Os08g0162100

From RiceWiki
Revision as of 12:48, 21 June 2012 by 127.0.0.1 (talk) (Created page with "{{JaponicaGene| GeneName = Os08g0162100| Description = Similar to CTV.2| Version = NM_001067590.1 GI:115474916 GeneID:4344728| Length = 8681 bp| Definition = Oryza sativa...")
(diff) ← Older revision | Latest revision (diff) | Newer revision → (diff)
Jump to: navigation, search
Gene Name

Os08g0162100

Description

Similar to CTV.2

Version

NM_001067590.1 GI:115474916 GeneID:4344728

Length

8681 bp

Definition

Oryza sativa Japonica Group Os08g0162100, complete gene.

Source

Oryza sativa Japonica Group

 ORGANISM  Oryza sativa Japonica Group
           Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
           Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
           clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
Chromosome

Chromosome 8

Location

Chromosome 8:3666095..3674775

Sequence Coding Region

3666651..3666730,3666841..3667020,3667104..3667217,3667322..3667480,3668185..3668365
,3668449..3668575,3668669..3668778,3668876..3669014,3669114..3669223
,3669349..3669418,3669594..3669667,3669805..3669900,3670029..3670124
,3670388..3670515,3670769..3671003,3671090..3671257,3671621..3671728
,3671815..3671964,3672252..3672362,3672465..3672644,3672774..3672902
,3673166..3673261,3673455..3673640,3673778..3673950,3674067..3674268

Expression

GEO Profiles:Os08g0162100

Genome Context

<gbrowseImage1> name=NC_008401:3666095..3674775 source=RiceChromosome08 preset=GeneLocation </gbrowseImage1>

Gene Structure

<gbrowseImage2> name=NC_008401:3666095..3674775 source=RiceChromosome08 preset=GeneLocation </gbrowseImage2>

