Variation ID : sbi33825412

Variation Detail



Variation ID sbi33825412
Type INDEL
Position Chr01 15824-15829
Ref /Alleles TATGAC/ T
MAF T: 0.004
5' Flank TTTTTCTAGATTATTTTTACGCCAAATTAT
3' Flank AAGCAGTACACATATTGTTTGGTATTTCAC

Individual Alleles

id Sample Id Type Alleles
1 101 Improved N|N
2 103 Improved N|N
3 107 Improved TATGAC|TATGAC
4 11 Improved TATGAC|TATGAC
5 110 Improved TATGAC|TATGAC
6 123 Landrace TATGAC|TATGAC
7 131 Improved TATGAC|TATGAC
8 132 Improved TATGAC|TATGAC
9 135 Improved TATGAC|TATGAC
10 137 Improved TATGAC|TATGAC
11 138 Improved TATGAC|TATGAC
12 14 Improved N|N
13 140 Improved TATGAC|TATGAC
14 141 Improved TATGAC|TATGAC
15 144 Improved TATGAC|TATGAC
16 150 Improved TATGAC|TATGAC
17 154 Improved TATGAC|TATGAC
18 159 Landrace TATGAC|TATGAC
19 16 Improved TATGAC|TATGAC
20 161 Landrace TATGAC|TATGAC
21 167 Improved TATGAC|TATGAC
22 168 Improved TATGAC|TATGAC
23 170 Improved TATGAC|TATGAC
24 173 Improved TATGAC|TATGAC
25 175 Improved TATGAC|TATGAC
26 176 Improved TATGAC|TATGAC
27 182 Landrace TATGAC|TATGAC
28 186 Improved TATGAC|TATGAC
29 190 Improved TATGAC|TATGAC
30 192 Improved TATGAC|TATGAC
31 194 Improved TATGAC|TATGAC
32 195 Improved TATGAC|TATGAC
33 197 Improved TATGAC|TATGAC
34 J22 Landrace TATGAC|TATGAC
35 J26 Landrace TATGAC|TATGAC
36 J5 Landrace TATGAC|TATGAC
37 J50 Landrace TATGAC|TATGAC
38 2001 Landrace TATGAC|TATGAC
39 2005 Improved TATGAC|TATGAC
40 2008 Improved N|N
41 2009 Landrace TATGAC|TATGAC
42 201 Improved TATGAC|TATGAC
43 2010 Landrace TATGAC|TATGAC
44 2016 Improved TATGAC|TATGAC
45 2019 Improved TATGAC|TATGAC
46 202 Improved TATGAC|TATGAC
47 2021 Improved TATGAC|TATGAC
48 2023 Improved TATGAC|TATGAC
49 2026 Improved N|N
50 2029 Improved TATGAC|TATGAC
51 2030 Landrace N|N
52 2031 Landrace TATGAC|TATGAC
53 2036 Improved TATGAC|TATGAC
54 2037 Improved TATGAC|TATGAC
55 2038 Improved N|N
56 2039 Improved TATGAC|TATGAC
57 204 Improved TATGAC|TATGAC
58 2042 Improved TATGAC|TATGAC
59 2043 Improved TATGAC|TATGAC
60 2048 Improved TATGAC|TATGAC
61 2049 Improved TATGAC|TATGAC
62 205 Improved TATGAC|TATGAC
63 2050 Improved TATGAC|TATGAC
64 2052 Improved TATGAC|TATGAC
65 2054 Improved TATGAC|TATGAC
66 2056 Improved TATGAC|TATGAC
67 2059 Improved TATGAC|TATGAC
68 206 Improved TATGAC|TATGAC
69 2064 Improved TATGAC|TATGAC
70 2065 Improved TATGAC|TATGAC
71 2067 Improved TATGAC|TATGAC
72 2068 Improved TATGAC|TATGAC
