sorgsd

Variation ID : sbi33825264

Variation Detail

Variation ID	sbi33825264
Type	INDEL
Position	Chr01 939-945
Ref /Alleles	CTAACCA/ C
MAF	C: 0.004
5' Flank	GGATCGAGATTCCAATCGTGCAGTGCTAAC
3' Flank	TGCTGATGCTATAGAAGGGAAGCCGTCAAG

Individual Alleles

id	Sample Id	Type	Alleles
1	101	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
2	103	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
3	107	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
4	11	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
5	110	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
6	123	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
7	131	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
8	132	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
9	135	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
10	137	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
11	138	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
12	14	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
13	140	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
14	141	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
15	144	Improved	N\|N
16	150	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
17	154	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
18	159	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
19	16	Improved	N\|N
20	161	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
21	167	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
22	168	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
23	170	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
24	173	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
25	175	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
26	176	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
27	182	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
28	186	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
29	190	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
30	192	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
31	194	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
32	195	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
33	197	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
34	J22	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
35	J26	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
36	J5	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
37	J50	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
38	2001	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
39	2005	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
40	2008	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
41	2009	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
42	201	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
43	2010	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
44	2016	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
45	2019	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
46	202	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
47	2021	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
48	2023	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
49	2026	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
50	2029	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
51	2030	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
52	2031	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
53	2036	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
54	2037	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
55	2038	Improved	N\|N
56	2039	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
57	204	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
58	2042	Improved	N\|N
59	2043	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
60	2048	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
61	2049	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
62	205	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
63	2050	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
64	2052	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
65	2054	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
66	2056	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
67	2059	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
68	206	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
69	2064	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
70	2065	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
71	2067	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
72	2068	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
73	2069	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
74	2071	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
75	2074	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
76	2075	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
77	2076	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
78	2080	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
79	2081	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
80	2082	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
81	2086	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
82	2088	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
83	260	Wild sorghum	N\|N
84	261	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
85	262	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
86	263	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
87	286	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
88	29	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
89	3	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
90	302546	S.propinquum	N\|N
91	31	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
92	32	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
93	34	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
94	346	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
95	348	Wild sorghum	CTAACCA\|CTAACCA
96	353	Wild sorghum	CTAACCA\|CTAACCA
97	355	Wild sorghum	N\|N
98	357	Wild sorghum	CTAACCA\|CTAACCA
99	364	Wild sorghum	CTAACCA\|CTAACCA
100	367	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
101	s37	S.propinquum	CTAACCA\|CTAACCA
102	s38	S.propinquum	CTAACCA\|CTAACCA
103	370	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
104	377	Wild sorghum	CTAACCA\|CTAACCA
105	392	Wild sorghum	CTAACCA\|CTAACCA
106	394	Wild sorghum	CTAACCA\|CTAACCA
107	40	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
108	42	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
109	43	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
110	45	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
111	47	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
112	48	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
113	51	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
114	53	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
115	56	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
116	61	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
117	62	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
118	66	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
119	67	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
120	68	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
121	70	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
122	73	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
123	75	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
124	88	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
125	89	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
126	91	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
127	92	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
128	93	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
129	94	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
130	95	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
131	96	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
132	97	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
133	s1	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
134	s36	Wild sorghum	CTAACCA\|CTAACCA
135	s2	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
136	s3	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
137	s32	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
138	s43	Weedy	CTAACCA\|CTAACCA
139	s40	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
140	s41	Weedy	CTAACCA\|CTAACCA
141	s39	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
