sorgsd

Variation ID : sbi33825655

Variation Detail

Variation ID	sbi33825655
Type	INDEL
Position	Chr01 42914-42917
Ref /Alleles	TTAA/ T
MAF	T: 0.141
5' Flank	TCATATCGGTGGCTGGATTGTGTGCATATA
3' Flank	GACTTTGTTTAGTTCACTCCGAAAACCAAA

Individual Alleles

id	Sample Id	Type	Alleles
1	101	Improved	N\|N
2	103	Improved	TTAA\|TTAA
3	107	Improved	N\|N
4	11	Improved	TTAA\|TTAA
5	110	Improved	TTAA\|TTAA
6	123	Landrace	TTAA\|TTAA
7	131	Improved	TTAA\|TTAA
8	132	Improved	TTAA\|TTAA
9	135	Improved	TTAA\|TTAA
10	137	Improved	TTAA\|TTAA
11	138	Improved	TTAA\|TTAA
12	14	Improved	TTAA\|TTAA
13	140	Improved	TTAA\|TTAA
14	141	Improved	TTAA\|TTAA
15	144	Improved	TTAA\|TTAA
16	150	Improved	TTAA\|TTAA
17	154	Improved	TTAA\|TTAA
18	159	Landrace	N\|N
19	16	Improved	TTAA\|TTAA
20	161	Landrace	TTAA\|TTAA
21	167	Improved	N\|N
22	168	Improved	TTAA\|TTAA
23	170	Improved	TTAA\|TTAA
24	173	Improved	TTAA\|TTAA
25	175	Improved	TTAA\|TTAA
26	176	Improved	TTAA\|TTAA
27	182	Landrace	N\|N
28	186	Improved	N\|N
29	190	Improved	TTAA\|TTAA
30	192	Improved	TTAA\|TTAA
31	194	Improved	T\|T
32	195	Improved	T\|T
33	197	Improved	TTAA\|TTAA
34	J22	Landrace	T\|T
35	J26	Landrace	TTAA\|TTAA
36	J5	Landrace	T\|T
37	J50	Landrace	TTAA\|TTAA
38	2001	Landrace	T\|T
39	2005	Improved	T\|T
40	2008	Improved	N\|N
41	2009	Landrace	N\|N
42	201	Improved	TTAA\|TTAA
43	2010	Landrace	TTAA\|TTAA
44	2016	Improved	N\|N
45	2019	Improved	TTAA\|TTAA
46	202	Improved	TTAA\|TTAA
47	2021	Improved	T\|T
48	2023	Improved	T\|T
49	2026	Improved	N\|N
50	2029	Improved	T\|T
51	2030	Landrace	N\|N
52	2031	Landrace	TTAA\|TTAA
53	2036	Improved	TTAA\|TTAA
54	2037	Improved	TTAA\|TTAA
55	2038	Improved	TTAA\|TTAA
56	2039	Improved	T\|T
57	204	Improved	TTAA\|TTAA
58	2042	Improved	TTAA\|TTAA
59	2043	Improved	TTAA\|TTAA
60	2048	Improved	TTAA\|TTAA
61	2049	Improved	TTAA\|TTAA
62	205	Improved	TTAA\|TTAA
63	2050	Improved	N\|N
64	2052	Improved	TTAA\|TTAA
65	2054	Improved	T\|T
66	2056	Improved	TTAA\|TTAA
67	2059	Improved	TTAA\|TTAA
68	206	Improved	TTAA\|TTAA
69	2064	Improved	T\|T
70	2065	Improved	TTAA\|TTAA
71	2067	Improved	T\|T
72	2068	Improved	N\|N
73	2069	Improved	T\|T
74	2071	Improved	TTAA\|TTAA
75	2074	Improved	T\|T
76	2075	Improved	TTAA\|TTAA
77	2076	Improved	TTAA\|TTAA
78	2080	Improved	T\|T
79	2081	Improved	TTAA\|TTAA
