Os08g0208700

From RiceWiki
Revision as of 12:51, 21 June 2012 by 127.0.0.1 (talk) (Created page with "{{JaponicaGene| GeneName = Os08g0208700| Description = Similar to Transposase (Fragment)| Version = NM_001188507.1 GI:297726144 GeneID:9266930| Length = 5329 bp| Definiti...")
(diff) ← Older revision | Latest revision (diff) | Newer revision → (diff)
Jump to: navigation, search
Gene Name

Os08g0208700

Description

Similar to Transposase (Fragment)

Version

NM_001188507.1 GI:297726144 GeneID:9266930

Length

5329 bp

Definition

Oryza sativa Japonica Group Os08g0208700, complete gene.

Source

Oryza sativa Japonica Group

 ORGANISM  Oryza sativa Japonica Group
           Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
           Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
           clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
Chromosome

Chromosome 8

Location

Chromosome 8:6333294..6338622

Sequence Coding Region

6333723..6333954,6335012..6335431,6335961..6336562

Expression

GEO Profiles:Os08g0208700

Genome Context

<gbrowseImage1> name=NC_008401:6333294..6338622 source=RiceChromosome08 preset=GeneLocation </gbrowseImage1>

Gene Structure

<gbrowseImage2> name=NC_008401:6333294..6338622 source=RiceChromosome08 preset=GeneLocation </gbrowseImage2>

Coding Sequence

<cdnaseq>atgcgaattggatggttaatcctgaacgtgctacgaatcggatggaatattctgaaatttctcgtctgcatgtccccaaccctaggtcgccgtttccacacacgagatcgagcggctcgccatctctgccgccgcctcgctcgctcgctcgccgtcctccgccgctgccttgctcgtcgtcctccgccgccgcggcgccggcacgcctcgtctatcccctctctcggctcagtactttggttttctcccatgtcgacatcattagctgaagttccgcaaggaggacatatcaaagaggtcattgcagagggctcttcgggaggcctatcatcgtcaacacagttattggctacaaaacgaaagttagcagcatcgaatcctccaacagcaaagcgaagacgatcacctattgcattgccaatagtcaggtctccaggagtgcgacaaattatttcccaaaatgaagtcatcatggagagatcacaagttgctggtcagatgtccccaagtgcagagtctccaagagctagatctatgtctccagtggcaaggttcgtatcaagtccgtctgctatcccaattgagctggatgttgaaactcagccaagggagtcaactcaatcaacacctcatgttgtgactcatcgttctgggaaaagaacactcaaatctttaatctggaaagaatttaaaccattttattcttctactggaaaggtgctctatgggaaatgcattcattgcagtaaggtaattaaagctaaccgtggttcggggacaagtcaatgccatagacatttacttaagtgtccactgagaattagagtgcaacaattggttgaaagtttgcattccagtctatctcctaatgcatctgttctaaaggactggaaatttgatcctgatgtagcacgtgcagaacttttaaggatgcttgttttgcaagaacttcctttcagttttgttgaacaccctggttttagaagattttgtgcaagcttgaacccgtactttagggtgctttccagaattactataaagggtgattgcttggctgcctatcaagaacaaaagttagctttgtttgaggtactgaggaaaacaaattctcgggtttcactggcggctgacatgtggtcatctaatcaaaacctaggttacatgtgtataacttgtcacttcattgacaatgaatggaatattcaaaagaggatcataagattcactcaagtgcgtacccacatgatagtatag</cdnaseq>

Protein Sequence

<aaseq>MRIGWLILNVLRIGWNILKFLVCMSPTLGRRFHTRDRAARHLCR RLARSLAVLRRCLARRPPPPRRRHASSIPSLGSVLWFSPMSTSLAEVPQGGHIKEVIA EGSSGGLSSSTQLLATKRKLAASNPPTAKRRRSPIALPIVRSPGVRQIISQNEVIMER SQVAGQMSPSAESPRARSMSPVARFVSSPSAIPIELDVETQPRESTQSTPHVVTHRSG KRTLKSLIWKEFKPFYSSTGKVLYGKCIHCSKVIKANRGSGTSQCHRHLLKCPLRIRV QQLVESLHSSLSPNASVLKDWKFDPDVARAELLRMLVLQELPFSFVEHPGFRRFCASL NPYFRVLSRITIKGDCLAAYQEQKLALFEVLRKTNSRVSLAADMWSSNQNLGYMCITC HFIDNEWNIQKRIIRFTQVRTHMIV</aaseq>

