BGIOSGA015502

From RiceWiki
Revision as of 04:15, 28 June 2012 by 127.0.0.1 (talk) (Created page with "{{IndicaGene| GeneName = BGIOSGA015502| Description = Japonica Group Os04g0178300 (Os04g0178300) mRNA,| Definition = Oryza sativa Indica Group BGIOSGA015502, complete gene....")
(diff) ← Older revision | Latest revision (diff) | Newer revision → (diff)
Jump to: navigation, search
Gene Name

BGIOSGA015502

Description

Japonica Group Os04g0178300 (Os04g0178300) mRNA,

Definition

Oryza sativa Indica Group BGIOSGA015502, complete gene.

LocusTag

NM_001058706.1

Ensembl Transcript ID

BGIOSGA015502-TA

Ensembl Protein ID

BGIOSGA015502-PA

Length

6569

Source

Oryza sativa Indica Group 

 ORGANISM  Oryza sativa Indica Group
           Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
           Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
           clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
Chromosome

Chromosome 4

Location

Chromosome 4:6557974..6564542

Sequence Coding Region

6564266..6564542,6563191..6563374),complement(6562366..6562580,6561643..6561763),complement(6561384..6561496
,6560510..6560742),complement(6559955..6560070,6559743..6559841),complement(6559102..6559281
,6558901..6558988),complement(6558592..6558801,6557974..6558195

Genome Context

<gbrowseImage1> name=IndicaChromosome04:6557974..6564542 source=RiceIndica04 preset=GeneLocation </gbrowseImage1>

Gene Structure

<gbrowseImage2> name=IndicaChromosome04:6557974..6564542 source=RiceIndica04 preset=GeneLocation </gbrowseImage2>

Coding Sequence

<cdnaseq>ATGATCGATGGCATCAGGACAGCACTGAGATCAATCGGAGAGGGAGAGATTAGCATCTCAGCCTATGACACTTCGTTGGTTGCCCTTCTGAAGAGGCTAGATGGGGGTGATGGTCCTCAGTTCCCATCAACCATCGACTGGATCGTTCAGAATCAGCTACCGGATGGTTCATGGGGTGATGCCTCCTTCTTCATGATGGGAGACCGGATCATGAGCACCCTCGCTTGTGTTGTAGCGTTGAAGTCATGGAACATCCACACCGATAAATGCGAGAGAGGTTTGTTGTTTATCCAAGAAAATATGTGGAGGTTGGCCCATGAGGAAGAAGACTGGATGCTAGTTGGATTTGAGATTGCCTTGCCCTCGCTCCTAGACATGGCTAAGGACCTGGATCTTGACATCCCTTACGATGAGCCAGCCTTGAAAGCAATATATGCCGAGAGAGAAAGGAAGCTTGCCAAGATTCCAAGAGACGTGCTACACGCTATGCCAACAACTTTACTTCATAGCCTTGAGGGAATGGTTGACTTGGACTGGGAAAAGCTCCTCAAGCTCCGGTGTCTCGATGGGTCCTTCCATTGCTCCCCTGCTTCGACGGCTACTGCTTTCCAGCAAACAGGAGACCAGAAATGCTTTGAATACCTCGATGGAATCGTCAAAAAGTTCAATGGAGGAGTTCCCTGTATCTACCCTTTGGATGTGTACGAACGCTTATGGGCCGTCGATAGGCTGACGAGGCTGGGCATATCAAGGCACTTCACAAGTGAAATTGAGGATTGCTTAGACTACATTTTCAGGAACTGGACTCCAGATGGATTAGCTCACACAAAGAACTGCCCGGTAAAAGATATCGATGACACGGCCATGGGTTTCCGTCTCCTCCGACTTTACGGCTACCAAGTCGACCCATGCGTGTTGAAGAAGTTCGAAAAGGATGGCAAGTTCTTCTGCTTGCACGGGGAGTCCAACCCATCCTCTGTCACCCCAATGTACAACACTTACCGGGCCTCCCAGCTCAAATTTCCTGGCGATGACGGTGTCCTTGGGCGAGCTGAGGTGTTTTGCCGCTCATTCCTCCAAGACAGGAGAGGCTCAAACAGAATGAAGGACAAGTGGGCCATCGCCAAGGATATCCCAGGCGAGGTTGAGTATGCTATGGACTACCCATGGAAAGCAAGTTTACCGCGTATTGAAACAAGGTTGTACTTGGATCAATATGGAGGTAGTGGCGATGTATGGATTGGGAAGGTCCTGCACAGGATGACTCTTTTCTGCAACGACCTGTACCTCAAGGCAGCTAAAGCTGACTTCAGTAATTTCCAGAAAGAGTGCCGAGTTGAGTTGAATGGCCTTAGAAGGTGGTATTTGAGGAGTAATCTGGAGAGGTTTGGAGGGACTGATCCACAGACTACACTGATGACATCCTACTTCTTAGCTTCAGCGAACATCTTCGAGCCAAACCGAGCAGCGGAACGTCTTGGATGGGCTCGCGTAGCGTTGCTTGCCGATGCCGTCTCCTCTCACTTCAGGAGAATCGGGGGACCAAAAAATTTGACCAGTAATCTTGAAGAGCTTATCAGCCTTGTTCCATTTGACGACGCTTATTCTGGCAGTCTTCGTGAAGCTTGGAAGCAGTGGCTCATGGCATGGACTGCAAAGGAGAGCAGCCAGGAGTCAATTGAAGGGGACACGGCAATATTGTTGGTTCGTGCCATCGAGATTTTTGGAGGACGGCATGTTTTGACTGGGCAAAGACCGGACCTTTGGGAGTATTCCCAGCTCGAGCAGCTCACCTCCTCCATCTGCCGCAAACTGTACAGGAGGGTTCTTGCCCAGGAGAATGGGAAAAGTACGGAGAAAGTTGAGGAGATAGACCAGCAATTGGATTTGGAGATGCAGGAATTGACTCGGCGCGTTCTTCAGGGCTGCAGCGCTATTAACAGACTAACCCGGGAGACGTTTCTCCATGTGGTGAAGAGCTTCTGCTATGTCGCCTACTGCTCACCTGAGACAATTGATAACCACATCGACAAGGTCATATTCCAAGATGTGATTTAG</cdnaseq>

