sorgsd

Variation ID : sbi33825309

Variation Detail

Variation ID	sbi33825309
Type	INDEL
Position	Chr01 5321-5333
Ref /Alleles	CACCATATATCCT/ C
MAF	C: 0.004
5' Flank	AGAGACACCTGAGAGAGTGCTTGACCCTGA
3' Flank	ACCGTACCTTCTAATGGGACGTGGATTATG

Individual Alleles

id	Sample Id	Type	Alleles
1	101	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
2	103	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
3	107	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
4	11	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
5	110	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
6	123	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
7	131	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
8	132	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
9	135	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
10	137	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
11	138	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
12	14	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
13	140	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
14	141	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
15	144	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
16	150	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
17	154	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
18	159	Landrace	N\|N
19	16	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
20	161	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
21	167	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
22	168	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
23	170	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
24	173	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
25	175	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
26	176	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
27	182	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
28	186	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
29	190	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
30	192	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
31	194	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
32	195	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
33	197	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
34	J22	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
35	J26	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
36	J5	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
37	J50	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
38	2001	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
39	2005	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
40	2008	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
41	2009	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
42	201	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
43	2010	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
44	2016	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
45	2019	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
46	202	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
47	2021	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
48	2023	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
49	2026	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
50	2029	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
51	2030	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
52	2031	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
53	2036	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
54	2037	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
55	2038	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
56	2039	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
57	204	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
58	2042	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
59	2043	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
60	2048	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
61	2049	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
62	205	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
63	2050	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
64	2052	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
65	2054	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
66	2056	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
67	2059	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
68	206	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
69	2064	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
70	2065	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
71	2067	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
72	2068	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
73	2069	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
74	2071	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
75	2074	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
76	2075	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
77	2076	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
78	2080	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
79	2081	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
80	2082	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
81	2086	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
82	2088	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
83	260	Wild sorghum	N\|N
84	261	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
85	262	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
86	263	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
87	286	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
88	29	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
89	3	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
90	302546	S.propinquum	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
91	31	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
92	32	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
93	34	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
94	346	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
95	348	Wild sorghum	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
96	353	Wild sorghum	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
97	355	Wild sorghum	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
98	357	Wild sorghum	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
99	364	Wild sorghum	N\|N
100	367	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
101	s37	S.propinquum	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
102	s38	S.propinquum	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
103	370	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
104	377	Wild sorghum	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
105	392	Wild sorghum	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
106	394	Wild sorghum	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
107	40	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
108	42	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
109	43	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
110	45	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
111	47	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
112	48	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
113	51	Improved	N\|N
114	53	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
115	56	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
116	61	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
117	62	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
118	66	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
119	67	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
120	68	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
121	70	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
122	73	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
123	75	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
124	88	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
125	89	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
126	91	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
127	92	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
128	93	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
129	94	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
130	95	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
131	96	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
132	97	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
133	s1	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
134	s36	Wild sorghum	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
135	s2	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
136	s3	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
137	s32	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
138	s43	Weedy	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
139	s40	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
140	s41	Weedy	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
141	s39	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
142	s42	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
143	s47	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
144	s5	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
145	GW102	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
146	GW103	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
147	GW104	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
148	GW105	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
149	GW16	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
150	GW2	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
151	GW34	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
152	GW37	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
153	GW58	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
154	GW59	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
155	GW9	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
156	s4	Weedy	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
157	s6	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
158	s7	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
159	s8	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
160	s9	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
161	J101	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
162	J103	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
163	J112	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
164	J113	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
165	J129	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
166	J130	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
167	J136	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
168	J152	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
169	J2	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
170	J20	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
171	J4	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
172	J42	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
173	J44	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
174	J49	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
175	J52	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
176	J53	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
177	J54	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
178	J57	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
179	J59	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
180	J64	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
181	J66	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
182	J67	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
183	J69	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
184	J87	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
185	J99	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
186	s45	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
187	s11	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
188	s10	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
189	s46	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
190	s12	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
191	s13	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
192	MHMD	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
193	s14	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
194	s15	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
195	s34	Weedy	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
196	s33	Wild sorghum	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
197	s21	Wild sorghum	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
198	s16	Wild sorghum	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
199	s44	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
200	s35	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
201	s31	Wild sorghum	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
202	s17	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
203	s18	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
204	s20	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
205	s19	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
206	s22	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
207	s23	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
208	s24	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
209	s25	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
210	s26	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
211	s27	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
212	s28	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
213	s29	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
214	s30	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
215	SL25	Wild sorghum	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
216	SL105	Wild sorghum	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
217	SL108	Wild sorghum	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
218	SL109	Wild sorghum	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
219	SL12	Wild sorghum	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
220	SL129	Wild sorghum	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
221	SL130	Wild sorghum	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
222	SL135	Wild sorghum	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
223	SL136	Wild sorghum	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
224	SL137	Wild sorghum	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
225	SL138	Wild sorghum	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
226	SL140	Wild sorghum	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
227	SL141	Wild sorghum	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
228	SL19	Wild sorghum	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
229	SL28	Wild sorghum	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
230	SL32	Wild sorghum	C\|C
231	SL35	Wild sorghum	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
232	SL36	Wild sorghum	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
233	SL37	Wild sorghum	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
234	SL39	Wild sorghum	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
235	SL41	Wild sorghum	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
236	SL43	Wild sorghum	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
237	SL47	Wild sorghum	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
238	SL49	Wild sorghum	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
239	SL51	Wild sorghum	N\|N
240	SL53	Wild sorghum	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
241	SL62	Wild sorghum	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
242	SL83	Wild sorghum	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
243	SL97	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
244	s48	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
245	Tu13	Wild sorghum	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
246	Tu14	Wild sorghum	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
247	Tu30	Wild sorghum	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
248	Tu5	Wild sorghum	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
249	WSC5	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
250	WSC15	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
251	WSC19	Landrace	N\|N
252	WSC30	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
253	WSC52	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
254	WSC6	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
255	WSC61	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
256	WSC71	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
257	WSC72	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
258	WSC79	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
259	WSC94	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
260	WSC99	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
261	WSC100	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
262	WSC104	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
263	WSC105	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
264	WSC12	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
265	WSC13	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
266	WSC16	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
267	WSC17	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
268	WSC18	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
269	WSC20	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
270	WSC24	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
271	WSC25	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
272	WSC29	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
273	WSC31	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
274	WSC32	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
275	WSC34	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
276	WSC38	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
277	WSC39	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
278	WSC40	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
279	WSC54	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
280	WSC56	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
281	WSC59	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
282	WSC68	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
283	WSC70	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
284	WSC73	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
285	WSC81	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
286	WSC85	Improved	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
287	WSC91	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
288	WSC93	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT
289	WSC98	Landrace	CACCATATATCCT\|CACCATATATCCT

Alleles Distribution

Gene Annotation

Variation ID	Gene	Consequence	Transcript	Type	cDNA	Source/target codon	Protein Name	protein pos	source/target Amino acid
sbi33825309	Sobic.001G000100	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000100.1	mRNA			Sobic.001G000100.1.p

Genome Browser