Os08g0500100

From RiceWiki
Revision as of 13:06, 21 June 2012 by 127.0.0.1 (talk) (Created page with "{{JaponicaGene| GeneName = Os08g0500100| Description = Similar to Peroxisomal targeting sequence 1 receptor (Fragment)| Version = NM_001068688.1 GI:115477113 GeneID:4345945...")
(diff) ← Older revision | Latest revision (diff) | Newer revision → (diff)
Jump to: navigation, search
Gene Name

Os08g0500100

Description

Similar to Peroxisomal targeting sequence 1 receptor (Fragment)

Version

NM_001068688.1 GI:115477113 GeneID:4345945

Length

9198 bp

Definition

Oryza sativa Japonica Group Os08g0500100, complete gene.

Source

Oryza sativa Japonica Group

 ORGANISM  Oryza sativa Japonica Group
           Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
           Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
           clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
Chromosome

Chromosome 8

Location

Chromosome 8:24773293..24782490

Sequence Coding Region

24773389..24773505,24775121..24775249,24775320..24775476,24775584..24775777,24775915..24776163
,24776443..24776556,24777649..24777819,24778179..24778351,24778625..24778871
,24779293..24779377,24779648..24779757,24780000..24780224,24781132..24781197
,24781678..24781772,24782027..24782105

Expression

GEO Profiles:Os08g0500100

Genome Context

<gbrowseImage1> name=NC_008401:24773293..24782490 source=RiceChromosome08 preset=GeneLocation </gbrowseImage1>

Gene Structure

<gbrowseImage2> name=NC_008401:24773293..24782490 source=RiceChromosome08 preset=GeneLocation </gbrowseImage2>

Coding Sequence

<cdnaseq>atggcgatgcggcacctcatcaccgggcagggcaactgcgcgccggacggggcgtcgtcgtccaaccccttcgggaacctcgccaacgccatcttcggccagtcgtccaaggcgcagtcaataaaggaacttccagggtctgcagttaatgttccaacaacatctgaattagggacagctgctcccttatcgaccatccctggttcagagaatgagttcaagcaagatcaactgccacttgcacggggcgctgatttcatccgtgggggtccttctcatgattgggttgaatcttttcggcctccaggactcccagaatttgctgtgccagatgcacagcttaaagaatttgagcaaatttttaacagcacagggccaacctttggaccaccagtcatggatggtccaccacaaagggtcttatctggtgtcctacgttctttcctagcaagtggtcaagctggtgtgccatttcaacctgttccagtaccagcgcttggtttgtctgaaagtgacaagcaatgtatacgtgatcgtagttgcattatggcacgccacattttggctgaccagcctgaagaatatatccaagcacaggtaaacacattgctgcattcacttgatatcgacagtaattatcgaatgaaaggacccatgcacggaccatacccagagatggaggagtattggaatcagtcccaaagcgccatgagatctggtccaatgcacaatgctgcagacaaatggataactgagtttggcaagcaaaataataaccctgaagagtgggctcattcttttgagcagcaatatggttccaatggttgggcctctgagtttgaacagcatcaatctcagatggccatgacaggaggaatgaatatggcaaacctggcagccatggaacaatctcgtatgcttgcacagacattagctagtaataatgacccaaaatttcagaactctaagttcttccagtttgtttcaaagatgagccgtggtgaacttattatagaagataatcaagtaaaacaaggttcagcatcccaatccagtggctgggctgatgaatttcaaacccagtacaatgctaatgcaaactcttgggcggatcagtttgttcatgaagagatgtcacaaggagcagataagtgggctagtgagttctctactgagtataatcagggtggcctcaacgagaactggattgatgagttctccaaaatgcgtgttgacgatgaatgggcagaagagttcagtggaggaacatttggtgaaagctctgctgatccatgggtagatgagttccagaaccaattatcagcttccaaacagaattctggtgcatctcgaggagtttatgttttttcagacatgaacccatacgttggtcaccctaatccaatgcaggaaggccaggaactgttccgcaaaggcctcctaagtgaagctgttcttgctttagaggctgaagttttgaagaatcctgataatgctgaaggttggagactacttggagtaacacatgctgaaaatgatgatgaccaacaggcaatcgcagcaatgatgcgtgcacaagaagctgatccaacaaacctggaagttcttcttgcacttggtgtcagtcacacgaatgagttggagcagggagaagcattaagatatcttcataggtggcttcagaatcaccccaaatatgggggtatcgcccctccacagccaactgattcaccttatggtcctgatgttattagattgtttaatgaggctgcccaaatgtcacctgaggatgctgatgtccatatagttctaggagtcttgtacaacctatcaagagaatatgataaagctatagctgctttcaagacagcgctgcagctgaaaccacaagactattctctctggaataagctaggtgcgacccaagcaaacagcatccagagtgctgatgcaatattggcctatcaacaggctctggacttaaagcccaattatgtgcgtgcatgggctaatatggggattagctatgccaaccagggattgtatgaagactctattcgatactatgtacgggcggttgctatgaatccaaaagctgacaatgcctggcagtacttgcggatttctcttagtaacgcttcacgagctgacatgatcgctgcatgtgattcacgcaaccttgacgttcttcagaaagagtttcccctgtga</cdnaseq>

