sorgsd

Variation ID : sbi33825639

Variation Detail

Variation ID	sbi33825639
Type	INDEL
Position	Chr01 42316-42320
Ref /Alleles	AAGCT/ A
MAF	A: 0.013
5' Flank	CGCTCGCCATGAATTGACTCTAGCTCCTGC
3' Flank	AGCTAGCTAGCTACTACTCCAATAATCCGA

Individual Alleles

id	Sample Id	Type	Alleles
1	101	Improved	N\|N
2	103	Improved	N\|N
3	107	Improved	N\|N
4	11	Improved	AAGCT\|AAGCT
5	110	Improved	AAGCT\|AAGCT
6	123	Landrace	A\|A
7	131	Improved	N\|N
8	132	Improved	N\|N
9	135	Improved	AAGCT\|AAGCT
10	137	Improved	AAGCT\|AAGCT
11	138	Improved	AAGCT\|AAGCT
12	14	Improved	AAGCT\|AAGCT
13	140	Improved	AAGCT\|AAGCT
14	141	Improved	AAGCT\|AAGCT
15	144	Improved	N\|N
16	150	Improved	AAGCT\|AAGCT
17	154	Improved	AAGCT\|AAGCT
18	159	Landrace	AAGCT\|AAGCT
19	16	Improved	AAGCT\|AAGCT
20	161	Landrace	AAGCT\|AAGCT
21	167	Improved	AAGCT\|AAGCT
22	168	Improved	AAGCT\|AAGCT
23	170	Improved	AAGCT\|AAGCT
24	173	Improved	AAGCT\|AAGCT
25	175	Improved	AAGCT\|AAGCT
26	176	Improved	AAGCT\|AAGCT
27	182	Landrace	AAGCT\|AAGCT
28	186	Improved	AAGCT\|AAGCT
29	190	Improved	AAGCT\|AAGCT
30	192	Improved	AAGCT\|AAGCT
31	194	Improved	AAGCT\|AAGCT
32	195	Improved	AAGCT\|AAGCT
33	197	Improved	AAGCT\|AAGCT
34	J22	Landrace	AAGCT\|AAGCT
35	J26	Landrace	AAGCT\|AAGCT
36	J5	Landrace	AAGCT\|AAGCT
37	J50	Landrace	AAGCT\|AAGCT
38	2001	Landrace	AAGCT\|AAGCT
39	2005	Improved	AAGCT\|AAGCT
40	2008	Improved	N\|N
41	2009	Landrace	AAGCT\|AAGCT
42	201	Improved	AAGCT\|AAGCT
43	2010	Landrace	AAGCT\|AAGCT
44	2016	Improved	AAGCT\|AAGCT
45	2019	Improved	AAGCT\|AAGCT
46	202	Improved	AAGCT\|AAGCT
47	2021	Improved	AAGCT\|AAGCT
48	2023	Improved	AAGCT\|AAGCT
49	2026	Improved	AAGCT\|AAGCT
50	2029	Improved	AAGCT\|AAGCT
51	2030	Landrace	N\|N
52	2031	Landrace	AAGCT\|AAGCT
53	2036	Improved	AAGCT\|AAGCT
54	2037	Improved	N\|N
55	2038	Improved	AAGCT\|AAGCT
56	2039	Improved	AAGCT\|AAGCT
57	204	Improved	AAGCT\|AAGCT
58	2042	Improved	AAGCT\|AAGCT
59	2043	Improved	AAGCT\|AAGCT
60	2048	Improved	AAGCT\|AAGCT
61	2049	Improved	AAGCT\|AAGCT
62	205	Improved	AAGCT\|AAGCT
63	2050	Improved	N\|N
64	2052	Improved	AAGCT\|AAGCT
65	2054	Improved	AAGCT\|AAGCT
66	2056	Improved	AAGCT\|AAGCT
67	2059	Improved	AAGCT\|AAGCT
68	206	Improved	AAGCT\|AAGCT
69	2064	Improved	AAGCT\|AAGCT
70	2065	Improved	AAGCT\|AAGCT
71	2067	Improved	AAGCT\|AAGCT
72	2068	Improved	AAGCT\|AAGCT
73	2069	Improved	AAGCT\|AAGCT
74	2071	Improved	N\|N
75	2074	Improved	N\|N
76	2075	Improved	AAGCT\|AAGCT
