sorgsd

Variation ID : sbi33825528

Variation Detail

Variation ID	sbi33825528
Type	INDEL
Position	Chr01 27346-27350
Ref /Alleles	GGTGC/ G
MAF	G: 0.004
5' Flank	AGGAAGGAGGTGAGAGAGGAATCAGGTGCT
3' Flank	GTGCGTGTACTGCAGCTCAGCAGAGGAAGG

Individual Alleles

id	Sample Id	Type	Alleles
1	101	Improved	GGTGC\|GGTGC
2	103	Improved	GGTGC\|GGTGC
3	107	Improved	GGTGC\|GGTGC
4	11	Improved	GGTGC\|GGTGC
5	110	Improved	GGTGC\|GGTGC
6	123	Landrace	GGTGC\|GGTGC
7	131	Improved	GGTGC\|GGTGC
8	132	Improved	GGTGC\|GGTGC
9	135	Improved	GGTGC\|GGTGC
10	137	Improved	GGTGC\|GGTGC
11	138	Improved	GGTGC\|GGTGC
12	14	Improved	GGTGC\|GGTGC
13	140	Improved	GGTGC\|GGTGC
14	141	Improved	GGTGC\|GGTGC
15	144	Improved	GGTGC\|GGTGC
16	150	Improved	GGTGC\|GGTGC
17	154	Improved	GGTGC\|GGTGC
18	159	Landrace	GGTGC\|GGTGC
19	16	Improved	GGTGC\|GGTGC
20	161	Landrace	GGTGC\|GGTGC
21	167	Improved	GGTGC\|GGTGC
22	168	Improved	GGTGC\|GGTGC
23	170	Improved	GGTGC\|GGTGC
24	173	Improved	GGTGC\|GGTGC
25	175	Improved	N\|N
26	176	Improved	GGTGC\|GGTGC
27	182	Landrace	GGTGC\|GGTGC
28	186	Improved	GGTGC\|GGTGC
29	190	Improved	GGTGC\|GGTGC
30	192	Improved	GGTGC\|GGTGC
31	194	Improved	GGTGC\|GGTGC
32	195	Improved	GGTGC\|GGTGC
33	197	Improved	GGTGC\|GGTGC
34	J22	Landrace	GGTGC\|GGTGC
35	J26	Landrace	GGTGC\|GGTGC
36	J5	Landrace	GGTGC\|GGTGC
37	J50	Landrace	GGTGC\|GGTGC
38	2001	Landrace	GGTGC\|GGTGC
39	2005	Improved	GGTGC\|GGTGC
40	2008	Improved	GGTGC\|GGTGC
41	2009	Landrace	GGTGC\|GGTGC
42	201	Improved	GGTGC\|GGTGC
43	2010	Landrace	GGTGC\|GGTGC
44	2016	Improved	GGTGC\|GGTGC
45	2019	Improved	GGTGC\|GGTGC
46	202	Improved	GGTGC\|GGTGC
47	2021	Improved	GGTGC\|GGTGC
48	2023	Improved	GGTGC\|GGTGC
49	2026	Improved	GGTGC\|GGTGC
50	2029	Improved	GGTGC\|GGTGC
51	2030	Landrace	GGTGC\|GGTGC
52	2031	Landrace	GGTGC\|GGTGC
53	2036	Improved	GGTGC\|GGTGC
54	2037	Improved	GGTGC\|GGTGC
55	2038	Improved	GGTGC\|GGTGC
56	2039	Improved	GGTGC\|GGTGC
57	204	Improved	GGTGC\|GGTGC
58	2042	Improved	GGTGC\|GGTGC
59	2043	Improved	GGTGC\|GGTGC
60	2048	Improved	GGTGC\|GGTGC
61	2049	Improved	GGTGC\|GGTGC
62	205	Improved	GGTGC\|GGTGC
63	2050	Improved	GGTGC\|GGTGC
64	2052	Improved	GGTGC\|GGTGC
65	2054	Improved	GGTGC\|GGTGC
66	2056	Improved	GGTGC\|GGTGC
67	2059	Improved	GGTGC\|GGTGC
68	206	Improved	GGTGC\|GGTGC
69	2064	Improved	GGTGC\|GGTGC
70	2065	Improved	GGTGC\|GGTGC
71	2067	Improved	GGTGC\|GGTGC
72	2068	Improved	GGTGC\|GGTGC
73	2069	Improved	GGTGC\|GGTGC
74	2071	Improved	GGTGC\|GGTGC
75	2074	Improved	GGTGC\|GGTGC
76	2075	Improved	GGTGC\|GGTGC
77	2076	Improved	GGTGC\|GGTGC