Protein Sequence

<aaseq>MAMRHLITGQGNCAPDGASSSNPFGNLANAIFGQSSKAQSIKEL PGSAVNVPTTSELGTAAPLSTIPGSENEFKQDQLPLARGADFIRGGPSHDWVESFRPP GLPEFAVPDAQLKEFEQIFNSTGPTFGPPVMDGPPQRVLSGVLRSFLASGQAGVPFQP VPVPALGLSESDKQCIRDRSCIMARHILADQPEEYIQAQVNTLLHSLDIDSNYRMKGP MHGPYPEMEEYWNQSQSAMRSGPMHNAADKWITEFGKQNNNPEEWAHSFEQQYGSNGW ASEFEQHQSQMAMTGGMNMANLAAMEQSRMLAQTLASNNDPKFQNSKFFQFVSKMSRG ELIIEDNQVKQGSASQSSGWADEFQTQYNANANSWADQFVHEEMSQGADKWASEFSTE YNQGGLNENWIDEFSKMRVDDEWAEEFSGGTFGESSADPWVDEFQNQLSASKQNSGAS RGVYVFSDMNPYVGHPNPMQEGQELFRKGLLSEAVLALEAEVLKNPDNAEGWRLLGVT HAENDDDQQAIAAMMRAQEADPTNLEVLLALGVSHTNELEQGEALRYLHRWLQNHPKY GGIAPPQPTDSPYGPDVIRLFNEAAQMSPEDADVHIVLGVLYNLSREYDKAIAAFKTA LQLKPQDYSLWNKLGATQANSIQSADAILAYQQALDLKPNYVRAWANMGISYANQGLY EDSIRYYVRAVAMNPKADNAWQYLRISLSNASRADMIAACDSRNLDVLQKEFPL</aaseq>

