sorgsd

Variation ID : sbi33825293

Variation Detail

Variation ID	sbi33825293
Type	INDEL
Position	Chr01 3042-3050
Ref /Alleles	GCTGTTCGT/ G
MAF	G: 0.142
5' Flank	TTTGTATAGGCGGATTGACGAACCACCTGT
3' Flank	CTGTGGAAATAAACGCAGATTGACGAATCG

Individual Alleles

id	Sample Id	Type	Alleles
1	101	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
2	103	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
3	107	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
4	11	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
5	110	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
6	123	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
7	131	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
8	132	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
9	135	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
10	137	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
11	138	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
12	14	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
13	140	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
14	141	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
15	144	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
16	150	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
17	154	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
18	159	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
19	16	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
20	161	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
21	167	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
22	168	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
23	170	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
24	173	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
25	175	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
26	176	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
27	182	Landrace	G\|G
28	186	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
29	190	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
30	192	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
31	194	Improved	N\|N
32	195	Improved	G\|G
33	197	Improved	G\|G
34	J22	Landrace	G\|G
35	J26	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
36	J5	Landrace	G\|G
37	J50	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
38	2001	Landrace	G\|G
39	2005	Improved	G\|G
40	2008	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
41	2009	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
42	201	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
43	2010	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
44	2016	Improved	G\|G
45	2019	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
46	202	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
47	2021	Improved	G\|G
48	2023	Improved	G\|G
49	2026	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
50	2029	Improved	G\|G
51	2030	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
52	2031	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
53	2036	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
54	2037	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
55	2038	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
56	2039	Improved	G\|G
57	204	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
58	2042	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
59	2043	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
60	2048	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
61	2049	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
62	205	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
63	2050	Improved	N\|N
64	2052	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
65	2054	Improved	G\|G
66	2056	Improved	N\|N
67	2059	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
68	206	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
69	2064	Improved	G\|G
70	2065	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
71	2067	Improved	G\|G
72	2068	Improved	G\|G
73	2069	Improved	G\|G
74	2071	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
75	2074	Improved	G\|G
76	2075	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
77	2076	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
78	2080	Improved	G\|G
79	2081	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
80	2082	Improved	N\|N
81	2086	Improved	G\|G
82	2088	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
83	260	Wild sorghum	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
84	261	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
85	262	Improved	G\|G
86	263	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
87	286	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
88	29	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
89	3	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
90	302546	S.propinquum	N\|N
91	31	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
92	32	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
93	34	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
94	346	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
95	348	Wild sorghum	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
96	353	Wild sorghum	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
97	355	Wild sorghum	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
98	357	Wild sorghum	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
99	364	Wild sorghum	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
100	367	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
101	s37	S.propinquum	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
102	s38	S.propinquum	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
103	370	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
104	377	Wild sorghum	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
105	392	Wild sorghum	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
106	394	Wild sorghum	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
107	40	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
108	42	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
109	43	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
110	45	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
111	47	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
112	48	Improved	G\|G
113	51	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
114	53	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
115	56	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
116	61	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
117	62	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
118	66	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
119	67	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
120	68	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
121	70	Improved	G\|G
122	73	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
123	75	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
124	88	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
125	89	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
126	91	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
127	92	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
128	93	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
129	94	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
130	95	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
131	96	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
132	97	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
133	s1	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
134	s36	Wild sorghum	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
135	s2	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
136	s3	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
137	s32	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
138	s43	Weedy	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
139	s40	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
140	s41	Weedy	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
141	s39	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
142	s42	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
143	s47	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
144	s5	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
145	GW102	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
146	GW103	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
147	GW104	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
148	GW105	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
149	GW16	Landrace	G\|G
150	GW2	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
151	GW34	Landrace	G\|G
152	GW37	Landrace	G\|G
153	GW58	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
