Variation ID : sbi33825633

Variation Detail



Variation ID sbi33825633
Type INDEL
Position Chr01 41974-41981
Ref /Alleles AGCTTATC/ A
MAF A: 0.008
5' Flank TAGTAATTTTTTTTATAATAAATCAGTCAT
3' Flank AGCTCAATGAATAAGGATTAATTAAACACA

Individual Alleles

id Sample Id Type Alleles
1 101 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
2 103 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
3 107 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
4 11 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
5 110 Improved N|N
6 123 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
7 131 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
8 132 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
9 135 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
10 137 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
11 138 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
12 14 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
13 140 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
14 141 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
15 144 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
16 150 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
17 154 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
18 159 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
19 16 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
20 161 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
21 167 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
22 168 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
23 170 Improved N|N
24 173 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
25 175 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
26 176 Improved N|N
27 182 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
28 186 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
29 190 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
30 192 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
31 194 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
32 195 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
33 197 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
34 J22 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
35 J26 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
36 J5 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
37 J50 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
38 2001 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
39 2005 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
40 2008 Improved N|N
41 2009 Landrace N|N
42 201 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
43 2010 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
44 2016 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
45 2019 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
46 202 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
47 2021 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
48 2023 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
49 2026 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
50 2029 Improved N|N
51 2030 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
52 2031 Landrace N|N
53 2036 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
54 2037 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
55 2038 Improved N|N
56 2039 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
57 204 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
58 2042 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
59 2043 Improved N|N
60 2048 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
61 2049 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
62 205 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
63 2050 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
64 2052 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
65 2054 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
66 2056 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
67 2059 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
68 206 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
69 2064 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
70 2065 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
71 2067 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
72 2068 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
73 2069 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
74 2071 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
75 2074 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
76 2075 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
77 2076 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
78 2080 Improved N|N
79 2081 Improved N|N
80 2082 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
81 2086 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
82 2088 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
83 260 Wild sorghum AGCTTATC|AGCTTATC
84 261 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
85 262 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
86 263 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
87 286 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
88 29 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
89 3 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
90 302546 S.propinquum AGCTTATC|AGCTTATC
91 31 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
92 32 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
93 34 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
94 346 Landrace N|N
95 348 Wild sorghum AGCTTATC|AGCTTATC
96 353 Wild sorghum AGCTTATC|AGCTTATC
97 355 Wild sorghum AGCTTATC|AGCTTATC
98 357 Wild sorghum AGCTTATC|AGCTTATC
99 364 Wild sorghum AGCTTATC|AGCTTATC
100 367 Landrace N|N
101 s37 S.propinquum AGCTTATC|AGCTTATC
102 s38 S.propinquum AGCTTATC|AGCTTATC
103 370 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
104 377 Wild sorghum N|N
105 392 Wild sorghum AGCTTATC|AGCTTATC
106 394 Wild sorghum AGCTTATC|AGCTTATC
107 40 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
108 42 Improved N|N
109 43 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
110 45 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
111 47 Improved N|N
112 48 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
113 51 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
114 53 Improved N|N
115 56 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
116 61 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
117 62 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
118 66 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
119 67 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
120 68 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
121 70 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
122 73 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
123 75 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
124 88 Improved N|N
125 89 Improved N|N
126 91 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
127 92 Improved N|N
128 93 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
129 94 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
130 95 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
131 96 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
132 97 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
133 s1 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
134 s36 Wild sorghum AGCTTATC|AGCTTATC
135 s2 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
136 s3 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
137 s32 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
138 s43 Weedy AGCTTATC|AGCTTATC
139 s40 Landrace N|N
140 s41 Weedy N|N
141 s39 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
142 s42 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
143 s47 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
144 s5 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
145 GW102 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
146 GW103 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
147 GW104 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
148 GW105 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
149 GW16 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