78	2080	Improved	N\|N
79	2081	Improved	GGTGC\|GGTGC
80	2082	Improved	GGTGC\|GGTGC
81	2086	Improved	GGTGC\|GGTGC
82	2088	Improved	GGTGC\|GGTGC
83	260	Wild sorghum	GGTGC\|GGTGC
84	261	Improved	GGTGC\|GGTGC
85	262	Improved	GGTGC\|GGTGC
86	263	Improved	GGTGC\|GGTGC
87	286	Improved	GGTGC\|GGTGC
88	29	Improved	GGTGC\|GGTGC
89	3	Improved	N\|N
90	302546	S.propinquum	N\|N
91	31	Improved	GGTGC\|GGTGC
92	32	Improved	GGTGC\|GGTGC
93	34	Improved	GGTGC\|GGTGC
94	346	Landrace	GGTGC\|GGTGC
95	348	Wild sorghum	GGTGC\|GGTGC
96	353	Wild sorghum	GGTGC\|GGTGC
97	355	Wild sorghum	GGTGC\|GGTGC
98	357	Wild sorghum	GGTGC\|GGTGC
99	364	Wild sorghum	N\|N
100	367	Landrace	GGTGC\|GGTGC
101	s37	S.propinquum	GGTGC\|G
102	s38	S.propinquum	GGTGC\|G
103	370	Landrace	GGTGC\|GGTGC
104	377	Wild sorghum	GGTGC\|GGTGC
105	392	Wild sorghum	GGTGC\|GGTGC
106	394	Wild sorghum	GGTGC\|GGTGC
107	40	Improved	GGTGC\|GGTGC
108	42	Improved	GGTGC\|GGTGC
109	43	Improved	GGTGC\|GGTGC
110	45	Improved	GGTGC\|GGTGC
111	47	Improved	GGTGC\|GGTGC
112	48	Improved	N\|N
113	51	Improved	GGTGC\|GGTGC
114	53	Improved	GGTGC\|GGTGC
115	56	Improved	GGTGC\|GGTGC
116	61	Improved	GGTGC\|GGTGC
117	62	Improved	GGTGC\|GGTGC
118	66	Landrace	GGTGC\|GGTGC
119	67	Improved	N\|N
120	68	Improved	N\|N
121	70	Improved	GGTGC\|GGTGC
122	73	Improved	GGTGC\|GGTGC
123	75	Improved	GGTGC\|GGTGC
124	88	Improved	GGTGC\|GGTGC
125	89	Improved	GGTGC\|GGTGC
126	91	Improved	GGTGC\|GGTGC
127	92	Improved	GGTGC\|GGTGC
128	93	Improved	GGTGC\|GGTGC
129	94	Improved	N\|N
130	95	Improved	GGTGC\|GGTGC
131	96	Improved	GGTGC\|GGTGC
132	97	Improved	GGTGC\|GGTGC
133	s1	Improved	GGTGC\|GGTGC
134	s36	Wild sorghum	GGTGC\|GGTGC
135	s2	Landrace	GGTGC\|GGTGC
136	s3	Improved	GGTGC\|GGTGC
137	s32	Improved	GGTGC\|GGTGC
138	s43	Weedy	GGTGC\|GGTGC
139	s40	Landrace	N\|N
140	s41	Weedy	N\|N
141	s39	Landrace	GGTGC\|GGTGC
142	s42	Landrace	GGTGC\|GGTGC
143	s47	Improved	GGTGC\|GGTGC
144	s5	Landrace	GGTGC\|GGTGC
145	GW102	Landrace	GGTGC\|GGTGC
146	GW103	Landrace	GGTGC\|GGTGC
147	GW104	Landrace	GGTGC\|GGTGC
148	GW105	Landrace	GGTGC\|GGTGC
149	GW16	Landrace	GGTGC\|GGTGC
150	GW2	Landrace	GGTGC\|GGTGC
151	GW34	Landrace	GGTGC\|GGTGC
152	GW37	Landrace	GGTGC\|GGTGC
153	GW58	Landrace	GGTGC\|GGTGC
154	GW59	Landrace	GGTGC\|GGTGC
155	GW9	Landrace	GGTGC\|GGTGC
156	s4	Weedy	GGTGC\|GGTGC
157	s6	Improved	GGTGC\|GGTGC
158	s7	Landrace	GGTGC\|GGTGC
159	s8	Landrace	GGTGC\|GGTGC
160	s9	Landrace	GGTGC\|GGTGC
161	J101	Landrace	GGTGC\|GGTGC
162	J103	Improved	N\|N
163	J112	Landrace	GGTGC\|GGTGC
164	J113	Improved	GGTGC\|GGTGC
