Variation ID : sbi33825280

Variation Detail



Variation ID sbi33825280
Type INDEL
Position Chr01 2624-2638
Ref /Alleles ATACATATACATAAT/ A
MAF A: 0.004
5' Flank CCCCCTGTGACAGATACATCTGATCTTGAT
3' Flank TACATATACATAACATACATACGTGTATCT

Individual Alleles

id Sample Id Type Alleles
1 101 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
2 103 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
3 107 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
4 11 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
5 110 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
6 123 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
7 131 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
8 132 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
9 135 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
10 137 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
11 138 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
12 14 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
13 140 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
14 141 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
15 144 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
16 150 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
17 154 Improved N|N
18 159 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
19 16 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
20 161 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
21 167 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
22 168 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
23 170 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
24 173 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
25 175 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
26 176 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
27 182 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
28 186 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
29 190 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
30 192 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
31 194 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
32 195 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
33 197 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
34 J22 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
35 J26 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
36 J5 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
37 J50 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
38 2001 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
39 2005 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
40 2008 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
41 2009 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
42 201 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
43 2010 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
44 2016 Improved N|N
45 2019 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
46 202 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
47 2021 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
48 2023 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
49 2026 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
50 2029 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
51 2030 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
52 2031 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
53 2036 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
54 2037 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
55 2038 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
56 2039 Improved N|N
57 204 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
58 2042 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
59 2043 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
60 2048 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
61 2049 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
62 205 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
63 2050 Improved N|N
64 2052 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
65 2054 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
66 2056 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
67 2059 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
68 206 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
69 2064 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
70 2065 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
71 2067 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
72 2068 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
73 2069 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
74 2071 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
75 2074 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
76 2075 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
77 2076 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
78 2080 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
79 2081 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
80 2082 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
81 2086 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
82 2088 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
83 260 Wild sorghum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
84 261 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
85 262 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
86 263 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
87 286 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
88 29 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
89 3 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
90 302546 S.propinquum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
91 31 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
92 32 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
93 34 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
94 346 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
95 348 Wild sorghum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
96 353 Wild sorghum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
97 355 Wild sorghum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
98 357 Wild sorghum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
99 364 Wild sorghum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
100 367 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
101 s37 S.propinquum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
102 s38 S.propinquum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
103 370 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
104 377 Wild sorghum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
105 392 Wild sorghum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
106 394 Wild sorghum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
107 40 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
108 42 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
109 43 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
110 45 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
111 47 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
112 48 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
113 51 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
114 53 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
115 56 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
116 61 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
117 62 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
118 66 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
119 67 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
120 68 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
121 70 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
122 73 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
123 75 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
124 88 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
125 89 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
126 91 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
127 92 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
128 93 Improved N|N
129 94 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
130 95 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
131 96 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
132 97 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
133 s1 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
134 s36 Wild sorghum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
135 s2 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
136 s3 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
137 s32 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
138 s43 Weedy ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
139 s40 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
140 s41 Weedy ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
141 s39 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
142 s42 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
143 s47 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
144 s5 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
145 GW102 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
146 GW103 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
147 GW104 Landrace N|N
148 GW105 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
149 GW16 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
150 GW2 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
151 GW34 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
152 GW37 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
153 GW58 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
154 GW59 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
155 GW9 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
156 s4 Weedy ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
157 s6 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
158 s7 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
159 s8 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
160 s9 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
161 J101 Landrace N|N
162 J103 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
163 J112 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
164 J113 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
165 J129 Improved N|N
166 J130 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
167 J136 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
168 J152 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
169 J2 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
170 J20 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
171 J4 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
172 J42 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
173 J44 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
174 J49 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
175 J52 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
176 J53 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
177 J54 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
178 J57 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
179 J59 Landrace N|N
180 J64 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
181 J66 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
182 J67 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
183 J69 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
184 J87 Landrace N|N
185 J99 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
186 s45 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
187 s11 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
188 s10 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
189 s46 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
190 s12 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
191 s13 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
192 MHMD Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
193 s14 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
194 s15 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
195 s34 Weedy ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
196 s33 Wild sorghum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
197 s21 Wild sorghum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
198 s16 Wild sorghum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
199 s44 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
200 s35 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
201 s31 Wild sorghum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
202 s17 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
203 s18 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
204 s20 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
205 s19 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
206 s22 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
207 s23 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
208 s24 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
209 s25 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
210 s26 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
211 s27 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
212 s28 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
213 s29 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
214 s30 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
215 SL25 Wild sorghum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
216 SL105 Wild sorghum N|N
217 SL108 Wild sorghum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
218 SL109 Wild sorghum A|A
219 SL12 Wild sorghum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
220 SL129 Wild sorghum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
221 SL130 Wild sorghum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
222 SL135 Wild sorghum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
223 SL136 Wild sorghum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
224 SL137 Wild sorghum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
225 SL138 Wild sorghum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
226 SL140 Wild sorghum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
227 SL141 Wild sorghum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
228 SL19 Wild sorghum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
229 SL28 Wild sorghum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
230 SL32 Wild sorghum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
231 SL35 Wild sorghum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
232 SL36 Wild sorghum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
233 SL37 Wild sorghum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
234 SL39 Wild sorghum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
235 SL41 Wild sorghum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
236 SL43 Wild sorghum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
237 SL47 Wild sorghum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
238 SL49 Wild sorghum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
239 SL51 Wild sorghum N|N
240 SL53 Wild sorghum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
241 SL62 Wild sorghum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
242 SL83 Wild sorghum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
243 SL97 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
244 s48 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
245 Tu13 Wild sorghum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
246 Tu14 Wild sorghum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
247 Tu30 Wild sorghum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
248 Tu5 Wild sorghum ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
249 WSC5 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
250 WSC15 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
251 WSC19 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
252 WSC30 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
253 WSC52 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
254 WSC6 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
255 WSC61 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
256 WSC71 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
257 WSC72 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
258 WSC79 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
259 WSC94 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
260 WSC99 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
261 WSC100 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
262 WSC104 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
263 WSC105 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
264 WSC12 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
265 WSC13 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
266 WSC16 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
267 WSC17 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
268 WSC18 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
269 WSC20 Landrace N|N
270 WSC24 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
271 WSC25 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
272 WSC29 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
273 WSC31 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
274 WSC32 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
275 WSC34 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
276 WSC38 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
277 WSC39 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
278 WSC40 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
279 WSC54 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
280 WSC56 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
281 WSC59 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
282 WSC68 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
283 WSC70 Landrace N|N
284 WSC73 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
285 WSC81 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
286 WSC85 Improved ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
287 WSC91 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
288 WSC93 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT
289 WSC98 Landrace ATACATATACATAAT|ATACATATACATAAT

Alleles Distribution

Gene Annotation



Variation ID Gene Consequence Transcript Type cDNA Source/target codon Protein Name protein pos source/target Amino acid
sbi33825280 Sobic.001G000100 downstream gene variant |MODIFIER Sobic.001G000100.1 mRNA Sobic.001G000100.1.p

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