sorgsd

Variation ID : sbi33825282

Variation Detail

Variation ID	sbi33825282
Type	INDEL
Position	Chr01 2733-2737
Ref /Alleles	CCATG/ C
MAF	C: 0.002
5' Flank	TATTATTAATCTCTCCGCCGTCTCTGGCTC
3' Flank	CATGTTCGTTACGTGTGTTTTAAGTAATCC

Individual Alleles

id	Sample Id	Type	Alleles
1	101	Improved	CCATG\|CCATG
2	103	Improved	CCATG\|CCATG
3	107	Improved	CCATG\|CCATG
4	11	Improved	CCATG\|CCATG
5	110	Improved	CCATG\|CCATG
6	123	Landrace	CCATG\|CCATG
7	131	Improved	CCATG\|CCATG
8	132	Improved	CCATG\|CCATG
9	135	Improved	CCATG\|CCATG
10	137	Improved	CCATG\|CCATG
11	138	Improved	CCATG\|CCATG
12	14	Improved	CCATG\|CCATG
13	140	Improved	CCATG\|CCATG
14	141	Improved	CCATG\|CCATG
15	144	Improved	CCATG\|CCATG
16	150	Improved	CCATG\|CCATG
17	154	Improved	N\|N
18	159	Landrace	CCATG\|CCATG
19	16	Improved	CCATG\|CCATG
20	161	Landrace	CCATG\|CCATG
21	167	Improved	CCATG\|CCATG
22	168	Improved	CCATG\|CCATG
23	170	Improved	CCATG\|CCATG
24	173	Improved	N\|N
25	175	Improved	CCATG\|CCATG
26	176	Improved	CCATG\|CCATG
27	182	Landrace	CCATG\|CCATG
28	186	Improved	CCATG\|CCATG
29	190	Improved	CCATG\|CCATG
30	192	Improved	CCATG\|CCATG
31	194	Improved	CCATG\|CCATG
32	195	Improved	CCATG\|CCATG
33	197	Improved	CCATG\|CCATG
34	J22	Landrace	CCATG\|CCATG
35	J26	Landrace	CCATG\|CCATG
36	J5	Landrace	CCATG\|CCATG
37	J50	Landrace	CCATG\|CCATG
38	2001	Landrace	CCATG\|CCATG
39	2005	Improved	CCATG\|CCATG
40	2008	Improved	CCATG\|CCATG
41	2009	Landrace	CCATG\|CCATG
42	201	Improved	CCATG\|CCATG
43	2010	Landrace	CCATG\|CCATG
44	2016	Improved	N\|N
45	2019	Improved	CCATG\|CCATG
46	202	Improved	CCATG\|CCATG
47	2021	Improved	CCATG\|CCATG
48	2023	Improved	CCATG\|CCATG
49	2026	Improved	CCATG\|CCATG
50	2029	Improved	CCATG\|CCATG
51	2030	Landrace	CCATG\|CCATG
52	2031	Landrace	CCATG\|CCATG
53	2036	Improved	CCATG\|CCATG
54	2037	Improved	CCATG\|CCATG
55	2038	Improved	CCATG\|CCATG
56	2039	Improved	CCATG\|CCATG
57	204	Improved	CCATG\|CCATG
58	2042	Improved	CCATG\|CCATG
59	2043	Improved	CCATG\|CCATG
60	2048	Improved	CCATG\|CCATG
61	2049	Improved	CCATG\|CCATG
62	205	Improved	CCATG\|CCATG
63	2050	Improved	N\|N
64	2052	Improved	CCATG\|CCATG
65	2054	Improved	CCATG\|CCATG
66	2056	Improved	CCATG\|CCATG
67	2059	Improved	CCATG\|CCATG
68	206	Improved	CCATG\|CCATG
69	2064	Improved	CCATG\|CCATG
70	2065	Improved	CCATG\|CCATG
71	2067	Improved	CCATG\|CCATG