73 2069 Improved TATGAC|TATGAC
74 2071 Improved TATGAC|TATGAC
75 2074 Improved TATGAC|TATGAC
76 2075 Improved TATGAC|TATGAC
77 2076 Improved TATGAC|TATGAC
78 2080 Improved TATGAC|TATGAC
79 2081 Improved N|N
80 2082 Improved TATGAC|TATGAC
81 2086 Improved TATGAC|TATGAC
82 2088 Improved TATGAC|TATGAC
83 260 Wild sorghum N|N
84 261 Improved TATGAC|TATGAC
85 262 Improved N|N
86 263 Improved TATGAC|TATGAC
87 286 Improved TATGAC|TATGAC
88 29 Improved TATGAC|TATGAC
89 3 Improved TATGAC|TATGAC
90 302546 S.propinquum TATGAC|TATGAC
91 31 Improved TATGAC|TATGAC
92 32 Improved TATGAC|TATGAC
93 34 Improved TATGAC|TATGAC
94 346 Landrace TATGAC|TATGAC
95 348 Wild sorghum TATGAC|TATGAC
96 353 Wild sorghum TATGAC|TATGAC
97 355 Wild sorghum TATGAC|TATGAC
98 357 Wild sorghum TATGAC|TATGAC
99 364 Wild sorghum TATGAC|TATGAC
100 367 Landrace TATGAC|TATGAC
101 s37 S.propinquum TATGAC|TATGAC
102 s38 S.propinquum TATGAC|TATGAC
103 370 Landrace TATGAC|TATGAC
104 377 Wild sorghum TATGAC|TATGAC
105 392 Wild sorghum TATGAC|TATGAC
106 394 Wild sorghum TATGAC|TATGAC
107 40 Improved TATGAC|TATGAC
108 42 Improved TATGAC|TATGAC
109 43 Improved TATGAC|TATGAC
110 45 Improved TATGAC|TATGAC
111 47 Improved N|N
112 48 Improved TATGAC|TATGAC
113 51 Improved TATGAC|TATGAC
114 53 Improved TATGAC|TATGAC
115 56 Improved TATGAC|TATGAC
116 61 Improved TATGAC|TATGAC
117 62 Improved TATGAC|TATGAC
118 66 Landrace TATGAC|TATGAC
119 67 Improved TATGAC|TATGAC
120 68 Improved TATGAC|TATGAC
121 70 Improved TATGAC|TATGAC
122 73 Improved TATGAC|TATGAC
123 75 Improved TATGAC|TATGAC
124 88 Improved TATGAC|TATGAC
125 89 Improved TATGAC|TATGAC
126 91 Improved TATGAC|TATGAC
127 92 Improved TATGAC|TATGAC
128 93 Improved TATGAC|TATGAC
129 94 Improved TATGAC|TATGAC
130 95 Improved N|N
131 96 Improved TATGAC|TATGAC
132 97 Improved TATGAC|TATGAC
133 s1 Improved TATGAC|TATGAC
134 s36 Wild sorghum TATGAC|TATGAC
135 s2 Landrace TATGAC|TATGAC
136 s3 Improved TATGAC|TATGAC
137 s32 Improved TATGAC|TATGAC
138 s43 Weedy TATGAC|TATGAC
139 s40 Landrace TATGAC|TATGAC
140 s41 Weedy TATGAC|TATGAC
141 s39 Landrace TATGAC|TATGAC
142 s42 Landrace TATGAC|TATGAC
143 s47 Improved TATGAC|TATGAC
144 s5 Landrace TATGAC|TATGAC
145 GW102 Landrace TATGAC|TATGAC
146 GW103 Landrace TATGAC|TATGAC
147 GW104 Landrace TATGAC|TATGAC
148 GW105 Landrace TATGAC|TATGAC
149 GW16 Landrace TATGAC|TATGAC
150 GW2 Landrace TATGAC|TATGAC
151 GW34 Landrace N|N
