sorgsd

Variation ID : sbi33825498

Variation Detail

Variation ID	sbi33825498
Type	INDEL
Position	Chr01 23830-23832
Ref /Alleles	TAA/ T
MAF	T: 0.013
5' Flank	ATCGGTAAAGTCGAGGTCGGGAGGAATCAC
3' Flank	CTTCGCCGCGGCCGAGGAGATCCGCCGGGG

Individual Alleles

id	Sample Id	Type	Alleles
1	101	Improved	TAA\|TAA
2	103	Improved	TAA\|TAA
3	107	Improved	TAA\|TAA
4	11	Improved	TAA\|TAA
5	110	Improved	TAA\|TAA
6	123	Landrace	TAA\|TAA
7	131	Improved	TAA\|TAA
8	132	Improved	TAA\|TAA
9	135	Improved	TAA\|TAA
10	137	Improved	TAA\|TAA
11	138	Improved	TAA\|TAA
12	14	Improved	TAA\|TAA
13	140	Improved	TAA\|TAA
14	141	Improved	N\|N
15	144	Improved	TAA\|TAA
16	150	Improved	TAA\|TAA
17	154	Improved	TAA\|TAA
18	159	Landrace	TAA\|TAA
19	16	Improved	TAA\|TAA
20	161	Landrace	TAA\|TAA
21	167	Improved	TAA\|TAA
22	168	Improved	TAA\|TAA
23	170	Improved	TAA\|TAA
24	173	Improved	TAA\|TAA
25	175	Improved	TAA\|TAA
26	176	Improved	TAA\|TAA
27	182	Landrace	TAA\|TAA
28	186	Improved	N\|N
29	190	Improved	N\|N
30	192	Improved	TAA\|TAA
31	194	Improved	TAA\|TAA
32	195	Improved	TAA\|TAA
33	197	Improved	TAA\|TAA
34	J22	Landrace	TAA\|TAA
35	J26	Landrace	TAA\|TAA
36	J5	Landrace	TAA\|TAA
37	J50	Landrace	TAA\|TAA
38	2001	Landrace	TAA\|TAA
39	2005	Improved	TAA\|TAA
40	2008	Improved	N\|N
41	2009	Landrace	TAA\|TAA
42	201	Improved	TAA\|TAA
43	2010	Landrace	TAA\|TAA
44	2016	Improved	TAA\|TAA
45	2019	Improved	TAA\|TAA
46	202	Improved	TAA\|TAA
47	2021	Improved	TAA\|TAA
48	2023	Improved	TAA\|TAA
49	2026	Improved	TAA\|TAA
50	2029	Improved	TAA\|TAA
51	2030	Landrace	TAA\|TAA
52	2031	Landrace	TAA\|TAA
53	2036	Improved	TAA\|TAA
54	2037	Improved	TAA\|TAA
55	2038	Improved	N\|N
56	2039	Improved	TAA\|TAA
57	204	Improved	TAA\|TAA
58	2042	Improved	TAA\|TAA
59	2043	Improved	TAA\|TAA
60	2048	Improved	TAA\|TAA
61	2049	Improved	TAA\|TAA
62	205	Improved	TAA\|TAA
63	2050	Improved	TAA\|TAA
64	2052	Improved	TAA\|TAA
65	2054	Improved	TAA\|TAA
66	2056	Improved	TAA\|TAA
67	2059	Improved	TAA\|TAA
68	206	Improved	TAA\|TAA
69	2064	Improved	TAA\|TAA
70	2065	Improved	TAA\|TAA
71	2067	Improved	TAA\|TAA
72	2068	Improved	TAA\|TAA
73	2069	Improved	TAA\|TAA
74	2071	Improved	TAA\|TAA
75	2074	Improved	TAA\|TAA
76	2075	Improved	TAA\|TAA
77	2076	Improved	TAA\|TAA
78	2080	Improved	TAA\|TAA
79	2081	Improved	TAA\|TAA
80	2082	Improved	TAA\|TAA
81	2086	Improved	TAA\|TAA
82	2088	Improved	TAA\|TAA
83	260	Wild sorghum	TAA\|TAA
84	261	Improved	TAA\|TAA
85	262	Improved	TAA\|TAA
86	263	Improved	TAA\|TAA
87	286	Improved	TAA\|TAA
88	29	Improved	TAA\|TAA
89	3	Improved	TAA\|TAA
90	302546	S.propinquum	N\|N
91	31	Improved	TAA\|TAA
92	32	Improved	TAA\|TAA
93	34	Improved	TAA\|TAA
94	346	Landrace	TAA\|TAA
95	348	Wild sorghum	TAA\|TAA
96	353	Wild sorghum	TAA\|TAA
97	355	Wild sorghum	TAA\|TAA
98	357	Wild sorghum	TAA\|TAA
99	364	Wild sorghum	TAA\|T
100	367	Landrace	TAA\|TAA
101	s37	S.propinquum	N\|N
102	s38	S.propinquum	N\|N
103	370	Landrace	TAA\|TAA
104	377	Wild sorghum	TAA\|TAA
105	392	Wild sorghum	TAA\|TAA
106	394	Wild sorghum	TAA\|TAA
