgatttttactgtatttttttcaagttgagatttatattttaaagtgtacataagtgcgagtctatgagaaatggatagtgtgggcatatagtcatgttagaaaaaaaaatctaacggtcaaagtaatggaaagtgtattgatggggaaaaaaatatcagacatgtcagagagatgaggcaacatttaatgtcacggaagggatccaaaatattcagaggcacataaaaaaattttcttttttaaaaaagacacaattcgtactgtaagaactaaattatgtgagacctatgtattttttgtttagaaaggggccatccgactaattcaaagcatcccttaatgtttgaagcggactcttagttcagccaccccctcttaatcattgcattgtctttatgcattagttatatacttgtgtgctcttcatgacttcaagtacaaataagctcgtaagatatctgtgttagctagctctggaacaatagcagactgccaagtttttatatatctagatattttttaaggaagcacagcagggagggaggccctacagtaatatattttattgatctttatctcctcatttagtccaaatattaaaaggaggagctcagtcttaaacagatatctcccggaagaaaaggtgggaggtttctgctcaagatgaagttatttcttatcttccaaatacactagacagaagttaagaatttatcgatgaagctgtaacccacatattggtttttagccttagccatcataatttaagttcccatcacggtattccaactaaatccaattgaagctcaacatgaagatgaaaatggacgtgtgaaacaaatgttgcattgtttcaatgaccccttgattacataacacacatactaggtcatactttggtggagcaattttttatgatctcgcatatatcgtgtgttcaatctattcataagaagtagcaatccaaaaactttaacttttgaagtgcacttactcttccataaccaaataaaatgtggaggctagacggatgtaattaaagatcagatagaagaatttctgaaaggcatagttcatgtttccccatatatacttccactgatcagcagtgtgatccaattccaagtttaggagtttgtttgactatcgagaaacctcatcatatgttttccgagatgatggcagattaaaattatcatccagatcagtagatacaaacactttgacagaggcctccttattagaagcaaaggaatatagccttagatatacattgcatggaggtggctagtgagaccacatatcttcctagaaggtgcaggcagttcccttatgtaagatacatctaggaattcctctaaagtggatgcttgttttacaaacatcattccaccagaaggactcttttgggatagttaaattaggcactaggtagacataatacttattctaaatcagttttacctaaggcaagtccttattgttataaaatttgttcaagtgtttcatgagcggtgcctaattttggattgtcaagttaatggcctcctcttctcctttaacttagtctgcaaaccttatgccaagcagccaggaattgtttttggagttgatcatatctgactatttccataagcagtgctttctccctatcaatgctctcaatcacagactttggtatcaaaagataccttactacaagtaatgatgacctctttatattttagacttttactaacaattaatttctagatgtaatcttatcttctatatatgcataaaaacacattataaattgctcaccttaaatgcacattgttgtaaactgcagctaggcatggcaagtgcattggaaacattgtgtgggcaatcatatggcgccaagcaataccacatgttgggcatctatctacaacgttcatggatagttctcttgtgttgtgcagtcctcctcctcccgatatacctcttcaccactccactcctaatttttcttggccaggatcctaagatcgctgctatggccggcactatttcattgtggtatatccctgttatgatatccaatgttgggaacttcacgctccaaatgtacctacaagcacagagcaagaacatgattgtcacttatcttgccatgctcaatcttgggcttcaccttttcctatcatggcttttaacggtccagttccaccttggccttgctggggtcatgggctccatggtcattgcctactggattccagtatttggtcagcttgcttttgtcttctttggtggttgccctctaacatggacaggattctcatctgctgcttttactgaactcggtgctattgtcaagctttcactgtcttctggagtgatgctttggtaagtaacaattgtgtttatgcatacatatgaaatttcagatatgcaatatgttagatgctaaatgtcgaccaacatattgtttagagctaattaattgctcatgtggtttattcttttttctttctcatttgcctttcagtgtggaattatggtacaacacaattttggttctcctcactggttatatgaagaatgcagagattgctcttgatgctctttcaatatggtaatatattcctctttcaattgttgcataatggtttagacaataaaaggtggggtatttgcaaatttgccactggttttttcaatattgcaaggatgccactcaaatgacagttctaatggcatttttgcaattttctagtggcagttttgcaataacgattcaaagtagtggtaaatttgcaattgccccataaaaggtagatcatgtttgtgggtacatcattgtattgttctttgttgttcctttagcagttgaaaaacttgcttattgagcattattgtttttccatatgtagccttaatatcaatggttgggagatgatgatttctatagggtttttatctgcaacagggtaacttagtgatcttacttgttacatgctaagtggttcatttgatcaatcaatcatgtcagataaatttcatttgacatacctatacatgtacatttctagagtgcgggtggcaaatgaacttggagctggaagcgcaagaagggctaagtttgccattttcaatgtggtcaccacttctttctcgataggatttatgttgtttgtgctcttccttatctttcgtggaaggcttgcatacatatttactgaaagtaaggtagtagcagatgcagttgcggagctttctcccttgctagccttctccattttgttgaatagtattcaaccagtgctctcaggtatggtattccatttaaaagaatagtatatatatcaatataatttgaaattgcacattggaattataatattttataatcatctgtaggtgtcgctgttggatcaggttggcaaagtgtagttgcctatgttaatgttacatcatattacttgttcggtatccctattggtgtaatactaggctatgtgctaggatttcaagtaaaggtgaggagccaattgataaaatttcattagtcaatttgggacttaaattgtgtttctcaattccatttgttgtttctatagggcatttggattggtatgcttcttggtacgctagtccagactattgtgcttctatttatcactcttagaactgattgggaaaaacaggtatgttaattgctcacaattttccttatctttttttttattaaatctcttaacccacatagcatgtgggtctctctagattttttttctcatttaatgatgtgtttcatgttcttttttctaggtagagattgctcgacagagattaaaccgctggtctatggatgagaatgggagacaacagaatccgggtgaaaatccatgatctaaaacttctgcacacttgtaatgaattatggtgatctatgaatcagcttgttctaatgggattgccctcagagtttaagatccttcaaggtgacatcatccttcaatgaacctataaatggcttggaatgatgtttttccccatgtgtcacaccatggaaaaaccgtgatgttattgaaggaaccttatatatatatggtcgtaaattatcc</dnaseqindica>

External Link(s)

NCBI Gene:Os12g0126000, RefSeq:Os12g0126000