sorgsd

Variation ID : sbi33825494

Variation Detail

Variation ID	sbi33825494
Type	INDEL
Position	Chr01 23771-23778
Ref /Alleles	GCCGCTGC/ G
MAF	G: 0.004
5' Flank	CACCATGGAATAGAGCAAGAAGAGAGCGTT
3' Flank	CCGCTAGGTGGAAGCGCCGCCATCGGTAAA

Individual Alleles

id	Sample Id	Type	Alleles
1	101	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
2	103	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
3	107	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
4	11	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
5	110	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
6	123	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
7	131	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
8	132	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
9	135	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
10	137	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
11	138	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
12	14	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
13	140	Improved	N\|N
14	141	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
15	144	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
16	150	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
17	154	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
18	159	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
19	16	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
20	161	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
21	167	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
22	168	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
23	170	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
24	173	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
25	175	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
26	176	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
27	182	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
28	186	Improved	N\|N
29	190	Improved	N\|N
30	192	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
31	194	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
32	195	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
33	197	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
34	J22	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
35	J26	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
36	J5	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
37	J50	Landrace	N\|N
38	2001	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
39	2005	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
40	2008	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
41	2009	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
42	201	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
43	2010	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
44	2016	Improved	N\|N
45	2019	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
46	202	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
47	2021	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
48	2023	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
49	2026	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
50	2029	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
51	2030	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
52	2031	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
53	2036	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
54	2037	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
55	2038	Improved	N\|N
56	2039	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
57	204	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
58	2042	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
59	2043	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
60	2048	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
61	2049	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
62	205	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
63	2050	Improved	N\|N
64	2052	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
65	2054	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
66	2056	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
67	2059	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
68	206	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
69	2064	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
70	2065	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
71	2067	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
72	2068	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
73	2069	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
74	2071	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
75	2074	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
76	2075	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
77	2076	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
78	2080	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
79	2081	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
80	2082	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
81	2086	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
82	2088	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
83	260	Wild sorghum	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
84	261	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
85	262	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
86	263	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
87	286	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
88	29	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
89	3	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
90	302546	S.propinquum	N\|N
91	31	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
92	32	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
93	34	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
94	346	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
95	348	Wild sorghum	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
96	353	Wild sorghum	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
97	355	Wild sorghum	N\|N
98	357	Wild sorghum	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
99	364	Wild sorghum	N\|N
100	367	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
101	s37	S.propinquum	N\|N
102	s38	S.propinquum	N\|N
103	370	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
104	377	Wild sorghum	N\|N
105	392	Wild sorghum	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
106	394	Wild sorghum	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
107	40	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
108	42	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
109	43	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
110	45	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
111	47	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
112	48	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
113	51	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
114	53	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
115	56	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
116	61	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
117	62	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
118	66	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
119	67	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
120	68	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
121	70	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
122	73	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
123	75	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
124	88	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
125	89	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
126	91	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
127	92	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
128	93	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
129	94	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
130	95	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
131	96	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
132	97	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
133	s1	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
134	s36	Wild sorghum	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
135	s2	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
136	s3	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
137	s32	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
138	s43	Weedy	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
139	s40	Landrace	N\|N
140	s41	Weedy	N\|N
141	s39	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
142	s42	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
143	s47	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
144	s5	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
145	GW102	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
146	GW103	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
147	GW104	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
148	GW105	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
149	GW16	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
150	GW2	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
151	GW34	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
152	GW37	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
153	GW58	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
154	GW59	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
155	GW9	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
156	s4	Weedy	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
157	s6	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