165	J129	Improved	N\|N
166	J130	Improved	GGTGC\|GGTGC
167	J136	Improved	GGTGC\|GGTGC
168	J152	Improved	GGTGC\|GGTGC
169	J2	Landrace	GGTGC\|GGTGC
170	J20	Landrace	GGTGC\|GGTGC
171	J4	Landrace	GGTGC\|GGTGC
172	J42	Landrace	GGTGC\|GGTGC
173	J44	Landrace	GGTGC\|GGTGC
174	J49	Landrace	GGTGC\|GGTGC
175	J52	Landrace	GGTGC\|GGTGC
176	J53	Landrace	N\|N
177	J54	Landrace	GGTGC\|GGTGC
178	J57	Landrace	GGTGC\|GGTGC
179	J59	Landrace	N\|N
180	J64	Landrace	GGTGC\|GGTGC
181	J66	Landrace	GGTGC\|GGTGC
182	J67	Landrace	GGTGC\|GGTGC
183	J69	Landrace	GGTGC\|GGTGC
184	J87	Landrace	GGTGC\|GGTGC
185	J99	Landrace	GGTGC\|GGTGC
186	s45	Landrace	GGTGC\|GGTGC
187	s11	Improved	GGTGC\|GGTGC
188	s10	Improved	GGTGC\|GGTGC
189	s46	Improved	GGTGC\|GGTGC
190	s12	Improved	GGTGC\|GGTGC
191	s13	Landrace	GGTGC\|GGTGC
192	MHMD	Landrace	GGTGC\|GGTGC
193	s14	Improved	GGTGC\|GGTGC
194	s15	Improved	GGTGC\|GGTGC
195	s34	Weedy	GGTGC\|GGTGC
196	s33	Wild sorghum	GGTGC\|GGTGC
197	s21	Wild sorghum	GGTGC\|GGTGC
198	s16	Wild sorghum	GGTGC\|GGTGC
199	s44	Improved	GGTGC\|GGTGC
200	s35	Landrace	GGTGC\|GGTGC
201	s31	Wild sorghum	GGTGC\|GGTGC
202	s17	Improved	GGTGC\|GGTGC
203	s18	Improved	GGTGC\|GGTGC
204	s20	Improved	GGTGC\|GGTGC
205	s19	Improved	GGTGC\|GGTGC
206	s22	Landrace	GGTGC\|GGTGC
207	s23	Landrace	GGTGC\|GGTGC
208	s24	Landrace	GGTGC\|GGTGC
209	s25	Landrace	GGTGC\|GGTGC
210	s26	Landrace	GGTGC\|GGTGC
211	s27	Landrace	GGTGC\|GGTGC
212	s28	Landrace	GGTGC\|GGTGC
213	s29	Landrace	GGTGC\|GGTGC
214	s30	Landrace	GGTGC\|GGTGC
215	SL25	Wild sorghum	GGTGC\|GGTGC
216	SL105	Wild sorghum	GGTGC\|GGTGC
217	SL108	Wild sorghum	GGTGC\|GGTGC
218	SL109	Wild sorghum	GGTGC\|GGTGC
219	SL12	Wild sorghum	GGTGC\|GGTGC
220	SL129	Wild sorghum	GGTGC\|GGTGC
221	SL130	Wild sorghum	GGTGC\|GGTGC
222	SL135	Wild sorghum	GGTGC\|GGTGC
223	SL136	Wild sorghum	GGTGC\|GGTGC
224	SL137	Wild sorghum	GGTGC\|GGTGC
225	SL138	Wild sorghum	GGTGC\|GGTGC
226	SL140	Wild sorghum	GGTGC\|GGTGC
227	SL141	Wild sorghum	GGTGC\|GGTGC
228	SL19	Wild sorghum	GGTGC\|GGTGC
229	SL28	Wild sorghum	GGTGC\|GGTGC
230	SL32	Wild sorghum	GGTGC\|GGTGC
231	SL35	Wild sorghum	GGTGC\|GGTGC
232	SL36	Wild sorghum	N\|N
233	SL37	Wild sorghum	GGTGC\|GGTGC
234	SL39	Wild sorghum	GGTGC\|GGTGC
235	SL41	Wild sorghum	GGTGC\|GGTGC
236	SL43	Wild sorghum	GGTGC\|GGTGC
237	SL47	Wild sorghum	GGTGC\|GGTGC
238	SL49	Wild sorghum	GGTGC\|GGTGC
239	SL51	Wild sorghum	N\|N
240	SL53	Wild sorghum	GGTGC\|GGTGC
241	SL62	Wild sorghum	GGTGC\|GGTGC
242	SL83	Wild sorghum	GGTGC\|GGTGC
243	SL97	Landrace	GGTGC\|GGTGC
244	s48	Improved	GGTGC\|GGTGC
