Os08g0152900

From RiceWiki
Revision as of 12:47, 21 June 2012 by 127.0.0.1 (talk) (Created page with "{{JaponicaGene| GeneName = Os08g0152900| Description = Armadillo-like helical domain containing protein| Version = NM_001067543.1 GI:115474822 GeneID:4344676| Length = 718...")
(diff) ← Older revision | Latest revision (diff) | Newer revision → (diff)
Jump to: navigation, search
Gene Name

Os08g0152900

Description

Armadillo-like helical domain containing protein

Version

NM_001067543.1 GI:115474822 GeneID:4344676

Length

7184 bp

Definition

Oryza sativa Japonica Group Os08g0152900, complete gene.

Source

Oryza sativa Japonica Group

 ORGANISM  Oryza sativa Japonica Group
           Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
           Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
           clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
Chromosome

Chromosome 8

Location

Chromosome 8:3030285..3037468

Sequence Coding Region

3030924..3031157,3031775..3031852,3031977..3032095,3032481..3032587,3033381..3033454
,3033883..3033967,3034051..3034136,3034315..3034385,3034473..3034554
,3034673..3034736,3034837..3034931,3035046..3035141,3035510..3035761
,3036317..3036409

Expression

GEO Profiles:Os08g0152900

Genome Context

<gbrowseImage1> name=NC_008401:3030285..3037468 source=RiceChromosome08 preset=GeneLocation </gbrowseImage1>

Gene Structure

<gbrowseImage2> name=NC_008401:3030285..3037468 source=RiceChromosome08 preset=GeneLocation </gbrowseImage2>

Coding Sequence

<cdnaseq>atgcaaagcttggaagaccaaagagatgctaattttgggcttcctaaagaagaatcatcaattaaaggaagatgtcttgtggctgccattaaggtaatagatgagtgtctgcgtgtttcatctggattcaagggaacagatgacctcaaagaatatagattgcaagatattcagcaaatttctgattgtaccataaacaaaactatcaaatctgcgcctcactttgagactgatgttcctggaccatcacaaaattttactttggacataactctcggaactaatcgttggattgaggtgatagaaaggcttctccctcaaggattatcacatggctctgctacggtcaggacagcatcactgacatgtttcgcgggcatgacttatgatgttttcttctccctgccagaaaacaagagggattatgtgacgtcctcatcgattcatgctgcattgagtgatacagctcctgctgtaaggtctgctgcatgtagagccattggtattgttgcatgtttccccagcatactgtcaagtcctagcctacctggcaagttcatagatgccattgagtttaacacacggaattcatcaactccagttcgtatcactgcatcatgggccttggcaaatctttgctcttctattcgttttagagcattagataccaatccctctgcaggtgtactagataaatcagccatatcattgctggttgaaattgctttgcgccttgctaaagatggtgaaaaggtaaagtcaaacgctgttagggctcttggataccttttaagatttatcagattcaataatcattctgacacagttgatgacccaagtaattccgttctctgtggagatcctgtctggcttgaaaggatggtacatgctttgatgtcctgtgtgacaacaggaaatgtaaaggttcaatggaatgtttgccatgctcttagcaacttattcatgaacgacaccttgagacttccagatatgccttgggcatcaagtgtttatagcatacttctgctactactccgtgactcaaacaattacaagataaggatgcatgcagctgttgccttagcagttccagtctcacggcttgattatggtagctcatttccagatgttgttcgaggaatcgagcatgttcttgagtcattgagttccaacagtttatcatcaccttcaaatttcaaacataaaggcaaccttgagaaacaggttacatttactgctcttcatttgtttagttttgtttcaccaaaagatgatcaaagcctgagagattttcttatcaagaaagcatcctttctagaagactggctgaagtcattgttctcattgttcaataatgttgaggaccagcctttggcaaatgaggccataaatgacgaggatggtttcagcccaaacgtggcacaaaaagctatgttgtcttctgctgtgaagtccttgctcgacatatatacaagtgaaaatcagcacactgttgctcagagatttgagcaattggcaagaagcctagaattatag</cdnaseq>