77	2076	Improved	AAGCT\|AAGCT
78	2080	Improved	AAGCT\|AAGCT
79	2081	Improved	AAGCT\|AAGCT
80	2082	Improved	AAGCT\|AAGCT
81	2086	Improved	AAGCT\|AAGCT
82	2088	Improved	AAGCT\|AAGCT
83	260	Wild sorghum	AAGCT\|AAGCT
84	261	Improved	AAGCT\|AAGCT
85	262	Improved	AAGCT\|AAGCT
86	263	Improved	AAGCT\|AAGCT
87	286	Improved	AAGCT\|AAGCT
88	29	Improved	AAGCT\|AAGCT
89	3	Improved	AAGCT\|AAGCT
90	302546	S.propinquum	AAGCT\|AAGCT
91	31	Improved	AAGCT\|AAGCT
92	32	Improved	AAGCT\|AAGCT
93	34	Improved	AAGCT\|AAGCT
94	346	Landrace	AAGCT\|AAGCT
95	348	Wild sorghum	AAGCT\|AAGCT
96	353	Wild sorghum	AAGCT\|AAGCT
97	355	Wild sorghum	N\|N
98	357	Wild sorghum	AAGCT\|AAGCT
99	364	Wild sorghum	AAGCT\|AAGCT
100	367	Landrace	AAGCT\|AAGCT
101	s37	S.propinquum	AAGCT\|AAGCT
102	s38	S.propinquum	AAGCT\|AAGCT
103	370	Landrace	AAGCT\|AAGCT
104	377	Wild sorghum	AAGCT\|AAGCT
105	392	Wild sorghum	AAGCT\|AAGCT
106	394	Wild sorghum	AAGCT\|AAGCT
107	40	Improved	N\|N
108	42	Improved	N\|N
109	43	Improved	AAGCT\|AAGCT
110	45	Improved	AAGCT\|AAGCT
111	47	Improved	AAGCT\|AAGCT
112	48	Improved	AAGCT\|AAGCT
113	51	Improved	N\|N
114	53	Improved	AAGCT\|AAGCT
115	56	Improved	AAGCT\|AAGCT
116	61	Improved	AAGCT\|AAGCT
117	62	Improved	AAGCT\|AAGCT
118	66	Landrace	N\|N
119	67	Improved	AAGCT\|AAGCT
120	68	Improved	AAGCT\|AAGCT
121	70	Improved	AAGCT\|AAGCT
122	73	Improved	AAGCT\|AAGCT
123	75	Improved	AAGCT\|AAGCT
124	88	Improved	AAGCT\|AAGCT
125	89	Improved	AAGCT\|AAGCT
126	91	Improved	AAGCT\|AAGCT
127	92	Improved	AAGCT\|AAGCT
128	93	Improved	N\|N
129	94	Improved	AAGCT\|AAGCT
130	95	Improved	AAGCT\|AAGCT
131	96	Improved	AAGCT\|AAGCT
132	97	Improved	N\|N
133	s1	Improved	N\|N
134	s36	Wild sorghum	N\|N
135	s2	Landrace	AAGCT\|AAGCT
136	s3	Improved	AAGCT\|AAGCT
137	s32	Improved	AAGCT\|AAGCT
138	s43	Weedy	AAGCT\|AAGCT
139	s40	Landrace	AAGCT\|AAGCT
140	s41	Weedy	AAGCT\|AAGCT
141	s39	Landrace	AAGCT\|AAGCT
142	s42	Landrace	AAGCT\|AAGCT
143	s47	Improved	AAGCT\|AAGCT
144	s5	Landrace	AAGCT\|AAGCT
145	GW102	Landrace	AAGCT\|AAGCT
146	GW103	Landrace	AAGCT\|AAGCT
147	GW104	Landrace	AAGCT\|AAGCT
148	GW105	Landrace	AAGCT\|AAGCT
149	GW16	Landrace	N\|N
150	GW2	Landrace	AAGCT\|AAGCT
151	GW34	Landrace	AAGCT\|AAGCT
152	GW37	Landrace	AAGCT\|AAGCT
153	GW58	Landrace	N\|N
154	GW59	Landrace	AAGCT\|AAGCT
155	GW9	Landrace	AAGCT\|AAGCT
156	s4	Weedy	AAGCT\|AAGCT
157	s6	Improved	AAGCT\|AAGCT
158	s7	Landrace	AAGCT\|AAGCT
159	s8	Landrace	AAGCT\|AAGCT
160	s9	Landrace	AAGCT\|AAGCT