152 GW37 Landrace TATGAC|TATGAC
153 GW58 Landrace TATGAC|TATGAC
154 GW59 Landrace TATGAC|TATGAC
155 GW9 Landrace TATGAC|TATGAC
156 s4 Weedy TATGAC|TATGAC
157 s6 Improved TATGAC|TATGAC
158 s7 Landrace TATGAC|TATGAC
159 s8 Landrace TATGAC|TATGAC
160 s9 Landrace TATGAC|TATGAC
161 J101 Landrace TATGAC|TATGAC
162 J103 Improved TATGAC|TATGAC
163 J112 Landrace TATGAC|TATGAC
164 J113 Improved TATGAC|TATGAC
165 J129 Improved TATGAC|TATGAC
166 J130 Improved TATGAC|TATGAC
167 J136 Improved TATGAC|TATGAC
168 J152 Improved TATGAC|TATGAC
169 J2 Landrace TATGAC|TATGAC
170 J20 Landrace TATGAC|TATGAC
171 J4 Landrace TATGAC|TATGAC
172 J42 Landrace TATGAC|TATGAC
173 J44 Landrace TATGAC|TATGAC
174 J49 Landrace TATGAC|TATGAC
175 J52 Landrace TATGAC|TATGAC
176 J53 Landrace TATGAC|TATGAC
177 J54 Landrace TATGAC|TATGAC
178 J57 Landrace N|N
179 J59 Landrace TATGAC|TATGAC
180 J64 Landrace TATGAC|TATGAC
181 J66 Landrace TATGAC|TATGAC
182 J67 Landrace N|N
183 J69 Landrace TATGAC|TATGAC
184 J87 Landrace TATGAC|TATGAC
185 J99 Landrace TATGAC|TATGAC
186 s45 Landrace TATGAC|TATGAC
187 s11 Improved TATGAC|TATGAC
188 s10 Improved TATGAC|TATGAC
189 s46 Improved TATGAC|TATGAC
190 s12 Improved TATGAC|TATGAC
191 s13 Landrace TATGAC|TATGAC
192 MHMD Landrace TATGAC|TATGAC
193 s14 Improved TATGAC|TATGAC
194 s15 Improved TATGAC|TATGAC
195 s34 Weedy TATGAC|TATGAC
196 s33 Wild sorghum TATGAC|TATGAC
197 s21 Wild sorghum TATGAC|TATGAC
198 s16 Wild sorghum TATGAC|TATGAC
199 s44 Improved TATGAC|TATGAC
200 s35 Landrace TATGAC|TATGAC
201 s31 Wild sorghum TATGAC|TATGAC
202 s17 Improved TATGAC|TATGAC
203 s18 Improved TATGAC|TATGAC
204 s20 Improved TATGAC|TATGAC
205 s19 Improved TATGAC|TATGAC
206 s22 Landrace TATGAC|TATGAC
207 s23 Landrace TATGAC|TATGAC
208 s24 Landrace TATGAC|TATGAC
209 s25 Landrace TATGAC|TATGAC
210 s26 Landrace TATGAC|TATGAC
211 s27 Landrace TATGAC|TATGAC
212 s28 Landrace TATGAC|TATGAC
213 s29 Landrace TATGAC|TATGAC
214 s30 Landrace TATGAC|TATGAC
215 SL25 Wild sorghum TATGAC|TATGAC
216 SL105 Wild sorghum TATGAC|TATGAC
217 SL108 Wild sorghum TATGAC|TATGAC
218 SL109 Wild sorghum TATGAC|TATGAC
219 SL12 Wild sorghum TATGAC|TATGAC
220 SL129 Wild sorghum TATGAC|TATGAC
221 SL130 Wild sorghum TATGAC|TATGAC
222 SL135 Wild sorghum TATGAC|TATGAC
223 SL136 Wild sorghum TATGAC|TATGAC
224 SL137 Wild sorghum TATGAC|TATGAC
225 SL138 Wild sorghum TATGAC|TATGAC
226 SL140 Wild sorghum TATGAC|TATGAC
