基因组序列
语言 / Language
| 病毒株名 | hCoV-19/Shandong/LY005-2/2020 |
| 序列号 | EPI_ISL_414938 |
| 宿主 | Homo sapiens |
| 数据来源 | GISAID |
| 采样日期 | 2020-01-24 |
| 采样地点 | China / Shandong |
| 相关ID | |
| 谱系 | B (Version: 4.0.6) |
| 序列完整度 | Complete |
| 质量评估 | 0/0/1/4/NO |
| 样本提供单位 | Beijing Institute of Microbiology and Epidemiology |
| 数据递交单位 | Beijing Institute of Microbiology and Epidemiology |
| 发布时间 | 2020-03-17 14:48:10 |
| 年龄 | 53 |
| 性别 | F |
| 职业 | NA |
| 发作日期 | 2020-01-23 |
| 入院日期 | 2020-01-24 |
| 旅行史/接触史 | Close contacts of Patients1-4 |
| 严重程度 | Positive without sym |
| 病患状态 | Recovered and were discharged to home isolation for 14 days |
| 临床症状及潜伏天数 | The patient did not show any clinical symptoms of infection during hospital,chest CT images showed ground-glass opacities |
| 临床检测 | Chest CT images |
| 基础病史 | NA |
| 其他病原菌感染 | NA |
| 合并症 | NA |
| 临床用药和处理 | NA |
| 生理生化指标追踪 | NA |
| 出院日期 | 2020-02-14 |
| 相关文献 | Transmission potential of asymptomatic and paucisymptomatic SARS-CoV-2 infections: a three-family cluster study in China. [PMID: 32319519] |
| 参考序列 | 2019-nCoV (MN908947.3) |
| 病毒株名 | hCoV-19/Shandong/LY005-2/2020 (EPI_ISL_414938) |
| SNP数目 | 3 |
| Insertion数目 | 0 |
| Deletion数目 | 3 |
| Indel数目 | 0 |
| 相似度 | 99.98 |
| 质量评估分级 | B1 |
| 注释统计 | 6(synonymous_variant:1; intergenic_variant:3; missense_variant:2) |
| 文件下载 (GFF3) |
| 变异位点 | 参考碱基 | 碱基变化 | 基因位置密码子 | 蛋白质氨基酸变化 |
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