161	J101	Landrace	N\|N
162	J103	Improved	N\|N
163	J112	Landrace	AAGCT\|AAGCT
164	J113	Improved	AAGCT\|AAGCT
165	J129	Improved	AAGCT\|AAGCT
166	J130	Improved	N\|N
167	J136	Improved	AAGCT\|AAGCT
168	J152	Improved	AAGCT\|AAGCT
169	J2	Landrace	AAGCT\|AAGCT
170	J20	Landrace	AAGCT\|AAGCT
171	J4	Landrace	AAGCT\|AAGCT
172	J42	Landrace	AAGCT\|AAGCT
173	J44	Landrace	N\|N
174	J49	Landrace	N\|N
175	J52	Landrace	N\|N
176	J53	Landrace	N\|N
177	J54	Landrace	AAGCT\|AAGCT
178	J57	Landrace	AAGCT\|AAGCT
179	J59	Landrace	AAGCT\|AAGCT
180	J64	Landrace	AAGCT\|AAGCT
181	J66	Landrace	N\|N
182	J67	Landrace	AAGCT\|AAGCT
183	J69	Landrace	AAGCT\|AAGCT
184	J87	Landrace	N\|N
185	J99	Landrace	AAGCT\|AAGCT
186	s45	Landrace	AAGCT\|AAGCT
187	s11	Improved	AAGCT\|AAGCT
188	s10	Improved	N\|N
189	s46	Improved	AAGCT\|AAGCT
190	s12	Improved	AAGCT\|AAGCT
191	s13	Landrace	AAGCT\|AAGCT
192	MHMD	Landrace	AAGCT\|AAGCT
193	s14	Improved	AAGCT\|AAGCT
194	s15	Improved	AAGCT\|AAGCT
195	s34	Weedy	A\|A
196	s33	Wild sorghum	AAGCT\|AAGCT
197	s21	Wild sorghum	AAGCT\|AAGCT
198	s16	Wild sorghum	AAGCT\|AAGCT
199	s44	Improved	N\|N
200	s35	Landrace	AAGCT\|AAGCT
201	s31	Wild sorghum	AAGCT\|AAGCT
202	s17	Improved	AAGCT\|AAGCT
203	s18	Improved	AAGCT\|AAGCT
204	s20	Improved	AAGCT\|AAGCT
205	s19	Improved	AAGCT\|AAGCT
206	s22	Landrace	AAGCT\|AAGCT
207	s23	Landrace	N\|N
208	s24	Landrace	AAGCT\|AAGCT
209	s25	Landrace	AAGCT\|AAGCT
210	s26	Landrace	AAGCT\|AAGCT
211	s27	Landrace	N\|N
212	s28	Landrace	N\|N
213	s29	Landrace	AAGCT\|AAGCT
214	s30	Landrace	AAGCT\|AAGCT
215	SL25	Wild sorghum	AAGCT\|AAGCT
216	SL105	Wild sorghum	AAGCT\|AAGCT
217	SL108	Wild sorghum	AAGCT\|AAGCT
218	SL109	Wild sorghum	N\|N
219	SL12	Wild sorghum	AAGCT\|AAGCT
220	SL129	Wild sorghum	N\|N
221	SL130	Wild sorghum	AAGCT\|AAGCT
222	SL135	Wild sorghum	AAGCT\|AAGCT
223	SL136	Wild sorghum	AAGCT\|AAGCT
224	SL137	Wild sorghum	A\|A
225	SL138	Wild sorghum	AAGCT\|AAGCT
226	SL140	Wild sorghum	N\|N
227	SL141	Wild sorghum	N\|N
228	SL19	Wild sorghum	AAGCT\|AAGCT
229	SL28	Wild sorghum	AAGCT\|AAGCT
230	SL32	Wild sorghum	N\|N
231	SL35	Wild sorghum	AAGCT\|AAGCT
232	SL36	Wild sorghum	AAGCT\|AAGCT
233	SL37	Wild sorghum	AAGCT\|AAGCT
234	SL39	Wild sorghum	AAGCT\|AAGCT
235	SL41	Wild sorghum	AAGCT\|AAGCT
236	SL43	Wild sorghum	AAGCT\|AAGCT
237	SL47	Wild sorghum	AAGCT\|AAGCT
238	SL49	Wild sorghum	AAGCT\|AAGCT
239	SL51	Wild sorghum	AAGCT\|AAGCT
240	SL53	Wild sorghum	AAGCT\|AAGCT
241	SL62	Wild sorghum	AAGCT\|AAGCT