245	Tu13	Wild sorghum	GGTGC\|GGTGC
246	Tu14	Wild sorghum	GGTGC\|GGTGC
247	Tu30	Wild sorghum	GGTGC\|GGTGC
248	Tu5	Wild sorghum	N\|N
249	WSC5	Landrace	GGTGC\|GGTGC
250	WSC15	Landrace	GGTGC\|GGTGC
251	WSC19	Landrace	GGTGC\|GGTGC
252	WSC30	Landrace	GGTGC\|GGTGC
253	WSC52	Landrace	GGTGC\|GGTGC
254	WSC6	Landrace	GGTGC\|GGTGC
255	WSC61	Landrace	GGTGC\|GGTGC
256	WSC71	Improved	GGTGC\|GGTGC
257	WSC72	Landrace	GGTGC\|GGTGC
258	WSC79	Landrace	GGTGC\|GGTGC
259	WSC94	Landrace	GGTGC\|GGTGC
260	WSC99	Landrace	GGTGC\|GGTGC
261	WSC100	Landrace	GGTGC\|GGTGC
262	WSC104	Landrace	N\|N
263	WSC105	Landrace	GGTGC\|GGTGC
264	WSC12	Landrace	GGTGC\|GGTGC
265	WSC13	Landrace	GGTGC\|GGTGC
266	WSC16	Landrace	GGTGC\|GGTGC
267	WSC17	Landrace	GGTGC\|GGTGC
268	WSC18	Landrace	GGTGC\|GGTGC
269	WSC20	Landrace	GGTGC\|GGTGC
270	WSC24	Landrace	GGTGC\|GGTGC
271	WSC25	Landrace	GGTGC\|GGTGC
272	WSC29	Landrace	GGTGC\|GGTGC
273	WSC31	Landrace	GGTGC\|GGTGC
274	WSC32	Landrace	GGTGC\|GGTGC
275	WSC34	Landrace	GGTGC\|GGTGC
276	WSC38	Landrace	GGTGC\|GGTGC
277	WSC39	Improved	GGTGC\|GGTGC
278	WSC40	Landrace	GGTGC\|GGTGC
279	WSC54	Landrace	GGTGC\|GGTGC
280	WSC56	Landrace	GGTGC\|GGTGC
281	WSC59	Landrace	GGTGC\|GGTGC
282	WSC68	Landrace	GGTGC\|GGTGC
283	WSC70	Landrace	GGTGC\|GGTGC
284	WSC73	Landrace	GGTGC\|GGTGC
285	WSC81	Landrace	GGTGC\|GGTGC
286	WSC85	Improved	GGTGC\|GGTGC
287	WSC91	Landrace	GGTGC\|GGTGC
288	WSC93	Landrace	GGTGC\|GGTGC
289	WSC98	Landrace	GGTGC\|GGTGC

Alleles Distribution

Gene Annotation

Variation ID	Gene	Consequence	Transcript	Type	cDNA	Source/target codon	Protein Name	protein pos	source/target Amino acid
sbi33825528	Sobic.001G000400	intron variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.2	mRNA			Sobic.001G000400.2.p
sbi33825528	Sobic.001G000400	intron variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.5	mRNA			Sobic.001G000400.5.p
sbi33825528	Sobic.001G000300	upstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000300.2	mRNA			Sobic.001G000300.2.p
sbi33825528	Sobic.001G000400	intron variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.4	mRNA			Sobic.001G000400.4.p
sbi33825528	Sobic.001G000400	intron variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.3	mRNA			Sobic.001G000400.3.p
sbi33825528	Sobic.001G000400	intron variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.1	mRNA			Sobic.001G000400.1.p
sbi33825528	Sobic.001G000400	intron variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.6	mRNA			Sobic.001G000400.6.p

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