Young Bioinformatics PI Workshop

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会议日程

签到: 8月13日 08:00-09:00
8月13日 会议形式:15min演讲 + 5min讨论
9:00-12:00
9:00 - 9:20	刘小乐 哈佛大学 CRISPR 筛选和癌症精准治疗
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9:20 - 9:40	杨雪瑞 清华大学 Dissecting the multi-level gene expression regulation in cancers
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9:40 - 10:00	王晓月 协和医学院 [报告人简介] Systematic Identification of Enhancer Variants Associated with Cancer Risk [摘要]
王晓月，中国医学科学院基础医学研究所教授。2010年博士毕业于约翰霍普金斯大学医学院。2010年到2013年在芝加哥大学基因组学和系统生物学研究所进行博士后研究。2014年起在协和医学院工作，为“协和学者”特聘教授。2015年入选中组部第六批青年千人计划。研究方向为癌症基因组学和功能基因组学，主要使用系统生物学方法研究癌症的发生的遗传因素、分子机制并探索可能的疗法。
Here we report a strategy to systematically identify the SNPs that affect gene expression by modulating enhancer activities. We applied this method to study 10654 cancer risk SNPs linked with 1055 cancer risk -associated SNPs identified in GWAS studies.
10:00 - 9:20	李程 北京大学 Exploring 3D cancer genome
10:20 - 10:40	茶歇
10:40 - 11:00	徐书华 中国科学院上海计算生物学研究所 [报告人简介] 青藏高原人群的遗传起源和演化历史 [摘要]
徐书华，博士，研究员，马普青年科学家小组组长
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11:00 - 11:20	曹志伟 同济大学 流感病毒的抗原性进化
11:20 - 11:40	邵振 中国科学院上海计算生物学研究所 [报告人简介] The PRC2-binding long non-coding RNAs in human and mouse genomes are associated with predictive sequence features [摘要]
2009年至2013年，在美国哈佛医学院达纳法伯癌症研究所生物统计及波士顿儿童医院儿科肿瘤系从事生物信息博士后研究；2013年9月加入中国科学院上海生命科学研究院计算生物学研究所担任PI。主要从事基因表达调控和表观基因组相关的生物信息研究。
Recently, long non-coding RNAs (lncRNAs) emerged as an important class of molecules involved in many cellular processes. One of their primary functions is to shape epigenetic landscape through interactions with chromatin modifying proteins. However, mechanisms contributing to the specificity of such interactions remain poorly understood. Here we took the human and mouse lncRNAs that were experimentally determined to have physical interactions with Polycomb repressive complex 2 (PRC2), and systematically investigated the sequence features of these lncRNAs by developing a new computational pipeline for sequences composition analysis, in which each sequence is modeled as a series of transitions between adjacent nucleotides. Through that, PRC2-binding lncRNAs were found to be associated with a set of distinctive and evolutionarily conserved sequence features, which can be utilized to distinguish them from the others with considerable accuracy. We further identified fragments of PRC2-binding lncRNAs that are enriched with these sequence features, and found they show strong PRC2-binding signals and are more highly conserved across species than the other parts, implying their functional importance.
11:40 - 12:00	赵方庆 中国科学院北京生命科学研究院 De Bruijn graph and sequence assembly
12:00 - 14:00	午餐
14:00-18:30
14:00 - 14:20	陈铭 浙江大学 [报告人简介] Integrative Bioinformatics: achieved and missing [摘要]