Protein Sequence

<aaseq>MQSLEDQRDANFGLPKEESSIKGRCLVAAIKVIDECLRVSSGFK GTDDLKEYRLQDIQQISDCTINKTIKSAPHFETDVPGPSQNFTLDITLGTNRWIEVIE RLLPQGLSHGSATVRTASLTCFAGMTYDVFFSLPENKRDYVTSSSIHAALSDTAPAVR SAACRAIGIVACFPSILSSPSLPGKFIDAIEFNTRNSSTPVRITASWALANLCSSIRF RALDTNPSAGVLDKSAISLLVEIALRLAKDGEKVKSNAVRALGYLLRFIRFNNHSDTV DDPSNSVLCGDPVWLERMVHALMSCVTTGNVKVQWNVCHALSNLFMNDTLRLPDMPWA SSVYSILLLLLRDSNNYKIRMHAAVALAVPVSRLDYGSSFPDVVRGIEHVLESLSSNS LSSPSNFKHKGNLEKQVTFTALHLFSFVSPKDDQSLRDFLIKKASFLEDWLKSLFSLF NNVEDQPLANEAINDEDGFSPNVAQKAMLSSAVKSLLDIYTSENQHTVAQRFEQLARS LEL</aaseq>

Gene Sequence

<dnaseqindica>6312..6545#5617..5694#5374..5492#4882..4988#4015..4088#3502..3586#3333..3418#3084..3154#2915..2996#2733..2796#2538..2632#2328..2423#1708..1959#1060..1152#agaacaggaaatacatgtcagtgtgagatttggagctctccaggtatggcattgttctgttatgcttctccatatctgtttggaaacttgcactatgcaattacattagtcaatgtctatttccctttataatttgctttgtaagcaacacaaatgttaccagttgtcttccttttaggttgtaacttgtactgtatactggatatcttactcaatttctaacaagctacaaggacacctaagctaagattactttcataaaaaaggctaagctccctggtctggtctatctctcagcgatgcaattttccttggcgttccaagtttatacaatgcaaatgctgttattttattggacaaggtcatttgcactgacagaaaatagaagtttggacaataaacaagaaaacatgtgggtcacctaatccaacatcatcacttacatacacttttcatacttacatgttctgaacaagttattgtctattgaatgacctcacagtcgctccataagttgacattcattgcttggtatcatacaaagaaatgcaccttggaaaatactatcgcataatttcgagtttatcaccatcatgttttttgtccaaatatgctgagcctttttggggatataggattctataaatggcaacactacccctgtctcttctcacctttttgtaatcatgtccgtcctgcctctctggttagacagtgatttgatatcctagtgagcttctggtttgagctttgtatcatggcatgtgggggcgtccttaataaacagaaataataatacaagaaaagaacaagagagggtgggggcaaaaaaaagtcaaggcaagggtattttcaacttaaattctctttacgatggcatttaacagcttatgttttttccagtgatattttccaacatctcaatctacgtgatggtgctaagcagatttacttttatttatatgtaatcaggtgttgagatcagcagttcataattatccaagctgtgcaaatatcatttgggcaaaagttcaatacattgttcttgatttattgcaaatgcaaagcttggaagaccaaagagatgctaattttgggcttcctaaagaagaatcatcaattaaaggaagatgtcttgtggctgccattaaggtaatttttactttaaatgtttggaaaccttatggatggcatttgaatgtgtatgttattgttcactagcttgttctatgtcattcacatttggagtatgttttgtattttgaagttaaaattttctcattgaaagaagctggttaaattcttgatgctgagtcacttccaaccttgcattcaatctttttttccccttctgtatattgacttgctagaatatgaatttctatagttaacaatgcttgaatttcactattaattgtttgagaaaaacatcactgttaattgtattatcatatcatactccatataagatatagcacctaaatgcaaaagttggatacatacataatcttttctcccaacataagatgcagtgtttgacttgcagcatctttcgcttcttttactttgttacggattcaacatattaggctatcctggattccatggcccgattcacttttaactatcatcattcttaggcttgtaatctatttgttcaatcatttattaatgcctctatccaaaaattatggctccatttttcaggtaatagatgagtgtctgcgtgtttcatctggattcaagggaacagatgacctcaaagaatatagattgcaagatattcagcaaatttctgattgtaccataaacaaaactatcaaatctgcgcctcactttgagactgatgttcctggaccatcacaaaattttactttggacataactctcggaactaatcgttggattgaggtgatagaaaggcttctccctcaaggattatcacatggctctgctacggtaatttgctgatagaactaaaacatttattttttatattattcatatcatctacaaaaaacaaacaccatttagactcatttcatgacatagatgctaacaaactgaagcggattaacaacaaaatgctactataacaattagtgaaagcagccaaccaatccatacttgaatcagagctactatgttttacttttaatttacactttcttatcttccgtaaagcatgtggttaactggttatgatcatagactgctttatgtgcattatcaaagaaaactgtttttttttttggcattttctagtaactggacagaattggtaaaaaatattttctctgtatagctgaaagtattccaatttctaggtcaggacagcatcactgacatgtttcgcgggcatgacttatgatgttttcttctccctgccagaaaacaagagggattatgtgacgtcctcatcggtaagtttattgccttattttttttattacaaaagcgaatgccttatttatgggtttcgtgacttcatcatctggcctgttcagaaatgtcattttggtatcgtccttttgtagattcatgctgcattgagtgatacagctcctgctgtaaggtctgctgcatgtagagccattggtattgttgcatgtttccccagcatactgtcaaggtaattttccaaactgttgtttccctcagcttcaaatgctgatgataagatacttaaatgaagatagttgatagcacataacccaggtttccttgtacagtcctagcctacctggcaagttcatagatgccattgagtttaacacacggaattcatcaactccagtatgatctctctctctctctctcacgcacacacaaatcatttatcttatcatttgtacaaaaaatttccatacatgctctacataatataacatgttactataacctaacttgttaggttcgtatcactgcatcatgggccttggcaaatctttgctcttctattcgttttagagcattagataccaatccctctgcaggtatgtatgtcatgtttttggttgcagacttacagcatcttattccaacataatatgcttacccgtccattgctttttctattgtaggtgtactagataaatcagccatatcattgctggttgaaattgctttgcgccttgctaaagatggtgaaaaggtggttttctgaatctagttgtgatgcttttgtttcaattgttcactggccatgtatattttaggggtgcttgcagttggagactgcatttaattttaaaagaaaggggtgaaagctgcttctatgtctgtaaaatgactaactgatgttttttttttctcattttatttgcattcaggtaaagtcaaacgctgttagggctcttggataccttttaagatttatcagattcaataatcattctgacacagttgatgacccaaggtagcttactgttctgtgtacatcagttactatttctcttggtcaattaatccaactaacaatgttccggatttccatggcagtaattccgttctctgtggagatcctgtctggcttgaaaggatggtacatgctttgatgtcctgtgtgacaacaggaaatgtaaaggtaggcaaggaatgagtgctaacctgctgaatgctttcagtatcctagtttcttactccatcttaacttgtcagttaacggtgaaaatatttgtctgacatctgtgctaaacttctactccctctgtcccataataagtttttggctcctcctgtttgtctcgaaataagttcatttttgagtaatcattgcattggagtttgagaaagtaaggaacaatgtattgggagtagataaaatggggaataattgcattgggatttgatgaagtgagggtattctagtcttttttggttttgtattggtatgtgtggggtgagtgaaaaatgaacttattttgggacggaaggagtaattaaatagattgttaaatgtgaagattctttagataaataactactcttgacatgtttccccctttcattcaggttcaatggaatgtttgccatgctcttagcaacttattcatgaacgacaccttgagacttccagatatgccttggtatgtatttgctcacagcaaataaccttgttcttcaaacaactcgtgctgtatatttctctcaaacatcctttagaagtttcatgcattcatttatgctctgaacttttccgtgtacaagcattactatatgctttgttcatcttctgtaagccatatgctccctgaaagtgtcaattaggcctagaggagggggggggggggtggtgaataggctaatgagcaaatggtatgttgtacctatgatcactcacatattctgttcttcatctatttgttttagaacttttattaagcatcggaagtaaacaaccagagataatatgtcatcattgacatatttaactccgaagtgccattatgatatgtaagtgtgcttggaataaaggcccgtaggcctagttgaatgtccctatacccaagtgacatgccatgacaacacgatggaggcggctgccacaaggccaggtgaaacagtgggaagctaatgacttgtttgtttctattaaaagagacgcaaccccatccttataaagatgggatgactcgacccctaagaaatcttatctaaaattaaggaaataggctaaaactcaacctaagttatctctaaaacaaaaaaaaaacaaaaaaaaaaacacccaaccgactacttcagtacttgtgggtactgttcatgtgcatttgcatgtgacgtggtaataccacctaaggtttaggttgtaatgcgttgtacgttgtgcatctaagatgcacatgtttgcatttgtatgatgttttcttctttgagcagggcatcaagtgtttatagcatacttctgctactactccgtgactcaaacaattacaagataaggatgcatgcagctgttgccttagcagttccagtctcacggcttggttggttccttgattgcttttgtttcccacctttggtcaactgttgtccttccacattctacaaataccacaccatatcacactgaagtaatagagctttgttctgttggagtattatctattgagtaaatttagattttattttcccatatcacatgcttttttttccattgttgtatgtgtagtctagacacatctactcattccaaaatttaatttgtgatgctgctcagttgctgcatagttcgtcgtggcgatatttatgtagtggctatgcactcgttctgtcatgatgctgctttatttctttctctaatctgcgaattgatttttctaatagaataaaatgtattccaatttcttatattttccctcttctgtatagattatggtagctcatttccagatgttgttcgaggaatcgagcatgttcttgagtcattgagttccaacagtttatcatcaccttcaaatttcaaacataaaggcaaccttgagaaacaggttagtgtttctgtagtgcttatatagacttttctttttgcatcaaagcagctttatttttgtaccagctcagagcatctatatttggcagcactgttgaagcttttgcccctttattttacaggttacatttactgctcttcatttgtttagttttgtttcaccaaaagatgatcaaagcctgagagattttcttatcaaggtaaggaactattttagcctatggaaatggcctatgtatttagtggttacttatatggtagttccgtagttggcatctgtaaaaatgttgtccaatgaaaaatattacgcccatcagtttgttattgtacgaaaatgtggatgcttagttggctatatcatatatagaacatcgaatttgcaagccctttgtggtcaaattttgagtttatttttcagtcctgcaaaagaaatcatatccctctttgctaattttatttcagtacttactaaatgtaaatggttattattctgcatttatatttggtttggtgattgttagttcacactattcagtggacttggggattattgtcagctaatgtttgttacgttctgtgattgtaccgtctatttttgcttggtaacattgcttgtactggtgcatgtatctgatgtagtccgtttggtgttaacataccaatgcactaagagaaaaatcctaaaccgtatgcagaaaatgaaaagaaattacttaaaatgctgcttggccctgggtgtgctggcaatcttctttttgattcttctgtctctatgtttaattgcttttctagctaatttgtgtgttattttgagcagaaagcatcctttctagaagactggctgaagtcattgttctcattgttcaataatgttgaggaccagcctttggcaaatgaggccataaatgacgaggatggtttcagcccaaacgtggcacaaaaagctatgttgtcttctgctgtgaagtccttgctcgacatatatacaagtgaaaatcagcacactgttgctcagagatttgagcaattggcaagaagcctagaattatagtgtgaatgacaaacatagatggtggtctcgatccccattaacaagcagcatgacagtggccgtcttcctcccggaaaagccaactcatcatctattcattttcaatctccttcataaagagaggcaacatgccctattgcaagtattccatgaactcaatgaagcttctgaatttcgatgataccagacgttggacattatgttcatgaacaagctcctggcagcttctaatgggaagggggggggggattcaaaactgcatctgcgtatcttatttatattgtaaaatagctttacctgttttttccaggtgtggccatgttctgcaccttatgtgtaaattttgagctttgtacaaagatttgcatgatcatatcattgtgagtgtaccatatatgtctcagcattttagtgaggaaatcttccacaaattttgtatgtacatttctggtagaccagatagcttcatgctacttaagatttgtcctgggcttgaatgcctggttagcttgattagaccactagcttgatgattgttcctcactatctattactcctatctgttagtactgaaaaactgatcagttgtcaatgtcttaatgcaacagaaaatgaatgccagccatttcagttggcgct</dnaseqindica>

External Link(s)

NCBI Gene:Os08g0152900, RefSeq:Os08g0152900