Protein Sequence

<aaseq>MIDGIRTALRSIGEGEISISAYDTSLVALLKRLDGGDGPQFPSTIDWIVQNQLPDGSWGDASFFMMGDRIMSTLACVVALKSWNIHTDKCERGLLFIQENMWRLAHEEEDWMLVGFEIALPSLLDMAKDLDLDIPYDEPALKAIYAERERKLAKIPRDVLHAMPTTLLHSLEGMVDLDWEKLLKLRCLDGSFHCSPASTATAFQQTGDQKCFEYLDGIVKKFNGGVPCIYPLDVYERLWAVDRLTRLGISRHFTSEIEDCLDYIFRNWTPDGLAHTKNCPVKDIDDTAMGFRLLRLYGYQVDPCVLKKFEKDGKFFCLHGESNPSSVTPMYNTYRASQLKFPGDDGVLGRAEVFCRSFLQDRRGSNRMKDKWAIAKDIPGEVEYAMDYPWKASLPRIETRLYLDQYGGSGDVWIGKVLHRMTLFCNDLYLKAAKADFSNFQKECRVELNGLRRWYLRSNLERFGGTDPQTTLMTSYFLASANIFEPNRAAERLGWARVALLADAVSSHFRRIGGPKNLTSNLEELISLVPFDDAYSGSLREAWKQWLMAWTAKESSQESIEGDTAILLVRAIEIFGGRHVLTGQRPDLWEYSQLEQLTSSICRKLYRRVLAQENGKSTEKVEEIDQQLDLEMQELTRRVLQGCSAINRLTRETFLHVVKSFCYVAYCSPETIDNHIDKVIFQDVI</aaseq>