Coding Sequence

<cdnaseq>atgtcgtcgcttagcagggagctggttttcctcatcctgcagttcctcgatgaggagaagttcaaggagacggtgcacaagttggagcaggagtcggccttctacttcaacatgaagcactttgaagacctggtgcagggaggggagtgggacgaggtggagaagtacctcagcgggttcaccaaggtggaggacaaccgctactccatgaaaatattcttcgagatccggaagcagaagtacctcgaagcccttgacaggcatgatcgagccaaggcggtggagatactcgtgaaggatctcaaggtgtttgcctcattcaatgaggagctgttcaaggagataacacagctgctgacgttggagaattttaggcaaaatgagcagctgtccaagtatggggacacaaagtcagctcggaatatcatgctcatggagctcaagaagcttattgaggcaaacccactgtttcgggacaagctgaatttcccaccatttaaagtttcaagactccgcacattaatcaatcaaagtcttaactggcaacatcagctatgcaagaatcccagaccaaaccctgacatcaagacactgtttaccgatcattcttgtgccgctcctaccaatggagcaagagctcctccccctgctaatgggcctcttgttggaccaatccctaagtcagctgcatttcctccaatgggtgctcatgcgccatttcaacctgtggtgtcaccatctccaaatgcaattgcgggttggatgacaaatgcgaacccctctttgccacatgctgcagtcgcacaaggaccacctggtcttgttcaacctccaaacacagcggcatttctaaaacatccaaggactccaacaagtgctcctgccattgattatcaatctgcggattctgaacatctgatgaaaagaatgcgtgtaggccaaccagatgaggtgtccttctctggtgcaagccaccctgccaacatttatactcaagatgaccttccaaaacaagttgttcgcaaccttaaccagggttcaaatgttatgagcctggatttccatcctgttcaacaaaccatccttctagttggaacaaatgttggtgacattgggatatgggaagttggctcacgagaaaggatagctcacaagacattcaaagtttgggatattagttcttgcaccttgcctttgcaggctgcactgatgaaagatgctgcaatatctgtcaatagatgcctgtggagtcctgatggaagtattttaggtgttgctttttcaaagcatattgttcagacgtatgcattcgtgctcaatggagaattgcggcagcaagcagagattgatgcccacattggtggggttaatgatattgccttctctcaccccaacaagaccctctcaattattacttgtggtgatgataaactaattaaggtatgggatgctcagacaggacaaaagcagtacacatttgaaggtcacgaagctccagtatattctgtttgccctcactacaaggagtcaattcagtttatattctctactgccatcgatgggaaaattaaggcatggttatatgactgtttgggctcaagggttgactatgatgctcctggacattggtgtactaccatggcttacagtgctgatggaacaaggctcttctcatgtggtactagcaaagatggtgattcacacttggttgagtggaatgagactgagggagctattaagaggacatacaatggtttcaggaagcgctcactgggtgttgtccagtttgatacaacaagaaaccgcttcttggctgctggagatgaattcgttgttaaattctgggatatggataacaccaacatacttacaacaacagattgtgacggtggactgcctgcgagcccacgcttgagattcaacagagaaggttcattgcttgctgttacagcaaatgaaaatggaataaaaatattagccaacactgatggacagcgtttgctaaggatgctagagagcagagcatatgagggctctcgagggccacctcaacaaattaataccaagcccccaattgtcaacacccttggttctgtttccaatgtgtctagtcctatggcagtgaattcggagagacctgatcgggcattgcccacagtgtcaatgagtggcctggcgcccatggatgttagcagaaccccagatgttaagccaagaattacagatgaatctgaaaaggttaaaacctggaagttggcagacattggtgactcaggacatctccgagcactgcgtatgccggatacatcagcaacttcaagcaaagttgtgcgtctgctgtatacaaataatggggttgcgcttttggctcttggctctaatgctgttcataagctgtggaaatggcaacgcactgataggaatcctaatggcaagtccactgcatctttcactcctcaaatgtggcaaccagcaaatgggattcttatggcaaatgacactagtgatggcaaccccgaagaagcaactgcctgcattgctctgtccaaaaatgattcctatgtgatgtctgcatccggtggcaaagtctcattgttcaacatgatgacattcaaggtcatgactactttcatggcacctccacctgctgcaactttccttgcattccaccctcaagacaataatatcattgctattggaatggaggactctaccattcaaatttataatgtccgtgttgacgaggttaaaagcaagcttaagggacattcaaaaaagatcactgggctggcattttcgcagtcaatgaatatgcttgtatcttcaggtgctgatgctcagctatgtgcttggagcattgatggttgggaaaagaagaaatcaagatatatccaatctccagcaaatcgttctggtgctttagttggtgatacaagggtgcagtttcacaatgaccaaacacatattttggtggttcatgagagccagttggcgatctatgatgcaaagctagagtgcttgcgctcgtggtccccaagagaagcactccctgctccaatttcaagtgcaatatactcatgtgatggtctcctcatctacgccggattttgtgatggtgcaattggagtcttcgaagcagagtctcttaggctgcgatgcaggatagcaccttctgcatacataccaccttccatgtctagtggtggaagtgtttaccccatggttgtcgctgcgcatcccttggagcctaaccagattgcggtcggcatgagcgatggtgctgttcatgtggtggagccgttggactcagacccaaagtggggagtggcgcctcctcaagacaatggaacccaccccacaatatcagcggctccggcagcagctaacaaaccagaagtctga</cdnaseq>