80	2082	Improved	T\|T
81	2086	Improved	T\|T
82	2088	Improved	TTAA\|TTAA
83	260	Wild sorghum	N\|N
84	261	Improved	N\|N
85	262	Improved	T\|T
86	263	Improved	TTAA\|TTAA
87	286	Improved	N\|N
88	29	Improved	TTAA\|TTAA
89	3	Improved	TTAA\|TTAA
90	302546	S.propinquum	N\|N
91	31	Improved	TTAA\|TTAA
92	32	Improved	N\|N
93	34	Improved	N\|N
94	346	Landrace	TTAA\|TTAA
95	348	Wild sorghum	TTAA\|TTAA
96	353	Wild sorghum	TTAA\|TTAA
97	355	Wild sorghum	TTAA\|TTAA
98	357	Wild sorghum	TTAA\|TTAA
99	364	Wild sorghum	TTAA\|TTAA
100	367	Landrace	N\|N
101	s37	S.propinquum	N\|N
102	s38	S.propinquum	N\|N
103	370	Landrace	N\|N
104	377	Wild sorghum	TTAA\|TTAA
105	392	Wild sorghum	TTAA\|TTAA
106	394	Wild sorghum	TTAA\|TTAA
107	40	Improved	TTAA\|TTAA
108	42	Improved	N\|N
109	43	Improved	TTAA\|TTAA
110	45	Improved	TTAA\|TTAA
111	47	Improved	TTAA\|TTAA
112	48	Improved	T\|T
113	51	Improved	TTAA\|TTAA
114	53	Improved	TTAA\|TTAA
115	56	Improved	TTAA\|TTAA
116	61	Improved	TTAA\|TTAA
117	62	Improved	TTAA\|TTAA
118	66	Landrace	TTAA\|TTAA
119	67	Improved	TTAA\|TTAA
120	68	Improved	TTAA\|TTAA
121	70	Improved	T\|T
122	73	Improved	TTAA\|TTAA
123	75	Improved	TTAA\|TTAA
124	88	Improved	TTAA\|TTAA
125	89	Improved	TTAA\|TTAA
126	91	Improved	TTAA\|TTAA
127	92	Improved	TTAA\|TTAA
128	93	Improved	TTAA\|TTAA
129	94	Improved	TTAA\|TTAA
130	95	Improved	TTAA\|TTAA
131	96	Improved	TTAA\|TTAA
132	97	Improved	TTAA\|TTAA
133	s1	Improved	TTAA\|TTAA
134	s36	Wild sorghum	TTAA\|TTAA
135	s2	Landrace	TTAA\|TTAA
136	s3	Improved	TTAA\|TTAA
137	s32	Improved	TTAA\|TTAA
138	s43	Weedy	TTAA\|TTAA
139	s40	Landrace	TTAA\|TTAA
140	s41	Weedy	TTAA\|TTAA
141	s39	Landrace	TTAA\|T
142	s42	Landrace	TTAA\|TTAA
143	s47	Improved	TTAA\|TTAA
144	s5	Landrace	TTAA\|TTAA
145	GW102	Landrace	TTAA\|TTAA
146	GW103	Landrace	TTAA\|T
147	GW104	Landrace	TTAA\|TTAA
148	GW105	Landrace	TTAA\|TTAA
149	GW16	Landrace	T\|T
150	GW2	Landrace	TTAA\|TTAA
151	GW34	Landrace	T\|T
152	GW37	Landrace	T\|T
153	GW58	Landrace	TTAA\|TTAA
154	GW59	Landrace	T\|T
155	GW9	Landrace	N\|N
156	s4	Weedy	T\|T
157	s6	Improved	TTAA\|TTAA
158	s7	Landrace	TTAA\|TTAA
159	s8	Landrace	TTAA\|TTAA
160	s9	Landrace	TTAA\|TTAA
161	J101	Landrace	TTAA\|TTAA
162	J103	Improved	TTAA\|TTAA
163	J112	Landrace	TTAA\|TTAA
164	J113	Improved	TTAA\|TTAA
165	J129	Improved	TTAA\|TTAA
