BGIOSGA011213
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Structured Information
| Gene Name |
BGIOSGA011213 |
|---|---|
| Description |
MADS-box transcription factor 1 |
| Definition |
Oryza sativa Indica Group BGIOSGA011213, complete gene. |
| LocusTag |
LHS1 |
| Ensembl Transcript ID |
BGIOSGA011213-TA |
| Ensembl Protein ID |
BGIOSGA011213-PA |
| Length |
8092 |
| Source |
Oryza sativa Indica Group ORGANISM Oryza sativa Indica Group
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; BEP
clade; Ehrhartoideae; Oryzeae; Oryza.
|
| Chromosome | |
| Location |
Chromosome 3:6558914..6567005 |
| Sequence Coding Region |
6566821..6567005,6561214..6561286),complement(6560381..6560442,6560161..6560260),complement(6559912..6559953 |
| Genome Context |
<gbrowseImage1> name=IndicaChromosome03:6558914..6567005 source=RiceIndica03 preset=GeneLocation </gbrowseImage1> |
| Gene Structure |
<gbrowseImage2> name=IndicaChromosome03:6558914..6567005 source=RiceIndica03 preset=GeneLocation </gbrowseImage2> |
| Coding Sequence |
<cdnaseq>ATGGGGAGGGGGAAGGTGGAGCTGAAGCGGATCGAGAACAAGATCAGCCGGCAGGTGACGTTCGCCAAGCGCAGGAACGGCCTGCTCAAGAAGGCCTACGAGCTCTCCCTCCTCTGCGACGCCGAGGTCGCCCTCATCATCTTCTCCGGCCGCGGCCGCCTCTTCGAGTTCTCCAGCTCATCATGCATGTACAAAACCTTGGAGAGGTACCGCAGCTGCAACTACAACTCACAGGATGCAGCAGCTCCAGAAAACGAAATTAATTACCAAGAATACCTGAAGCTGAAAACAAGAGTTGAATTTCTTCAAACCACACAGAGAAATATTCTTGGTGAGGATTTGGGCCCACTAAGCATGAAGGAGCTGGAGCAGCTTGAGAACCAGATAGAAGTATCCCTCAAACAAATCAGGTCAAGAAAGAACCAAGCACTGCTTGATCAGCTGTTTGATCTGAAGAGCAAGGAGCAACAGCTGCAAGATCTCAACAAAGACTTGAGGAAAAAGTTACAGGAAACCAGTGCAGAGAATGTGCTCCATATGTCCTGGCAAGATGGTGGTGGGCACAGCGGTTCTAGCACTGTTCTTGCTGATCAGCCTCATCACCATCAGGGTCTTCTCCACCCTCACCCAGATCAGGGTGACCATTCCCTGCAGATTGGGTATCATCACCCTCATGCTCACCATCACCAGGCCTACATGGACCATCTGAGCAATGAAGCAGCAGACATGGTTGCTCATCACCCCAATGAACACATCCCATCCGGCTGGATATGA</cdnaseq> |
| Protein Sequence |
<aaseq>MGRGKVELKRIENKISRQVTFAKRRNGLLKKAYELSLLCDAEVALIIFSGRGRLFEFSSSSCMYKTLERYRSCNYNSQDAAAPENEINYQEYLKLKTRVEFLQTTQRNILGEDLGPLSMKELEQLENQIEVSLKQIRSRKNQALLDQLFDLKSKEQQLQDLNKDLRKKLQETSAENVLHMSWQDGGGHSGSSTVLADQPHHHQGLLHPHPDQGDHSLQIGYHHPHAHHHQAYMDHLSNEAADMVAHHPNEHIPSGWI</aaseq> |
| Gene Sequence |