Protein Sequence

<aaseq>MSSLSRELVFLILQFLDEEKFKETVHKLEQESAFYFNMKHFEDL VQGGEWDEVEKYLSGFTKVEDNRYSMKIFFEIRKQKYLEALDRHDRAKAVEILVKDLK VFASFNEELFKEITQLLTLENFRQNEQLSKYGDTKSARNIMLMELKKLIEANPLFRDK LNFPPFKVSRLRTLINQSLNWQHQLCKNPRPNPDIKTLFTDHSCAAPTNGARAPPPAN GPLVGPIPKSAAFPPMGAHAPFQPVVSPSPNAIAGWMTNANPSLPHAAVAQGPPGLVQ PPNTAAFLKHPRTPTSAPAIDYQSADSEHLMKRMRVGQPDEVSFSGASHPANIYTQDD LPKQVVRNLNQGSNVMSLDFHPVQQTILLVGTNVGDIGIWEVGSRERIAHKTFKVWDI SSCTLPLQAALMKDAAISVNRCLWSPDGSILGVAFSKHIVQTYAFVLNGELRQQAEID AHIGGVNDIAFSHPNKTLSIITCGDDKLIKVWDAQTGQKQYTFEGHEAPVYSVCPHYK ESIQFIFSTAIDGKIKAWLYDCLGSRVDYDAPGHWCTTMAYSADGTRLFSCGTSKDGD SHLVEWNETEGAIKRTYNGFRKRSLGVVQFDTTRNRFLAAGDEFVVKFWDMDNTNILT TTDCDGGLPASPRLRFNREGSLLAVTANENGIKILANTDGQRLLRMLESRAYEGSRGP PQQINTKPPIVNTLGSVSNVSSPMAVNSERPDRALPTVSMSGLAPMDVSRTPDVKPRI TDESEKVKTWKLADIGDSGHLRALRMPDTSATSSKVVRLLYTNNGVALLALGSNAVHK LWKWQRTDRNPNGKSTASFTPQMWQPANGILMANDTSDGNPEEATACIALSKNDSYVM SASGGKVSLFNMMTFKVMTTFMAPPPAATFLAFHPQDNNIIAIGMEDSTIQIYNVRVD EVKSKLKGHSKKITGLAFSQSMNMLVSSGADAQLCAWSIDGWEKKKSRYIQSPANRSG ALVGDTRVQFHNDQTHILVVHESQLAIYDAKLECLRSWSPREALPAPISSAIYSCDGL LIYAGFCDGAIGVFEAESLRLRCRIAPSAYIPPSMSSGGSVYPMVVAAHPLEPNQIAV GMSDGAVHVVEPLDSDPKWGVAPPQDNGTHPTISAAPAAANKPEV</aaseq>