166	J130	Improved	TTAA\|TTAA
167	J136	Improved	TTAA\|TTAA
168	J152	Improved	TTAA\|TTAA
169	J2	Landrace	TTAA\|TTAA
170	J20	Landrace	TTAA\|TTAA
171	J4	Landrace	TTAA\|TTAA
172	J42	Landrace	TTAA\|TTAA
173	J44	Landrace	TTAA\|TTAA
174	J49	Landrace	N\|N
175	J52	Landrace	TTAA\|TTAA
176	J53	Landrace	T\|T
177	J54	Landrace	T\|T
178	J57	Landrace	TTAA\|TTAA
179	J59	Landrace	N\|N
180	J64	Landrace	TTAA\|TTAA
181	J66	Landrace	TTAA\|TTAA
182	J67	Landrace	TTAA\|TTAA
183	J69	Landrace	TTAA\|TTAA
184	J87	Landrace	T\|T
185	J99	Landrace	TTAA\|TTAA
186	s45	Landrace	TTAA\|TTAA
187	s11	Improved	TTAA\|TTAA
188	s10	Improved	TTAA\|TTAA
189	s46	Improved	TTAA\|TTAA
190	s12	Improved	TTAA\|TTAA
191	s13	Landrace	TTAA\|TTAA
192	MHMD	Landrace	TTAA\|TTAA
193	s14	Improved	TTAA\|TTAA
194	s15	Improved	TTAA\|TTAA
195	s34	Weedy	TTAA\|TTAA
196	s33	Wild sorghum	TTAA\|TTAA
197	s21	Wild sorghum	TTAA\|TTAA
198	s16	Wild sorghum	TTAA\|TTAA
199	s44	Improved	TTAA\|TTAA
200	s35	Landrace	TTAA\|TTAA
201	s31	Wild sorghum	TTAA\|TTAA
202	s17	Improved	TTAA\|TTAA
203	s18	Improved	TTAA\|TTAA
204	s20	Improved	TTAA\|TTAA
205	s19	Improved	TTAA\|TTAA
206	s22	Landrace	TTAA\|TTAA
207	s23	Landrace	TTAA\|TTAA
208	s24	Landrace	TTAA\|TTAA
209	s25	Landrace	TTAA\|TTAA
210	s26	Landrace	TTAA\|TTAA
211	s27	Landrace	TTAA\|TTAA
212	s28	Landrace	TTAA\|TTAA
213	s29	Landrace	TTAA\|TTAA
214	s30	Landrace	TTAA\|TTAA
215	SL25	Wild sorghum	TTAA\|TTAA
216	SL105	Wild sorghum	TTAA\|TTAA
217	SL108	Wild sorghum	TTAA\|TTAA
218	SL109	Wild sorghum	TTAA\|TTAA
219	SL12	Wild sorghum	TTAA\|TTAA
220	SL129	Wild sorghum	TTAA\|TTAA
221	SL130	Wild sorghum	TTAA\|TTAA
222	SL135	Wild sorghum	TTAA\|TTAA
223	SL136	Wild sorghum	TTAA\|TTAA
224	SL137	Wild sorghum	TTAA\|TTAA
225	SL138	Wild sorghum	N\|N
226	SL140	Wild sorghum	TTAA\|TTAA
227	SL141	Wild sorghum	TTAA\|TTAA
228	SL19	Wild sorghum	N\|N
229	SL28	Wild sorghum	TTAA\|TTAA
230	SL32	Wild sorghum	TTAA\|TTAA
231	SL35	Wild sorghum	TTAA\|TTAA
232	SL36	Wild sorghum	TTAA\|TTAA
233	SL37	Wild sorghum	TTAA\|TTAA
234	SL39	Wild sorghum	TTAA\|TTAA
235	SL41	Wild sorghum	TTAA\|TTAA
236	SL43	Wild sorghum	TTAA\|TTAA
237	SL47	Wild sorghum	TTAA\|TTAA
238	SL49	Wild sorghum	TTAA\|TTAA
239	SL51	Wild sorghum	TTAA\|TTAA
240	SL53	Wild sorghum	TTAA\|TTAA
241	SL62	Wild sorghum	N\|N
242	SL83	Wild sorghum	TTAA\|TTAA