72	2068	Improved	CCATG\|CCATG
73	2069	Improved	CCATG\|CCATG
74	2071	Improved	CCATG\|CCATG
75	2074	Improved	CCATG\|CCATG
76	2075	Improved	CCATG\|CCATG
77	2076	Improved	CCATG\|CCATG
78	2080	Improved	CCATG\|CCATG
79	2081	Improved	CCATG\|CCATG
80	2082	Improved	CCATG\|CCATG
81	2086	Improved	CCATG\|CCATG
82	2088	Improved	CCATG\|CCATG
83	260	Wild sorghum	CCATG\|CCATG
84	261	Improved	CCATG\|CCATG
85	262	Improved	CCATG\|CCATG
86	263	Improved	N\|N
87	286	Improved	CCATG\|CCATG
88	29	Improved	CCATG\|CCATG
89	3	Improved	CCATG\|CCATG
90	302546	S.propinquum	CCATG\|CCATG
91	31	Improved	CCATG\|CCATG
92	32	Improved	CCATG\|CCATG
93	34	Improved	CCATG\|CCATG
94	346	Landrace	CCATG\|CCATG
95	348	Wild sorghum	CCATG\|CCATG
96	353	Wild sorghum	CCATG\|CCATG
97	355	Wild sorghum	CCATG\|CCATG
98	357	Wild sorghum	CCATG\|CCATG
99	364	Wild sorghum	CCATG\|CCATG
100	367	Landrace	CCATG\|CCATG
101	s37	S.propinquum	CCATG\|CCATG
102	s38	S.propinquum	CCATG\|CCATG
103	370	Landrace	CCATG\|CCATG
104	377	Wild sorghum	CCATG\|CCATG
105	392	Wild sorghum	CCATG\|CCATG
106	394	Wild sorghum	CCATG\|CCATG
107	40	Improved	CCATG\|CCATG
108	42	Improved	CCATG\|CCATG
109	43	Improved	CCATG\|CCATG
110	45	Improved	CCATG\|CCATG
111	47	Improved	CCATG\|CCATG
112	48	Improved	CCATG\|CCATG
113	51	Improved	CCATG\|CCATG
114	53	Improved	CCATG\|CCATG
115	56	Improved	CCATG\|CCATG
116	61	Improved	CCATG\|CCATG
117	62	Improved	CCATG\|CCATG
118	66	Landrace	CCATG\|CCATG
119	67	Improved	CCATG\|CCATG
120	68	Improved	CCATG\|CCATG
121	70	Improved	CCATG\|CCATG
122	73	Improved	CCATG\|CCATG
123	75	Improved	CCATG\|CCATG
124	88	Improved	CCATG\|CCATG
125	89	Improved	CCATG\|CCATG
126	91	Improved	CCATG\|CCATG
127	92	Improved	CCATG\|CCATG
128	93	Improved	CCATG\|CCATG
129	94	Improved	CCATG\|CCATG
130	95	Improved	CCATG\|CCATG
131	96	Improved	CCATG\|CCATG
132	97	Improved	CCATG\|CCATG
133	s1	Improved	CCATG\|CCATG
134	s36	Wild sorghum	CCATG\|CCATG
135	s2	Landrace	CCATG\|CCATG
136	s3	Improved	CCATG\|CCATG
137	s32	Improved	CCATG\|CCATG
138	s43	Weedy	CCATG\|CCATG
139	s40	Landrace	CCATG\|CCATG
140	s41	Weedy	CCATG\|CCATG
141	s39	Landrace	CCATG\|CCATG
142	s42	Landrace	CCATG\|CCATG
143	s47	Improved	CCATG\|CCATG
144	s5	Landrace	CCATG\|CCATG
145	GW102	Landrace	CCATG\|CCATG
146	GW103	Landrace	CCATG\|CCATG
147	GW104	Landrace	N\|N
148	GW105	Landrace	CCATG\|CCATG
149	GW16	Landrace	CCATG\|CCATG
