sorgsd

Variation ID : sbi33825446

Variation Detail

Variation ID	sbi33825446
Type	INDEL
Position	Chr01 20983-20991
Ref /Alleles	GTTGGTTAC/ G
MAF	G: 0.007
5' Flank	TTGTGATCTCTTCTCTGGGGTTGTTTTCCG
3' Flank	TGGTTTACTGTTGCTCAAATTATCAAGACA

Individual Alleles

id	Sample Id	Type	Alleles
1	101	Improved	N\|N
2	103	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
3	107	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
4	11	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
5	110	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
6	123	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
7	131	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
8	132	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
9	135	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
10	137	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
11	138	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
12	14	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
13	140	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
14	141	Improved	N\|N
15	144	Improved	N\|N
16	150	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
17	154	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
18	159	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
19	16	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
20	161	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
21	167	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
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24	173	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
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27	182	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
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30	192	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
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33	197	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
34	J22	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
35	J26	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
36	J5	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
37	J50	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
38	2001	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
39	2005	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
40	2008	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
41	2009	Landrace	N\|N
42	201	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
43	2010	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
44	2016	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
45	2019	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
46	202	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
47	2021	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
48	2023	Improved	N\|N
49	2026	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
50	2029	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
51	2030	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
52	2031	Landrace	N\|N
53	2036	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
54	2037	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
55	2038	Improved	N\|N
56	2039	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
57	204	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
58	2042	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
59	2043	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
60	2048	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
61	2049	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
62	205	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
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81	2086	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
82	2088	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
83	260	Wild sorghum	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
84	261	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
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86	263	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
87	286	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
88	29	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
89	3	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
90	302546	S.propinquum	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
91	31	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
92	32	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
93	34	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
94	346	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
95	348	Wild sorghum	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
96	353	Wild sorghum	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
97	355	Wild sorghum	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
98	357	Wild sorghum	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
99	364	Wild sorghum	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
100	367	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
101	s37	S.propinquum	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
102	s38	S.propinquum	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
103	370	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
104	377	Wild sorghum	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
105	392	Wild sorghum	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
106	394	Wild sorghum	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
107	40	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
108	42	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
109	43	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
110	45	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
111	47	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
112	48	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
113	51	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
114	53	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
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117	62	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
118	66	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
119	67	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
120	68	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
121	70	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
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123	75	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
124	88	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
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126	91	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
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129	94	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
130	95	Improved	N\|N
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132	97	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
133	s1	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
134	s36	Wild sorghum	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
135	s2	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
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137	s32	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
138	s43	Weedy	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
139	s40	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
140	s41	Weedy	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
141	s39	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
142	s42	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
143	s47	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
144	s5	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
145	GW102	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
146	GW103	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
147	GW104	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
148	GW105	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
149	GW16	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
150	GW2	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
151	GW34	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
152	GW37	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
153	GW58	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
154	GW59	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
155	GW9	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
156	s4	Weedy	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
157	s6	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
158	s7	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
159	s8	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
160	s9	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
161	J101	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
162	J103	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
163	J112	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
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165	J129	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
166	J130	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
167	J136	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
168	J152	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
169	J2	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
170	J20	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
171	J4	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
172	J42	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
173	J44	Landrace	N\|N
174	J49	Landrace	N\|N
175	J52	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
176	J53	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
177	J54	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
178	J57	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
179	J59	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
180	J64	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
181	J66	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
182	J67	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
183	J69	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
184	J87	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
185	J99	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
186	s45	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
187	s11	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
188	s10	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
189	s46	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
190	s12	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
191	s13	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
192	MHMD	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
193	s14	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
194	s15	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
195	s34	Weedy	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
196	s33	Wild sorghum	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
197	s21	Wild sorghum	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
198	s16	Wild sorghum	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
199	s44	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
200	s35	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
201	s31	Wild sorghum	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
202	s17	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
203	s18	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
204	s20	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
205	s19	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
206	s22	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
207	s23	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
208	s24	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
209	s25	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
210	s26	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
211	s27	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
212	s28	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
213	s29	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
214	s30	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
215	SL25	Wild sorghum	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
216	SL105	Wild sorghum	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
217	SL108	Wild sorghum	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
218	SL109	Wild sorghum	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
219	SL12	Wild sorghum	G\|G
220	SL129	Wild sorghum	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
221	SL130	Wild sorghum	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
222	SL135	Wild sorghum	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
223	SL136	Wild sorghum	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
224	SL137	Wild sorghum	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
225	SL138	Wild sorghum	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
226	SL140	Wild sorghum	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
227	SL141	Wild sorghum	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
228	SL19	Wild sorghum	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
229	SL28	Wild sorghum	N\|N
230	SL32	Wild sorghum	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
231	SL35	Wild sorghum	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
232	SL36	Wild sorghum	N\|N
233	SL37	Wild sorghum	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
234	SL39	Wild sorghum	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
235	SL41	Wild sorghum	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
236	SL43	Wild sorghum	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
237	SL47	Wild sorghum	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
238	SL49	Wild sorghum	N\|N
239	SL51	Wild sorghum	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
240	SL53	Wild sorghum	N\|N
241	SL62	Wild sorghum	N\|N
242	SL83	Wild sorghum	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
243	SL97	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
244	s48	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
245	Tu13	Wild sorghum	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
246	Tu14	Wild sorghum	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
247	Tu30	Wild sorghum	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
248	Tu5	Wild sorghum	G\|G
249	WSC5	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
250	WSC15	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
251	WSC19	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
252	WSC30	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
253	WSC52	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
254	WSC6	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
255	WSC61	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
256	WSC71	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
257	WSC72	Landrace	N\|N
258	WSC79	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
259	WSC94	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
260	WSC99	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
261	WSC100	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
262	WSC104	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
263	WSC105	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
264	WSC12	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
265	WSC13	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
266	WSC16	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
267	WSC17	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
268	WSC18	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
269	WSC20	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
270	WSC24	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
271	WSC25	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
272	WSC29	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
273	WSC31	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
274	WSC32	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
275	WSC34	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
276	WSC38	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
277	WSC39	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
278	WSC40	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
279	WSC54	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
280	WSC56	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
281	WSC59	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
282	WSC68	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
283	WSC70	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
284	WSC73	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
285	WSC81	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
286	WSC85	Improved	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
287	WSC91	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
288	WSC93	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC
289	WSC98	Landrace	GTTGGTTAC\|GTTGGTTAC

Alleles Distribution

Gene Annotation

Variation ID	Gene	Consequence	Transcript	Type	cDNA	Source/target codon	Protein Name	protein pos	source/target Amino acid
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sbi33825446	Sobic.001G000400	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.5	mRNA			Sobic.001G000400.5.p
sbi33825446	Sobic.001G000300	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000300.2	mRNA			Sobic.001G000300.2.p
sbi33825446	Sobic.001G000400	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.4	mRNA			Sobic.001G000400.4.p
sbi33825446	Sobic.001G000400	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.3	mRNA			Sobic.001G000400.3.p
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sbi33825446	Sobic.001G000400	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.6	mRNA			Sobic.001G000400.6.p

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