Gene Sequence

<dnaseqindica>1..277#1169..1352#1963..2177#2780..2900#3047..3159#3801..4033#4473..4588#4702..4800#5262..5441#5555..5642#5742..5951#6348..6569#ATGATCGATGGCATCAGGACAGCACTGAGATCAATCGGAGAGGGAGAGATTAGCATCTCAGCCTATGACACTTCGTTGGTTGCCCTTCTGAAGAGGCTAGATGGGGGTGATGGTCCTCAGTTCCCATCAACCATCGACTGGATCGTTCAGAATCAGCTACCGGATGGTTCATGGGGTGATGCCTCCTTCTTCATGATGGGAGACCGGATCATGAGCACCCTCGCTTGTGTTGTAGCGTTGAAGTCATGGAACATCCACACCGATAAATGCGAGAGAGGTATGTGTATATCACTAGATTTCCTTTTCTCCATTGTCTCTTCTTGTGGACACAATCCTTGATGTTTCCTTTTGATGGACTGAACTTTTTGATTTTGTTTACTGGTTTGTTTTGATTTTCTTTAAAAAATAAATGTGTTTATTAAAATAATTTAAAAAAAATCAAAGTTTTACAAATTCACACCCCCTGACATCACTTAGTGTAGCGTTTTTTAAAAACACCCTCCTAAATAATATTTTTTATAACATGACACATGGTCATTGAGATATGTTAACAGTCGTCGTACGAAGGAGCTGACCATTTTTCAGGCAACACTCTTATAAAGGGGGCCACTTGTAAAATGGCAGCCTAGCATATTTTGTAAGCGACCTCCTTGTAACCCTCCCAAAATAGAGTTTCTCTATATAGGAAGTGGATTTTTTCCCTTGAGAGGATGTCCCCTTGTTTTGTGCATGGTATTTAAAAAATCATGAAAAATTTGAAAAAAAATATCAAGATAGATCAATATATGATACATCTTTACACAAACATACAAGTTGAAATATTACTTATACAATTTAAAAAAAAAAAACAAATTTAACCACGAATTACATGTTTCATTCATAGTTAAATTTGTTACTTTTGTTTCTAGTTGTATAAGTTAAATTAGAATATGTATGTTTGTGGAGTGACATATCACATATTGTTCAATCTTACTATTTTTTTTTGAATTTTCTAATGACTTTTAAGAGATGAAAAATAAGAAGACATCCCCTTAAGCAATTAATAGAGTTTCTCTATGTGTGTGCGTGTGTATATAATATATGTATACATATATTGCGCTATCAGCATGTTTGTTTTTGGATTTACTATGCCAATAATTTGAGAGATGACAAGGATTTATTGTCGTAGGTTTGTTGTTTATCCAAGAAAATATGTGGAGGTTGGCCCATGAGGAAGAAGACTGGATGCTAGTTGGATTTGAGATTGCCTTGCCCTCGCTCCTAGACATGGCTAAGGACCTGGATCTTGACATCCCTTACGATGAGCCAGCCTTGAAAGCAATATATGCCGAGAGAGAAAGGAAGCTTGCCAAGTATGTATGCCTATATCTACCTATTAATTATTTTGTTTAGTAAAATTTTAGTCATGCCACACACGATAGAATATAAAGGATAAAATCCATCGTGAAAGCGCCCGCTTGCTTCTCGGTCTCTCTCACAAATAGCTACTCTCTCCGGGGTGATAATACTTATCCTTTTAGACAAGGACACGGTCTCTAAAAAGTAACTTTGACAACTATTTTCTATTATAATATATATAGAAATATTAACAAATATATGATTTTATTAAAGTACTTTTTAAACTAATCTACACATATGGTCTTCATATTTTAAGATAAATATTTTAGAAATTATTTTTAATCAAAGATTTTAATGTTTGACTTTACCCTTGTTCAAAATGACTAATATTATCGGTCCGAAGTGAGTAGCAGATATGGACTTATTGCATATGCCCGAAACATGTAATATGTGGATCTATCGTATATTAGGGTTGCATTACTGTAAAACCATTCACAAATTATTCTCCTTTTTTGCTTTTCTTATACAGTTAAAATTATTGCGAGATTTAGAGTTATTTTTGCTCTAATATAACGCATTCTAACATCTTTTACGATGAATGAATGTTTTGCATTCAAATTCTAGGATTCCAAGAGACGTGCTACACGCTATGCCAACAACTTTACTTCATAGCCTTGAGGGAATGGTTGACTTGGACTGGGAAAAGCTCCTCAAGCTCCGGTGTCTCGATGGGTCCTTCCATTGCTCCCCTGCTTCGACGGCTACTGCTTTCCAGCAAACAGGAGACCAGAAATGCTTTGAATACCTCGATGGAATCGTCAAAAAGTTCAATGGAGGAGGTAATTATTGAAGCCGATTTACCAAAATATTTTTTGTTGATTTACATGCACAAAATTTCAGAATTCCATAAAGTATATTAATTAATTTCTCCTTATATTAGCTAGTTTCTTCTTCCTTCCTCTCCCAGTACACTGACTCAATTCAACACTGTATCTGTATGCAATGAAACAGAAGCGCACTTCTGTATGAAACAGAACCCCTCCCCTCCACACGAAAAATAGAGCGATAGATTAACACATGATTAAATAAGTATTAGTTATAAAAAATTTAAAAAATAAATTAATATGATTTTTTAAAGCAACTTTCATATATAAACTTTTTATAAAACATGTACCGTTTAATAGTTTGAAAAGCGTGCATGCGGAAAATGAGGAAGATAGGTCGGGAATCTATGGGAAAGAACGCACCCAAGAGGCTAGGTTCAGTAGTTCGTTTAGCTTTTGCAATCTCCTTGTTTTTTTTCATTAGCACTACTCCCAAACTTGTAAATGGTACCTTTATTGACAACTTTTTATATACAACCTTTTCCAGAAAAAATAAATAAACTTACAGTATTATTATGTTTAATAATTACAGCTTACTTATTCATTATGTTTTCCAGTTCCCTGTATCTACCCTTTGGATGTGTACGAACGCTTATGGGCCGTCGATAGGCTGACGAGGCTGGGCATATCAAGGCACTTCACAAGTGAAATTGAGGATTGCTTAGACTACATTTTCAGGTACTAATTAACTTTTAACATACATGTATATATCTGTATTACCAACATGTATACAGATACTTTATGCACGTAGGTAACCAAAGTGAATTAATTAATGTTTAGTTGACCATATATATATAATATGGATATTAATTATACTGGAACAGGAACTGGACTCCAGATGGATTAGCTCACACAAAGAACTGCCCGGTAAAAGATATCGATGACACGGCCATGGGTTTCCGTCTCCTCCGACTTTACGGCTACCAAGTCGACCCATGTAAATACTAGTCCCTCGGTCTTTTTTCTTAATTAAATTGTTTAAAGTTTCAATAAGTTAATTTATAGAAAATTATAGCAACATTTCCAATACAAATATATTCAATGTTACATTTAATTAAACTAGCTTGGTGTTGTAGATTTTGCTATTTTTCCTATAAATTTGATCAACCTAAATAATTAAGGTCTAACTTGGAAAACAATCAAAGCAACTTATAATATCAAAATATAAATACATGGAGTAGTTTACTAACAGTTGCTAATTAACGTCTAATAATTAAGATATCCAACAAATTAAAATTACTACTTATTGTTTTAAAGTACTTATTGTTCGAACAAATCTCACACAAACCAACAAGATGTACAAAGATTATATTACATGGTTTACCCTCATTAAATACATGCCAATTACTTTTCCAAAGCATATGAACCATTGGAGTTGTGACTGCATTAATGTATAACCGCATTCATAAAGGATAGAGAGAGAAGATGACCTCTACTAGAAGTACTTTGGAAACGTGACAATGATAAGTATTTTGATATAAAATTTAAATTCTAGAATGATAAGTAATATAAAATGGAGAGACTATTTACTTTAATAATTGAACCTAGCTAATGTGCTCAAACGATAATGCCATGCAGGCGTGTTGAAGAAGTTCGAAAAGGATGGCAAGTTCTTCTGCTTGCACGGGGAGTCCAACCCATCCTCTGTCACCCCAATGTACAACACTTACCGGGCCTCCCAGCTCAAATTTCCTGGCGATGACGGTGTCCTTGGGCGAGCTGAGGTGTTTTGCCGCTCATTCCTCCAAGACAGGAGAGGCTCAAACAGAATGAAGGACAAGTGGGCCATCGCCAAGGATATCCCAGGCGAGGTATGTTAAGTCCTACTACTCCCTATGCCAAAAAAAAAAAAGAGCTTTTCAGGATGAATCTGAACATGCATTTGTTCAAACAATCGAAAATCAATGCAATTTTATTAAAGTATATATGAATGGGATGTGATAATACTTCGTTCCTATTGAAAATGCAAGTTTTTGATGCTAAGCTACCAACTAATTCATTGCGTCTTCTACTTCAATATACTCCTACTCCCTCCGTCCAAAACAAAAACCTTTCAGGATGAATGATATGCATTTGTCTAGACTGGAACAGAGAGAGTGCCTAGCTAGCAATGGAAAATTAAGGCAAATTTATTAAAGTATATATGGATGGAATGTGATAATACTTCAATTCCTATTGAAAATACAAGTTTTTTTATGCCAAGCTACCAACTAATTTATTCTGTCTTCTACTTCAATATATATTTATTAGGTTGAGTATGCTATGGACTACCCATGGAAAGCAAGTTTACCGCGTATTGAAACAAGGTTGTACTTGGATCAATATGGAGGTAGTGGCGATGTATGGATTGGGAAGGTCCTGCACAGGTAATTAACCGTAGCTTCAGATGTAATAATATGTATTTTGTCTATTCGTTAATGATAGAATTACCTGCAGCAAAACAAATAGTCCCTTCTTGTTCTAAGTCTGAATTTTTCAGGATGACTCTTTTCTGCAACGACCTGTACCTCAAGGCAGCTAAAGCTGACTTCAGTAATTTCCAGAAAGAGTGCCGAGTTGAGTTGAATGGCCTTAGAAGGTATGTCCTATTAATCCCGAATTTGAGCCAATAACTCTTTGACAAATACCATATATCTATAGTAATTTAAAATAAAGTAGTGGTGGTGGTGAGTCCATTGCTCTCACCACTAGTTGCCTAAACTGATATGTAGGACTAGCTCGAAAGGCATTTTCACATTGAAATATCTTATACCTCTAACCTCTCCCTTTAATTGTCTAAAAGCAATGTTTGAAAAGTAAAAAAAAAAGAAATATAAAACACCTAATTAATTTTAAAAATAAGTTCTAAATTGTTCTCTTTTCTGCAATGGATCAATGATATATTTTTTTAATCCCGTAAACAATGTATGCGCATTTTGCTAGTATTTTTTAAGACAATTGAAGATGAGTAATATTGCTACACATCTCCATCCTCTGTATGATAGCATACCACATATATGATTAATTTCTTACTCAAAATTATTTACACTTTATATGCAGGTGGTATTTGAGGAGTAATCTGGAGAGGTTTGGAGGGACTGATCCACAGACTACACTGATGACATCCTACTTCTTAGCTTCAGCGAACATCTTCGAGCCAAACCGAGCAGCGGAACGTCTTGGATGGGCTCGCGTAGCGTTGCTTGCCGATGCCGTCTCCTCTCACTTCAGGAGAATCGGGTATGTTTAACCGTCTCCTCTCACCAAATCGATCACTTGATTTTGTGCTTTAGTGATCGATCAATGCATGGATGCAACATGAGCTTACCTGCATGCTATATATATGCTTGCAGGGGACCAAAAAATTTGACCAGTAATCTTGAAGAGCTTATCAGCCTTGTTCCATTTGACGACGCTTATTCTGGCAGTCTTCGTGAAGCTGTAAATTAATTTATCAAATCAAAACCGTGTTAAAACTTCAAATGGAAACATAAATATATATGTGCCAAATATTTATAAATTTCGTTTTATAAACTGCAGTGGAAGCAGTGGCTCATGGCATGGACTGCAAAGGAGAGCAGCCAGGAGTCAATTGAAGGGGACACGGCAATATTGTTGGTTCGTGCCATCGAGATTTTTGGAGGACGGCATGTTTTGACTGGGCAAAGACCGGACCTTTGGGAGTATTCCCAGCTCGAGCAGCTCACCTCCTCCATCTGCCGCAAACTGTACAGGAGGGTTCTTGCCCAGGTAAATATTTATATTATAACCTGAATTTTTATATACACACAAAACACTGTCCTTTTAATCAAGTTGTGTATACAAATACACACAAATACAGTAAAACGTGCATAGTGCTTGTTATAACTAAAACACGTCCCTTACGTAGTAAAATTTTTACCGCAAGTTATATCGTTGTAAAATATCTTAGAGTAAAAAACTTTTACTAATCGATACTTTATAGTACAATTTTTACTAGCTCAATAGGCCATTTGATGATTATAGTCCCCGGCTCCCCGCTGTAAAAATTTCACTACCTTGCTTTTGTTAGCTATAGCACATCCTGGCTATGGTATAGTACTTCTACCATACACAAACATGAATATTGTTAATTTGCAACGATGAAAATATTTAACTTGACTTCAGGAGAATGGGAAAAGTACGGAGAAAGTTGAGGAGATAGACCAGCAATTGGATTTGGAGATGCAGGAATTGACTCGGCGCGTTCTTCAGGGCTGCAGCGCTATTAACAGACTAACCCGGGAGACGTTTCTCCATGTGGTGAAGAGCTTCTGCTATGTCGCCTACTGCTCACCTGAGACAATTGATAACCACATCGACAAGGTCATATTCCAAGATGTGATTTAG</dnaseqindica>

External Link(s)

EnsemblPlants:BGIOSGA015502

Retrieved from "https://ngdc.cncb.ac.cn/ricewiki/index.php?title=BGIOSGA015502&oldid=64396"