142	s42	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
143	s47	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
144	s5	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
145	GW102	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
146	GW103	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
147	GW104	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
148	GW105	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
149	GW16	Landrace	N\|N
150	GW2	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
151	GW34	Landrace	N\|N
152	GW37	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
153	GW58	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
154	GW59	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
155	GW9	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
156	s4	Weedy	CTAACCA\|CTAACCA
157	s6	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
158	s7	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
159	s8	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
160	s9	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
161	J101	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
162	J103	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
163	J112	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
164	J113	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
165	J129	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
166	J130	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
167	J136	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
168	J152	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
169	J2	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
170	J20	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
171	J4	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
172	J42	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
173	J44	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
174	J49	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
175	J52	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
176	J53	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
177	J54	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
178	J57	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
179	J59	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
180	J64	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
181	J66	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
182	J67	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
183	J69	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
184	J87	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
185	J99	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
186	s45	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
187	s11	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
188	s10	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
189	s46	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
190	s12	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
191	s13	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
192	MHMD	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
193	s14	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
194	s15	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
195	s34	Weedy	CTAACCA\|CTAACCA
196	s33	Wild sorghum	CTAACCA\|CTAACCA
197	s21	Wild sorghum	CTAACCA\|CTAACCA
198	s16	Wild sorghum	CTAACCA\|CTAACCA
199	s44	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
200	s35	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
201	s31	Wild sorghum	CTAACCA\|CTAACCA
202	s17	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
203	s18	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
204	s20	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
205	s19	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
206	s22	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
207	s23	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
208	s24	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
209	s25	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
210	s26	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
211	s27	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
212	s28	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
213	s29	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
214	s30	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
215	SL25	Wild sorghum	CTAACCA\|CTAACCA
216	SL105	Wild sorghum	N\|N
217	SL108	Wild sorghum	CTAACCA\|CTAACCA
218	SL109	Wild sorghum	CTAACCA\|CTAACCA
219	SL12	Wild sorghum	CTAACCA\|CTAACCA
220	SL129	Wild sorghum	CTAACCA\|CTAACCA
221	SL130	Wild sorghum	CTAACCA\|CTAACCA
222	SL135	Wild sorghum	N\|N
223	SL136	Wild sorghum	CTAACCA\|CTAACCA
224	SL137	Wild sorghum	CTAACCA\|CTAACCA
225	SL138	Wild sorghum	CTAACCA\|CTAACCA
226	SL140	Wild sorghum	CTAACCA\|CTAACCA
227	SL141	Wild sorghum	CTAACCA\|CTAACCA
228	SL19	Wild sorghum	CTAACCA\|CTAACCA
229	SL28	Wild sorghum	CTAACCA\|CTAACCA
230	SL32	Wild sorghum	CTAACCA\|CTAACCA
231	SL35	Wild sorghum	N\|N
232	SL36	Wild sorghum	CTAACCA\|CTAACCA
233	SL37	Wild sorghum	CTAACCA\|CTAACCA
234	SL39	Wild sorghum	CTAACCA\|CTAACCA
235	SL41	Wild sorghum	CTAACCA\|CTAACCA
236	SL43	Wild sorghum	CTAACCA\|CTAACCA
237	SL47	Wild sorghum	CTAACCA\|CTAACCA
238	SL49	Wild sorghum	CTAACCA\|CTAACCA
239	SL51	Wild sorghum	CTAACCA\|CTAACCA
240	SL53	Wild sorghum	CTAACCA\|CTAACCA
241	SL62	Wild sorghum	CTAACCA\|CTAACCA
242	SL83	Wild sorghum	CTAACCA\|CTAACCA
243	SL97	Landrace	C\|C
244	s48	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
245	Tu13	Wild sorghum	CTAACCA\|CTAACCA
246	Tu14	Wild sorghum	CTAACCA\|CTAACCA
247	Tu30	Wild sorghum	CTAACCA\|CTAACCA
248	Tu5	Wild sorghum	CTAACCA\|CTAACCA
249	WSC5	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
250	WSC15	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
251	WSC19	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
252	WSC30	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
253	WSC52	Landrace	N\|N
254	WSC6	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
255	WSC61	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
256	WSC71	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
257	WSC72	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
258	WSC79	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
259	WSC94	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
260	WSC99	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
261	WSC100	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
262	WSC104	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
263	WSC105	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
264	WSC12	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
265	WSC13	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
266	WSC16	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
267	WSC17	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
268	WSC18	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
269	WSC20	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
270	WSC24	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
271	WSC25	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
272	WSC29	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
273	WSC31	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
274	WSC32	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
275	WSC34	Landrace	N\|N
276	WSC38	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
277	WSC39	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
278	WSC40	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
279	WSC54	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
280	WSC56	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
281	WSC59	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
282	WSC68	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
283	WSC70	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
284	WSC73	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
285	WSC81	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
286	WSC85	Improved	CTAACCA\|CTAACCA
287	WSC91	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
288	WSC93	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA
289	WSC98	Landrace	CTAACCA\|CTAACCA

Alleles Distribution

Gene Annotation

Variation ID	Gene	Consequence	Transcript	Type	cDNA	Source/target codon	Protein Name	protein pos	source/target Amino acid
sbi33825264	Sobic.001G000100	upstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000100.1	mRNA			Sobic.001G000100.1.p

Genome Browser