242	SL83	Wild sorghum	AAGCT\|AAGCT
243	SL97	Landrace	AAGCT\|AAGCT
244	s48	Improved	AAGCT\|AAGCT
245	Tu13	Wild sorghum	AAGCT\|AAGCT
246	Tu14	Wild sorghum	AAGCT\|AAGCT
247	Tu30	Wild sorghum	AAGCT\|AAGCT
248	Tu5	Wild sorghum	AAGCT\|AAGCT
249	WSC5	Landrace	N\|N
250	WSC15	Landrace	N\|N
251	WSC19	Landrace	AAGCT\|AAGCT
252	WSC30	Landrace	AAGCT\|AAGCT
253	WSC52	Landrace	N\|N
254	WSC6	Landrace	N\|N
255	WSC61	Landrace	AAGCT\|AAGCT
256	WSC71	Improved	AAGCT\|AAGCT
257	WSC72	Landrace	AAGCT\|AAGCT
258	WSC79	Landrace	N\|N
259	WSC94	Landrace	AAGCT\|AAGCT
260	WSC99	Landrace	AAGCT\|AAGCT
261	WSC100	Landrace	AAGCT\|AAGCT
262	WSC104	Landrace	AAGCT\|AAGCT
263	WSC105	Landrace	AAGCT\|AAGCT
264	WSC12	Landrace	AAGCT\|AAGCT
265	WSC13	Landrace	AAGCT\|AAGCT
266	WSC16	Landrace	AAGCT\|AAGCT
267	WSC17	Landrace	AAGCT\|AAGCT
268	WSC18	Landrace	AAGCT\|AAGCT
269	WSC20	Landrace	N\|N
270	WSC24	Landrace	N\|N
271	WSC25	Landrace	N\|N
272	WSC29	Landrace	AAGCT\|AAGCT
273	WSC31	Landrace	N\|N
274	WSC32	Landrace	AAGCT\|AAGCT
275	WSC34	Landrace	N\|N
276	WSC38	Landrace	AAGCT\|AAGCT
277	WSC39	Improved	N\|N
278	WSC40	Landrace	N\|N
279	WSC54	Landrace	AAGCT\|AAGCT
280	WSC56	Landrace	AAGCT\|AAGCT
281	WSC59	Landrace	AAGCT\|AAGCT
282	WSC68	Landrace	N\|N
283	WSC70	Landrace	AAGCT\|AAGCT
284	WSC73	Landrace	AAGCT\|AAGCT
285	WSC81	Landrace	AAGCT\|AAGCT
286	WSC85	Improved	N\|N
287	WSC91	Landrace	AAGCT\|AAGCT
288	WSC93	Landrace	AAGCT\|AAGCT
289	WSC98	Landrace	AAGCT\|AAGCT

Alleles Distribution

Gene Annotation

Variation ID	Gene	Consequence	Transcript	Type	cDNA	Source/target codon	Protein Name	protein pos	source/target Amino acid
sbi33825639	Sobic.001G000400	upstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.2	mRNA			Sobic.001G000400.2.p
sbi33825639	Sobic.001G000400	upstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.5	mRNA			Sobic.001G000400.5.p
sbi33825639	Sobic.001G000400	5_prime UTR variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.4	mRNA	124		Sobic.001G000400.4.p
sbi33825639	Sobic.001G000400	5_prime UTR variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.3	mRNA	124		Sobic.001G000400.3.p
sbi33825639	Sobic.001G000400	5_prime UTR variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.1	mRNA	124		Sobic.001G000400.1.p
sbi33825639	Sobic.001G000400	upstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.6	mRNA			Sobic.001G000400.6.p

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