158	s7	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
159	s8	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
160	s9	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
161	J101	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
162	J103	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
163	J112	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
164	J113	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
165	J129	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
166	J130	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
167	J136	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
168	J152	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
169	J2	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
170	J20	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
171	J4	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
172	J42	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
173	J44	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
174	J49	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
175	J52	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
176	J53	Landrace	N\|N
177	J54	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
178	J57	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
179	J59	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
180	J64	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
181	J66	Landrace	N\|N
182	J67	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
183	J69	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
184	J87	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
185	J99	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
186	s45	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
187	s11	Improved	N\|N
188	s10	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
189	s46	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
190	s12	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
191	s13	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
192	MHMD	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
193	s14	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
194	s15	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
195	s34	Weedy	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
196	s33	Wild sorghum	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
197	s21	Wild sorghum	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
198	s16	Wild sorghum	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
199	s44	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
200	s35	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
201	s31	Wild sorghum	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
202	s17	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
203	s18	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
204	s20	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
205	s19	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
206	s22	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
207	s23	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
208	s24	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
209	s25	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
210	s26	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
211	s27	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
212	s28	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
213	s29	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
214	s30	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
215	SL25	Wild sorghum	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
216	SL105	Wild sorghum	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
217	SL108	Wild sorghum	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
218	SL109	Wild sorghum	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
219	SL12	Wild sorghum	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
220	SL129	Wild sorghum	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
221	SL130	Wild sorghum	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
222	SL135	Wild sorghum	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
223	SL136	Wild sorghum	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
224	SL137	Wild sorghum	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
225	SL138	Wild sorghum	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
226	SL140	Wild sorghum	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
227	SL141	Wild sorghum	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
228	SL19	Wild sorghum	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
229	SL28	Wild sorghum	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
230	SL32	Wild sorghum	G\|G
231	SL35	Wild sorghum	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
232	SL36	Wild sorghum	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
233	SL37	Wild sorghum	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
234	SL39	Wild sorghum	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
235	SL41	Wild sorghum	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
236	SL43	Wild sorghum	N\|N
237	SL47	Wild sorghum	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
238	SL49	Wild sorghum	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
239	SL51	Wild sorghum	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
240	SL53	Wild sorghum	N\|N
241	SL62	Wild sorghum	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
242	SL83	Wild sorghum	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
243	SL97	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
244	s48	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
245	Tu13	Wild sorghum	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
246	Tu14	Wild sorghum	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
247	Tu30	Wild sorghum	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
248	Tu5	Wild sorghum	N\|N
249	WSC5	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
250	WSC15	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
251	WSC19	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
252	WSC30	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
253	WSC52	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
254	WSC6	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
255	WSC61	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
256	WSC71	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
257	WSC72	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
258	WSC79	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
259	WSC94	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
260	WSC99	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
261	WSC100	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
262	WSC104	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
263	WSC105	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
264	WSC12	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
265	WSC13	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
266	WSC16	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
267	WSC17	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
268	WSC18	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
269	WSC20	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
270	WSC24	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
271	WSC25	Landrace	N\|N
272	WSC29	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
273	WSC31	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
274	WSC32	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
275	WSC34	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
276	WSC38	Landrace	N\|N
277	WSC39	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
278	WSC40	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
279	WSC54	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
280	WSC56	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
281	WSC59	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
282	WSC68	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
283	WSC70	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
284	WSC73	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
285	WSC81	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
286	WSC85	Improved	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
287	WSC91	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
288	WSC93	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC
289	WSC98	Landrace	GCCGCTGC\|GCCGCTGC

Alleles Distribution

Gene Annotation

Variation ID	Gene	Consequence	Transcript	Type	cDNA	Source/target codon	Protein Name	protein pos	source/target Amino acid
sbi33825494	Sobic.001G000400	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.2	mRNA			Sobic.001G000400.2.p
sbi33825494	Sobic.001G000400	intron variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.5	mRNA			Sobic.001G000400.5.p
sbi33825494	Sobic.001G000300	frameshift variant \|HIGH	Sobic.001G000300.2	mRNA	233	gGCA/gc	Sobic.001G000300.2.p	78	GSG/X
sbi33825494	Sobic.001G000400	intron variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.4	mRNA			Sobic.001G000400.4.p
sbi33825494	Sobic.001G000400	intron variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.3	mRNA			Sobic.001G000400.3.p
sbi33825494	Sobic.001G000400	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.1	mRNA			Sobic.001G000400.1.p
sbi33825494	Sobic.001G000400	intron variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.6	mRNA			Sobic.001G000400.6.p

Genome Browser