Gene Sequence

<dnaseqindica>430..661#1719..2138#2668..3269#gtcgtcgctagatcgtacccgagttcgtccaccgccatcgccattggtgccgtccgcccatccccatgctcggccgtcatccccaactgccacaagctctattagtgaagcaattctattggtcatccacaagctcagcctcactgagagctcgtccgacatagcgcactagtcgcgtggtccacacggtggcggcgatcctgcgcggcgatagctgagctcctccgacatgtgcaccaggaaccgtcccctcttatgtggcaggaccacgggtgtgcgacgaggttggctgaccggagctggaggtgacgacgaggaatggcgagggacggaggacgcggcaactgatggatagacggtgctgcttcggatggacggagtggcgtgaaatgaagaaattagctcttgtgatggtggattctgaaagacatgcgaattggatggttaatcctgaacgtgctacgaatcggatggaatattctgaaatttctcgtctgcatgtccccaaccctaggtcgccgtttccacacacgagatcgagcggctcgccatctctgccgccgcctcgctcgctcgctcgccgtcctccgccgctgccttgctcgtcgtcctccgccgccgcggcgccggcacgcctcgtctatcccctctctcggctcaggtgagttcttgcctcttcattttaggtgtgatttgtatagttgagatttgtatctccaacttttaggtgtgattctctcgtggcaacaatccaatccacttgtttgtttttggtttgatttctcatggatattatccgatccgcttggtttggtgcctggtcaagaacatgcacagatgtgtatctctgtccccatgattggtagatatatagcacacagtttacaaactaaaagatccttaatcctgttcttcgtaccctaaagtttaggattgcaatatttgcaactgggagaaataaagcttggatttcactgctacatggttttttgacaccgcaggcatatatagaatatatgagcaatccaagttgattgctactgaagctgtcgtgtatctgtatctcatttcaagctgctagctttaacagagcgtatcagtctttgccttttcttgtgttttgattagtgttttggctgcaaatgttacatgattttatcttgaggagttgagactattggttatgttaatttttggttcttactcattgcattagtctgtgaagaatgaattcagttttgtagtcatatatgcttgcacggttcagttttgtgaagtcctaaatattactccctccgtcccaaattatagggcgccatctttttaaggaaaatcaaactcggtaacttttgactaataatcgtactaaccatatatatgttaagtattatgcatgttatattacaagattcatcttttaaagtacttttatgtgaagctaatttcatatttgttgggaacataacataaaataaattaatggtcaaagtatgtcattgaagaccgtgtaaaaaaatattggccttataatttgggacggagggagtactagcgcacagtttggcatatcttttagtttataatcggtcttcagtttggcacattctagtttgtcatgaagtttttgatttccgagtggatgggctgaggttcatatattatgcaagtattttggtaatttattatttaaaattttgtccatcttgttctacatgcagtactttggttttctcccatgtcgacatcattagctgaagttccgcaaggaggacatatcaaagaggtcattgcagagggctcttcgggaggcctatcatcgtcaacacagttattggctacaaaacgaaagttagcagcatcgaatcctccaacagcaaagcgaagacgatcacctattgcattgccaatagtcaggtctccaggagtgcgacaaattatttcccaaaatgaagtcatcatggagagatcacaagttgctggtcagatgtccccaagtgcagagtctccaagagctagatctatgtctccagtggcaaggttcgtatcaagtccgtctgctatcccaattgagctggatgttgaaactcagccaagggagtcaactcaatcaacacctcatgttgtgactcatcgttctggttagttctttactcttgatgtattgcatatataattctgtagtttatcttccacccaaacaaattaaacttacattctgtggttagttttagtaggtttgtgcacctgcaattctaattctgaatttggagatttggtcatttagcccctgtttattcatgtagctaagataattcagtttcagcagaagtttttagttcactttcatcaggaatctttactagtagaagtttagttcagtttctgtagagatttttagttcagtttcaacagaaaattagggttcagtttcataagaaaattttcatctcagtttcagcagaaatttttatctcagtttcagaacacattttagttcagttaaggtttcagcataagtttctagttcagtttcagtacaactcttagttcagtttcagctcaaatttttagtataattttagcagaaacttttagttcagtcccagcacaaatcctgttcttgtttgtgctcaatagattaattttagatatgatttaatgattcagggaaaagaacactcaaatctttaatctggaaagaatttaaaccattttattcttctactggaaaggtgctctatgggaaatgcattcattgcagtaaggtaattaaagctaaccgtggttcggggacaagtcaatgccatagacatttacttaagtgtccactgagaattagagtgcaacaattggttgaaagtttgcattccagtctatctcctaatgcatctgttctaaaggactggaaatttgatcctgatgtagcacgtgcagaacttttaaggatgcttgttttgcaagaacttcctttcagttttgttgaacaccctggttttagaagattttgtgcaagcttgaacccgtactttagggtgctttccagaattactataaagggtgattgcttggctgcctatcaagaacaaaagttagctttgtttgaggtactgaggaaaacaaattctcgggtttcactggcggctgacatgtggtcatctaatcaaaacctaggttacatgtgtataacttgtcacttcattgacaatgaatggaatattcaaaagaggatcataagattcactcaagtgcgtacccacatgatagtatagctctcttcaatgaaattctaaagtgtattcaggattggcagatagaaagtaagttgttcagtattacagtagacaatgcatctgttaatgattctatggttgtggaattgaaaggaaatctcttgggtaagcttgccatgccttgcaaaggggagctatttcatttccggtgcgcagctcacatccttaatcttattgttcaagatggattgagtactatcagtggtgccatatctaggataagggaaagtgtaaagtatataaaagcatcagaagcatgtgagcaaaaatttgaagaaatcattgcacaagtcggaattgttgaagagaagcgtccttcacttgatgtgtccactcgttggaattccacctatttgatgctttcctcatccttattattcaggagggcttttgattcattggatcggtttgatccaaactttcaagatgctccactattttttgattgggacaatgcagaagttctttgcaaacatctcaagatcttctatgatgcaactgttgtggtttccgggacatcatatcccactgtttctcgctactttcatgaattttggaaagtgaaggtgatgcttctaaatgagtccaacagtgaggatgttcttgtcgctagcatggtttctaaaatggatacaaaatttcagaaatattgggatctgcagttcctgcagatttgtgttcctgttattttttatcccagatttaagttgaaattccttgagtttaggctgaaagcaggttttggagataaggcaactggtccaaatggatatctgtctagaattaagaggatagtccgcagttggtttgttgaatattcttcacaaattggtggtccaagcgcaatcaattctcaagaagcatcaactagtggagtgaatgttggtggcagccaatttgctgactggaggcaatatcttcatgatcaaagcaagagtaaagaaagactgagttaactagctatctcgaagatattcctcaagaaaatgatttccctgatgatgattttgacatactccagtggtggagggtaaactcatgcaaatatccaatattatcacgcatggcgcttgatttgcttgctgtccctgcatcttcagttgcatcagattctgcattttctactggatctagaatcattagtgactataggagtaggctggctaatggaactgtggaggcattggtttgccttcaagattagatgcgagcagatggtatggagcctaccttgttcattgctacttatattatgggccataaacttatttatgttgaactttggaattctgatgttttaggttttggtgatccctattcaattctaactgatacggttgaggacgatgatgttaatatgcaactattaggtattcaaattacttgattttatatttctggatgtctaattgaatatgggtactatgatgatctaataataatttacaatttattcaacatttgcttcttaatacacaggaagtaatgcaggagcgtgctctggtggtgggggcaaaactcaatgaaattttcctttctggaatgttatattctaactgcaaggcaagtgaattaattattaaattacttatttgcttcattaaaactatgagggctaggttcaagtgatgattatatacaaacgaattgatcaactaaccgattttgaattattgatcgcctgattttcttctgtagggatgagatggccttcagcagctgcgaatgctgctaccactagttttgttccctgtagtttttatttcagtaacttagttcgtttagatgcactagccgttgtcatttttgtgcatgtccagagcctgctgaaaatagtatgatgtattggaaattcagttgagcctgggatttctggactttttgttctgccgttttgctgctgctgctaccgttctggcctcctgctgctgggctagtgctgctgctggttgaaatcctcactgtgagaaggacatcaatttttggttgtattttgcagtgttgatatgaattgttcagatacaagccttgcaaaaagc</dnaseqindica>

External Link(s)

NCBI Gene:Os08g0208700, RefSeq:Os08g0208700