150	GW2	Landrace	CCATG\|CCATG
151	GW34	Landrace	CCATG\|CCATG
152	GW37	Landrace	CCATG\|CCATG
153	GW58	Landrace	CCATG\|CCATG
154	GW59	Landrace	CCATG\|CCATG
155	GW9	Landrace	CCATG\|CCATG
156	s4	Weedy	CCATG\|CCATG
157	s6	Improved	CCATG\|CCATG
158	s7	Landrace	CCATG\|CCATG
159	s8	Landrace	CCATG\|CCATG
160	s9	Landrace	CCATG\|CCATG
161	J101	Landrace	N\|N
162	J103	Improved	CCATG\|CCATG
163	J112	Landrace	CCATG\|CCATG
164	J113	Improved	CCATG\|CCATG
165	J129	Improved	N\|N
166	J130	Improved	CCATG\|CCATG
167	J136	Improved	CCATG\|CCATG
168	J152	Improved	CCATG\|CCATG
169	J2	Landrace	CCATG\|CCATG
170	J20	Landrace	CCATG\|CCATG
171	J4	Landrace	CCATG\|CCATG
172	J42	Landrace	CCATG\|CCATG
173	J44	Landrace	CCATG\|CCATG
174	J49	Landrace	CCATG\|CCATG
175	J52	Landrace	CCATG\|CCATG
176	J53	Landrace	CCATG\|CCATG
177	J54	Landrace	CCATG\|CCATG
178	J57	Landrace	CCATG\|CCATG
179	J59	Landrace	N\|N
180	J64	Landrace	N\|N
181	J66	Landrace	N\|N
182	J67	Landrace	CCATG\|CCATG
183	J69	Landrace	CCATG\|CCATG
184	J87	Landrace	N\|N
185	J99	Landrace	CCATG\|CCATG
186	s45	Landrace	CCATG\|CCATG
187	s11	Improved	CCATG\|CCATG
188	s10	Improved	CCATG\|CCATG
189	s46	Improved	CCATG\|CCATG
190	s12	Improved	CCATG\|CCATG
191	s13	Landrace	CCATG\|CCATG
192	MHMD	Landrace	CCATG\|CCATG
193	s14	Improved	CCATG\|CCATG
194	s15	Improved	CCATG\|CCATG
195	s34	Weedy	CCATG\|CCATG
196	s33	Wild sorghum	CCATG\|CCATG
197	s21	Wild sorghum	CCATG\|CCATG
198	s16	Wild sorghum	CCATG\|CCATG
199	s44	Improved	CCATG\|CCATG
200	s35	Landrace	CCATG\|CCATG
201	s31	Wild sorghum	CCATG\|CCATG
202	s17	Improved	CCATG\|CCATG
203	s18	Improved	CCATG\|CCATG
204	s20	Improved	CCATG\|CCATG
205	s19	Improved	CCATG\|CCATG
206	s22	Landrace	CCATG\|CCATG
207	s23	Landrace	CCATG\|CCATG
208	s24	Landrace	CCATG\|CCATG
209	s25	Landrace	CCATG\|CCATG
210	s26	Landrace	CCATG\|CCATG
211	s27	Landrace	CCATG\|CCATG
212	s28	Landrace	CCATG\|CCATG
213	s29	Landrace	CCATG\|CCATG
214	s30	Landrace	CCATG\|CCATG
215	SL25	Wild sorghum	CCATG\|CCATG
216	SL105	Wild sorghum	N\|N
217	SL108	Wild sorghum	CCATG\|CCATG
218	SL109	Wild sorghum	CCATG\|CCATG
219	SL12	Wild sorghum	CCATG\|CCATG
220	SL129	Wild sorghum	CCATG\|CCATG
221	SL130	Wild sorghum	CCATG\|CCATG
222	SL135	Wild sorghum	N\|N
223	SL136	Wild sorghum	CCATG\|CCATG
224	SL137	Wild sorghum	CCATG\|CCATG
225	SL138	Wild sorghum	CCATG\|CCATG
226	SL140	Wild sorghum	CCATG\|C
