sorgsd

Variation ID : sbi33825440

Variation Detail

Variation ID	sbi33825440
Type	INDEL
Position	Chr01 20725-20731
Ref /Alleles	GTTGAAT/ G or *
MAF	*: 0.007
5' Flank	CTAAATGTCGATAGGCATAGTAAGGATGTA
3' Flank	AGTTGAATAATTGGGATCCATGTTTCATTG

Individual Alleles

id	Sample Id	Type	Alleles
1	101	Improved	N\|N
2	103	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
3	107	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
4	11	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
5	110	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
6	123	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
7	131	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
8	132	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
9	135	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
10	137	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
11	138	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
12	14	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
13	140	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
14	141	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
15	144	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
16	150	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
17	154	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
18	159	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
19	16	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
20	161	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
21	167	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
22	168	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
23	170	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
24	173	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
25	175	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
26	176	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
27	182	Landrace	N\|N
28	186	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
29	190	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
30	192	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
31	194	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
32	195	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
33	197	Improved	G\|G
34	J22	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
35	J26	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
36	J5	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
37	J50	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
38	2001	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
39	2005	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
40	2008	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
41	2009	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
42	201	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
43	2010	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
44	2016	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
45	2019	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
46	202	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
47	2021	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
48	2023	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
49	2026	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
50	2029	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
51	2030	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
52	2031	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
53	2036	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
54	2037	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
55	2038	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
56	2039	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
57	204	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
58	2042	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
59	2043	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
60	2048	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
61	2049	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
62	205	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
63	2050	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
64	2052	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
65	2054	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
66	2056	Improved	N\|N
67	2059	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
68	206	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
69	2064	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
70	2065	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
71	2067	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
72	2068	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
73	2069	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
74	2071	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
75	2074	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
76	2075	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
77	2076	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
78	2080	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
79	2081	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
80	2082	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
81	2086	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
82	2088	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
83	260	Wild sorghum	GTTGAAT\|GTTGAAT
84	261	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
85	262	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
86	263	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
87	286	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
88	29	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
89	3	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
90	302546	S.propinquum	GTTGAAT\|GTTGAAT
91	31	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
92	32	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
93	34	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
94	346	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
95	348	Wild sorghum	GTTGAAT\|GTTGAAT
96	353	Wild sorghum	GTTGAAT\|GTTGAAT
97	355	Wild sorghum	GTTGAAT\|GTTGAAT
98	357	Wild sorghum	GTTGAAT\|GTTGAAT
99	364	Wild sorghum	GTTGAAT\|GTTGAAT
100	367	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
101	s37	S.propinquum	GTTGAAT\|GTTGAAT
102	s38	S.propinquum	GTTGAAT\|GTTGAAT
103	370	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
104	377	Wild sorghum	GTTGAAT\|GTTGAAT
105	392	Wild sorghum	GTTGAAT\|GTTGAAT
106	394	Wild sorghum	GTTGAAT\|GTTGAAT
107	40	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
108	42	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
109	43	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
110	45	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
111	47	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
112	48	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
113	51	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
114	53	Improved	N\|N
115	56	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
116	61	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
117	62	Improved	N\|N
118	66	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
119	67	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
120	68	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
121	70	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
122	73	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
123	75	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
124	88	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
125	89	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
126	91	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
127	92	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
128	93	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
129	94	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
130	95	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
131	96	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
132	97	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
133	s1	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
134	s36	Wild sorghum	GTTGAAT\|GTTGAAT
135	s2	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
136	s3	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
137	s32	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
138	s43	Weedy	GTTGAAT\|GTTGAAT
139	s40	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
140	s41	Weedy	GTTGAAT\|GTTGAAT
141	s39	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
142	s42	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
143	s47	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
144	s5	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
145	GW102	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
146	GW103	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
147	GW104	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