107	40	Improved	TAA\|TAA
108	42	Improved	TAA\|TAA
109	43	Improved	TAA\|TAA
110	45	Improved	TAA\|TAA
111	47	Improved	TAA\|TAA
112	48	Improved	TAA\|TAA
113	51	Improved	TAA\|TAA
114	53	Improved	N\|N
115	56	Improved	TAA\|TAA
116	61	Improved	TAA\|TAA
117	62	Improved	TAA\|TAA
118	66	Landrace	TAA\|TAA
119	67	Improved	TAA\|TAA
120	68	Improved	TAA\|TAA
121	70	Improved	TAA\|TAA
122	73	Improved	TAA\|TAA
123	75	Improved	TAA\|TAA
124	88	Improved	TAA\|TAA
125	89	Improved	TAA\|TAA
126	91	Improved	TAA\|TAA
127	92	Improved	TAA\|TAA
128	93	Improved	TAA\|TAA
129	94	Improved	N\|N
130	95	Improved	TAA\|TAA
131	96	Improved	TAA\|TAA
132	97	Improved	TAA\|TAA
133	s1	Improved	TAA\|TAA
134	s36	Wild sorghum	TAA\|T
135	s2	Landrace	TAA\|TAA
136	s3	Improved	TAA\|TAA
137	s32	Improved	TAA\|TAA
138	s43	Weedy	TAA\|TAA
139	s40	Landrace	N\|N
140	s41	Weedy	N\|N
141	s39	Landrace	TAA\|TAA
142	s42	Landrace	TAA\|TAA
143	s47	Improved	TAA\|TAA
144	s5	Landrace	TAA\|TAA
145	GW102	Landrace	TAA\|TAA
146	GW103	Landrace	TAA\|TAA
147	GW104	Landrace	TAA\|TAA
148	GW105	Landrace	TAA\|TAA
149	GW16	Landrace	TAA\|TAA
150	GW2	Landrace	TAA\|TAA
151	GW34	Landrace	TAA\|TAA
152	GW37	Landrace	TAA\|TAA
153	GW58	Landrace	TAA\|TAA
154	GW59	Landrace	TAA\|TAA
155	GW9	Landrace	TAA\|TAA
156	s4	Weedy	TAA\|TAA
157	s6	Improved	TAA\|TAA
158	s7	Landrace	TAA\|TAA
159	s8	Landrace	TAA\|TAA
160	s9	Landrace	TAA\|TAA
161	J101	Landrace	TAA\|TAA
162	J103	Improved	TAA\|TAA
163	J112	Landrace	TAA\|TAA
164	J113	Improved	N\|N
165	J129	Improved	TAA\|TAA
166	J130	Improved	TAA\|TAA
167	J136	Improved	TAA\|TAA
168	J152	Improved	TAA\|TAA
169	J2	Landrace	TAA\|TAA
170	J20	Landrace	TAA\|TAA
171	J4	Landrace	TAA\|TAA
172	J42	Landrace	TAA\|TAA
173	J44	Landrace	TAA\|TAA
174	J49	Landrace	TAA\|TAA
175	J52	Landrace	TAA\|TAA
176	J53	Landrace	N\|N
177	J54	Landrace	TAA\|TAA
178	J57	Landrace	TAA\|TAA
179	J59	Landrace	N\|N
180	J64	Landrace	TAA\|TAA
181	J66	Landrace	N\|N
182	J67	Landrace	TAA\|TAA
183	J69	Landrace	TAA\|TAA
184	J87	Landrace	TAA\|TAA
185	J99	Landrace	TAA\|TAA
186	s45	Landrace	TAA\|TAA
187	s11	Improved	N\|N
188	s10	Improved	TAA\|TAA
189	s46	Improved	TAA\|TAA
190	s12	Improved	TAA\|TAA
191	s13	Landrace	TAA\|TAA
192	MHMD	Landrace	TAA\|TAA
193	s14	Improved	TAA\|TAA
194	s15	Improved	TAA\|TAA
195	s34	Weedy	TAA\|TAA
196	s33	Wild sorghum	TAA\|TAA
197	s21	Wild sorghum	TAA\|T
198	s16	Wild sorghum	TAA\|TAA
199	s44	Improved	TAA\|TAA
200	s35	Landrace	TAA\|TAA
201	s31	Wild sorghum	TAA\|TAA
202	s17	Improved	TAA\|TAA
203	s18	Improved	TAA\|TAA
204	s20	Improved	TAA\|TAA
205	s19	Improved	TAA\|TAA
206	s22	Landrace	TAA\|TAA
207	s23	Landrace	TAA\|TAA
208	s24	Landrace	TAA\|TAA
209	s25	Landrace	TAA\|TAA
210	s26	Landrace	TAA\|TAA
211	s27	Landrace	TAA\|TAA
212	s28	Landrace	TAA\|TAA
213	s29	Landrace	TAA\|TAA
214	s30	Landrace	TAA\|TAA
215	SL25	Wild sorghum	TAA\|TAA
216	SL105	Wild sorghum	TAA\|T
217	SL108	Wild sorghum	TAA\|TAA
218	SL109	Wild sorghum	TAA\|TAA
219	SL12	Wild sorghum	TAA\|TAA
220	SL129	Wild sorghum	TAA\|T