154	GW59	Landrace	GCTGTTCGT\|G
155	GW9	Landrace	G\|G
156	s4	Weedy	N\|N
157	s6	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
158	s7	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
159	s8	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
160	s9	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
161	J101	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
162	J103	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
163	J112	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
164	J113	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
165	J129	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
166	J130	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
167	J136	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
168	J152	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
169	J2	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
170	J20	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
171	J4	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
172	J42	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
173	J44	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
174	J49	Landrace	G\|G
175	J52	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
176	J53	Landrace	G\|G
177	J54	Landrace	G\|G
178	J57	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
179	J59	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
180	J64	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
181	J66	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
182	J67	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
183	J69	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
184	J87	Landrace	G\|G
185	J99	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
186	s45	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
187	s11	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
188	s10	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
189	s46	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
190	s12	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
191	s13	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
192	MHMD	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
193	s14	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
194	s15	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
195	s34	Weedy	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
196	s33	Wild sorghum	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
197	s21	Wild sorghum	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
198	s16	Wild sorghum	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
199	s44	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
200	s35	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
201	s31	Wild sorghum	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
202	s17	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
203	s18	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
204	s20	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
205	s19	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
206	s22	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
207	s23	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
208	s24	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
209	s25	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
210	s26	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
211	s27	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
212	s28	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
213	s29	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
214	s30	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
215	SL25	Wild sorghum	N\|N
216	SL105	Wild sorghum	N\|N
217	SL108	Wild sorghum	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
218	SL109	Wild sorghum	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
219	SL12	Wild sorghum	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
220	SL129	Wild sorghum	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
221	SL130	Wild sorghum	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
222	SL135	Wild sorghum	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
223	SL136	Wild sorghum	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
224	SL137	Wild sorghum	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
225	SL138	Wild sorghum	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
226	SL140	Wild sorghum	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
227	SL141	Wild sorghum	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
228	SL19	Wild sorghum	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
229	SL28	Wild sorghum	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
230	SL32	Wild sorghum	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
231	SL35	Wild sorghum	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
232	SL36	Wild sorghum	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
233	SL37	Wild sorghum	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
234	SL39	Wild sorghum	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
235	SL41	Wild sorghum	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
236	SL43	Wild sorghum	N\|N
237	SL47	Wild sorghum	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
238	SL49	Wild sorghum	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
239	SL51	Wild sorghum	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
240	SL53	Wild sorghum	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
241	SL62	Wild sorghum	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
242	SL83	Wild sorghum	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
243	SL97	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
244	s48	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
245	Tu13	Wild sorghum	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
246	Tu14	Wild sorghum	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
247	Tu30	Wild sorghum	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
248	Tu5	Wild sorghum	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
249	WSC5	Landrace	G\|G
250	WSC15	Landrace	G\|G
251	WSC19	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
252	WSC30	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
253	WSC52	Landrace	N\|N
254	WSC6	Landrace	G\|G
255	WSC61	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
256	WSC71	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
257	WSC72	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
258	WSC79	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
259	WSC94	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
260	WSC99	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
261	WSC100	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
262	WSC104	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
263	WSC105	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
264	WSC12	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
265	WSC13	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
266	WSC16	Landrace	G\|G
267	WSC17	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
268	WSC18	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
269	WSC20	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
270	WSC24	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
271	WSC25	Landrace	G\|G
272	WSC29	Landrace	G\|G
273	WSC31	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
274	WSC32	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
275	WSC34	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
276	WSC38	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
277	WSC39	Improved	G\|G
278	WSC40	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
279	WSC54	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
280	WSC56	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
281	WSC59	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
282	WSC68	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
283	WSC70	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
284	WSC73	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
285	WSC81	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
286	WSC85	Improved	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
287	WSC91	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
288	WSC93	Landrace	GCTGTTCGT\|GCTGTTCGT
289	WSC98	Landrace	G\|G

Alleles Distribution

Gene Annotation

Variation ID	Gene	Consequence	Transcript	Type	cDNA	Source/target codon	Protein Name	protein pos	source/target Amino acid
sbi33825293	Sobic.001G000100	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000100.1	mRNA			Sobic.001G000100.1.p

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