<dnaseqindica>1..185#5720..5792#6564..6625#6746..6845#7053..7094#7185..7226#7445..7599#7978..8092#ATGGGGAGGGGGAAGGTGGAGCTGAAGCGGATCGAGAACAAGATCAGCCGGCAGGTGACGTTCGCCAAGCGCAGGAACGGCCTGCTCAAGAAGGCCTACGAGCTCTCCCTCCTCTGCGACGCCGAGGTCGCCCTCATCATCTTCTCCGGCCGCGGCCGCCTCTTCGAGTTCTCCAGCTCATCATGGTACGTATAGCACCAAACCAACGCCGCCGCCGCCGCCGCCGGCGTGCTTGTTCCGGCGCAGCAGCGCATCATCATCGATCGATCTAAGTCTAATAAGATAATCAATTAACCCTAACTAAATAAAATGATAAGAACAGTATATATGGTTATGATCAGTGAAACACTCGTCGATCTGAGGGAAAATCCGGTCGAGATCGAGGGAGTGGGGAGACAAATTGGACTGCAGGCTAGCTAATTTAATCGTGTCGATCGATTTCTAGCTTTTGTTGATCTTTATATATACGAACGCATGCACTTTCCCCTTTGTTTTTTTTTCCCTTCGATCTGCTTGGAGCTCATATGCTATAGATCTTGGGGCATATGTATCTGTCAGCTTTCGAGAGCGGCTATGTCCATCGATCCCTCTTTTTTTTCTCTTTCTTTTTGTAGTATCAGCTGCCATGCATATATCAGATTTCGTTTTCGCGTGCTTTTAGTGCTTCACTTATCTGTTCGCCATATCTGATTTCTTCTCATCCTTTGCCGACGTCGTCTGAGCAGTCTGACCTCCAAGATCTGGCGAAATAAACCTCAATCGTTGCTATTTCTTGCCTTGAATCTGCATAAACATGACAATAGATCCTTCTATTTTTTTTCTTCAAGACAAGATCTTGCTGTTTCTTCCCTTGCTATTTTTATTCAAAGATTCTTCTTTTTTTTTTCTAAAAGAACTATATATATATGAATCGAGTTTCATCTTCATCGATCTGTCTCTCTCCTTTTGTTTTCTGTAAACACACACACGAGCGTACGTATATATACTATCATCTCTACTTTTATCAAAAAGAAACACACATGTTCTAGCTTCAGATCCCAAAATAATCAAACAGGAAAATATATATAATATGCAATTAGTTCAGATCCCGAGGTAGATTTCTTGATTATTTCCATTTTCCAAAGTGAGGCGCGCGACAACTCGACGCGGTTCCTCTTTGCACACACACACAGTATAACTGTACGCAAGGGGTAAGAACAAAGGAGCAATCCCTTCTGGGTTGCTGCTTGCTTCTCCCATTTTTAGCTATTTCAGAATTTCACTTTCTGAGACTCATCTCTCTCTCTCTACCAGCTGCATTATTTCACTTCCCTTTTTTCCCATTTCTGCCTATTACACGGATGGCCTCTTTGTGGACTCGTCCAAATTGAGGCACGGTAGCTGGTGTCAAAATGAACCTGCAGGCCCAGCCCGGTTATGTATATGTATAGCTATATAGCTTTTCTTGCAAGAGGTATATACACTTTGTAGTTTTAGCCAGTGGTCCAGCTAGCCATGGATGGATATATTATACACACGTATATATAGTACATGTATGTACGAGTGTTAATTAAACTCGTTTAGTTAATTTCCAAAGTCCTTTTTTATTACTACAGCTAGCCTGATCTGTGTGTTAGTGTGTTACTGTTCCATTAGTTACTGTTCTATTGAAGAGAGCGCGTACACGTTGTTGTTTTATTTCTCTTTTTCCGATCCGGTGTTCCTTTTTTTTTTCTTTTGGTCATCTTCCTCGAGTCCCGAGCAGTAGAAATACTACTACTGCCCTGCAAAGCACACACATCAAGTGATGTGTTTTTCTTCAGAGCTTCAGACGTGTCATATCAAGCAGGTCAGCACGCATTACATGCAATATAATACTCCTATATGGACACGCAGAACTCACTTTGATCATGTGTGACCAAGCTGGATGAGCCGTTTATTTGTTGTTGGGACAGGGTATTGAATCATTAATTGCGGTTTTTCCTCTTTTTCCTGTCTTGTTCTACTCAGAGAATTGAACGGTGAACTGTATAGGCAGAGCTAGTCCTGCATGCATCGGTTTTCTGAAATTATTAACTATACACACACATGCACAATTGCTAAATCTGGTATACATGTCTTGCTGACTCACATATTCGTTCCTCCTAATTAAAGCACTCATTTATTTATTTTACACGGTTTTCAATGATATACTTTAAATATTAATTTGTTTGATGTTATATTTCTATGAATATGAAATTAGCATCATATGAAAATACTTTAAAACAAATATAGTGATATAACATGCATAATACTTAGCATATACTTGTATGATTAGCATGGTCATTAATCAAAAGTTGCCGAGCTTGAATTTTCTAAAGGACAGGGTGCCTTGTAATTTGGGACAAAGAACCATTGGAAAACGAACACAAAGAAACTTTCATTACATTAATTATCTGAAAAAGAAAGAAACTTTCATTAACCTCGTACAGTAAATAGAAAAGAGGAACTATGCATGTATAACGAAATAGCTAGGATCACAGCAATTAATTAGTTGTTCTCTGGCTTTACTTTTCTTTTGGAGTAACTTTAATTTTTCTTTGGAGGATGAAGTAGTTAATTATACAGGTTTCCAATTCTTGTTTGGTAGATCCTTTTTTATGTTCCTGGAAGAGCTACTATATTTTTGTACTTGAGATGGAGCTGAGGTACCGTTATCTAGCTATGTCGCATCTCAAGGAGTTACGAATTAACATATATCACCAATATCACAAAAATGCTCCATACAAAAAGATCATAAAAATTCTTGAATTTGCTTGCTGTGTTTTTTTACTATATATGCTTGGAATTAAAAAAATGACTGAATTAATCGTTTGCAATCTTTAACGGTGCGTGCAGTACCAAATTGGAAAGGTATCCACTTGTTCAAACTTAAAAATATTTTTTTACTGATATTACTCTCTAAAAAGGTGCATGGGAAATGCTATTGGAACTACTAGTTTTCGGGACATTATATATATATATATATATATATATATATATATATATGGACTTATGATATGGGCCAGATACCTATATATATAGAAGATATATGTGTGCTACTACCTCCATTCAACAATACAAGCATTTGAGCCAGTTCTGGTCAAGGATATAAACATCCTGCACTATTAGCTTGTACTTGTCAAATTAATGATCTCTAATTCAAACTTTCTTGCTACTTTACCCCCAATCACCCTTCCCAACCATCTTAATCTTTGCTAAACATTCTAGAAATGCTTATTGTTGGATGGAGGAAGTAGCTATTAACTACTCCTATAGTTTTTTTAACTACCTCATATTAATTTTGTAATCCTAATAAATGCACTATATATGCCCACTTTTACCGTGTTTCCAAACTGGCATCAAGCTAAAATGAATGTTAATTTAGTTTCCCCATAATTTTATGAGAATCGCAAAATTGTACCTATTTTAAACAAATCAAAGTCACTGAACAAATGAACGGAGGTTAATTATTATATTCACCTGATATAGGCAGACTAGGTTGGGCTAAGAGGGACATTAATTTGGGCATCTAGGTTTTGAAATGGGAGATATGGAGAGTGAACCAAAAAAAACTGTTAGTGAATTAGTACATGATATATACTAGTATTATTAGTGGGAACCTAGAGAAATGCAAAGAATGTTGCGCAAATCATCATTTTGTGTAAATTAAAATGGGATATACACTATGGGGAACTATAGCTGAGTGTCAATCCCCACCTTTTGTTTGTAATTAAACATGTGTTTATGCTACAAATTACTCCCTCCGTACTCATAAAGGAAGTCGTTTAGGACAATGTTTAAGTCAAACCTTGGGAATATAAATCATGAATAACTCTCAAGTTGTTGAGTTTGAAGATGTAAAAAATATATGAATAGATTTGTCTTGAAAAATACTTTCATAAAAGTATACATATATCACTTTTCAATAAATATTTTATAGAAACAAGAAGTCAAAATTGTGTTTTGGAGACCGTGTCACTGTCCAAAACGACTTCCTTTACGAGTACGGAGGGAGTATGTTCTACATATTGGCTAATATTGTTGAACCCTTCGGATCAATCTTAGACACAGTAGCCATTTTACCCACTGATGCAGCAACCCAATTAGGTATCTACTAATTAGCATCATAGTGCAAATTTGTACTTTTCAAGTGGAAAATAGAAATTATTTGTCCTCCTTTACTTTAATTTCTTGATAATATGATATATGTAACATAATTTCTCTTTGCTCCCAAGCATATAAAAAACTTCAATTTGATATGTCCAAAAAATGTCATATATATAGCATGTAATCCTCTGTGGCAAACACGTTTTTTTGGCTCAAATTAAGAAGAGGAAAAAATGGTATATATGTATAAACCTAACAAAAATGCCCCAACAAGAATAGCTTTATTTTGTGAACAAGGTCATATAGACCAGGGAACAAAAACCCTGTACTGTGCTTCTATTTTGCTATGCATTTTGGATAAGTGATTCTACAGAAATATGACTATATAGGAGATATTCTCAAATCTGATCTTTTCTATTAATTAGCCCATACGATATGAAGACATATCTTCCTCTGTTCTGATTCTATTTGTTGTGCTAAGATAGTCTACAGGATTTGCTAGGTTGCCACCTGCCGTCAACAAAATTCAGCTCATCAGATTTTGTTATAGTTGCTAGCACAGTTATATTATACGTATATCTCTTTTGAGAATATATTATTACAGTCCATTGATTTTTCTTGTAGAGTGGAAAATATTATTGTGTTTTCTAACCGTAGGAGTTCATGTGGTGTTATTTATTTTGGATAATGTGGTGTATTTTTATGAGAAATCAGGATCGCGTCACATGAAAGTTCATCTAATATATTATTAAGTGCATCGTAGCAACAATTCATATATTAACTCAAAGGTAGCTT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