150 GW2 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
151 GW34 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
152 GW37 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
153 GW58 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
154 GW59 Landrace N|N
155 GW9 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
156 s4 Weedy AGCTTATC|AGCTTATC
157 s6 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
158 s7 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
159 s8 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
160 s9 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
161 J101 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
162 J103 Improved N|N
163 J112 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
164 J113 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
165 J129 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
166 J130 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
167 J136 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
168 J152 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
169 J2 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
170 J20 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
171 J4 Landrace N|N
172 J42 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
173 J44 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
174 J49 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
175 J52 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
176 J53 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
177 J54 Landrace N|N
178 J57 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
179 J59 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
180 J64 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
181 J66 Landrace N|N
182 J67 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
183 J69 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
184 J87 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
185 J99 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
186 s45 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
187 s11 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
188 s10 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
189 s46 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
190 s12 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
191 s13 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
192 MHMD Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
193 s14 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
194 s15 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
195 s34 Weedy AGCTTATC|AGCTTATC
196 s33 Wild sorghum AGCTTATC|AGCTTATC
197 s21 Wild sorghum AGCTTATC|AGCTTATC
198 s16 Wild sorghum AGCTTATC|AGCTTATC
199 s44 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
200 s35 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
201 s31 Wild sorghum AGCTTATC|AGCTTATC
202 s17 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
203 s18 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
204 s20 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
205 s19 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
206 s22 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
207 s23 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
208 s24 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
209 s25 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
210 s26 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
211 s27 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
212 s28 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
213 s29 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
214 s30 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
215 SL25 Wild sorghum AGCTTATC|AGCTTATC
216 SL105 Wild sorghum AGCTTATC|AGCTTATC
217 SL108 Wild sorghum AGCTTATC|AGCTTATC
218 SL109 Wild sorghum N|N
219 SL12 Wild sorghum A|A
220 SL129 Wild sorghum N|N
221 SL130 Wild sorghum AGCTTATC|AGCTTATC
222 SL135 Wild sorghum AGCTTATC|AGCTTATC
223 SL136 Wild sorghum AGCTTATC|AGCTTATC
224 SL137 Wild sorghum N|N
225 SL138 Wild sorghum AGCTTATC|AGCTTATC
226 SL140 Wild sorghum AGCTTATC|AGCTTATC
227 SL141 Wild sorghum AGCTTATC|AGCTTATC
228 SL19 Wild sorghum AGCTTATC|AGCTTATC
229 SL28 Wild sorghum AGCTTATC|AGCTTATC
230 SL32 Wild sorghum AGCTTATC|AGCTTATC
231 SL35 Wild sorghum N|N
232 SL36 Wild sorghum AGCTTATC|AGCTTATC
233 SL37 Wild sorghum N|N
234 SL39 Wild sorghum AGCTTATC|AGCTTATC
235 SL41 Wild sorghum N|N
236 SL43 Wild sorghum AGCTTATC|AGCTTATC
237 SL47 Wild sorghum AGCTTATC|AGCTTATC
238 SL49 Wild sorghum AGCTTATC|AGCTTATC
239 SL51 Wild sorghum AGCTTATC|AGCTTATC
240 SL53 Wild sorghum AGCTTATC|AGCTTATC
241 SL62 Wild sorghum AGCTTATC|AGCTTATC
242 SL83 Wild sorghum AGCTTATC|AGCTTATC
243 SL97 Landrace N|N
244 s48 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
245 Tu13 Wild sorghum N|N
246 Tu14 Wild sorghum AGCTTATC|AGCTTATC
247 Tu30 Wild sorghum AGCTTATC|AGCTTATC
248 Tu5 Wild sorghum A|A
249 WSC5 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
250 WSC15 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
251 WSC19 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
252 WSC30 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
253 WSC52 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
254 WSC6 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
255 WSC61 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
256 WSC71 Improved N|N
257 WSC72 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
258 WSC79 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
259 WSC94 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
260 WSC99 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
261 WSC100 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
262 WSC104 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
263 WSC105 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
264 WSC12 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
265 WSC13 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
266 WSC16 Landrace N|N
267 WSC17 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
268 WSC18 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
269 WSC20 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
270 WSC24 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
271 WSC25 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
272 WSC29 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
273 WSC31 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
274 WSC32 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
275 WSC34 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
276 WSC38 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
277 WSC39 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
278 WSC40 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
279 WSC54 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
280 WSC56 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
281 WSC59 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
282 WSC68 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
283 WSC70 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
284 WSC73 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
285 WSC81 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
286 WSC85 Improved AGCTTATC|AGCTTATC
287 WSC91 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
288 WSC93 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC
289 WSC98 Landrace AGCTTATC|AGCTTATC

Alleles Distribution

Gene Annotation



Variation ID Gene Consequence Transcript Type cDNA Source/target codon Protein Name protein pos source/target Amino acid
sbi33825633 Sobic.001G000400 upstream gene variant |MODIFIER Sobic.001G000400.2 mRNA Sobic.001G000400.2.p
sbi33825633 Sobic.001G000400 upstream gene variant |MODIFIER Sobic.001G000400.5 mRNA Sobic.001G000400.5.p
sbi33825633 Sobic.001G000400 intron variant |MODIFIER Sobic.001G000400.4 mRNA Sobic.001G000400.4.p
sbi33825633 Sobic.001G000400 intron variant |MODIFIER Sobic.001G000400.3 mRNA Sobic.001G000400.3.p
sbi33825633 Sobic.001G000400 intron variant |MODIFIER Sobic.001G000400.1 mRNA Sobic.001G000400.1.p
sbi33825633 Sobic.001G000400 upstream gene variant |MODIFIER Sobic.001G000400.6 mRNA Sobic.001G000400.6.p

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