Variation ID : sbi33825428

Variation Detail



Variation ID sbi33825428
Type INDEL
Position Chr01 17891-17891
Ref /Alleles A/ AACACCACCAAGTGT or AACACCACCGTGT
MAF A: 0.408
5' Flank TAGGAACTCCACCTACTTTGCAAATGTGTT
3' Flank ACACCACCATGTGAAAGTGTGTTAGCATTT

Individual Alleles

id Sample Id Type Alleles
1 101 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
2 103 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
3 107 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
4 11 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
5 110 Improved A|A
6 123 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
7 131 Improved A|A
8 132 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
9 135 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
10 137 Improved A|A
11 138 Improved A|A
12 14 Improved A|A
13 140 Improved A|A
14 141 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
15 144 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
16 150 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
17 154 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
18 159 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
19 16 Improved A|A
20 161 Landrace A|A
21 167 Improved N|N
22 168 Improved A|A
23 170 Improved A|A
24 173 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
25 175 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
26 176 Improved A|A
27 182 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
28 186 Improved A|A
29 190 Improved A|A
30 192 Improved A|A
31 194 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
32 195 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
33 197 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
34 J22 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
35 J26 Landrace A|A
36 J5 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
37 J50 Landrace A|A
38 2001 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
39 2005 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
40 2008 Improved A|A
41 2009 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
42 201 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
43 2010 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
44 2016 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
45 2019 Improved A|A
46 202 Improved A|A
47 2021 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
48 2023 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
49 2026 Improved A|A
50 2029 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
51 2030 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
52 2031 Landrace A|A
53 2036 Improved A|A
54 2037 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
55 2038 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
56 2039 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
57 204 Improved A|AACACCACCAAGTGT
58 2042 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
59 2043 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
60 2048 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
61 2049 Improved A|A
62 205 Improved A|A
63 2050 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
64 2052 Improved A|A
65 2054 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
66 2056 Improved A|A
67 2059 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
68 206 Improved A|A
69 2064 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
70 2065 Improved A|A
71 2067 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
72 2068 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
73 2069 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
74 2071 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
75 2074 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
76 2075 Improved A|A
77 2076 Improved A|A
78 2080 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
79 2081 Improved N|N
80 2082 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
81 2086 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
82 2088 Improved A|A
83 260 Wild sorghum N|N
84 261 Improved A|A
85 262 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
86 263 Improved A|A
87 286 Improved A|A
88 29 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
89 3 Improved A|A
90 302546 S.propinquum A|A
91 31 Improved A|AACACCACCAAGTGT
92 32 Improved A|A
93 34 Improved A|AACACCACCAAGTGT
94 346 Landrace A|A
95 348 Wild sorghum AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
96 353 Wild sorghum AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
97 355 Wild sorghum AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
98 357 Wild sorghum AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
99 364 Wild sorghum AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
100 367 Landrace A|A
101 s37 S.propinquum AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
102 s38 S.propinquum AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
103 370 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
104 377 Wild sorghum AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
105 392 Wild sorghum AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
106 394 Wild sorghum AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
107 40 Improved A|AACACCACCAAGTGT
108 42 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
109 43 Improved A|AACACCACCAAGTGT
110 45 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
111 47 Improved A|A
112 48 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
113 51 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
114 53 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
115 56 Improved A|A
116 61 Improved A|A
117 62 Improved A|A
118 66 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
119 67 Improved A|AACACCACCAAGTGT
120 68 Improved A|A
121 70 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
122 73 Improved A|A
123 75 Improved A|A
124 88 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
125 89 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
126 91 Improved A|AACACCACCAAGTGT
127 92 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
128 93 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
129 94 Improved N|N
130 95 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
131 96 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
132 97 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
133 s1 Improved A|A
134 s36 Wild sorghum AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
135 s2 Landrace A|A
136 s3 Improved A|A
137 s32 Improved A|A
138 s43 Weedy A|A
139 s40 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
140 s41 Weedy AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
141 s39 Landrace A|AACACCACCAAGTGT
142 s42 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
143 s47 Improved A|A
144 s5 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
145 GW102 Landrace A|A
146 GW103 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
147 GW104 Landrace A|A
148 GW105 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
149 GW16 Landrace N|N
150 GW2 Landrace A|A
151 GW34 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
152 GW37 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
153 GW58 Landrace AACACCACCGTGT|AACACCACCGTGT
154 GW59 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
155 GW9 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
156 s4 Weedy AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
157 s6 Improved A|A
158 s7 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
159 s8 Landrace A|A
160 s9 Landrace A|A
161 J101 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
162 J103 Improved A|A
163 J112 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
164 J113 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
165 J129 Improved A|A
166 J130 Improved A|A
167 J136 Improved A|A
168 J152 Improved A|A
169 J2 Landrace A|A
170 J20 Landrace A|A
171 J4 Landrace A|A
172 J42 Landrace A|A
173 J44 Landrace A|A
174 J49 Landrace N|N
175 J52 Landrace A|A
176 J53 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
177 J54 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
178 J57 Landrace A|A
179 J59 Landrace A|A
180 J64 Landrace A|A
181 J66 Landrace A|A
182 J67 Landrace A|A
183 J69 Landrace A|A
184 J87 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
185 J99 Landrace A|A
186 s45 Landrace A|A
187 s11 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
188 s10 Improved A|A
189 s46 Improved A|A
190 s12 Improved A|A
191 s13 Landrace A|A
192 MHMD Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
193 s14 Improved A|A
194 s15 Improved A|A
195 s34 Weedy AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
196 s33 Wild sorghum AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
197 s21 Wild sorghum A|A
198 s16 Wild sorghum AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
199 s44 Improved A|A
200 s35 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
201 s31 Wild sorghum AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
202 s17 Improved A|A
203 s18 Improved A|A
204 s20 Improved A|A
205 s19 Improved A|A
206 s22 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
207 s23 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
208 s24 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
209 s25 Landrace A|A
210 s26 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
211 s27 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
212 s28 Landrace A|A
213 s29 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
214 s30 Landrace A|A
215 SL25 Wild sorghum N|N
216 SL105 Wild sorghum AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
217 SL108 Wild sorghum AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
218 SL109 Wild sorghum N|N
219 SL12 Wild sorghum AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
220 SL129 Wild sorghum AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
221 SL130 Wild sorghum AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
222 SL135 Wild sorghum AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
223 SL136 Wild sorghum AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
224 SL137 Wild sorghum N|N
225 SL138 Wild sorghum AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
226 SL140 Wild sorghum AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
227 SL141 Wild sorghum AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
228 SL19 Wild sorghum AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
229 SL28 Wild sorghum AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
230 SL32 Wild sorghum AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
231 SL35 Wild sorghum AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
232 SL36 Wild sorghum AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
233 SL37 Wild sorghum AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
234 SL39 Wild sorghum A|A
235 SL41 Wild sorghum N|N
236 SL43 Wild sorghum AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
237 SL47 Wild sorghum AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
238 SL49 Wild sorghum AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
239 SL51 Wild sorghum AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
240 SL53 Wild sorghum AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
241 SL62 Wild sorghum AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
242 SL83 Wild sorghum AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
243 SL97 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
244 s48 Improved A|AACACCACCAAGTGT
245 Tu13 Wild sorghum N|N
246 Tu14 Wild sorghum AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
247 Tu30 Wild sorghum AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
248 Tu5 Wild sorghum AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
249 WSC5 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
250 WSC15 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
251 WSC19 Landrace A|A
252 WSC30 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
253 WSC52 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
254 WSC6 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
255 WSC61 Landrace A|A
256 WSC71 Improved A|A
257 WSC72 Landrace A|A
258 WSC79 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
259 WSC94 Landrace A|A
260 WSC99 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
261 WSC100 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
262 WSC104 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
263 WSC105 Landrace A|A
264 WSC12 Landrace A|A
265 WSC13 Landrace A|A
266 WSC16 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
267 WSC17 Landrace A|A
268 WSC18 Landrace A|A
269 WSC20 Landrace A|A
270 WSC24 Landrace A|A
271 WSC25 Landrace N|N
272 WSC29 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
273 WSC31 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
274 WSC32 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
275 WSC34 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
276 WSC38 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
277 WSC39 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
278 WSC40 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
279 WSC54 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
280 WSC56 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
281 WSC59 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
282 WSC68 Landrace A|A
283 WSC70 Landrace A|A
284 WSC73 Landrace A|A
285 WSC81 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
286 WSC85 Improved AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
287 WSC91 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT
288 WSC93 Landrace N|N
289 WSC98 Landrace AACACCACCAAGTGT|AACACCACCAAGTGT