Gene Sequence

<dnaseqindica>97..213#1829..1957#2028..2184#2292..2485#2623..2871#3151..3264#4357..4527#4887..5059#5333..5579#6001..6085#6356..6465#6708..6932#7840..7905#8386..8480#8735..8813#ccctcccacaaagccaccgcgacgctgcacgactcctctctctctcctcgacctcgacctcgaccggaacgcctctcgccggcggcggcggcggagatggcgatgcggcacctcatcaccgggcagggcaactgcgcgccggacggggcgtcgtcgtccaaccccttcgggaacctcgccaacgccatcttcggccagtcgtccaaggcgcaggtaaagcttagccctagccctagtcacttgctctctactactactggccttttgctcgcggttcggaggcttggctgtggctggttgatggttggggatggatcaattccggcgccgtttaggtcgctcccctttcctctcctccgcgatgtgattgtttggtggaaacgacgcaatttcgtttgactggtcttaaaagttaaaacggaagtaattcgatgtatgtttgtgtactgttggtttggtctggatgtatttagttactacttagttcgatcctgtgatgtttaggttggtgatcatgctgcttcatctgataaaattgtgcagtaagtgaattggtgggtgacagatggcctatcataattcacgacagcgagtggtagtatagatttccctgatttttggctagtttatttatctgtgtttcgtcatgtcgcctacctatgattctgtggggttttggcctagattggaactgaagttgcctgagcaattctggtgaagtagctgaaaagtacatgcctgttcctaaagtgttggtacaattcagtgctttccatgatccatgtaagtagatcatgaggtgtctctaaatagtgaaacttagtccatttagttaaactagtgtgggacaaggattgtgcatggttggcccgcgtcaacccctagtttatctttacctcttttacaagtcttaataagagctcttttatggtgcacctatgattcctgtagctgtaagaaccatatggtaatcatggccattcatctctgaaggtcaattttggcataaatactactaaccaactggaaacagttagcccttcatggaacaaaagggatgcacttgcaacgctctaaatgtgattaatcacttcccttaagccaacatttgcattacacattgacaccctagacacaactgatatatgtatttattccattatcagccggattgcaaatatatgcaatggagattgtccatgaatattgtacaatattttcaacgctttttatggttaaaacatcacaagaaattagactgtttctggatgattccaattcaacttccaaggaagtaggaaagatacatttgttttattctttcattcgaactaaaaaattgtcatcattagcagaaaaatgcatcttaaaacatcacaagagatttcatgctaaagtgtgaaagacagatttgttttattctttcatttgaactaaaagattgtcatcatcgacagaaaaatacatcttaaaacaccacaagaaatttcatactgattccttttcttagatgtatgttgaggagaaacttacctactccaaggtagtaataaccataggtgactaatttacctcctaggtagtaataggtcattttcaattctagccactatataattgcaaatggatgttccaaatataagtggtgtaccttaaaaagttaaaagttaaatcctccagacaataatgcttatgggtctataatacaatgaagcggaaatttgggattacgctgttctaatgtaataaagtagaaagttggggtgattaacatccagattgcattaataatcaagctaactttgtatgtgcccttttctttgtgcagtcaataaaggaacttccagggtctgcagttaatgttccaacaacatctgaattagggacagctgctcccttatcgaccatccctggttcagagaatgagttcaagcaagatcaactgccacttgcacgggtaatggtcattcggtttgctgcttttggtgcccttttgagcatttctaactataattgaacacctctagggcgctgatttcatccgtgggggtccttctcatgattgggttgaatcttttcggcctccaggactcccagaatttgctgtgccagatgcacagcttaaagaatttgagcaaatttttaacagcacagggccaacctttggaccaccagtcatggatggtagatttgtagtttttgttctttccaatttattttattgttgtttatatattcatcacttgataacatactgaagcacattatactgactcccaaaattggttcaggtccaccacaaagggtcttatctggtgtcctacgttctttcctagcaagtggtcaagctggtgtgccatttcaacctgttccagtaccagcgcttggtttgtctgaaagtgacaagcaatgtatacgtgatcgtagttgcattatggcacgccacattttggctgaccagcctgaagaatatatccaagcacaggttaacttataatttttgttacctcagtgaatatgctaaagcacttgcatttgtgtttcatttcattagattgttgcagtggcttcgtttttatcttctctgctgtgacctaatttgacacttctcacctgtaccaggtaaacacattgctgcattcacttgatatcgacagtaattatcgaatgaaaggacccatgcacggaccatacccagagatggaggagtattggaatcagtcccaaagcgccatgagatctggtccaatgcacaatgctgcagacaaatggataactgagtttggcaagcaaaataataaccctgaagagtgggctcattcttttgagcagcaatatggttccaatggttgggcctctgagtttgaacaggtcagagccttatgcatgggctatttgatattttcacatgtaccatttggttaacttcatggatattaactaattgtctaattttattttatatttacaatgggtgtaaaacaaagttatataattttgtgataagctatgtccgttatcatgtttagatatcatcctttccctagcatgtgcagcatatttacaatgggtgtaaaacaaagctatataattttgtgataagccttctaggatttgtgatttaagttatctatttttgtcttgttgcagcatcaatctcagatggccatgacaggaggaatgaatatggcaaacctggcagccatggaacaatctcgtatgcttgcacagacattagctagtaataatgacccaaaatttcaggtatgtatgatgatttgatttgtttatttaactctattaggtctgtatactttcattttgaatgggtaaattttaaatattttagctggtgagaaaaaaatctgcttgagcaacaactcatcctaattattttcaacagtgaagggtataacttccctttgatattttctgcttatgatcttatctacagttgtatgtagttgcaacttggttggggtgaccaatgtaaactttactaggataaacctaaatgtgtcttgttgggctcaatatcgatatgaatccattaggattaagtttactgatcttgttacctaaatcaccataaattgacatataatctagagtttccacgctacttattttattactacgaattccaaccaatttatgtgccccacgattgtggaattgcacataacaggtttaatagtgtgaatatattgatataccactttgctaatgaattgggtccattgatatcttattttatgcacatctcacttgaaataactttttctatgtcatccagtgtactttaggaagcttctggcattttactttttacaaacaactcgtcatttgttaaccccgataggttgtgaagactcattagtttaaaaacttgtgtgcatgcaggtctgtagaataccactcaatatagaacactcaatggaagaggtttctgtttgacaaagttttttccttttctcaatgctatttctgtcagcataaaataagagtgaaaggggagactctactagacgtgctgagatgagatggtgtagtgggcattgttgctatattatttgctaatgcgtcctaggacaccacattgatatgttgtgccattctgcagttctgcacatctgtggtttaataccaactttagttgattctgaacctcatctcagctggctatactgctagcaactttgttatgctatagggtcatttggatcagcctgtctcaactctcaagcacctgatgataccttttgtttcttttttggaagaactctaaattcttccagtttgtttcaaagattcgccgtggtgaacttattcttttgttttacttttttctggaagaactctaagttcttccagtttgtttcaaagatgagccgtggtgaacttattatagaagataatcaagtaaaacaaggttcagcatcccaatccagtggctgggctgatgaatttcaaacccagtacaatgctaatgcaaactcttgggcggatcagtttgttcatgaagaggtaatgcagagagctggatgtgtgtaaatacatgcttgatggggatgtggttttctttggtcaacataaacaaaaactgataaaactatagaagtactggtaaattgtggtgtttataacatggaaccttgctttgtaagtttatgttctgataaatgagtaatataaatatacaataaaattgttggaatatgttcattctgttcatacttgcagtccagttactggagtttctgattggataatattgccattaatacaattcttccggtgctacaccatgtttgactgtataaatattacactgatactgctgcttgtgcactgatgatgtggcatcacttacttttattctccagatgtcacaaggagcagataagtgggctagtgagttctctactgagtataatcagggtggcctcaacgagaactggattgatgagttctccaaaatgcgtgttgacgatgaatgggcagaagagttcagtggaggaacatttggtgaaagctctgctgatccatgggtagatgagtaagtacaaatctcttttccttgttttgtcatggctatctcttcaaggttgaaatgtgttgcttctgatatgtttccacaccaatcattagaccagacagaataccataagaatatcaaatcttctttgatccaatatcttgtctttttgggttaattataggcaaccataaagttccctttttatcaatcatgtaccatgttctatttgacagaagccttttttttttcttcatcagttacacttacacatgctctgtttgtgccttttaggttccagaaccaattatcagcttccaaacagaattctggtgcatctcgaggagtttatgttttttcagacatgaacccatacgttggtcaccctaatccaatgcaggaaggccaggaactgttccgcaaaggcctcctaagtgaagctgttcttgctttagaggctgaagttttgaagaatcctgataatgctgaaggttggagactacttggagtaacacatgctgaaaatgatgatgaccaacaggtgattgtgtctctcccactgaggatatatgtagatgtaaattaccatgtgctgattattttcaacttttcattattagtttttcagcacaggtgcactgcatgcttgtgtgcatcacttgttttcatcacatgttttattagaatattttttttatgaatcttttttcggtaggagcatgcagtgtgctggatctcaatagaaattacgtgaattatgctctatcaagtttttgcatacccttgcaagaacttcataaactgatatatatggaatttgaacggacgaacccatactattgtctgtcatgaaattatggtttatttttagctaaattttaagcaccatgtgatatggcattatgatctatgagttccatgcttatgtttaacacaaggagatgctattactttgctttcaggcaatcgcagcaatgatgcgtgcacaagaagctgatccaacaaacctggaagttcttcttgcacttggtgtcagtcacacgaatggtgagtgcatggtaattcagtgtccggcataatctactaagatgctcctgaaagaaatgaagcggcataaattatggttagaagtaacgaggtttcctcattgatacaagcttttaagttttaaacaactagataaagctaatttatctttgagggggcaaaggtctatttccttctagcattaacttaatattctaaaatttagttctaacaggttctatgccttgatgctttttgtatacatttgagggttctatataattgatgcagagttggagcagggagaagcattaagatatcttcataggtggcttcagaatcaccccaaatatgggggtatcgcccctccacagccaactgattcaccttatggtcctgatgtaagtgcatcccatctgttccataatgtaaataaataataatggcatcttcaccttccaaatggtatcctgcacagatgttctagatgtatgctctagagttctgttggtctgcggtccttttatttttcttcaagtttttttttcctgtcaccccatactgtttgtcatgtatgatatgttttctgatatttctaaaaaagtcatttcgttttgtcactaagcagtttacctctgatcaggttattagattgtttaatgaggctgcccaaatgtcacctgaggatgctgatgtccatatagttctaggagtcttgtacaacctatcaagagaatatgataaagctatagctgctttcaagacagcgctgcagctgaaaccacaagactattctctctggaataagctaggtgcgacccaagcaaacagcatccagagtgctgatgcaatattggcctatcaacaggtaattagttattgtaagatattttatttttcagctttggtgaatgtttcgctataagtgctatagcgtatttacatatctctactactgtaaaagcagagccgtcctcctatcccaccattgtacatcccacataaaaaagaaacaccctgccttaaaaaaccccacttacattatccaccagaaaaaccagatagaaaaaactgaaaagtctgtattccttccaatcccattgtaactcatgggaactagtctggttgaagaagtacagtgctttgtctcgatcatgctgtgtagaatagctacttcatccactctttcattgggctctggttattcctttcggacgatgtttatggcagttgcattcacttgtgtgtgaactgcaaatctaacaggatataattcgtggctggcaataatccatatatgatgtgtatctggaccttttggatttttatttggaaaaaaaatatgacctttaccctctggcggtctgtccattcctctatgggtacccaatttcagtataattcatagtaagagtgcattcagttcaagctatgtgccgcatccctgtacttctagcattacagtaaaaccaatcaattctaatcaaactgtttgcttaggtagcattagtgttgtaataccattggtttggtgtccaatcctgctgagtacagacacatcttcacctagcattagtgttgtaataccattagggaggaaccttcacttattttgctggtacaactatccttttacggcttggtctactgcagtcctgcaagtgtagaacttgttgatgaatctccaatttagagaaaattgtgtaatacaagtatcctagcactttatggtatgtaaatctggaactaatataatcaattgctgctggtttcaggctctggacttaaagcccaattatgtgcgtgcatgggctaatatggggattagctatgccaaccaggtaattcttctctaacatgatgctaccacttgataacaccattagttcggtaattgtatttttaacaaaataattgcagtttcaacaatttccttgcatgcaagtacaaaaccatatctcaatgttgtttatcattgtctgtcagcattattcatttactcaactaacttgcaaaccatcatttttatgagtgagcttgtatgcttccacttgtttgcttttcataataagatgttggctatcatggtttccactcgattctgaaaagatcttcaagtttttgtgcattggatatccacctaaatactaccatccattcaaagcctcggtaatattaatgttaactgttgatttacagagcataataaaggatgagtacaaatatatattatatatccaatgatgccacggcctagctcaaatatcttttattcaaagtggcaacagagatgtaataccccagctttccgtgttatgcagggattgtatgaagactctattcgatactatgtacgggcggttgctatgaatccaaaagctgacaatgcctggcagtacttgcggatttctcttaggtatgtcttgttaattatctatgagatatttgaagttccttggaggatactagagatacatttatttcaaaagaacatcaattgtcgctcacttttaagtactcataacttgcaagtactcaagaaacattgcaaccagttgatattccaatttgagtacatctagaactttccaagcacgttaaatcatttctttgtctacctaaattcaacgctgatttaattgactaacatttttctcttttaaaaaccagtaacgcttcacgagctgacatgatcgctgcatgtgattcacgcaaccttgacgttcttcagaaagagtttcccctgtgagtccaaacattctaggcattgcacttgctcctcaggcccgcccccatgataaagggtacaaggaagtagagaactagcgaaatgggggctgcacattttggaatgatgaaagtgcaaaatggcagtggccgttgtgttgtggttttcggttcgtgtatacgaattgttcattttaacaaggcgcgacatgtatataaaattcaagatgggcacccattcttccgtaggtgtgggaaacgcaaagcagaaggcagttgtcacatgtaattctgtacacagagagggaaagaataaaagaatatcgaacgaatatgtcaaaaggaggcaacacgttcttgtaattttctacagaaaataaagtggtagcaggtttcactgtttcagc</dnaseqindica>

External Link(s)

NCBI Gene:Os08g0500100, RefSeq:Os08g0500100