148	GW105	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
149	GW16	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
150	GW2	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
151	GW34	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
152	GW37	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
153	GW58	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
154	GW59	Landrace	N\|N
155	GW9	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
156	s4	Weedy	GTTGAAT\|GTTGAAT
157	s6	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
158	s7	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
159	s8	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
160	s9	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
161	J101	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
162	J103	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
163	J112	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
164	J113	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
165	J129	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
166	J130	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
167	J136	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
168	J152	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
169	J2	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
170	J20	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
171	J4	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
172	J42	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
173	J44	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
174	J49	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
175	J52	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
176	J53	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
177	J54	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
178	J57	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
179	J59	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
180	J64	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
181	J66	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
182	J67	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
183	J69	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
184	J87	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
185	J99	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
186	s45	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
187	s11	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
188	s10	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
189	s46	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
190	s12	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
191	s13	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
192	MHMD	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
193	s14	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
194	s15	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
195	s34	Weedy	GTTGAAT\|GTTGAAT
196	s33	Wild sorghum	GTTGAAT\|GTTGAAT
197	s21	Wild sorghum	GTTGAAT\|GTTGAAT
198	s16	Wild sorghum	GTTGAAT\|GTTGAAT
199	s44	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
200	s35	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
201	s31	Wild sorghum	GTTGAAT\|GTTGAAT
202	s17	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
203	s18	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
204	s20	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
205	s19	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
206	s22	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
207	s23	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
208	s24	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
209	s25	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
210	s26	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
211	s27	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
212	s28	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
213	s29	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
214	s30	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
215	SL25	Wild sorghum	GTTGAAT\|GTTGAAT
216	SL105	Wild sorghum	GTTGAAT\|GTTGAAT
217	SL108	Wild sorghum	\|
218	SL109	Wild sorghum	GTTGAAT\|GTTGAAT
219	SL12	Wild sorghum	GTTGAAT\|GTTGAAT
220	SL129	Wild sorghum	\|
221	SL130	Wild sorghum	GTTGAAT\|GTTGAAT
222	SL135	Wild sorghum	N\|N
223	SL136	Wild sorghum	N\|N
224	SL137	Wild sorghum	GTTGAAT\|GTTGAAT
225	SL138	Wild sorghum	GTTGAAT\|GTTGAAT
226	SL140	Wild sorghum	GTTGAAT\|GTTGAAT
227	SL141	Wild sorghum	GTTGAAT\|GTTGAAT
228	SL19	Wild sorghum	GTTGAAT\|GTTGAAT
229	SL28	Wild sorghum	GTTGAAT\|GTTGAAT
230	SL32	Wild sorghum	GTTGAAT\|GTTGAAT
231	SL35	Wild sorghum	GTTGAAT\|GTTGAAT
232	SL36	Wild sorghum	GTTGAAT\|GTTGAAT
233	SL37	Wild sorghum	GTTGAAT\|GTTGAAT
234	SL39	Wild sorghum	GTTGAAT\|GTTGAAT
235	SL41	Wild sorghum	GTTGAAT\|GTTGAAT
236	SL43	Wild sorghum	N\|N
237	SL47	Wild sorghum	GTTGAAT\|GTTGAAT
238	SL49	Wild sorghum	GTTGAAT\|GTTGAAT
239	SL51	Wild sorghum	GTTGAAT\|GTTGAAT
240	SL53	Wild sorghum	GTTGAAT\|GTTGAAT
241	SL62	Wild sorghum	GTTGAAT\|GTTGAAT
242	SL83	Wild sorghum	GTTGAAT\|GTTGAAT
243	SL97	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
244	s48	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
245	Tu13	Wild sorghum	N\|N
246	Tu14	Wild sorghum	GTTGAAT\|GTTGAAT
247	Tu30	Wild sorghum	GTTGAAT\|GTTGAAT
248	Tu5	Wild sorghum	GTTGAAT\|GTTGAAT
249	WSC5	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
250	WSC15	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
251	WSC19	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
252	WSC30	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
253	WSC52	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
254	WSC6	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
255	WSC61	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
256	WSC71	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
257	WSC72	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
258	WSC79	Landrace	N\|N
259	WSC94	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
260	WSC99	Landrace	N\|N
261	WSC100	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
262	WSC104	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
263	WSC105	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
264	WSC12	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
265	WSC13	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
266	WSC16	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
267	WSC17	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
268	WSC18	Landrace	N\|N
269	WSC20	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
270	WSC24	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
271	WSC25	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
272	WSC29	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
273	WSC31	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
274	WSC32	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
275	WSC34	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
276	WSC38	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
277	WSC39	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
278	WSC40	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
279	WSC54	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
280	WSC56	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
281	WSC59	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
282	WSC68	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
283	WSC70	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
284	WSC73	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
285	WSC81	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
286	WSC85	Improved	GTTGAAT\|GTTGAAT
287	WSC91	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
288	WSC93	Landrace	GTTGAAT\|GTTGAAT
289	WSC98	Landrace	G\|G

Alleles Distribution

Gene Annotation

Variation ID	Gene	Consequence	Transcript	Type	cDNA	Source/target codon	Protein Name	protein pos	source/target Amino acid
sbi33825440	Sobic.001G000400	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.2	mRNA			Sobic.001G000400.2.p
sbi33825440	Sobic.001G000400	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.5	mRNA			Sobic.001G000400.5.p
sbi33825440	Sobic.001G000300	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000300.2	mRNA			Sobic.001G000300.2.p
sbi33825440	Sobic.001G000400	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.4	mRNA			Sobic.001G000400.4.p
sbi33825440	Sobic.001G000400	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.3	mRNA			Sobic.001G000400.3.p
sbi33825440	Sobic.001G000400	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.1	mRNA			Sobic.001G000400.1.p
sbi33825440	Sobic.001G000400	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.6	mRNA			Sobic.001G000400.6.p

Genome Browser