221	SL130	Wild sorghum	TAA\|TAA
222	SL135	Wild sorghum	TAA\|TAA
223	SL136	Wild sorghum	TAA\|TAA
224	SL137	Wild sorghum	TAA\|TAA
225	SL138	Wild sorghum	TAA\|TAA
226	SL140	Wild sorghum	TAA\|TAA
227	SL141	Wild sorghum	TAA\|TAA
228	SL19	Wild sorghum	TAA\|TAA
229	SL28	Wild sorghum	N\|N
230	SL32	Wild sorghum	TAA\|T
231	SL35	Wild sorghum	N\|N
232	SL36	Wild sorghum	TAA\|TAA
233	SL37	Wild sorghum	N\|N
234	SL39	Wild sorghum	TAA\|TAA
235	SL41	Wild sorghum	TAA\|TAA
236	SL43	Wild sorghum	N\|N
237	SL47	Wild sorghum	TAA\|TAA
238	SL49	Wild sorghum	TAA\|TAA
239	SL51	Wild sorghum	TAA\|TAA
240	SL53	Wild sorghum	TAA\|TAA
241	SL62	Wild sorghum	TAA\|T
242	SL83	Wild sorghum	TAA\|TAA
243	SL97	Landrace	TAA\|TAA
244	s48	Improved	TAA\|TAA
245	Tu13	Wild sorghum	TAA\|TAA
246	Tu14	Wild sorghum	TAA\|TAA
247	Tu30	Wild sorghum	TAA\|TAA
248	Tu5	Wild sorghum	N\|N
249	WSC5	Landrace	TAA\|TAA
250	WSC15	Landrace	TAA\|TAA
251	WSC19	Landrace	TAA\|TAA
252	WSC30	Landrace	TAA\|TAA
253	WSC52	Landrace	TAA\|TAA
254	WSC6	Landrace	TAA\|TAA
255	WSC61	Landrace	N\|N
256	WSC71	Improved	TAA\|TAA
257	WSC72	Landrace	TAA\|TAA
258	WSC79	Landrace	TAA\|TAA
259	WSC94	Landrace	TAA\|TAA
260	WSC99	Landrace	TAA\|TAA
261	WSC100	Landrace	TAA\|TAA
262	WSC104	Landrace	TAA\|TAA
263	WSC105	Landrace	TAA\|TAA
264	WSC12	Landrace	TAA\|TAA
265	WSC13	Landrace	TAA\|TAA
266	WSC16	Landrace	TAA\|TAA
267	WSC17	Landrace	TAA\|TAA
268	WSC18	Landrace	TAA\|TAA
269	WSC20	Landrace	TAA\|TAA
270	WSC24	Landrace	TAA\|TAA
271	WSC25	Landrace	N\|N
272	WSC29	Landrace	N\|N
273	WSC31	Landrace	TAA\|TAA
274	WSC32	Landrace	TAA\|TAA
275	WSC34	Landrace	TAA\|TAA
276	WSC38	Landrace	N\|N
277	WSC39	Improved	TAA\|TAA
278	WSC40	Landrace	N\|N
279	WSC54	Landrace	TAA\|TAA
280	WSC56	Landrace	TAA\|TAA
281	WSC59	Landrace	N\|N
282	WSC68	Landrace	TAA\|TAA
283	WSC70	Landrace	TAA\|TAA
284	WSC73	Landrace	TAA\|TAA
285	WSC81	Landrace	TAA\|TAA
286	WSC85	Improved	TAA\|TAA
287	WSC91	Landrace	TAA\|TAA
288	WSC93	Landrace	TAA\|TAA
289	WSC98	Landrace	TAA\|TAA

Alleles Distribution

Gene Annotation

Variation ID	Gene	Consequence	Transcript	Type	cDNA	Source/target codon	Protein Name	protein pos	source/target Amino acid
sbi33825498	Sobic.001G000400	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.2	mRNA			Sobic.001G000400.2.p
sbi33825498	Sobic.001G000400	intron variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.5	mRNA			Sobic.001G000400.5.p
sbi33825498	Sobic.001G000300	frameshift variant \|HIGH	Sobic.001G000300.2	mRNA	179	gTT/g	Sobic.001G000300.2.p	60	V/X
sbi33825498	Sobic.001G000400	intron variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.4	mRNA			Sobic.001G000400.4.p
sbi33825498	Sobic.001G000400	intron variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.3	mRNA			Sobic.001G000400.3.p
sbi33825498	Sobic.001G000400	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.1	mRNA			Sobic.001G000400.1.p
sbi33825498	Sobic.001G000400	intron variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.6	mRNA			Sobic.001G000400.6.p

Genome Browser