227	SL141	Wild sorghum	CCATG\|CCATG
228	SL19	Wild sorghum	N\|N
229	SL28	Wild sorghum	CCATG\|CCATG
230	SL32	Wild sorghum	CCATG\|CCATG
231	SL35	Wild sorghum	CCATG\|CCATG
232	SL36	Wild sorghum	CCATG\|CCATG
233	SL37	Wild sorghum	CCATG\|CCATG
234	SL39	Wild sorghum	CCATG\|CCATG
235	SL41	Wild sorghum	CCATG\|CCATG
236	SL43	Wild sorghum	CCATG\|CCATG
237	SL47	Wild sorghum	CCATG\|CCATG
238	SL49	Wild sorghum	N\|N
239	SL51	Wild sorghum	CCATG\|CCATG
240	SL53	Wild sorghum	CCATG\|CCATG
241	SL62	Wild sorghum	CCATG\|CCATG
242	SL83	Wild sorghum	CCATG\|CCATG
243	SL97	Landrace	CCATG\|CCATG
244	s48	Improved	CCATG\|CCATG
245	Tu13	Wild sorghum	CCATG\|CCATG
246	Tu14	Wild sorghum	CCATG\|CCATG
247	Tu30	Wild sorghum	CCATG\|CCATG
248	Tu5	Wild sorghum	CCATG\|CCATG
249	WSC5	Landrace	CCATG\|CCATG
250	WSC15	Landrace	CCATG\|CCATG
251	WSC19	Landrace	CCATG\|CCATG
252	WSC30	Landrace	CCATG\|CCATG
253	WSC52	Landrace	CCATG\|CCATG
254	WSC6	Landrace	CCATG\|CCATG
255	WSC61	Landrace	CCATG\|CCATG
256	WSC71	Improved	CCATG\|CCATG
257	WSC72	Landrace	CCATG\|CCATG
258	WSC79	Landrace	CCATG\|CCATG
259	WSC94	Landrace	CCATG\|CCATG
260	WSC99	Landrace	CCATG\|CCATG
261	WSC100	Landrace	CCATG\|CCATG
262	WSC104	Landrace	N\|N
263	WSC105	Landrace	CCATG\|CCATG
264	WSC12	Landrace	CCATG\|CCATG
265	WSC13	Landrace	CCATG\|CCATG
266	WSC16	Landrace	CCATG\|CCATG
267	WSC17	Landrace	CCATG\|CCATG
268	WSC18	Landrace	N\|N
269	WSC20	Landrace	CCATG\|CCATG
270	WSC24	Landrace	CCATG\|CCATG
271	WSC25	Landrace	CCATG\|CCATG
272	WSC29	Landrace	CCATG\|CCATG
273	WSC31	Landrace	CCATG\|CCATG
274	WSC32	Landrace	CCATG\|CCATG
275	WSC34	Landrace	CCATG\|CCATG
276	WSC38	Landrace	CCATG\|CCATG
277	WSC39	Improved	CCATG\|CCATG
278	WSC40	Landrace	CCATG\|CCATG
279	WSC54	Landrace	CCATG\|CCATG
280	WSC56	Landrace	CCATG\|CCATG
281	WSC59	Landrace	CCATG\|CCATG
282	WSC68	Landrace	CCATG\|CCATG
283	WSC70	Landrace	CCATG\|CCATG
284	WSC73	Landrace	CCATG\|CCATG
285	WSC81	Landrace	CCATG\|CCATG
286	WSC85	Improved	CCATG\|CCATG
287	WSC91	Landrace	CCATG\|CCATG
288	WSC93	Landrace	CCATG\|CCATG
289	WSC98	Landrace	CCATG\|CCATG

Alleles Distribution

Gene Annotation

Variation ID	Gene	Consequence	Transcript	Type	cDNA	Source/target codon	Protein Name	protein pos	source/target Amino acid
sbi33825282	Sobic.001G000100	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000100.1	mRNA			Sobic.001G000100.1.p

Genome Browser