Gene Sequence

<dnaseqindica>557..636#747..926#1010..1123#1228..1386#2091..2271#2355..2481#2575..2684#2782..2920#3020..3129#3255..3324#3500..3573#3711..3806#3935..4030#4294..4421#4675..4909#4996..5163#5527..5634#5721..5870#6158..6268#6371..6550#6680..6808#7072..7167#7361..7546#7684..7856#7973..8174#aatcgggtccaaaaaaaccaaaagcaaagaggaaaataaaagcgagaggagtttcggagagagaaagtgagaggaggaggaggagagagaagagaagagagataagaggaggagaaggcgaacgcggcggctaggtggagaggagaggaaggaagggagcaaacgaaggcggcggcggaaccctagccggaggcgggaggaggggggagacgcgaggtgtctctctggctggtcggattcggccggccgggaggcgtcagatcggtggtcgggccgccggagacggaggagatccggggcatgggcgtggcgacgggggcgggagggtcgtcgtgagctttctgccgccgtcggtttcggcttgagctctgggtttattaattttttttggggttgctgctgttttttttgtggaggtttgagttggtgaggggggtggtttggtgcgcccgtttgaggtggtttttgaggggatttgggagggggatctgccgcggaagcggggtttttagttcggctttgagagctggaggcgcaggctgggatcggcggagccatgtcgtcgcttagcagggagctggttttcctcatcctgcagttcctcgatgaggagaagttcaaggagacggtgcacaagtaagcgtgtttttcggttgattggagtgagggattttgagccattttgttggtgaatatggtttttgattgtttcccattcgtttttggggttatttcggtcggtttaggttggagcaggagtcggccttctacttcaacatgaagcactttgaagacctggtgcagggaggggagtgggacgaggtggagaagtacctcagcgggttcaccaaggtggaggacaaccgctactccatgaaaatattcttcgagatccggaagcagaagtacctcgaagcccttgacaggtaattcattggaagcttgtaatggtggttggctgatggcaacgtgaaattgtgctgagttggattttgttttttggttgcaggcatgatcgagccaaggcggtggagatactcgtgaaggatctcaaggtgtttgcctcattcaatgaggagctgttcaaggagataacacagctgctgacgttggagaattttaggtatgttggtgatgattagtttatagcattttgattgagtaaaatgcccagtgcattggagtaagataaatgtgatagtgtattaatgatgaacacttgaacaggcaaaatgagcagctgtccaagtatggggacacaaagtcagctcggaatatcatgctcatggagctcaagaagcttattgaggcaaacccactgtttcgggacaagctgaatttcccaccatttaaagtttcaagactccgcacattaatcaatcaaaggtgtttggttgatttaagttttggcatgtttttaaattctgtcttttttgttttctcagggatgtgatctgcatgaacaacaatgttaatattcaaataggaaatgctccgtgagccgcattaaattcgcataatgccagcttaaggtttcagtggcacatatattcgtgtatatatgcttttgtgtttggaaaagaatttgtcaccgaaatgatataggtggtttagttttctgtctggtcacaataccatctttgcttggcaacgatgaatacgtaaggaagaggcgtgtgttgtttatatatggaaactacacggctttttaagcatctaacagcttttaggtgacatttatagttcttgattgtccagtaatgaatgggcatgctccaaccaatatgttcggaaattatgagtgatgtttgcctacatacatttatctctcccaattagcatgctctaatggaatacgccaaatatgctgaggttaaatagtatagtaataaattatgttttttcagtgttcttttctaactattgatgctcatgtggatctcctatttgatatttttcatcatcaactactttgtgttttgctgttccgtaatgtagacctgttaggttttctctatgaattatcttccttcagtttcttgtaaaagcatgatgctaattggggtgcgtttctttcttatgtcttgtagtcttaactggcaacatcagctatgcaagaatcccagaccaaaccctgacatcaagacactgtttaccgatcattcttgtgccgctcctaccaatggagcaagagctcctccccctgctaatgggcctcttgttggaccaatccctaagtcagctgcatttcctccaatgggtgctcatgcggtaaggattagattactaccagtaaatagtgcattttattttacactcatctgttactcaagtttcaatcttgattcttgcagccatttcaacctgtggtgtcaccatctccaaatgcaattgcgggttggatgacaaatgcgaacccctctttgccacatgctgcagtcgcacaaggaccacctggtcttgttcaacctccaaacacaggtgagataaacctaaagtaattcagctaactggttgctgtcactggtagcattgagtttgactgtttgcttggattatatatctcctttgcagcggcatttctaaaacatccaaggactccaacaagtgctcctgccattgattatcaatctgcggattctgaacatctgatgaaaagaatgcgtgtaggccaaccagatgaggtatctaatgattttgcatttattgtgtttatcctcttcactattgtctgcagatttgcatgctaaataaattacgatgcattgaaaactatgctaggtgtccttctctggtgcaagccaccctgccaacatttatactcaagatgaccttccaaaacaagttgttcgcaaccttaaccagggttcaaatgttatgagcctggatttccatcctgttcaacaaaccatccttctaggtacatactggaaacacatctgttcgttttcttttaaaactctttgtccatgttctgtccactatatttactgtgttcttgacttctcgtgtaacacagttggaacaaatgttggtgacattgggatatgggaagttggctcacgagaaaggatagctcacaagacattcaaagtttgggatattagttcttgcaccttgcctttgcaggtgacttgcatgatattcttgatctatttttgtgcactaattaccttcttttgttcttctactagcagtatgccgttttcttcttgtgatgtattctaatgctcaatctgtcttaccatgtccaggctgcactgatgaaagatgctgcaatatctgtcaatagatgcctgtggagtcctgatggaagtattttaggtcagaagatctgttcattgtggtatcattcacattttggcatgccatcttagataaatgcaacatttgtgcattgctctgacttgtagtgttttgttttaatgtttcctcgggtggagagattgaattacccccgtctgcaatattgtttcaataagtttgatttgattctcaggtgttgctttttcaaagcatattgttcagacgtatgcattcgtgctcaatggagaattgcggcagcaagcagaggtatatccatacatggatgcttcttaagaataaatatgaatgccttttgcatgtttggattagtgggatgggattttgttcaatgctgctcatcgaaacacttcctgaaaggtttctaactcttgcaaatggcacagattgatgcccacattggtggggttaatgatattgccttctctcaccccaacaagaccctctcaattattacttgtggtgatgataaactaattaaggtgaggtcgttgatatgatacactgcttcaccctttcttgagaaaaagaaatgaacaccatattcatatgatacattgctttatcctcttgaaaaaatgaaccatggatgcacatttgattttggcaggtatgggatgctcagacaggacaaaagcagtacacatttgaaggtcacgaagctccagtatattctgtttgccctcactacaaggagtcaattcaggtatttcaggaatacttcaatttactttcttaggatatgcttctgccgttttaatttgcaatgcgttgtggatctaatctttctggttagtgcatttcattgccattttcatgataaatatgcttattgcattcttggttagcattagtattgcatgttgatttgctttgattttgacatatgcaaaggtagactatgtattatcttttctactattatctgttatatccaatgcatttctttaacattcgttttctttgcagtttatattctctactgccatcgatgggaaaattaaggcatggttatatgactgtttgggctcaagggttgactatgatgctcctggacattggtgtactaccatggcttacagtgctgatggaacaaggtgatgagacactgcaaatgaatatcagctgctaattgttcaagacaataatatagtttctaaaccttcacaaattaagtgaatatattgaataaatagtatagttgtcaggcaggaacaaattaaaatgagaatatgttgcagggtgaaggatatacattttatcgtagcttctctagttgcaatttgttttgtcactccatttcacactttgtatctgtgcgagttgtttgattgtaaattttccctgcaggctcttctcatgtggtactagcaaagatggtgattcacacttggttgagtggaatgagactgagggagctattaagaggacatacaatggtttcaggaagcgctcactgggtgttgtccagtttgatacaacaagaaaccgcttcttggctgctggagatgaattcgttgttaaattctgggatatggataacaccaacatacttacaacaacagattgtgacggtggactgcctgttagtatagtttctcctagtatcatgttgtcggaatcatctacacttaaggttttgtgcttaacctcatgctaataattttgcaggcgagcccacgcttgagattcaacagagaaggttcattgcttgctgttacagcaaatgaaaatggaataaaaatattagccaacactgatggacagcgtttgctaaggatgctagagagcagagcatatgagggctctcgagggccacctcaacaaattaataccaaggtattgatgcatatacttaccatttttttaatgttcccttaaatcctagtgtcattagggtataaagataacattgattcgcgtattcggaaaaaaagataacattgtttctgttctctattataaccttgttttctgatatatctttttttttggttccgtcatctgaaaactggtttgggcctatggctgtttcctgttttctgaagcttcaaaaccactagtatctattcgtttgtaagatgcagcacggtgttctgggcaactgtttagactttagttagtttcaatcaagctgccttgtgttattttcagtgctggctgataatgttgactataacctcatttttgttcttattgtagcccccaattgtcaacacccttggttctgtttccaatgtgtctagtcctatggcagtgaattcggagagacctgatcgggcattgcccacagtgtcaatgagtggcctggtgagtttgcagaatctattttgttgtctgctcactgttcaatacttcaacctgttctgttgctaaatgcatcaaacaaataccaggcgcccatggatgttagcagaaccccagatgttaagccaagaattacagatgaatctgaaaaggttaaaacctggaagttggcagacattggtgactcaggacatctccgagcactgcgtatgccggatacatcagcaacttcaagcaaagtatgttgaacaatgtgtgcttggttgctatcaagtctgttgagttataaatattgatcatgcaataataacctgattaccttaaacatatgagcttgtctttctgtttaatgtctggaagaccgcagtatctgttggtgtttacatgcaattgttgcacaaatgtcaagttttgacctttttttgtcaacatttgataggatcttttttcagtgatagaacaggctgttcagttctgagcaatatgaaatttctgataagcactgtaatttttttttgttgcacaggttgtgcgtctgctgtatacaaataatggggttgcgcttttggctcttggctctaatgctgttcataagctgtggaaatggcaacgcactgataggaatcctaatggcaaggttagagtggagagttgttcttatttggatttcatctgttcttatttggatttcatctgctattctgtttgcttggtttctaaatatatgcatatattgtagtccactgcatctttcactcctcaaatgtggcaaccagcaaatgggattcttatggcaaatgacactagtgatggcaaccccgaagaagcaactgcctgcattgctctgtccaaaaatgattcctatgtgatgtctgcatccggtggcaaagtctcattgttcaacatgatgacattcaaggtatatgatctcttcggtgtgtagcacaatcaattgttattaccctagagcataggtcatgagttactttccataaaaatatgtgttattctatagttgtgacgttaaaatttttgaattttttcacaggtcatgactactttcatggcacctccacctgctgcaactttccttgcattccaccctcaagacaataatatcattgctattggaatggaggactctaccattcaaatttataatgtccgtgttgacgaggtgagtgatattctcttaatggttctcaccgcaagtgattaaactagtcaaataatgtttctcatttcctcttaccagatgaatcagatcttgtgagattttgtagatgacgttttagatatatgtatttttttttttacttataaaccttatgtgcaatagaaatgctcagtgaccttcaactaactgaagattaaaatttaaacagctgagaacttgtttcagtgataattgattccttctgtcttaaccatatggcataggttaaaagcaagcttaagggacattcaaaaaagatcactgggctggcattttcgcagtcaatgaatatgcttgtatcttcaggtgctgatgctcaggtatgaattttcctatatattgtgcagaattaaatgtcactttgtgtgcatacttcatcctccatgctcttgttagtcccatgtctagccatcctttagcctgttttgttaaaaaaaaaagattctgatcgcggtggcaagtggactatatatttgtttctgaatcaatggtcattggaatggaattttgcagctatgtgcttggagcattgatggttgggaaaagaagaaatcaagatatatccaatctccagcaaatcgttctggtgctttagttggtgatacaagggtgcagtttcacaatgaccaaacacatattttggtggttcatgagagccagttggcgatctatgatgcaaagctagagtgcttgcgctcggttagttctcagattaccgtaatttaatatatgcatgtattatattacatcgtgctagtgtgataaacatttgtgatccattcaatcaatcattgtattatgatagttgaatttgacctcattgcttgatcatgcagtggtccccaagagaagcactccctgctccaatttcaagtgcaatatactcatgtgatggtctcctcatctacgccggattttgtgatggtgcaattggagtcttcgaagcagagtctcttaggctgcgatgcaggatagcaccttctgcatacataccaccttccatgtctaggtatgtatagtcccctacatgcctacactgctttgtgtttctgttgggtatggtaatcttagtcctggcgaccatcatgttattgttgatgcccatttttgcatcttttccaacagtggtggaagtgtttaccccatggttgtcgctgcgcatcccttggagcctaaccagattgcggtcggcatgagcgatggtgctgttcatgtggtggagccgttggactcagacccaaagtggggagtggcgcctcctcaagacaatggaacccaccccacaatatcagcggctccggcagcagctaacaaaccagaagtctgaccatccctctagtgacttggccagcagtgccgacattcgttagacccaaagaatggtaggatcgtaggagatagggagaaagaagaaacagtttagatttgtgggatgaggtgaaatgtatcaagtccacagcatctccttttgcctgtggcagcagcacaggtgttgattgatgatgatgatgacatgtctaaattagtttttggttcttttttcccacccccagaaaatcttgacctcacctggcggctgccgcagtgtgtgccggagatggctgccatctttccctcctttgtaaagcttttctagctctgagctagtggtggttggtaccttagagaatgttcttttgttcctgcccttttttgcggggtaggaaggtattcctagtgtaaaatatggttggcatgttggatggtggtatttgtttggcctaatgcgactgattcaaccaattcttcggctcatgtcctatagatgtttgctaaccttgtaggccttgaaatc</dnaseqindica>

External Link(s)

NCBI Gene:Os08g0162100, RefSeq:Os08g0162100