Alleles Distribution

Gene Annotation



Variation ID Gene Consequence Transcript Type cDNA Source/target codon Protein Name protein pos source/target Amino acid
sbi33825428 Sobic.001G000400 downstream gene variant |MODIFIER Sobic.001G000400.5 mRNA Sobic.001G000400.5.p
sbi33825428 Sobic.001G000400 downstream gene variant |MODIFIER Sobic.001G000400.5 mRNA Sobic.001G000400.5.p
sbi33825428 Sobic.001G000400 downstream gene variant |MODIFIER Sobic.001G000400.4 mRNA Sobic.001G000400.4.p
sbi33825428 Sobic.001G000400 downstream gene variant |MODIFIER Sobic.001G000400.4 mRNA Sobic.001G000400.4.p
sbi33825428 Sobic.001G000400 downstream gene variant |MODIFIER Sobic.001G000400.3 mRNA Sobic.001G000400.3.p
sbi33825428 Sobic.001G000400 downstream gene variant |MODIFIER Sobic.001G000400.3 mRNA Sobic.001G000400.3.p
sbi33825428 Sobic.001G000400 downstream gene variant |MODIFIER Sobic.001G000400.6 mRNA Sobic.001G000400.6.p
sbi33825428 Sobic.001G000400 downstream gene variant |MODIFIER Sobic.001G000400.6 mRNA Sobic.001G000400.6.p
sbi33825428 Sobic.001G000200 upstream gene variant |MODIFIER Sobic.001G000200.1 mRNA Sobic.001G000200.1.p
sbi33825428 Sobic.001G000200 upstream gene variant |MODIFIER Sobic.001G000200.1 mRNA Sobic.001G000200.1.p

Genome Browser