243	SL97	Landrace	TTAA\|TTAA
244	s48	Improved	TTAA\|TTAA
245	Tu13	Wild sorghum	TTAA\|TTAA
246	Tu14	Wild sorghum	TTAA\|TTAA
247	Tu30	Wild sorghum	TTAA\|TTAA
248	Tu5	Wild sorghum	TTAA\|TTAA
249	WSC5	Landrace	T\|T
250	WSC15	Landrace	T\|T
251	WSC19	Landrace	TTAA\|TTAA
252	WSC30	Landrace	TTAA\|TTAA
253	WSC52	Landrace	TTAA\|TTAA
254	WSC6	Landrace	T\|T
255	WSC61	Landrace	TTAA\|TTAA
256	WSC71	Improved	TTAA\|TTAA
257	WSC72	Landrace	TTAA\|TTAA
258	WSC79	Landrace	TTAA\|TTAA
259	WSC94	Landrace	TTAA\|TTAA
260	WSC99	Landrace	TTAA\|TTAA
261	WSC100	Landrace	TTAA\|TTAA
262	WSC104	Landrace	TTAA\|TTAA
263	WSC105	Landrace	TTAA\|TTAA
264	WSC12	Landrace	TTAA\|TTAA
265	WSC13	Landrace	TTAA\|TTAA
266	WSC16	Landrace	T\|T
267	WSC17	Landrace	TTAA\|TTAA
268	WSC18	Landrace	TTAA\|TTAA
269	WSC20	Landrace	TTAA\|TTAA
270	WSC24	Landrace	TTAA\|TTAA
271	WSC25	Landrace	T\|T
272	WSC29	Landrace	T\|T
273	WSC31	Landrace	TTAA\|TTAA
274	WSC32	Landrace	TTAA\|TTAA
275	WSC34	Landrace	TTAA\|TTAA
276	WSC38	Landrace	TTAA\|TTAA
277	WSC39	Improved	N\|N
278	WSC40	Landrace	TTAA\|TTAA
279	WSC54	Landrace	TTAA\|TTAA
280	WSC56	Landrace	TTAA\|T
281	WSC59	Landrace	TTAA\|TTAA
282	WSC68	Landrace	TTAA\|TTAA
283	WSC70	Landrace	TTAA\|TTAA
284	WSC73	Landrace	TTAA\|TTAA
285	WSC81	Landrace	TTAA\|TTAA
286	WSC85	Improved	TTAA\|TTAA
287	WSC91	Landrace	TTAA\|TTAA
288	WSC93	Landrace	TTAA\|TTAA
289	WSC98	Landrace	TTAA\|TTAA

Alleles Distribution

Gene Annotation

Variation ID	Gene	Consequence	Transcript	Type	cDNA	Source/target codon	Protein Name	protein pos	source/target Amino acid
sbi33825655	Sobic.001G000400	upstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.2	mRNA			Sobic.001G000400.2.p
sbi33825655	Sobic.001G000400	upstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.5	mRNA			Sobic.001G000400.5.p
sbi33825655	Sobic.001G000400	upstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.4	mRNA			Sobic.001G000400.4.p
sbi33825655	Sobic.001G000400	upstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.3	mRNA			Sobic.001G000400.3.p
sbi33825655	Sobic.001G000400	upstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.1	mRNA			Sobic.001G000400.1.p
sbi33825655	Sobic.001G000400	upstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.6	mRNA			Sobic.001G000400.6.p

Genome Browser