陈铭，浙江大学生命科学学院教授，生物信息学学科带头人，浙江省生物信息学学会理事长。
高通量组学大数据的时代背景下，发展了许许多多可行的生物信息学方法与技术，以及发掘了大量的生物学特征和规律。报告结合实验室的工作，在总结相关研究成果的基础上提出了若干值得思考与行动的整合生物信息学问题供会议交流讨论。
14:20 - 14:40	江瑞 清华大学 Deep learning predicts chromatin accessibility from sequence
14:40 - 15:00	张一婧 中国科学院上海植物生理生态研究所 [报告人简介] 植物表观修饰的特异性作用及生长-抗逆平衡的分子机制 [摘要]
2009年至2013年，在美国波士顿大学和哈佛医学院从事生物信息博士后研究；2013年1月加入中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态研究所担任PI。主要从事植物功能基因组和生物信息学研究。
在植物表观修饰的特异性作用方面，主要观察PcG不同组分特异调控植物生殖发育的分子机制；在植物生长-抗逆平衡的分子机制方面，主要探讨生物钟与昼夜周期协同调控生长-抗逆基因转录的分子机制。
15:00 - 15:20	茶歇
15:20 - 15:40	王秀杰 中国科学院遗传与发育生物学研究所 Diversified RNA-level regulation in controlling the pluripotency of embryonic stem cells
15:40 - 16:00	张勇 同济大学 [报告人简介] Broad H3K4me3 is a convertible epigenetic barrier on active transcripts in pre-implantation embryos [摘要]
博士毕业于中国科学院生物物理研究所，之后在美国哈佛大学/Dana-Farber癌症研究所从事博士后研究。2009年起任同济大学生命科学与技术学院教授。国家自然科学基金委优秀青年基金获得者，“万人计划”青年拔尖人才。
Recent studies have determined that broad H3K4me3 domains (wider than 5 kb) usually preferentially enriched in genes that are essential for the function and identity of a given cell type. In our study, we presented genome-wide map of the histone-modification landscape of mouse pre-implantation embryos during zygotic genome activation and the first cell lineage differentiation, and we investigated the potential function of H3K4me3 breadth in early embryo development. We observed far more broad H3K4me3 domains were present in the early embryos than in the derived cell lines (for example embryonic stem cells), and their length increased gradually as development progressed. Consistent with previous studies, stage-specific broad H3K4me3 domains were enriched in the highly expressed genes in the corresponding stage. Besides, lack of Kdm5b increased the amount of broad H3K4me3 domains and widened the H3K4me3 domains at the morula stage. Taken together, broad H3K4me3 seems to protect transcription from the occasional transient change on a promoter and to sustain the transcriptional stability of core factors in a defined cell type.
16:00 - 16:20	赵文明 中国科学院北京基因组研究所 [报告人简介] BIG Data Center [摘要]
赵文明，男，高级工程师，中科院北京基因组研究所生命与健康大数据中心副主任，中国科学院关键技术人才。主要从事生物信息学研究、高性能计算及生物大数据研究，建立国内第一个原始组学数据库系统GSA（Genome Sequence Archive），获得国内外多个期刊的认可；作为项目负责人参与了国家基金委、973和863以及中科院的项目8项，发表相关科研论文16篇，其中第一或者并列第一或通讯作者文章7篇，影响因子5分以上的占多数，获得国家专利4项。
中国科学院北京基因组研究所生命与健康大数据中心，面向我国人口健康和社会可持续发展的重大战略需求，围绕国家精准医学和重要战略生物资源的组学数据，建立海量生物组学大数据储存、整合与挖掘分析研究体系，发展组学大数据系统构建、挖掘与分析的新技术、新方法，建设组学大数据汇交、应用与共享平台，力争建成支撑我国生命科学发展、国际知名的生命与健康大数据中心。
16:30 - 18:30	PI discussion
18:30 - 21:00	晚餐

地址

• 中国科学院北京基因组研究所 北京市朝阳区北辰西路一号院104号楼 电话：010-84097710
• 

承办单位及联系人

• 中国科学院北京生命科学研究院：赵方庆 zhfq@biols.ac.cn
• 中国科学院北京基因组研究所：章张 zhangzhang@big.ac.cn

会议赞助

• 请联系会议承办联系人。

历届会议

• 
• 2015年 第四届青年生物信息PI研讨会 武汉 华中科技大学
• 2014年 第三届青年生物信息PI研讨会 广州 中山大学
• 2013年 第二届青年生物信息PI研讨会 北京 中国科学院计算技术研究所
• 2012年 第一届青年生物信息PI研讨会 上海 同济大学