227 SL141 Wild sorghum TATGAC|TATGAC
228 SL19 Wild sorghum TATGAC|TATGAC
229 SL28 Wild sorghum TATGAC|TATGAC
230 SL32 Wild sorghum T|T
231 SL35 Wild sorghum TATGAC|TATGAC
232 SL36 Wild sorghum TATGAC|TATGAC
233 SL37 Wild sorghum TATGAC|TATGAC
234 SL39 Wild sorghum TATGAC|TATGAC
235 SL41 Wild sorghum TATGAC|TATGAC
236 SL43 Wild sorghum TATGAC|TATGAC
237 SL47 Wild sorghum TATGAC|TATGAC
238 SL49 Wild sorghum TATGAC|TATGAC
239 SL51 Wild sorghum TATGAC|TATGAC
240 SL53 Wild sorghum TATGAC|TATGAC
241 SL62 Wild sorghum TATGAC|TATGAC
242 SL83 Wild sorghum TATGAC|TATGAC
243 SL97 Landrace TATGAC|TATGAC
244 s48 Improved TATGAC|TATGAC
245 Tu13 Wild sorghum TATGAC|TATGAC
246 Tu14 Wild sorghum TATGAC|TATGAC
247 Tu30 Wild sorghum TATGAC|TATGAC
248 Tu5 Wild sorghum TATGAC|TATGAC
249 WSC5 Landrace TATGAC|TATGAC
250 WSC15 Landrace TATGAC|TATGAC
251 WSC19 Landrace TATGAC|TATGAC
252 WSC30 Landrace TATGAC|TATGAC
253 WSC52 Landrace TATGAC|TATGAC
254 WSC6 Landrace TATGAC|TATGAC
255 WSC61 Landrace TATGAC|TATGAC
256 WSC71 Improved TATGAC|TATGAC
257 WSC72 Landrace TATGAC|TATGAC
258 WSC79 Landrace TATGAC|TATGAC
259 WSC94 Landrace TATGAC|TATGAC
260 WSC99 Landrace TATGAC|TATGAC
261 WSC100 Landrace TATGAC|TATGAC
262 WSC104 Landrace TATGAC|TATGAC
263 WSC105 Landrace TATGAC|TATGAC
264 WSC12 Landrace TATGAC|TATGAC
265 WSC13 Landrace TATGAC|TATGAC
266 WSC16 Landrace TATGAC|TATGAC
267 WSC17 Landrace TATGAC|TATGAC
268 WSC18 Landrace TATGAC|TATGAC
269 WSC20 Landrace TATGAC|TATGAC
270 WSC24 Landrace TATGAC|TATGAC
271 WSC25 Landrace N|N
272 WSC29 Landrace TATGAC|TATGAC
273 WSC31 Landrace TATGAC|TATGAC
274 WSC32 Landrace TATGAC|TATGAC
275 WSC34 Landrace TATGAC|TATGAC
276 WSC38 Landrace TATGAC|TATGAC
277 WSC39 Improved TATGAC|TATGAC
278 WSC40 Landrace N|N
279 WSC54 Landrace TATGAC|TATGAC
280 WSC56 Landrace TATGAC|TATGAC
281 WSC59 Landrace TATGAC|TATGAC
282 WSC68 Landrace TATGAC|TATGAC
283 WSC70 Landrace N|N
284 WSC73 Landrace TATGAC|TATGAC
285 WSC81 Landrace TATGAC|TATGAC
286 WSC85 Improved TATGAC|TATGAC
287 WSC91 Landrace TATGAC|TATGAC
288 WSC93 Landrace TATGAC|TATGAC
289 WSC98 Landrace TATGAC|TATGAC

Alleles Distribution

Gene Annotation



Variation ID Gene Consequence Transcript Type cDNA Source/target codon Protein Name protein pos source/target Amino acid
sbi33825412 Sobic.001G000200 upstream gene variant |MODIFIER Sobic.001G000200.1 mRNA Sobic.001G000200.1.p

Genome Browser